首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

算法数据结构 | 只要30代码,实现快速匹配字符串KMP算法

但是在有些问题当中明显暴力匹配是无法胜任,比如论文查重。一篇论文动辄上千词,要和库上万篇文章进行查重扫描,这当中工作量可想而知。如果是暴力枚举算法那查重显然会查到天荒地老。...到这里,我们就知道KMP算法是用来字符串匹配。 比方说我们有两个字符串,A串是:I hate learning English. B串是hate learning,很明显B串是A串字符串。...所以Next可以理解成下一次机会意思,这样就好理解了。由于我们是在A串当中寻找B串,所以这个Next数组应该是针对B,记录B每一个位置如果匹配失败,它前面一个可行中间状态是哪一个。 ?...而其中A和B两个位置是有重来机会,因为B前缀当中出现了A和AB。所以如果在匹配ABD时候失败了,我们还可以从AB处再次开始尝试匹配ABC。...== m - 1: return True return False 对于A串每一个位置来说,我们都在B串当中遍历了每一个有可能构成匹配前缀。

94120

生信学习-Day6-学习R

这个函数执行是一个内连接(inner join),它会将两个数据具有相同键值组合在一起。这里 "键值" 是用于连接两个数据列。...这意味着函数将查找 test1 和 test2 列名为 "x" 列,并基于这两列匹配值来合并行。只有当两个数据中都存在列 "x" 且某些行在这一列值相等时,这些才会出现在最终结果。...内连接特点是只包含两个数据中键值匹配。如果 test1 某行在其 "x" 列值在 test2 "x" 列没有对应值,则这行不会出现在结果,反之亦然。...结果将是一个新数据,其中包含了test1那些在test2找到匹配,而不包含在test2找不到匹配。这种操作通常用于数据筛选,以保留与另一个数据集相关数据。...test2数据删除与test1数据列x匹配

16610

R语言数据分析利器data.table包 —— 数据结构处理精讲

包括两个方面,一方面是写快,代码简洁,只要一命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理步骤进行了程序上优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写,大大加快数据运行速度。...将一个R对象转化为data.table,R可以时矢量,列表,data.frame等,keep.rownames决定是否保留或者列表,默认FALSE,如果TRUE,将存在"rn",keep.rownames...="id",保存在"id"。...,mult控制返回,"all"返回全部(默认),"first",返回第一,"last"返回最后一 roll 当i全部匹配只有某一匹配时,填充该行空白,+Inf(或者TRUE)用上一值填充...返回匹配行号,NA返回不匹配行号,默认FALSE返回匹配 .SDcols 取特定列,然后.SD就包括了页写选定特定列,可以对这些子集应用函数处理 allow.cartesian FALSE

5.6K20

阿榜生信笔记10—R语言综合运用2

二、两个数据连接inner_join(x, y) : 返回x和y交集,即两个数据集中有相同值。left_join(x, y) : 返回以x为基础所有,并将y匹配合并到x。...如果y没有匹配,则将其相应列填充为 NA 。right_join(x, y) : 返回以y为基础所有,并将x匹配合并到y。如果x没有匹配,则将其相应列填充为 NA 。...full_join(x, y) : 返回x和y并集,并将两个数据集中匹配合并到一起。如果有匹配,则返回匹配交集。如果没有匹配,则将其相应列填充为 NA 。...semi_join(x, y) : 返回x中有匹配子集。anti_join(x, y) : 返回x没有匹配子集。...解决方法是检查变量是否拼写正确,或者是否已经正确定义。 如果需要加载变量,则需要将数据导入到R,可以使用 read.table() 、 read.csv() 等函数加载数据。"

68900

R语言 数据、矩阵、列表创建、修改、导出

数据数据创建数据来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...tsv改变文件而来,此时用csv打开会报错,该知识点用于防止部分代码错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02Rproject)#1.读取ex1.txt txt用read.table...R语言将列名特殊字符-转化了,该编号可能与其他数据编号无法匹配,ex2 <- read.csv("ex2.csv“",row.names = 1,check.names = F) #row.names...=1指定第一列为,check.names=F指定不转化特殊字符#注意:数据不允许重复#rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) #再次重复:数据不允许重复列名...colnames(df1)[2] <- "CHANGE" #列出所有后取出下标为2元素赋值修改数据连接merge函数可连接两个数据,通过指定公共列使具有相同元素列合并*merge函数可支持更复杂连接

7.6K00

R基础-3

数据结构 3 数据、矩阵和列表 之前学过,Vector向量是 一维 数据、矩阵和列表如下: 1)现在学“表格” 二维:二维有两个:(1)matix 矩阵 —— 二维,只允许一种数据类型。...因为不同数据结构应用场景不一样,比如有些函数输入数据支持数据,有些支持矩阵。...3.2.2 从文件读取 >df2<- read.csv("gene.csv") 3.3 数据属性(数据严格区分 “” 和 “列”) #写上注释 > dim(df1) #维度 > nrow...(df1) # > ncol(df1) # 列 > rownames(df1) # > colnames(df1) #列名 3.4 数据子集:$ 、[ ] 、按照名字、按条件(逻辑值...(df1)<- c("r1","r2","r3","r4") #修改全部 > colnames(df1)[2] <-"CHANGE" #改一个列名,比如修改第二列列名,

88550

使用Rmerge()函数合并数据

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 使用Rmerge()函数合并数据R可以使用merge()函数去合并数据,其强大之处在于在两个不同数据中标识共同列或。...如何使用merge()获取数据集中交叉部分 merge()最简单形式为获取两个不同数据交叉部分。举例,获取cold.states和large.states完全匹配数据。...但他们都几类型参数有关: x: 第一个数据. y: 第二个数据. by, by.x, by.y: 指定两个数据匹配列名称。缺省使用两个数据相同列名称。...如何理解不同类型合并 merge() 函数支持4种类型数据合并: Natural join: 返回两数据匹配数据,参数为:all=FALSE....Left outer join: 返回x数据中所有以及和y数据匹配,参数为: all.x=TRUE.

4.2K10

R语言 常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

) 5、complete.cases( ) 判断对象是否数据完全 6、grep()找出所数据中元素所在列值(数据) 7、assign()通过变量字符串来赋值 8、 split()根据因子变量拆分数据...这一函数在去除数据缺失值时很有用。...(数据) > x <- data.frame(matrix(c(1,2,NA,4),nrow = 2)) > x X1 X2 1 1 NA 2 2 4 > grep(1,x) [1] 1...数组转置 nrow, ncol:计算数组行数和列数 dim:对象维向量 dimnames:对象 row/colnames:或列名 %*%:矩阵乘法 crossprod:矩阵交叉乘积(内积)...计算数据子集概括统计量 scale:矩阵标准化 matplot:对矩阵各列绘图 cor:相关阵或协差阵 Contrast:对照矩阵 row:矩阵下标集 col:求列下标集 19、逻辑运算 <,

2.3K21

tcR包:T细胞受体和免疫球蛋白数据进行高级分析和可视化(一)

“twinsdata”数据集 包含twa.rda和twb.rda这两个列表数据,twa.rda和twb.rda分别包含4 个数据,每个数据10000。....bound特点clonotypes子集,并计算这种子集 reads和占整个数据比例。...(1)举例:获取只有in-frame序列数据,并在该数据前5000中计算out-of-frame序列。...该函数输入参数是数据数据列表,目标(是有一列是序列和其他附加列向量或数据),一列或多列返回值,比较两个序列(精确匹配用“exact”;用Hamming距离匹配序列用“hamm”(即当H≤1时2...人类TCR和IgV和J基因存储在.rda文件genesegments.rda。函数输出是数据,第一列表示一个基因,另一列表示频率。

1.9K30

R︱高效数据操作——data.table包(实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并)

data.table包提供了一个非常简洁通用格式:DT[i,j,by],可以理解为:对于数据集DT,选取子集i,通过by分组计算j。...—————————————————————————————————————————————— 六、额外参数(来源:R语言data.table速查手册) 1、mult参数 mult参数是用来控制i匹配哪一返回结果默认情况下会返回该分组所有元素...返回匹配到键值所在列(V2列)所有第一 > DT["A", mult ="first"] V1 V2 V3 V4 1: 1 A -1.1727 1 2、nomatch参数——未匹配样本处理...nomatch参数用于控制,当在i没有到匹配数据返回结果,默认为NA,也能设定为0。...,相对于对数据操作 这样就可以像普通数据一样使用,谢谢留言区大神!!!!

7.4K43

怎么用R语言把表格CSV文件数据变成一列,并且名为原列名呢,谢谢

今天收到一封邮件,来询问这样问题: [5veivplku0.png] 这样邮件,是直接邮件,没有寒暄直奔主题邮件。...唯一遗憾是不知道是谁写…… 如果我理解没有错误的话,写信人需求应该是这个样子: 他原始数据: [8vd02y0quw.png] 处理后想要得到数据: [1k3z09rele.png] 处理代码...rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4=rnorm(10)) dd library(data.table) melt(dd,id=1) 代码解释: 1,dd为模拟生成数据数据...,第一列为ID,其它几列为性状 2,使用函数为data.table包melt函数 3,melt,dd为对象数据,id为不变列数,这里是ID一列,列数所在位置为1,其它几列都变成一列,然后列名变为...来信者需求: 怎么用R语言把表格CSV文件数据变成一列,并且名为原列名呢,谢谢 1,csv文件,可以用fread函数读取,命名,为dd 2,数据变为一列,如果没有ID这一列,全部都是性状,可以这样运行

6.6K30

R数据科学整洁之道:使用 tibble 实现简单数据

tibble 是一种简单数据,它对传统数据功能进行了一些修改,其所提供简单数据更易于在 tidyverse 中使用。 多数情况下,我们会交替使用 tibble 和数据两个术语。...可以在 tibble 中使用在 R 无效变量名称(即不符合语法名称)作为列名称。例如, 列名称可以不以字母开头,也可以包含特殊字符(如空格)。...打印 tibble 打印方法进行了优化,只显示前 10 结果,并且列也是适合屏幕,这种方式非 常适合大数据集。...有两个工具可以提取数据单个变量: $,只能按名称提取变量,但可以减少一些输入。...最后总结 tibble 相对于数据来说,更简单,但更方便使用,两者主要区别是: tibble 不能创建行。 tibble 不能改变输入类型(例如,不能将字符串转换为因子)、变量名称。

1.6K10

05.记录合并&字段合并&字段匹配1.记录合并2.字段合并3.字段匹配3.1 默认只保留连接上部分3.2 使用左连接3.3 使用右连接3.4 保留左右表所有数据

1.记录合并 将两个结构相同数据合并成一个数据。 函数concat([dataFrame1, dataFrame2, ...]) ?...屏幕快照 2018-07-02 21.47.59.png 2.字段合并 将同一个数据不同列合并成新列。 方法x = x1 + x2 + x3 + ...合并后数据以序列形式返回。...函数merge(x, y, left_on, right_on) 需要匹配数据列,应使用用一种数据类型。...返回值:DataFrame 参数 注释 x 第一个数据 y 第二个数据 left_on 第一个数据用于匹配列 right_on 第二个数据用于匹配列 import pandas items...屏幕快照 2018-07-02 22.02.37.png 3.2 使用左连接 即使与右边数据匹配不上,也要保留左边内容,右边未匹配数据用空值代替 itemPrices = pandas.merge(

3.5K20

R语言-03数据、矩阵和列表

2)由已有数据转换或处理得到 (3)读取表格文件 (4)R语言内置数据(没有赋值就可以直接使用数据,例如iris) 2.新建数据* 读取文件 df2<-read.csv("gene.csv") df2...#读取"gene.csv"文件,赋值df2 3.数据属性 4.数据子集 df1$gene #"$"前是数据名称 后是列名;提取该列向量 #按名字取子集 df1 ,列 图片 5.数据修改...取子集,赋值 #改行和列名 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #修改全部 #只修改某一/列 colnames(df1){2} <- "CHANGE..." #修改一个列名 6.两个数据连接 按照共同列名取交集,后连接 两个数据列中有交集时既可以使用,自动连接 矩阵新建和取子集 矩阵画热图 pheatmap::pheatmap(m) #热图结果默认聚类...“名字”-names() 后置难点 数据按照逻辑值取子集 #将逻辑值赋值给k,按逻辑值在df1子集**实战中会经常遇到 删除变量 数据结构总结 以上来源,生信技能树

8900

数据挖掘第三天(数据结构)

矩阵只允许一种数据类型,数据每一列只允许一种数据类型 一、数据来源 (1)用代码新建 图片 (2)由已有数据转换或处理得到 (3)读取表格文件 (4)R语言内置数据 二、数据子集 用“$”符号...,用“【】”,括号里填写行列数,先行后列 df1[2,2]#表示取第2第2列 [1] "up" 按逻辑值取,数据按逻辑值取子集,TRUE对应/列留下,FALSE对应...[1] TRUE TRUE FALSE FALSE df1[df1$score > 0,] #括号里表示score数值大于0,即TRUE。...#最后一用nrow代替 [1] 5 3 -2 -4, 数据修改:取值+赋值 修改行和列名,其实就是修改向量,要修改全部就给全部赋值,如果要改一个列名就给取子集赋值。...-4 0.05 两个数据连接 merge(test1,test2,by=) 图片 图片

42420
领券