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生信人的自我修养:Linux 命令速查手册(全文引用)

默认以TAB作为分隔符 grep '^>' test.fa | cut -c 2- # 得到fasta文件中的序列名称(去掉了>符号) less, head, tail - 显示文件内容 less file...# 统计文件行数 touch - 创建文件 touch file # 创建一个空文件 touch {file1,file2,file3} # 同时创建3个文件 cp, mv, rm- 文件/...:空格,制表符 sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有...RS,行分隔符,默认是换行符 FS,列分隔符,默认是空格和制表符 ORS,输出行分隔符,默认为换行符 OFS,输出列分隔符,默认为空格 FILENAME,当前文件名 内置函数 字符串函数 sub()、...-F ';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列,打印第1列,第2列和最后一列,并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10

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生信人的自我修养:Linux 命令速查手册

默认以TAB作为分隔符 grep '^>' test.fa | cut -c 2- # 得到fasta文件中的序列名称(去掉了>符号) less, head, tail - 显示文件内容 less file...file # 统计文件行数 touch - 创建文件 touch file # 创建一个空文件 touch {file1,file2,file3} # 同时创建3个文件 cp, mv, rm...:空格,制表符 sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB,只替换一行中第一次出现的AA,替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有...RS,行分隔符,默认是换行符 FS,列分隔符,默认是空格和制表符 ORS,输出行分隔符,默认为换行符 OFS,输出列分隔符,默认为空格 FILENAME,当前文件名 内置函数 字符串函数 sub()、...-F ';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列,打印第1列,第2列和最后一列,并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10

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    21.linux 文件管理命令:comm比较排序文件fmt编排文本文件tr转换字符

    linux 文件管理命令:wc输出文件中的行数、单词数、字节数\comm比较排序文件\join将两个文件中指定栏位内容相同的行连接起来\fmt编排文本文件\tr转换字符wc:输出文件中的行数、单词数、字节数作用...案例练习 显示文件 hello.c 中的单词数。# wc -w hello.cSSSS 20 hello.ccomm:比较排序文件作用:逐行比较两个已排序的文件。...-p,--prefix=字符串 只对以指定字符串开头的行重新格式化,将前缀重新附着到被重新格式化的行上。...从标准输入中替换、缩减和/或删除字符,并将结果写到标准输出。...-p,--prefix=字符串 只对以指定字符串开头的行重新格式化,将前缀重新附着到被重新格式化的行上。

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    Markdown 语法笔记

    图片 无序列表最佳实践 Markdown 应用程序在如何处理同一列表中混用不同分隔符上并不一致。为了兼容起见,请不要在同一个列表中混用不同的分隔符,最好选定一种分隔符并一直用下去。...表格 表格语法 要添加表,请使用三个或多个连字符(---)创建每列的标题,并使用管道符(|)分隔每列。您可以选择在表的任一端添加管道符。...标识符可以是数字或单词,但不能包含空格或制表符。标识符仅将脚注参考与脚注本身相关联-在输出中,脚注按顺序编号。...删除线 删除线语法 您可以通过在单词中心放置一条水平线来删除单词。结果看起来像这样。此功能使您可以指示某些单词是一个错误,要从文档中删除。若要删除单词,请在单词前后使用两个波浪号~~。...press release [ ] Update the website [ ] Contact the media Emoji 有两种方法可以将表情符号添加到Markdown文件中:将表情符号复制并粘贴到

    4.1K10

    linux命令-grep

    grep全称是Global Regular Expression Print,表示全局正则表达式版本,它的使用权限是所有用户。 grep的工作方式是这样的,它在一个或多个文件中搜索字符串模板。...如果模板包括空格,则必须被引用,模板后的所有字符串被看作文件名。搜索的结果被送到标准输出,不影响原文件内容。...-A --after-context= #除了显示符合范本样式的那一列之外,并显示该行之后的内容。...-0 读取输入并用0值字节终结符分隔文件名,然后删除匹配文件,-Z通常和-l结合使用。...打印出匹配文本之前或者之后的行: #显示匹配某个结果之后的3行,使用 -A 选项: seq 10 | grep "5" -A 3 5 6 7 8 #显示匹配某个结果之前的3行,使用 -B 选项: seq

    9.5K20

    Linux学习笔记-Day13

    #N代表在测序中无法确定具体是什么碱基fastq保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式,通常由四行组成第一行:以@开头,之后为序列的标识符以及描述信息第二行:序列信息,ATCG第三行...#前后是符号也有可能被识别为单独的单词。#前后为字母/数字会导致符号不被识别。-c:统计匹配成功的行的数量。#仅显示行数而非匹配个数-v:反向选择,即输出没有匹配的行。...#可将需要查找的关键词保存在文件中,然后利用该文件查找-i:忽略大小写-E:开启扩展正则表达式模式正则表达式对字符串进行操作的一种逻辑公式,用事先定义好一些特定字符及这些特定字符^:行首$:行尾....删除某一行或某几行,也可删除匹配上的行#可用于去掉标题行c∶change,改变指定行的内容s∶更改或替换字符串 's/pattern/new/flags' ,将pattern 替换成new,可以指定flags...-FRS:定义输入记录分隔符,Record SeparatorOFS:定义输出字段分隔符,Out Field SeparatorORS:定义输出记录分隔符,Out Field SeparatorNF:数据文件中的字段总数

    11010

    Unix & Linux 大学教程 学习总结

    、文件位置、处理时间、内存等)的程序提供接口 管理计算机的内存 维护并管理文件系统 调度工作 提供账户和安全服务 1,内核提供服务: 内存管理(虚拟内存管理,包括分页) 进程管理(进程创建、终止、调度...因此可以将程序的结构描述为,在一个进程之内,不止一个线程在同时进行。...split 分割文件 tac 反转文本行顺序 rev 反转字符 colrm 删除指定的数据列,然后将剩余的数据写入标准输出 29,比较和抽取 cmp 逐字节地比较两个文件 comm 一行一行比较两个有序文本...diff    比较无序文本文件 cut -f 1,3-5 -d ':' /etc/passwd | sort (f列,d分隔符) cut -c1-8(c按字符) paste 可以将几个文件(其中每个文件都包含一列数据...)组成一个大表 paste 水平组合数据,cat垂直组合数据 30,统计和格式化 nl 创建行号 wc 统计行、单词和字符 :set list 可视化制表符和空格 expand将制表符转换成空格(unexpand

    2.3K10

    python 字符串方法大全

    每个制表符字符都会出现制表符位置(默认值为8,在第0,8,16列等位置给出制表符位置)。要展开字符串,请将当前列设置为零,并逐个字符地检查字符串。...str.partition(sep )  在第一次出现sep时拆分字符串,并返回包含分隔符之前的部分的3元组,分隔符本身以及分隔符之后的部分。...str.rpartition(sep )  在最后一次出现sep时拆分字符串,并返回包含分隔符之前的部分的3元组,分隔符本身以及分隔符之后的部分。...段落分隔符 在版本3.2中更改:\v并\f添加到行边界列表中。 ...一个前置符号前缀('+'/ '-')是通过将填充处理后的符号字符,而不是之前。如果width小于或等于,则返回原始字符串len(s)。

    1.5K00

    跟萌老师学linux的第一天

    Ctrl+E: 回到行尾Ctrl+A: 回到行首Ctrl+W: 剪切一个单词Ctrl+Y: 粘贴命令行剪切的内容Ctrl+Z: 暂停任务Ctrl+K:剪切光标位置到行尾的字符文件夹与文件管理命令pwd...tar归档文件(创建压缩文件)-x 从已有tar归档文件中提取文件(解压缩)-f 输出结果到文件或设备-v 在处理文件时显示文件(显示处理进度)-j 将输出重定向给bzip2命令-z 将输出重定向给...,如制表符-n 打印出所有行号,-b 参数仅打印非空白行行号zcat:可以查看压缩的文本文件tac:逆向查看cat>file#写入文件12Ctrl+C#停止head / tail -n :查看文件的前/...q键退出more:逐页查看,按空格翻页,按回车换行wc:统计文本-l 统计行数-w 统计字符串数-c 统计字节数cut:文本切割-d 指定分隔符,默认\t;(不只可以指定标点符号为分隔符,也可指定字母或者数字等字符为分隔符...)-f 输出哪几列(字段fields)sort:排序-n:按照数值从小到大进行排序-V:字符串中含有数值时,按照数值从小到大排序-r:逆向排序-k:指定按哪一列排序-t:指定分隔符uniq:去除重复行paste

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    Python学习笔记1—Python字符

    注意:         tabsize参数包括从该制表符到它的上一个制表符的所有字符;         若tabsize的值小于等于该制表符到它的上一个制表符的所有字符,则显示的空格数是(x*tabsize...-该制表符到它的上一个制表符的所有字符数);         若tabsize的值大于该制表符到它的上一个制表符的所有字符,则显示的空格数是(tabsize-该制表符到它的上一个制表符的所有字符数)....4.字符串切分方法       splitlines([keepends])返回一个列表,将字符串按行\n分隔.keepends:可选参数,若为True,会在列表中分割的子串中显示换行符\n;若为False...split([sep[,maxsplit]])返回一个列表,将字符串按某个字符从左向右分隔       rsplit([sep[,maxsplit]])返回一个列表,将字符串按某个字符从右向左分隔分隔...        sep:可选参数,按指定的字符分隔字符串,默认按空格、换行、制表符等符号分隔         maxsplit:可选参数,指定分隔的次数,默认是分隔全部的字符串。

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    资源 | 简单快捷的数据处理,数据科学需要注意的命令行

    所以,如果我们转换了文件中的分隔符,那么运行 wc -l 就可以查看总行数是不是相同,不同就是出了问题。...split -a 生成长度为 N 的后缀 split -x 使用十六进制后缀分割 SORT & UNIQ(sort:文件排序;uniq:报告或忽略文件中的重复行,与 sort 结合使用) 这两个命令提供了唯一的单词计数...t 选项将逗号作为我们的分隔符,通常会采用空格或者制表符。...JOIN(连接并合并文件) join 命令是一个简单的、拟正切的 SQL。最大的区别在于 join 将返回所有列,并且只能在一个字段上进行匹配。默认情况下,join 将尝试使用第一列作为匹配键。...下面的第一个示例将打印第一列等于 string 记录的行数和列数。

    1.5K50

    Shell实用工具

    提取文件中第一列后面所有列的数据 cut cut1.txt -d " " -f 2- ?...Shell好用的工具:sed 使用sed编辑文件替换文件中的单词 编写在文件中插入或修改行的sed程序 使用sed作为过滤器来过滤管道数据命令 介绍 sed(stream editor, 流编辑器)...1{h;d}对模式空间中的第一行数据同时进行复制到暂存空间(覆盖方式)和删除模式空间中的第一行数据 ?...示例: 操作指定数字运算 将passwd文件中的用户id增加数值1并输出 echo "2.1" | awk -v i=1 '{print $0+i}' ?...截取某个文件中的列, 重点是按照列分割, 这个命令不适合截取文件中有多个空白字符的字段 sed: 增删改查数据. sed用于在文件中以行来截取数据进行增删改查 awk:截取分析数据.

    7.9K10

    linux实战(一)

    地址的形式可以是数字、正则表达式、或二者的结合。如果没有指定地址,sed将处理输入文件的所有行。  地址是一个数字,则表示行号;是“$"符号,则表示最后一行。...实例 删除d命令 $ sed '2d' example 删除example文件的第二行。 $ sed '2,$d' example 删除example文件的第二行到末尾所有行。...input-file(s) 是待处理的文件。 在awk中,文件的每一行中,由域分隔符分开的每一项称为一个域。通常,在不指名-F域分隔符的情况下,默认的域分隔符是空格。...这里大概给出awk中的一些学习目录如下: print和printf awk中同时提供了print和printf两种打印输出的函数。 其中print函数的参数可以是变量、数值或者字符串。...\> 匹配一个单词的末尾的空字符串,锚定末尾。 \w 匹配一个字母数字组成的单词。 \W 匹配一个非字母数字组成的单词。 \‘ 匹配字符串开头的一个空字符串。

    2.2K10

    2021年大数据Hive(三):手把手教你如何吃透Hive数据库和表操作(学会秒变数仓大佬)

    5、查询表的类型 desc formatted  stu2; ​​​​​​​​​​​​​​6、删除表 drop table stu2; 查看数据库和HDFS,发现删除内部表之后,所有的内容全部删除 4...、外部表操作 在创建表的时候可以指定external关键字创建外部表,外部表对应的文件存储在location指定的hdfs目录下,向该目录添加新文件的同时,该表也会读取到该文件(当然文件格式必须跟表定义的一致...,并且重新创建表之后,表中就直接存在数据了,因为我们的student表使用的是外部表,drop table之后,表当中的数据依然保留在hdfs上面了 5、复杂类型操作 1、Array类型 Array是数组类型...,Array中存放相同类型的数据 源数据:   说明:name与locations之间制表符分隔,locations中元素之间逗号分隔 zhangsan   beijing,shanghai,tianjin...,要和内部表或者外部表结合:   内部分区表   外部分区表 ​​​​​​​​​​​​​​1、基本操作 在大数据中,最常用的一种思想就是分治,分区表实际就是对应hdfs文件系统上的的独立的文件夹,该文件夹下是该分区所有数据文件

    1.9K20

    文本操作系列命令

    文件名1 文件名2 文件名3 可统计多个文件 -l 统计行号 -w 统计字符串数 -c 统计总字节数 文本切割 cut 按指定分隔符提取 列 cut 参数 文件 -f 3 取出第...-k 选定某一列进行排序 -n 按数值大小进行排序,默认从小到大 -r 倒序排列 -V 字符串中含有数值时,按数值排序 -t 指定分隔符...-c 参数可以统计重复行的数量 文本合并 paste paste - - - - 表示按指定的分隔符,将输入内容分成4列。...默认分隔符为'\t' 指定分隔符的参数为 -d '\n' 回车键/换行 cat -A显示为$ -s 参数可以将列变行 字符串替换 tr '旧字符串' '新字符串' tr '\t'...(空格或制表符)将文本分割成不同的字段,并分配给一个变量$1,$2,$3....

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    Linux查找和筛选工具

    不匹配符号内出现的字符组合或字符数字范围 2. 命令中的正则表达式 单字符匹配符 ....\ 屏蔽一些特殊字符的特殊含义 范围匹配符 [] 和排除范围匹配符 [^] 与文件名通配符中的范围匹配符和排除范围匹配符用法基本相同 词首词尾匹配符 \ 在文本开头或文本结尾匹配与单词开头或单词结尾相匹配的特定的字符串或模式...转换和删除重复命令 tr # tr [option] [string1] [string2] 参数 c:使用string1中字符的补集替换 d:删除string1中包含的所有字符 s:删除重复字符 例如...c:表示要操作的对象是字符 f:表示要操作的对象是字段 d:指定字段分隔符,默认情况下是制表符tab s:表示不包括没有字段分隔符的行 N:表示第N个字节 N-:表示从N到一行结束的内的所有文本 N-M...,如果没有关联字段,则将无关联字段的行相应的字段用参数指定的字符串替代 i:在连接过程中忽略大小写 j:使用指定的字段作为关键字段连接 o:格式化输出 t:设置字段间的分隔符,默认为空格或制表符tab

    3.6K40

    c#正则表达式定义「建议收藏」

    正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式,可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。   ...3.1 普通字符   由所有那些未显式指定为元字符的打印和非打印字符组成。这包括所有的大写和小写字母字符,所有数字,所有标点符号以及一些符号。   ...3.3 特殊字符   所谓特殊字符,就是一些有特殊含义的字符,如上面说的”*.txt”中的*,简单的说就是表示任何字符串的意思。如果要查找文件名中有*的文件,则需要对*进行转义,即在其前加一个\。...3.6 选择   用圆括号将所有选择项括起来,相邻的选择项之间用|分隔。但用圆括号会有一个副作用,是相关的匹配会被缓存,此时可用?:放在第一个选项前来消除这种副作用。   其中?...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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    Python 字符串操作

    大小写转换函数 大小写转换函数返回原始字符串s的一个副本: 函数 说明 lower() 将所有字符转换为小写 upper() 将所有字符转换为大写 capitalize() 将第一个字符转换为大写,同时将其他所有字符转换为小写...检查所有字符是否为空格 isdigit() 检查所有字符是否为范围0~9中的十进制数字 isalpha() 检查所有字符是否为a~z或A~Z范围内的字母字符 使用这些函数,你可以识别有效的单词、非负整数...解码函数 Python有时会将字符串数据表示为原始的二进制数组,而非字符串,尤其是当数据来自外部源(外部文件、数据库或Web)时。Python使用符号b来标识二进制数组。...函数 说明 lstrip() left strip 在字符串的开始处删除所有空格 rstrip() right strip 在字符串的结束处删除所有空格 strip() 对整个字符串删除所有空格(不删除字符串内部空格...分割函数 字符串通常包含多个标记符,用空格、冒号和逗号这样的分隔符分割。函数split(delim=’’)使用delim作为分隔符,将字符串s分割为子字符串组成的一个列表。

    91010

    Linux 命令 | 每日一学,文本处理之内容分割排序实践

    水平制表符 \v 垂直制表符 字符1-字符2 #从字符1 到字符2 的升序递增过程中经历的所有字符 [0-9] [字符*] #在SET2 中适用,指定字符会被连续复制直到吻合设置...' # hEllO lORlDl # 3.删除字符串中的数字 echo "hello 123 world 456" | tr -d '0-9' # hello world # 4.将文件里面制表符.../zxcad" | tr -d -c '[:punct:] \n' #删除所有非标点字符 # ,./ # 14.删除所有特殊符号 cat 20200524113201-index.html.log...-@| paste 命令 - 文件行合并 描述:此命令用于,将每个指定文件里的各行整合到对应一行里写到标准输出,之间用制表符分隔。如果没有指定文件,或者文件为"-",则从标准输入读取。...-k, --keep-files: 保留在分割过程中出现错误的输出文件。 -s, --quiet: 不显示输出文件的大小信息。 -z, --elide-empty-files: 删除空的输出文件。

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