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R数据可视化这么香？

…… 作为专业的数据分析和可视化老牌工具，R有丰富的生态，可视化能力也非常强，从最近新出版的《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化》的销售火爆程度来看，大家对R在数据分析可视化方面的表现是真心认可！...用R做数据分析可视化真的很香吗？它和其他数据分析工具相比有什么优势？如何高效地学会使用R及相关的各种包？...…… 如果你也想了解R数据分析可视化的相关内容，或者对此有相关疑问想要寻求解答，欢迎来到“博文视点Broadview”视频号的“怎么看”栏目，明晚（4月26日）20:00，我们邀请到《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化...R，和其他数据分析可视化相比各有什么优缺点？ 2. R的发展前景如何？ 3. R的学习路径和学习建议 4. 如何结合ChatGPT来使用R？ 5. 如何高效使用好R的各种软件包？ 6....、tidytree、ggtree等R软件包进行系统发育树的数据集成分析及可视化 本书系统地介绍使用treeio、tidytree、ggtree 和ggtreeExtra 等R 软件包操作系统发育树的全套流程

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R语言、SAS潜类别（分类）轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|数据分享

我们使用体重指数 (BMI) 重复测量 10,000 个样本的长格式数据框。提供了一个示例（模拟）数据集 bmi 来描述整个步骤。...BMI 数据的类别的标签加载数据绘制数据潜在类轨迹建模的八步示例为了对纵向结果 yijk 进行建模，对于 k=1:K，类，对于个体 i，在时间点 j，tj可以使用许多建模选择。...使用正确分类、不匹配的几率进一步评估模型的充分性。...例如，对于研究 BMI，显示下降到 <5 kg/m2 的预测趋势是不现实的。 3. 潜在类别与传统分类的特征列表使用从所选模型中提取类分配；然后用描述性变量反馈到主数据集中。...---- 本文摘选《R语言潜类别（分类）轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化》

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R语言数据可视化分析案例：探索BRFSS数据

p=9284 加载包 library(ggplot2)## Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.5.1library(dplyr...)## Warning: package 'dplyr' was built under R version 3.5.1library(colorspace)library(tidyr)library(...，以及此数据收集方法对推断范围（可概括性/因果关系）的影响。...推论范围（普遍性/因果关系）：普遍性：调查数据是从50个州和美国领土收集的，这使得数据看起来足够随机样本，从而可以将其推广到整个美国人口。...供以后参考，如果数据集包含有关每个访谈的详细信息，例如收集数据的时间和访谈的持续时间，将很有用。这些其他信息将提供有关可能参加或可能未参加调查的人员的进一步见解。

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「R」数据可视化7 : 蜜蜂图

本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。...在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...看上去和我们之前的点图很像，我们可以直观来比较一下beeswarm和ggplot中使用jitter及point（默认参数）绘制同一组关于乳腺癌数据的图： ?...Note：没有安装相关R包的，先安装R包 1）需要什么格式的数据本次使用的是beeswarm包中的breast数据。 ?...然后我们来看一看另一个R包ggbeeswarm。

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「R」数据可视化15：倾斜图

具体专用包比较好用一个函数就可以搞定，所以就只介绍最常见的方法使用ggplot2进行作图方法： 1）需要什么格式的数据目前疫情地图实时更新，所以这次就正好用公开的疫情数据做一次倾斜图。...按照1月25日公布的数据，只选取了前10个省份，做了如下的数据表： Day0120<-c(270,5,14,2,0,0,0,0,0,0) Day0125<-c(729,36,78,33,62,57,43,39,32,28...编辑：王诗翔往期精彩：「R」数据可视化14: 瀑布图「R」数据可视化13 : 相关性图「R」数据可视化12 : 生存曲线「R」数据可视化11：PCA和PCoA图「R」数据可视化10：面积图...「R」数据可视化9: 金字塔图和偏差图「R」数据可视化8：棒棒图「R」数据可视化7 : 蜜蜂图「R」数据可视化6 : 曼哈顿图「R」数据可视化5 : 气泡图「R」数据可视化4 : 直方图/条形图...「R」数据可视化3 : 热图「R」数据可视化2 : 箱形图「R」数据可视化1: 火山图

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「R」数据可视化1: 火山图

在生物领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...火山图要怎么画 (1) 需要什么格式的数据从网上找了一个别人的RNA-seq数据，让我们一起来瞧瞧。 ?...数据部分第一列是基因名，第二列是计算好的log2FoldChange（通常我们用DESeq等软件分析得到的结果里包含这一个值），第三列是pvalue，第四列是校正后的p即padj。...利用R自带的基础画图函数也可以画，但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图，所以只展示如何用ggplot2包画图。...#加载包 library(ggplot2) #读取数据 Dat<-read.table('.

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「R」数据可视化3 : 热图

本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。...在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...相关性的热图: 格子中的数值代表相关性系数怎么做热图Heatmap 1）需要什么格式的数据有很多的软件都可以做heatmap。我们要介绍的当然是R，R默认中提供了heatmap函数。...当然，R中也有很多具有heatmap功能的包，比如ggplot2,gplots。今天我们介绍含有heatmap.2功能的gplots包。...但是我们这里的数据是做相关性，所以这些线的意义就不是那么大。图例中也类似，展示了不同颜色对应的值大小，而蓝色的实线是根据数据分布做的密度曲线，虚线是平均值。

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R语言数据可视化综合指南

相关图 R语言小窍门： HistData软件包提供了一个小数据集，它很有趣并且在统计和数据可视化的历史上很重要。基本可视化效果便签： 1.基本图形可以很容易地用R语言进行创建。...您可以使用tabplot包中的tableplot功能，快速汇总大量数据地图可视化 R语言中最新的东西是通过Javascript库来进行数据可视化。...结束语我真的享受写这篇文章，R语言所用到的各种方式使得它成为世界上最好的数据可视化软件。...，而没有什么能打败在统计数据可视化上拥有绝对数量巨大软件包的R语言。...我在本文中已经讨论了各种形式的可视化，是通过用R语言编程实现从基础到高级的有助于展示数据的图表。

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「R」数据可视化16：哑铃图

哑铃图是一种很好的可视化方式，比如你想要表征不同指标的不同组的情况你可以用多个“哑铃”表示。另外，你想要表示某一组在外界刺激后的变化情况也可以用这种方式。我们来看两个例子。...1）需要什么格式的数据这次使用一个不同学校男女年收入（单位：千美元）的数据。...然后可以用AI添加一下图例哦往期精彩：「R」数据可视化15：倾斜图「R」数据可视化14: 瀑布图「R」数据可视化13 : 相关性图「R」数据可视化12 : 生存曲线「R」数据可视化11：PCA...和PCoA图「R」数据可视化10：面积图「R」数据可视化9: 金字塔图和偏差图「R」数据可视化8：棒棒图「R」数据可视化7 : 蜜蜂图「R」数据可视化6 : 曼哈顿图「R」数据可视化5 :...气泡图「R」数据可视化4 : 直方图/条形图「R」数据可视化3 : 热图「R」数据可视化2 : 箱形图「R」数据可视化1: 火山图

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「R」数据可视化14: 瀑布图

怎么做瀑布图本次作图我们使用一个叫做GenVisR的R包。该包除了提供瀑布图还提供了多种其他形式较为复杂的、用于展现多个样本突变情况的数据图（见下图）。...今天我们要使用该包提供的一个叫做brcaMAF的数据表，通过名字也可以看出这是乳腺癌的数据，该数据包含50个样本，来源于TCGA，格式为MAF格式。...该文件格式标准由TCGA制定，包含了一些关于突变的常见信息，进一步的具体信息详见MAF格式介绍 1）需要什么格式的数据我们首先来看一下brcaMAF数据的情况，可以看到该数据包括了55列信息，如Hugo_Symbol...并非如此，和很多其他作图所需数据一样，其中有一些信息是必须提供的，另外一些是非必须的。...自己的数据可以整理成MAF格式，也可以选择Custom格式。

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「R」数据可视化18：弧形图

其实，这几种展现网络关系的图各自特点，下面我们来看一个非常有意思的例子，以展现弧形图的优势（例子来源：data-to-viz网站[1]）。首先来介绍一下绘图的数据。...而这次例子的数据就是收集了许多文章和作者，通过不同的网络图来展示作者之间的关联：如果两个作者出现在同一篇文章里，那么就会用线将他们连接起来。我们先来看一下最基础的网络图的效果。...怎么做弧形图 1）需要什么格式的数据我们还是用上面例子中的数据，代码来源还是参考上面提到的data-to-viz网站[2]。...具体需要两部分的数据，一部分是具体的贡献情况connect表，另一个是各个作者的共现数目coauth表。...那么我们来调整一下数据： # 鉴定社区 com <- walktrap.community(mygraph) #重新整理数据 coauth % mutate( grp =

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python爬虫+R数据可视化实例

Python 和 r语言这对黄金搭档，在数据获取，分析和可视化展示方面，各具特色，相互配合，当之无愧成为数据分析领域的两把利剑。...该项目分为两个模块： 1，数据准备阶段采用python网络爬虫，实现所需数据的抓取； 2，数据处理和数据可视化，采用r语言作为分析工具并作可视化展示。...第一，数据准备模块数据来源选用笔者所在学校的内网(校内俗称OB)，采用保存cookie模拟登录，以板块为单位，进行论坛帖子的抓取，并且根据发贴人的连接，再深入到发贴人的主页进行发贴人个人公开信息的抓取...第二，数据处理和数据可视化 主要采用r语言读取数据，进行频数统计和图表展示简单贴几段代码：读取剪切板数据并采用table()函数求频数 data3<-read.table("clipboard...r语言版 ?

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R语言探索BRFSS数据可视化

p=9266 设定加载包在本实验中，我们将使用dplyr软件包探索数据，并使用ggplot2软件包对其进行可视化以进行数据可视化 library(ggplot2)library(dplyr) 载入资料...数据收集方法通过与家庭居民进行电话采访，从美国各州，哥伦比亚特区和参与的美国领土收集了数据。...关于数据收集对推断范围的影响的评论 BRFSS的调查涵盖了50个州和美国领土，其中包括对随机收集的家庭数据进行的超过500,000次电话采访，这些数据仅是随机样本，并且在数据收集中建立了严格的程序以确保代表性人口样本...这个问题涉及对人的健全健康影响睡眠的年龄的问题。这将是从该数据集中探索的有趣相关性。...在删除了包含NA输入的行之后，我们对数据进行了分类。

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R 数据可视化 03 | 圈图

文章目录一、环境需求 R 及 Rstudio 的安装配置 RCircos安装二、绘制圈图 0.载入包 1.绘制人染色体圈图 2.绘制基因 5.绘制折线图 6.绘制网络图 7.添加和弦图...一、环境需求 R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文) RCircos安装 options()$BioC_mirror options(BioC_mirror...数据集 data(RCircos.Gene.Label.Data); # 指定内容在内侧的环形还是外侧的环形生成 side <- "in"; # 指定内容在第几个环形生成 track.num <- 1...side <- "in" # 指定数据大于1的点以红色显示，小于数据1的点以蓝色显示 by.fold <- 1; # 绘图 RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data..., track.num, TRUE); # 加载内置的RCircos.Ribbon.Data数据集 data(RCircos.Ribbon.Data); 数据格式： ?

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「R」数据可视化20：弦图

弦图是一种展示数据之间相互关系的图形。弦图中的数据点以圆的形式呈放射状排列，并用线条来展示数据之间的联系。在弦图中，我们可以通过颜色和线条的粗细来展现不同类型联系和强度。...而关注不同的环境可以发现酸性矿山排水中主要存在OTU1、OTU5、OTU6、OTU7、OTU8、OTU20等微生物。通常来说，当数据点不是很多的时候，弦图能很直观地展现出不同数据点之间的关系。...所以我们先安装该包然后读取数据。我们要用的绘图工具是来自“circlize”包的chordDiagram()函数。首先我们来看一下数据的准备。...数据具体分为2部分，一部分是用于作图的具体移民数据，还有一部分是调整作图参数的文件。...今天的分享就到这里啦。参考资料 [1]原代码请点击这里: https://www.r-bloggers.com/animated-directional-chord-diagrams/

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「R」数据可视化12 : 生存曲线

什么是生存曲线图我们经常用随机森林等机器学习又或者是其他数据挖掘的方法寻找某些疾病的biomarker或者候选基因。...但是来自临床的数据包括了生存事件等信息，数据的内容有所不同，所以需要一些和之前不太一样分析方法，其中常见的就是通过制作生存曲线图获取结论。...在制作生长曲线之前，我们需要首先了解几个相关的术语参考：R语言-Survival analysis（生存分析） Event（事件）：指在随访过程中发生的某个结果，如癌症研究中，可能为复发（Relapse...怎么做生存曲线图今天我们要用到以下几个R包：survival，survminer和dplyr 使用KM方法，通过ggsurvplot作图，该函数作图需要两部分数据，具体见下： 1）需要什么格式的数据...我们使用的数据集为ovarian，来自survival包。

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「R」数据可视化5 : 气泡图

本文作者蒋刘一琦在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。什么是气泡图气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图。...随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表来展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。怎么做气泡图 1）需要什么格式的数据根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式。...本次用一个来自于GOplo包的数据EC，该数据为RNA-seq的下游分析数据。该数据标准化处理后进行统计分析以确定了差异表达基因。...circ数据由于本次将使用两个包，一个是GOplot专门用于转录组数据的下游展示，还有一个是我们常用的画图包ggplot2。

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「R」数据可视化8：棒棒图

可以发现实际上就是一根柱子加上一个圆，其实类似传统的柱状图。但是它可以给我们更多的信息，因为圆和下面的棒子可以代表同一组数据，也可以代表两组数据。...“糖”和“棒子”的颜色也一样，可以表示同一个信息也可以表示不同维度的信息。另外，我们还可以变成双头棒棒糖，在棒子的两端分别展现不同的数据。不喜欢传统的圆形？想要亲手DIY？...from tableau website 怎么做棒棒糖图 1)需要什么格式的数据我们用R中自带的一个数据——mtcars。...该数据来源于1974年Motor Trend杂志，是关于不同车型的设计和性能的数据统计： [, 1] mpg Miles/(US) gallon [, 2] cyl Number of cylinders...稍微对数据进行一点处理: # Load data data("mtcars") dfm <- mtcars # 转为factor类型的数据 dfm$cyl <- as.factor(dfm$cyl) #

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「R」数据可视化10：面积图

具体地，它通过一定的区域面积来表示数据大小，利用不同的颜色或者线条来区别不同组的数据。...凭借谷歌翻译，了解到这张图（图中为德语）主要是展示了1991-2015年德国移民的情况，图中不同颜色就代表着不同的移民类别，而面积大小就代表的移民数量。...通过上述例子可以看出面积图和折线图很相似，在很多时候两者可以相互替代，以丰富数据可视化的形式。...怎么做面积图 1）需要什么格式的数据本次使用的是一个US economic time series的名叫economics的数据。我们选择其中的两列数据：psavert和uempmed。...数据格式 2）如何作图 library(ggplot2) library(lubridate) library(RColorBrewer) #psavert=personal savings rate

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「R」数据可视化6 : 曼哈顿图

本文作者蒋刘一琦在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。什么是曼哈顿图曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。...好久没看过文章）怎么做曼哈顿图用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。...本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。下述内容来源于Manhattan plot in R: a review,我只是一个搬运工。...1）需要什么格式的数据 qqman提供的数据例子很直接就叫做"gwasResults"，数据格式如下： library(qqman) data("gwasResults") head(gwasResults

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