前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。
数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。关于数据结构的使用，我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。
有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。
不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会使用散点图，折线图等图表来展现。
数据框取子集，不写逗号只写数字[n]时，默认是取第n列，并且保留数据框这个数据结构
列线图（Alignment Diagram），又称诺莫图（Nomogram图），它是建立在多因素回归分析的基础上，这里的回归既包括Logistic回归也包括cox回归，通过回归分析将多个预测指标进行整合，然后采用带有刻度的线段，表达预测模型中各个变量之间的相互关系。
在 MATLAB中，根据元素在数组中的位置（索引）访问数组元素的方法主要有三种：按位置索引、线性索引和逻辑索引。
“覆盖率”是我们进行软件测试活动时需考虑的首要问题之一，我们常常会经历一些业务逻辑颇为复杂的场景，比如笔者经历的某款电商系统中的订单功能，做一条订单需要考虑的因素包括买家的角色、商品的线上线下属性、商品是否被签约、买家和履约店铺的关系、是否为买家下的首个订单、买家的收货地址、是否选择了优惠券、优惠券是商品券还是平台券......
1.输出文件六个,前四个文件可以指定保存位置，后两个文件是跟输入的gtf文件保存在一个位置，并且都是以-o提供的前缀开头的
The SUM problem can be formulated as follows: given four lists A, B, C, D of integer values, compute how many quadruplet (a, b, c, d ) ∈ A x B x C x D are such that a + b + c + d = 0 . In the following, we assume that all lists have the same size n .
各位科研芝士的朋友大家好，今天和大家分享一下新的知识点—PSM，或许大家早已听过这个名词了，或许你对它还是半知半解，不过没关系，希望可以通过今天的帖子帮助你对该名词有一定的理解。
量化投资与机器学习微信公众号，是业内垂直于量化投资、对冲基金、Fintech、人工智能、大数据等领域的主流自媒体。公众号拥有来自公募、私募、券商、期货、银行、保险、高校等行业30W+关注者，曾荣获AMMA优秀品牌力、优秀洞察力大奖，连续4年被腾讯云+社区评选为“年度最佳作者”。
不管我们做什么组学分析，分析到最后总是躲不过富集分析。富集分析我们可以使用R包" clusterProfiler "进行（具体教程见使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析）。
读书笔记（四） 这是第四部分数组与矩阵 将代码复制到m文件即可运行 函数部分需新建m文件保存 %% 向量与矩阵 x = [2; 4] % 向量 A = [4 -3; -2 1] % 矩阵 A*x A'*A % 转置 A*A' %% 随机矩阵 R = 2*rand(2,2)-1 %% 连线画图 X = [ -6 -6 -7 0 7 6 6 -3 -3 0 0 -7 2 1 8
选自arXiv 作者：虞立成 等 机器之心编译 参与：程耀彤、路雪 北卡教堂山分校 (UNC) 虞立成等人近日发表的 CVPR 2018 论文提出了模块化注意力模型 MAttNet，将 Referring Expression（指示表达）分解为三个模块：主语、位置和关系，并基于句子和图片的联合注意力解析，解决基于指示表达的目标定位问题。实验表明 MAttNet 在基于自然语句的目标检测和分割两种任务上都大幅优于前文的方法。该论文已被 CVPR 2018 录取，并提供了代码以及 demo。 代码链接：http
ls [选项] [路径或文件名] -l ：查看详细信息 -a ：查看所有文件，包括隐藏文件
光栅图像可以被看作是一组像素按像素渲染二维网格的指令。常见的栅格图像格式包括 GIF (.gif)、JPEG (.jpg)、PNG (.png) 和 WebP (.webp)。每种图像格式压缩和编码这些指令的方式不同，导致文件大小的巨大变化：以 JPEG 编码的照片图像可能只有几百千字节，而同样以 PNG 编码的图像可能有几兆字节，而对最终用户没有任何明显的质量差异。
决策树是一种简单高效并且具有强解释性的模型，广泛应用于数据分析领域。其本质是一颗由多个判断节点组成的树，可以是二叉树或非二叉树。其每个非叶节点表示一个特征属性上的测试，每个分支代表这个特征属性在某个值域上的输出，而每个叶节点存放一个类别。
比如 Horticulture Research 中的论文 Comparative analysis of long noncoding RNAs in angiosperms and characterization of long noncoding RNAs in response to heat stress in Chinese cabbage 方法部分写道
演示代码 ARKit和CoreLocation：第一部分 ARKit和CoreLocation：第二部分 ARKit和CoreLocation：第三部分
深度学习的最新进展已经令人兴奋，在自然图像中填充大量的空洞，具有语义上的合理性和上下文感知的细节，影响基础图像处理任务，例如目标消除。虽然这些基于深度学习的方法在捕获高层特征方面比现有技术更有效，但是由于内存限制和训练难度，它们只能处理非常低的分辨率输入。即使对于稍大的图像，修复区域也会显得模糊和不好的边界容易可见。 于是乎，有提出了一种基于图像内容和纹理约束的联合优化的多尺度神经块合成方法，其不仅保留了语义结构，而且产生高频细节，其主要通过深度分类网络匹配和改编具有最相似的中层语义特征相关性的块。 最后
在TCGA项目中，使用Affymetrix SNP 6.0芯片来分析CNV, 首先使用DNACopy这个R包来计算拷贝数，然后用GISTIC2根据CNV来评估基因的变化情况，识别loss还是gain, 流程示意如下
[6,8] ------匹配6或者8 [0-9] ------匹配一个0-9 的数字 [0-9]* ------匹配任意长度的数字字符串 [a-z] ------匹配一个 a-z 之间的字符 [a-z]* -----匹配任意长度的字母字符串 [a-c,e-f] ---匹配 a-c 或者 e-f之间的任意字符
mysql 索引能够轻易将查询性能提高几个数量级，而一个“最优”索引有时比一个“好的”索引性能要高两个数量级。
我们都知道手机号是由第一位数字是0，第二位是3，4，5，7，8，9；其余数字随便。总共十一位数字，因此我们可以得出
登录Linux系统需要用户名和密码，用户名就对应系统中的一个用户； 为了方便用户的管理，加入了用户组的概念，修改用户组的权限会对组内的所有用户生效。
sijk代表sin(θi-θj+θk),cijk代表cos(θi-θj-+θk)，用两角和差公式直接展开即可.
Haplovew目前主要接受：Linkage Format；PHASE format；PLINK format；Hapmap format；Haps format等格式的输入文件，下面将对这些文件的具体格式做以介绍。
作者：邓侃 【新智元导读】攻克围棋后，什么是AI的下一个征程？打扑克！相比信息完全可见的围棋，能够猜疑、虚张声势的德扑要困难得多。冷扑大师Libratus是首个在无限手一对一德扑中战胜人类职业玩家的AI，相关论文也在NIPS 2017获得了最佳论文奖。不过，这篇论文不是一般的难！本文中，邓侃博士将从纳什均衡策略、反事实最佳策略等4个方面，生动举例，带你读懂人工智能如何打德扑。 真实的生活，（不会像围棋那样）可以毫无遮拦地洞察整个棋局。真实生活中充斥着虚张声势、欺诈、揣度对方心理。这才是我所研究的博弈。 ——
总第87篇 01|写在前面： 在前面我们研究了单列(变量)数据情况，现实中的案例大多都是多列(变量)的，即影响一件事情的因素有多个，我们除了要看单列数据以外还需要看看这不同列之间是否存在某些联系。常见的关系有四种：无关联、强关联、简单关联和多元(非简单)关联。接下来具体看看具体如何借助可视化对多变量数据进行分析。 你可以看：python数据科学-单变量数据分析 02|数据导入： 本次的数据是用的sklearn库自带的iris数据集，那么iris数据集是什么呢？ Iris数据集是机器学习中常用的分类实验数
circos 主要用于展示染色体上的相关数据，根据在染色上的位置进行不同方式的可视化。
Python语言越来越流行，作为一种解释型语言，被广大程式爱好者广泛使用，相信对于Python中的科学计算模组numpy使用的最多，那么今天就为大家简单总结一下numpy的用法，方便大家查阅。 话不多说直接上程序（直接Ctrl C&V过去就可以执行） 1.numpy基础操作 #!/usr/bin/env python #coding:utf-8 import numpy as np array = np.array([[1,2,3],[4,5,6]]) print(array) print('维度：',
把当前文件夹的文件名用"，"连接成一行，或者将多行转变为一行 ls | paste -s -d "," # -s 选项将输入进行一次性粘贴 ls | xargs | sed 's/ /,/g' #xargs 将输入作为参数(空格分隔)传入 ls | awk '{printf "%s,",$0}' 将行逆序输出 sed '1!G;h;$!d'file # 1!G 第一行不执行G命令，从第二行开始执行；$!d 最后一行不删除；第一行自动存入模式空间，将模式空间内容（第一行）放到保持空间(h)，然后删除模式
简介： Linux 中所有内容都是以文件的形式保存和管理的，即一切皆文件，普通文件是文件，目录（Windows 下称为文件夹）是文件，硬件设备（键盘、监视器、硬盘、打印机）是文件，就连套接字（socket）、网络通信等资源也都是文件。
Representation Learning for Attributed Multiplex Heterogeneous Network
充分利用各种技术手段，将营销信息推送到比较准确的受众群体中，从而既节省营销成本，又能起到最大化的营销效果。精准营销的本质是找到自己的目标客户并对其进行营销。
队列是一种特殊的线性表，它只允许在表的前端（front）进行删除操作，而在表的后端（rear）进行插入操作。
如果想知道读取后是什么数据结构，用class(变量名),不能输入文件名csv，不然是字符串，变量名一半不带“”，有“”的就是字符串
格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map
上文介绍了scatter plot绘图，相信大家对plot模块有了一定的了解。今天小编将介绍line plot 的绘图内容。
磁盘的io是一个非常重要的指标，所以要更详细的查看磁盘状态，需要用到iostat命令，如果之前已经安装了sysstat包的话，在安装sysstat包时iostat命令就已经被安装了。
前几天有星友分享过一个重点城市GDP排行榜图表，图表中体现了GDP排名、排名升降状况、GDP绝对值以及增长率。这个图表对同一数据进行了多角度比较，我认为比较实用，在Power BI中进行了两种形式的模拟。
Topsis法，全称为Technique for Order Preference by Similarity to an Ideal Solution中文常翻译为优劣解距离法，该方法能够根据现有的数据，对个体进行评价排序。根据有限个评价对象与理想化目标的接近程度进行排序的方法，是在现有的对象中进行相对优劣的评价。
准备写一系列plink软件常用的命令，最近在数据分析时，需要将基因型的数据转化为0-1-2的形式，编程实现效果太差，100万的数据，plink十几秒完成，真的是厉害，非常值得学习，所以，开始搞起！
有时候我们需要将两个数据表，合并成为一张数据表，根据两张表中，有一个相同定义的列进行合并。
论文地址：https://arxiv.org/pdf/1911.07034.pdf
首先，正则表达式是一个字符串组成的模式，用来匹配一个字符串，一般用在检索，替换里，也经常用来校验一些字符模式，检验是否匹配一个给定的规则。
在上一篇文章中我们了解到Pandas模块中的pivot_table()函数可以用来制作数据透视表，今天小编来介绍一下Pandas模块中的另外一个函数corsstab()，我们可以通过调用该函数来制作交叉表，下面就来看看其中的主要流程和步骤吧。
numpy.random.rand(m,n,p,q…) 生成0到1之间的n个随机数，参数是shape
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