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CellChat 三部曲3:具有不同细胞类型成分多个数据集细胞通讯比较分析

分享是一种态度 此教程显示了如何将 CellChat 应用于具有不同细胞类型成分多个数据集比较分析。几乎所有的CellChat功能都可以应用。...笔记要点 加载所需包 第一部分:比较分析具有略有不同细胞类型成分多个数据集 第二部分:对具有截然不同细胞类型成分多个数据集比较分析 加载所需包 library(CellChat) library...(ggplot2) library(patchwork) library(igraph) 第一部分:比较分析具有略有不同细胞类型成分多个数据集 对于具有稍微不同细胞类型...例如,我们可以定义一个group命名字符矢量,以创建多组和弦图,例如,将细胞群集分组到不同细胞类型。...第二部分:对具有截然不同细胞类型成分多个数据集比较分析 CellChat 可用于比较来自截然不同生物背景两个 scRNA-seq 数据集之间细胞-细胞通信模式。

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Python学习工具第六期 - GPU加速工具CUDA 使用 和 Pytorch-GPU 安装三种方式

NVIDIA显卡驱动和CUDA工具包本身是不具有捆绑关系,也不是一一对应关系,CUDA本质上只是一个工具包而已,所以我可以在同一个设备上安装很多个不同版本CUDA工具包,一般情况下,我只需要安装最新版本显卡驱动...,然后根据自己选择选择不同CUDA工具包就可以了。...下面我介绍Pytorch-GPU下载安装三种方式 Conda安装(官网命令下载速度慢,设置镜像源后可加速) Pip安装(设置镜像源,设置镜像源后可加速) 轮子安装(官网下载轮子,轮子安装) ?...第二步:创建完后,点击py35旁边绿色三角形箭头,选择Open Terminal,在命令行中打开,我们就可以使用命令方式在该虚拟环境py35中安装Pytorch-GPU了 ? ?...,所以自己配置镜像源不管用, 所以应该把-c pytorch去掉,就可以从镜像源下载文件了。

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Pytorch 推出“TorchRec”:用于推荐系统 (RecSys) 基于 Python PyTorch

RecSys 方法在全球人工智能投资中占很大比例;因此将它们封闭起来可以防止这笔钱进入更大的人工智能领域。 TorchRec是推荐系统PyTorch 域库。...该库包括标准稀疏性和并行性原语,允许研究人员创建和实施尖端定制模型。 到 2020 年年中,PyTorch 团队收到了很多关于开源 PyTorch 生态系统缺乏大规模生产质量推荐系统包反馈。...TorchRec 带有可扩展低级建模基础和几个电池供电模块。它从“双塔”([1],[2])架构开始,它具有不同子模块,用于学习候选项目表示和查询或上下文。...输入信号可以是浮点“密集”特征和高基数分类“稀疏”特征组合,需要训练大量嵌入表。数据并行性(重复计算“密集”组件)和模型并行性(将巨大嵌入表分布在多个节点上)是此类系统有效训练所必需。...诸如嵌入袋和锯齿状张量之类建模原语使创建具有混合数据和模型并行性大规模、高性能多设备/多节点模型变得简单。 RecSys 内核具有 FBGEMM 优化,包括对稀疏和量化操作支持。

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如何将pytorch检测模型通过docker部署到服务器

PAGE是一个简单网页,创建表单。可在浏览器中进行验证,也可以通过脚本验证,后面详述。 创建镜像 需要先编写Dockerfile文件: ?...gaolijun/pytorch:1.2-cuda10.0-cudnn7-cv-flask-py3.6 是另一个自定义创建镜像,安装Python版本为3.6,pytorch版本为1.2,cuda版本为...拉取镜像 我已经将创建镜像上传到docker hub了,可以拉取下来: docker pull laygin/detector 然后查看下全部镜像: ?...所以,只要愿意,主机上可以运行多个docker容器,指定不同端口即可。...-d: docker容器在后台运行 --name: docker 容器名称 后面跟上创建镜像,即在容器detector中运行镜像detector:v1.0 或许需要 docker container

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Anaconda+虚拟环境创建+Pycharm+Pytorch+各种包安装保姆级教学

前言 相信很多时候大家都会用到虚拟环境,他具有可以让你快速切换不同python版本,让程序打包时候轻量化等等优点,之前作为小白第一次接触python时候,为了配置虚拟环境花了好几天,踩了很多坑,网上很多教程水平也参差不齐...至此咱们虚拟环境就创建好了。...3)安装pytorch 因为项目中刚好涉及到深度学习,所以我就顺便把pytorch安装教程也写了,这次主要用cpu版本做了个演示,后续我会更新GPU版本pytorch安装方式!...,本教程以cpu为例: 复制下面的代码: 打开cmd,进入刚刚创建虚拟环境,(防止有同学手滑把cmd关掉了,再来演示一遍): 将复制代码粘贴进cmd,并在代码后面添-i 镜像链接,这一步是为...和安装其他包方法略有不同,所以我还是单拎出来演示一下: 我们实际使用python时候会import很多包,这些包集成了很多功能,可以让我们直接调用,以matplotlib为例,matplotlib是我们常用绘图工具

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PyTorch迎来5岁生日,创始人带领大一实习生开发:没想到会这么成功

AI硬件“老大哥”英伟达也发来贺电: 还有网友前来“捣乱”,玩起了HR梗:招聘具有7年PyTorch程序员。...作为最受欢迎机器学习框架(之一),PyTorch诞生过程并不是想象那般具有传奇性。 Meta官方邀请了LeCun与PyTorch创始人一起回顾了当年那段历史。...△ Adam Paszke 在经历了一个半月紧张开发后,PyTorch雏形诞生。 Chintala邀请来自不同公司和大学大约100名开发者当“小白鼠”,言辞近乎恳求:“你能试用一个小时吗?...事实上,这些早期用户给了非常多有用反馈,帮助PyTorch小队一周内修复了30多个bug。...根据对Paper with Code数据统计,PyTorch论文比例稳步增长,达到了60%,TensorFlow份额被蚕食到仅11%。

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【开发框架】Mmdetection3dlab Docker 环境改良和制作

mmcv-full 对不同 cuda 和 pytorch 版本有对应支持,因此必须添加 -f 参数,参数链接格式为:https://download.openmmlab.com/mmcv/dist...修改国内镜像源 参考:用Dockerfile创建一个具有ssh服务基础Ubuntu镜像 参考:ubuntu20.04换清华源后不能更新、https更新失败 d....安装 ssh 并添加 ssh 配置命令 同参考:用Dockerfile创建一个具有ssh服务基础Ubuntu镜像 3....创建 Docker 容器 基于生成镜像创建名为 mm3d docker 容器: docker run --name mm3d --gpus all --shm-size=8g -p 2022:22 -...在命令行里输入 ipyton,再输入: from notebook.auth import passwd passwd() 输完之后,设定一个密码,会生成一个秘钥,结果如下: 用Dockerfile创建一个具有

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Mac OS安装 pytorch方法

PyTorch提供了两个高级功能: 具有强大GPU加速张量计算(如Numpy); 包含自动求导系统深度神经网络。...2.3创建虚拟环境并切换到该虚拟环境 启动终端,输入创建虚拟环境命令(本教程以创建python3.6版本为例): conda create --name torchtest python=3.6 如需安装其他版本或者建立其它虚拟环境范例命令如下...: conda create --name (此处替换为您创建项目名) (此处对应您所需python版本) 创建虚拟环境如果非常慢,很可能是由于网络原因,网速慢导致,所以在此之前一定要修改镜像。...3.在创建虚拟环境中安装pytorch 3.1命令安装pytorch 首先我们需要去pytorch官方网站选择我们所需安装版本,官网网址:https://pytorch.org/get-started...有些conda无法安装包【可以是由于镜像中没有类似版本包】,可以再尝试pip install 方式。

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Linux安装pytorch方法

PyTorch提供了两个高级功能: 具有强大GPU加速张量计算(如Numpy); 包含自动求导系统深度神经网络。...2.3创建虚拟环境并切换到该虚拟环境 启动终端,输入创建虚拟环境命令(本教程以创建python3.6版本为例): conda create --name torchtest python=3.6 如需安装其他版本或者建立其它虚拟环境范例命令如下...: conda create --name (此处替换为您创建项目名) (此处对应您所需python版本) 创建虚拟环境如果非常慢,很可能是由于网络原因,网速慢导致,所以在此之前一定要修改镜像。...3.在创建虚拟环境中安装pytorch 3.1命令安装pytorch 首先我们需要去pytorch官方网站选择我们所需安装版本,官网网址:https://pytorch.org/get-started...有些conda无法安装包【可以是由于镜像中没有类似版本包】,可以再尝试pip install 方式。

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PyTorch 最新安装教程(2021-07-27)

配置清华TUNA镜像源 5. 安装 PyTorch 6. 测试 7. Pycharm使用Anaconda创建pytorch虚拟环境 后序 前言 万事开头难! 这句话又一次被我验证。...创建PyTorch环境 不同项目需要不同虚拟环境,可以处理不同版本项目之间不兼容问题。 进入 Anaconda prompt 命令窗口 2....然后按 y,继续安装所需各种依赖包。 创建成功后,输入以下命令: conda info --envs 可以看见自己所有环境 如果出现错误,可能是外网下载过慢,需要配置国内镜像源。 4....配置清华TUNA镜像源 TUNA 提供了 Anaconda 仓库与第三方源(conda-forge、msys2、pytorch等,查看完整列表)镜像,各系统都可以通过修改用户目录下 .condarc...命令窗口,进入你刚刚所创建环境(我命名是PyTorch) conda activate PyTorch 进入环境 5.

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在Anaconda下安装Pytorch超详细步骤「建议收藏」

一、安装Anaconda Anaconda指的是一个开源Python发行版本,其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。...二、安装Pytorch 2.1 打开Anaconda Prompt 在命令行格式下,输入代码,完成调用清华镜像、建立pytorch环境、安装pytorch、测试pytorch过程 2.2 使用清华镜像源网站.../ 这个配置好以后,以后再安装其他软件如果要用到清华镜像源网站就不用了重新配置了。...如果切换镜像后当出现下载不了情况,就先切换默认源,然后再修改另一个可以使用conda源(一定要先恢复默认,再换另一个!!!)...切回默认源: conda config --remove-key channels 2.3创建Pytorch环境 (1)创建环境pytorch,使用Python版本是3.7 conda create

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人体姿势估计神经网络概述– HRNet + HigherHRNet,体系结构和常见问题解答

在纸本图中,过渡层看起来像是子网独立融合,而在代码中,当创建较低分辨率(较高通道)子网时,过渡层是基于导致前一个具有另一个卷积层最低分辨率子网。...在检查HigherHRNet开源代码之后,尚无可用推理代码来基于受过训练网络创建演示姿态估计视频。...多人示例,具有挑战性场景典范–均质和异质背景,不断变化背景,不同摄影机角度(包括放大和缩小)以及令人敬畏姿势中矮人。...运行时信息 具有Resnet50FasterRCNN用于人员检测 HRNet具有48个通道和384 x 288分辨率输入图像。...MPII中心和比例注释不完全清楚– https://github.com/leoxiaobin/deep-high-resolution-net.pytorch/issues/51 推荐阅读 CVPR2020

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二次元会让人脸识别失效吗?

为了解决这个问题,迪士尼从 2016 年起,就开始了一项叫做「Content Genome」 AI 项目,旨在创建迪士尼数字内容档案,帮助动画制作者快速、准确地识别动画中面部(无论是人物或是什么物体...手动标注出动画形象面部 团队分析后确认,像 HOG + SVM 这样方法对于颜色,亮度或纹理变化具有鲁棒性,但所使用模型只能匹配具有人类比例动画角色(即两只眼睛,一只鼻子和一张嘴)。...团队介绍道,读取和解码视频也很耗时,因此团队使用自定义 PyTorch IterableDataset,与 PyTorch DataLoader 结合使用,允许使用并行 CPU 读取视频不同部分...视频被提取 I-frames,被分割成不同块(chunks),每个 CPU worker 读取不同块 这样读取视频方式已经非常快了,不过团队还尝试只通过一次读取就完成所有计算。...PyTorch 使得团队能以最小成本将计算转移到 GPU,并轻松回收多个算法之间共享中间结果。

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window10系统下Pytorch安装教程

PyTorch提供了两个高级功能: 具有强大GPU加速张量计算(如Numpy); 包含自动求导系统深度神经网络。...2.6创建虚拟环境并切换到该虚拟环境 启动anaconda prompt,输入创建虚拟环境命令(本教程以创建python3.6版本为例): conda create --name torchtest...python=3.6 如需安装其他版本或者建立其它虚拟环境范例命令如下: conda create --name (此处替换为您创建项目名) (此处对应您所需python版本) 创建虚拟环境如果非常慢...3.在创建虚拟环境中安装pytorch 3.1命令安装pytorch 首先我们需要去pytorch官方网站选择我们所需安装版本,官网网址:https://pytorch.org/get-started...有些conda无法安装包【可以是由于镜像中没有类似版本包】,可以再尝试pip install 方式。

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用腾讯云批量计算(batch-compute)调度GPU分布式机器学习

这里假设有多个节点,每个节点上有多个gpu,每个进程使用一块gpu。pytorch提供了分布式训练包torch.distributed,并且支持跨节点训练。...gpu上,使得每个进程能读到不同batch,且不同进程间不会读到重复batch。...这样,机器学习任务就可以在不同节点多个gpu上并行地执行,不同进程只需指定不同rank即可。 最后将任务通过batch-compute实现自动化任务提交和执行。...流式计算处理对实时性要求高请求,具有低延迟、持续性等特征,一般用于实时推荐、监控等服务;批量计算处理对实时性要求低但需要大量计算资源请求,往往是耗时较长一次性作业。...2个节点,使用带gpu机型GN10X.2XLARGE40;通过ImageId指定cvm镜像,在这个镜像中部署了anaconda,pytorch,nvidia driver,cuda等。

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下载安装PyTorch

: 找到path然后点击Edit或者直接双击: 之后可以简单通过cmd输入conda命令检查下安装配置是否成功: 创建pytorch环境 不同项目需要不同虚拟环境,可以处理不同版本项目之间不兼容问题...创建成功后,输入以下命令: conda info –envs 配置清华TUNA镜像源: TUNA 提供了 Anaconda 仓库与第三方源(conda-forge、msys2、pytorch等,查看完整列表...)镜像,各系统都可以通过修改用户目录下 .condarc 文件。...进入pytorch官网:https://pytorch.org/ 官网会自动根据你电脑,显示即是你可安装CUDA版本,并给出安装命令。...检查是否安装成功随便创建一个文件尝试导包,不报错为安装完成 检查是否可用 总结:通过Anaconda创建自己环境,并且安装torch、torchvision等包,在Anaconda prompt命令窗口下是可以正常导入

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前端如何开始深度学习,那不妨试试JAX

PyTorch具有如下一些特性: 与 TensorFlow 不同PyTorch 使用动态类型图,这意味着执行图是随时随地创建,它允许开发者随时修改和检查图内容。...与 PyTorch 相比,JAX 最重要方面是梯度计算。在 Torch 中,图形是在前向传播期间创建,而梯度是在后向传播期间计算。另一方面,JAX计算被表示为一个函数,使用方面更友好。...JAX是 CPU、GPU 和 TPU 上 NumPy,对于高性能机器学习研究具有出色自动区分能力。除了深度学习框架外,JAX 还创建了一个超级精巧线性代数库,具有自动微分和 XLA 支持。...三、XLA架构 XLA 是 JAX(和其他库,例如 TensorFlow,TPUPytorch)使用线性代数编译器,它通过创建自定义优化内核来保证最快在程序中运行线性代数运算。...这可以显着增加我们“计算强度”,即所做工作量与负载和存储数量比例。融合还可以让我们完全省略仅在内存中shuffle 操作(例如reshape)。

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PyTorch安装最全流程

1.6 单击启动Anaconda Prompt 创建虚拟“房间” 通过conda创建一个名为:pytorch虚拟“房间”,可以方便未来对不同版本PyTorch进行管理,具体方法如下: conda...create -n pytorch python=3.6 1.7 查看创建“房间” 方法: conda info --envs 2.安装PyTorch 2.1 激活pytorch房间 conda...如图所示: 回车安装所需要第三方包,其中pytorch 1.6.0、torchvision 0.7.0等由于缺乏镜像资源,因此需要我们手动下载。后面会具体详述。...2.3部分无法获得镜像资源时手动安装方法 如,上文中pytorch无法获得科大镜像资源,因此需要手动去下载相关压缩文件,并用conda install 安装。...其他无法获得镜像安装可以参照上述离线方法安装。

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