首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    rMATS进行差异可变剪切分析并可视化

    常见的可变剪接软件包括rMATS,Asprofile以及miso等。本文主要介绍rMATS软件的使用,并对结果利用rmats2sashimiplot可视化。...) 互斥可变外显子 5)Retainedintron (RI) 内含子保留 Figure 1:rMATS可识别的可变剪切类型 1.分析所需软件 1)Linux操作系统 2)rMATS 3)rmats2sashimiplot...笔者在操作过程中,操作系统出现的结果是1114111,因此使用rMATS-turbo-Linux-UCS4下的文件。...其中JC和JCEC的区别在于JC考虑跨越剪切位点的reads,而JCEC不仅考虑前者的reads还考虑到比对到Figure 1中条纹的区域(也就是说没有跨越剪切位点的reads),一般情况使用JC的结果就够了...{SE,A5SS,A3SS,MXE,RI} -e EVENTS_FILE The rMATS output event file (Onlyif using rMATSformat result as

    8.5K42

    xmake v2.3.9 发布, 新增独立 Xrepo CC++ 包管理器

    工程参与链接直到完全编译通过。...如果要看哪些包支持交叉编译,可以直接到包仓库站点查看:支持交叉编译的C/C++包列表 我们也可以使用新版本中提供的 xrepo 命令,直接检索指定平台支持的包(支持模糊查询): $ xrepo search...需要指定到 mingw 平台: xmake f -p mingw -a [x86_64|i386] xmake 强制安装任意版本的包 由于 xmake-repo 仓库中的包,有严格的 版本列表以及对应的...例如下面的例子,我们还额外添加了一些 cxflags/ldflags 以及内置的系统库 links。...更新内容 新特性 添加新的 xrepo 命令去管理安装 C/C++ 包 支持安装交叉编译的依赖包 新增musl.cc上的工具链支持 #1009: 支持忽略校验去安装任意版本的包,add_requires

    1.1K30

    交叉编译概念详解

    ; Flexibility: 一个完整的 Linux 编译环境需要很多支持包,交叉编译使我们不需要花时间将各种支持包移植到目标机器上。...当目标没有该程序包或版本不兼容时,配置还可以检测主机上是否存在该程序包并包括对该程序包的支持; HOSTCC vs TARGETCC:许多构建过程需要编译内容才能在主机系统上运行,例如上述配置测试或生成代码的程序...这样的软件包需要访问主机和目标编译器,并且需要教它们何时使用它们; Toolchain Leaks:配置不正确的交叉编译工具链可能会将主机系统的某些位泄漏到已编译的程序中,从而导致通常易于检测但难以诊断和纠正的故障...需要将与目标系统共享的库添加到交叉编译工具链中,以便程序可以针对它们进行链接; Testing:在本机版本上,开发系统提供了便利的测试环境。.../pengfei240/article/details/53968167 ) 4.4 对比三种构建方式 项目 使用已有交叉编译链 自己制作交叉编译链 安装 一般提供压缩包 需要自己打包 源码版本 一般使用较老的稳定版本

    4.3K10

    xmake v2.5.2 发布, 支持自动拉取交叉工具链和依赖包集成

    这是用来干什么的呢,做过交叉编译以及有 C/C++ 项目移植经验的同学应该知道,折腾各种交叉编译工具链,移植编译项目是非常麻烦的一件事,需要自己下载对应工具链,并且配置工具链和编译环境很容易出错导致编译失败...项目源码 官方文档 入门课程 新特性介绍 自动拉取远程交叉编译工具链 从 2.5.2 版本开始,我们可以拉取指定的工具链来集成编译项目,我们也支持将依赖包切换到对应的远程工具链参与编译后集成进来。...由于 xmake 的包支持语义版本,因此如果项目依赖特定版本的 gcc/clang 编译器,就不要用户去折腾安装了,xmake 会自动检测当前系统的 gcc/clang 版本是否满足需求。...工具链包到 xmake-repo,使得用户可以自由切换 gcc-10, gcc-11 等特定版本的 gcc 编译器,而无需用户去手动安装。...但如果用户通过 apt install libusb-1.0 安装了 libusb 库到系统,那么按理 xmake 应该会自动优先查找用户安装到系统环境的 libusb 包,直接使用,避免额外的下载编译安装

    1.8K10

    使用Zig在arm64上引导Uber的基础设施

    例如,一块智能手表可以运行已编译的代码,但不能运行编译器,因此我们可以使用交叉编译器为手表编译程序。 sysroot 是目标平台文件系统的归档。例如,特定于目标平台的头文件、共享库、静态库。...一个典型的 LLVM 工具链需要 500 到 700MB(压缩包),一个典型的 sysroot 需要 100 到 150MB(压缩包)。...Zig 捆绑了多个版本的 glibc、musl libc、linux 内核和其他一些头文件,并自动包含它们。 编译好的特定于目标平台的库:动态链接器、glibc(多版本)、程序加载器。...我们尝试做一些其他工具链无法做到的事情:在 Linux 机器上交叉编译和链接 macOS 可执行文件: 尽管在 2021 年底,Zig 还只是一项未经验证的新技术,但一个主机平台一个 tar 包和交叉编译...目前不可能在我们的 Go 代码库中声明一个不能编译到 arm64 的新的 Debian 包。 在能够将程序编译为 arm64 之后,我们开始采用所有可以存储、下载和执行原生二进制文件的系统。

    37230

    Ubuntu 16.04上用CMake图形界面交叉编译树莓派的OpenCV3.0

    准备工作 首先,我的操作系统是Ubuntu 16.04,其实OpenCV的交叉编译对系统并没有任何特殊要求,只是我个人觉着Linux操作环境比较方便而已,本文提供的方法理论上window系统只需稍加修改应该也是适用的...不过值得注意的是,如果想按照OpenCV官方教程的话,我建议使用14.04LTS的Ubuntu旧版本系统。...因为16.04采用的编译工具已经升级到5.0了,它编译出来的文件需要依赖新版本的libstdc++库,要求树莓派更新安装gcc-5.0或g++-5.0才可以使用,但在树莓派上安装那玩意并不划算,所以我建议在老版本的...1)先点击Browse Source…选择到opencv的根目录,如~/opencv 2)再点击Browse Build…选择到opencv下我们创建的编译链接目录,如~/opencv/build...,如果打印输出是该opencv的版本号就表明咱们交叉编译成功!

    1.1K00

    Golang - 从源码到二进制:探索在国产CPU架构上交叉编译Minio的方法

    前置知识 交叉编译 交叉编译是指在一台主机上为另一种不同架构或操作系统的目标平台生成可执行程序或库。...交叉编译的原理包括以下几个关键步骤: 选择交叉编译工具链: 首先需要选择目标平台的交叉编译工具链,包括交叉编译器、链接器和标准库等。...这些工具链需要能够将源代码编译成目标平台可执行的二进制文件。 配置环境: 在进行交叉编译之前,需要配置开发环境,以确保编译器和链接器能够正确识别目标平台的架构和操作系统。...链接生成可执行文件: 编译完成后,使用交叉链接器将编译生成的目标文件链接成可执行文件。链接器需要确保将目标平台特定的库链接到可执行文件中,以确保程序在目标平台上能够正确运行。...ABI版本指的是这个规范的不同版本,通常随着系统的发展和升级而更新。

    67700

    xmake v2.3.7 发布, 新增 tinyc 和 emscripten 工具链支持

    项目源码 官方文档 新特性介绍 更加多样的安装方式 新版本中,我们将 xmake 安装包提交到了 windows winget 以及 ubuntu ppa 仓库,我们可以更加方便快捷地安装 xmake...autotools 不多说,反正我是对它的交叉体验是深恶痛绝的,每次交叉编译移植一个带有 autotools 项目的代码,都要折腾半天,经常要包各种错误,研究各种配置参数的传递,不同平台的配置还不同。...改进远程依赖包的集成 交叉编译支持 xmake 不仅对 trybuild 支持了 mingw/autotools 的交叉编译支持,还对远程包仓库中使用 cmake/autotools 维护的第三方也支持上了交叉编译安装和集成...pcre2 包,然后编译链接它,哪怕这个 pcre2 包是通过 autotools/cmake 维护的。...改进对 Qt SDK 环境的支持 另外,这个版本我们还对 Qt SDK 的工具链环境进行了更好的支持,比如 ubuntu 系统下通过 apt 命令安装的 Qt SDK 工具链也进行了支持,而之前的版本只能支持从

    1.3K10

    Qt-4.8.7交叉编译平台的搭建、移植详解( aarch32、aarch64 、mips64)「建议收藏」

    准备下载相关的交叉编译器gcc (1)、aarch32架构的交叉编译器 因为系统是ubuntu 14-04的版本,可以直接使用安装的方式去安装aarch32架构的交叉编译器...也可以按照aarch64架构的方式去下载aarch32的交叉编译器,建议g++版本低一点,4.8.4左右。...版本值显示如下图: (2)、aarch64架构的交叉编译器 首先找到arm64架构的交叉编译器的官网地址(https://releases.linaro.org...然后选择aarch64-linux-gnu选项,进入后截图如下:然后根据自己要交叉编译的环境来选择对应的gcc包,我选择的是gcc-linaro-5.4.1-2017.01-x86_64_aarch64...(3)、mips64架构的交叉编译器 在http://www.loongnix.org/index.php/Cross-compile中下载交叉编译器,选择对应的版本,

    9.4K21

    构建一个适合stm32mp157系列开发板的嵌入式Linux系统

    6.3 配置交叉编译工具链 注意:使用我们提供的Ubuntu映象文件时,请按照我们的目录结构,手动设置交叉编译工具链以及编译的架构环境变量配置,(建议配置为永久生效),这里我们提供了两种交叉编译工具链,...编译uboot前必须先配置好工具链等开发环境,这里我们使用的交叉编译工具链为Buildroot GCC 8.4版本。 设置交叉编译,并执行编译命令。...编译Linuxkernel前必须先配置好工具链等开发环境,这里我们使用的交叉编译工具链为Buildroot GCC 8.4版本。 设置交叉编译,并执行编译命令。...由于模块编译安装完成后会自动生成两个链接到内核源码目录的链接文件,需要手动删除这两个链接文件才可以继续执行拷贝内核模块到开发板步骤,否则会提示空间不足等问题,如下所示,执行rm build source...你可以用我们提供的 buildroot 做些什么? 快速实现自己的想法,增加自己的应用,学习了解 busybox 以及各种包是如何编译生成,用于调试内核或者应用程序等等。

    5K50

    qt交叉编译环境搭建_arm linux gcc

    aarch64-linux-gnu-gcc 是一个交叉编译工具链,可以在其他架构的系统中,编译安装 64 位 arm 架构的程序。常用在嵌入式代码的移植中。...如果你在安装的过程中,出现了问题,也可以直接从官方网站下载编译好的二进制文件,直接运行,不过,得注意下载的版本要与硬件架构、系统版本相符。...官方二进制下载 Ubuntu packages 提供了软件包: gcc-arm-linux-gnueabihf (4:7.4.0-1ubuntu2.3 以及其他的) 。...建议直接从 linaro 的官网下载相应版本的 gcc-linaro 交叉编译工具,并直接选择带有二进制的文件,即在官网入口处选择 binaries 路径,该文件夹下面包含各种版本的已经编译好的 aarch64...目录下,就有我们需要的交叉编译器,直接使用即可。

    6.6K10

    使用Buildroot为I.MX6制作根文件系统

    因为本文重点是Buildroot 制作根文件系统,所以其他相关内容不在这里介绍。它提供的Mfgtool包里已经包含了板子配套的Uboot、Kernel、设备树文件、根文件系统。...至于我为什么要用这个版本的工具链,原因是有一家模组厂,他们的一个通信模块提供的SDK对交叉编译链的gcc版本有指定要求,所以只能配合它选择了这个版本。...当然咱们下载的交叉编译链名字里的那个7.3.1就是这个gcc版本,不过这样查看下心里更有底。...Target packages 文件系统运用程序以及库安装包。包含 1800 多种 buildroot package,供我们选择性的安装。...另外通过这次Buildroot我深刻的体会到利用第三方工具来构建系统的便捷之处,之前我还不理解为什么有这种东西的存在,对比我之前手动用busybox去构建根文件系统,以及自己编译移植dropbear到文件系统里

    1.7K30

    NGS可变剪切之STAR+rmats软件使用

    user_guide.htm # 以防万一,先创建小环境: create -n rmats python=2 ca rmats # 安装rMATS: conda install -y rmats # 4.02版本...# 进入python 看系统版本 python >>> import sys >>> print(sys.maxunicode) # 返回 1114111 #如果出现1114111则说明需要使用rMATS-turbo-Linux-UCS4...reads,而后者不仅考虑前者的reads还考虑到只比对到第一张图中条纹的区域(也就是说没有跨越剪切位点的reads),但是我们一般使用 JC.raw.input.AS_Event.txt的结果就够了(...--b1 #样本1的全部bam --b2 #样本2的全部bam -t #查看的剪切类型: SE \ A5SS \ A3SS \ MXE \ RI -e # 对应剪切类型的txt文件 --l1 #样本...-e和-c参数不能同时使用; 其实直接给定坐标信息画图很直接,很好;但是rMATS的结果文件中的染色体都是默认加上chr的,而bam文件中的染色体信息来源于基因组注释文件,有的没chr,而是直接以数字表示

    5.4K10

    rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验

    splice site (A5SS)第一个外显子可变剪切,alternative 3' splice site (A3SS)最后一个外显子可变剪切,mutually exclusive exons (MXE...第一种是fastq格式,那么在安装的时候还需要安装STAR比对软件以及提供比对的索引文件(STAR的索引文件异常的大),所以rMATS其实是建议使用第二种方式; 第二种是bam格式,rMATS支持其他比对软件比对后的结果...执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种...reads,而后者不仅考虑前者的reads还考虑到只比对到第一张图中条纹的区域(也就是说没有跨越剪切位点的reads),但是我们一般使用JC的结果就够了(如果只是单纯的比较两组样品间可变剪切的差异的话)...object file: No such file or directory 这是因为ubuntu 16.04不支持libgsl0ldbl,而是替换为libgsl2,所以先安装libgsl2,然后在将其软链接

    12.8K83

    连1.0版本都没有,Uber为什么会采用这样一项新技术?

    Zig 支持基于 C 的代码的交叉编译,能减少对系统 C 编译器的依赖。 Uber 技术栈发展历程 2018 年之前,Uber 的 Go 服务都有单独的存储库。...而不是交叉编译来解决。 CGo 的可执行文件将链接到系统上发现的 glibc 版本。也就是说,在升级操作系统时(数月的努力),构建机群必须最后升级。...我们无法使用新的编译器,即使它提供了更好的优化功能,因为我们在构建机群上运行的是旧版本的操作系统(只向后迁移编译器,而不迁移 glibc,本身就有风险)。...一个存在缺陷,但可以工作的封闭式 macOS(交叉)编译器。使用这两种方法中的任何一种处理 glibc 都没问题,然而,grailbio似乎不大可能编译到 macOS 上,更不用说交叉编译了。...在我们的例子中,有两个:无需 sysroot 的 glibc 版本选择和交叉编译到 macOS。

    1.5K20

    Xmake v2.8.2 发布,官方包仓库数量突破 1k

    我们能够使用它像 Make/Ninja 那样可以直接编译项目,也可以像 CMake/Meson 那样生成工程文件,另外它还有内置的包管理系统来帮助用户解决 C/C++ 依赖库的集成使用问题。...我们可以配置 soname 的版本后缀名称,xmake 会在编译、安装动态库的时候,自动生成符号链接,执行指定版本的动态库。...相关 patch, #4071 改进 Rust 交叉编译支持 新版本中,我们还对 Rust 项目构建做了改进,新增了交叉编译支持,包括对依赖包的交叉编译。...,就能对依赖包,以及自身项目进行交叉编译。...::xxx") 包 #4049: 改进 Rust 支持交叉编译 改进 clang 下 c++ modules 支持 Bugs 修复 修复 macOS/Linux 上子子进程无法快速退出问题

    28510

    荔枝派Zero(全志V3S)编译rootfs

    上文我们编译的linux源码提供的是操作系统的“灵魂”(管理和调度逻辑),但还是需要“肉身”(文件系统)来落地实现。所以,你只是编译烧录kernel,是无法正常启动的,还需要再给它搭配一个文件系统。...│ ├── build: #存放解压后的各种软件包编译完成后的现场. │ ├── host: #存放着制作好的编译工具链,如gcc、arm-linux-gcc等工具. │ ├── images...文件系统,里面放着Linux系统基本的目录结构,以及编译好的应用库和bin可执行文件....荔枝派Zero(全志V3S)编译Uboot及配置 一文中已讲解如何安装交叉编译器,这里不再做解释 执行 arm-linux-gnueabihf-gcc -v 出现以下信息则交叉编译器配置成功。...下篇文章我们就可以将之前编译的 uboot、linux 以及本文编译的 rootfs 烧录到 sd 卡中并插在板子上运行了。

    57932

    python及第三方库交叉编译

    2、为什么要交叉编译:在进行嵌入式系统的开发时,运行程序的目标平台通常具有有限的存储空间和运算能力,比如常见的ARM 平台,其一般的静态存储空间比较小,而CPU运算能力弱。...  3、在build主机上安装build主机上的python版本,我们成为python-build   4、在build主机上交叉编译target主机上的python版本,我们称之为python-target...,这里我尝试了openssl-1.1.1的版本,但是和python3.5.2不太合适,总是有问题,所以这里我使用的是openssl-1.0.2的版本   1、 解压源码包,这些源码包我都是放在/home...、zlib-targer、cytpes-targer的头文件和链接库复制到/home/python-targer     cp -rfp /home/zlib-1.2.11-target/zlib-target...将交叉编译后的numpy的.whl文件移植到目标板子的中,总是报错,突然灵光一闪,就手动改个名字,居然可以了,这坑简直是巨坑,坑了一个月的时间。

    5.2K20
    领券