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R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

fread 做基因组数据分析时，常常需要读入处理大文件，这个时候我们就可以舍弃read.table，read.csv等，使用读入速度快的fread函数 fread(input, sep=...默认nomatch=NA,无匹配返回NA，也可以设置为0，0不返回该行； which 默认FALSE结果返回x和y行的联合，当是TRUE时，如果mult=“all”，返回两列，一列...x列号，一列相对应的y，如果nomatch=NA，不匹配的返回y的NA,如果nomatch=0,则跳过该列，设置mult="first“，mult=”last"则最后返回x一样的行数； verbose...chmatch(x, table, nomatch=NA_integer_) x %chin% table x 字符矢量，需要去匹配的值； table 字符矢量，匹配的目标...； nomatch 不匹配时返回的值，强制转化整型 好了，写到这里写的都有点累了，再介绍最后一个函数，有时候我们需要了解你写的这个脚本运行所花费的时间，这个时候保存开始运行时间和结束运行时间

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R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

DT的属性，setattr(x,name,value) x时data.table,list或者data.frame,而name时属性名，value时属性值，setnames(x,old,new)，设置x..."] #左联接 X[DT, on="x"] #右联接 DT[X, on="x", nomatch=0] #内联接,nomatch=0表示不返回不匹配的行,nomatch=NA表示以NA返回不匹配的值...with 默认是TRUE，列名能够当作变量使用，即x相当于DT$"x",当是FALSE时，列名仅仅作为字符串，可以用传统data.frame方法并且返回data.table，x[, cols, with...roll 当i中全部行匹配只有某一行不匹配时，填充该行空白，+Inf(或者TRUE)用上一行的值填充，-Inf用下一行的值填充，输入某数字时，表示能够填充的距离，near用最近的行填充 rollends... 填充首尾不匹配的行，TRUE填充，FALSE不填充，与roll一同使用 which TRUE返回匹配的行号，NA返回不匹配的行号，默认FALSE返回匹配的行 .SDcols 取特定的列，然后.

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技术阅读-《MySQL 必知必会》

基本字符匹配 使用 REGEXP 关键字 ，后面的东西作为正则表达式 SELECT * FROM a_table WHERE x REGEXP 'expression'; 使用正则匹配时默认不区分大小写...SELECT * FROM a_table WHERE x REGEXP '[yz]'; 范围匹配 匹配多个字符时，当具有顺序时可以使用 - 定义范围,如 [0-9] 表示匹配从 0 到 9 的数，同样地...SELECT * FROM a_table WHERE x REGEXP '[0-9]'; 特殊字符匹配 匹配特殊字符时，需要使用\\作为转义再进行匹配。...SELECT * FROM a_table WHERE x REGEXP '\\.'; 若要匹配反斜杠，则需要写成 \\\ 匹配多实例 需要对正则匹配的数目控制时，应该使用重复元字符。...创建表 即使使用了MySQL GUI 工具新增表，底层还是使用了 CREATE TABLE image-20190610213850359 新增表时，MySQL 不会对应有的表进行覆盖操作，会提示错误

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MySQL（二）数据的检索和过滤

SQL语句 SQL语句不区分大小写（对所有SQL关键字使用大写，对所有列和表明使用小写，这样更易于阅读和调试） 2、检索多个列 select column1，column2，column3 from table...table where column1 is null； 建表时，设计人员可以指定其中的列是否可以不包含值，在一个列不包含值时，称其为包含空值NULL（无值{no value}：它与字段包含0、空字符串或仅仅包含空格不同...；即：or告诉DBMS匹配任一条件而不是同时匹配两个条件 3、计算次序 select column1，column2 from table where column1 =X or column1 = Y...>= N然后计算column1 =X） where可包含任意数目的and和or操作符；允许两者结合以进行复杂和高级的过滤（需要说明的是：and在计算次序中优先级高于or） 如果希望and和or之间计算次序不被错误组合...%一样，但下划线通配符只匹配单个字符而不是多个字符（与%能匹配0个字符不一样，总是匹配一个字符） 3、使用通配符的技巧 ①不要过度使用通配符（如果其他操作符能达到同样目的，应使用其他操作符） ②在确实需要使用通配符时

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MySQL高级篇-程序出了问题怎么办?

定义条件是事先定义程序执行过程中可能遇到的问题 处理程序定义了在遇到问题时应当采取的处理方式，并且保证存储过程或函数在遇到警告或错误时能继续执行。...、UNDOCONTINUE ：表示遇到错误不处理，继续执行。...错误类型 也就是条件：SQLSTATE ‘字符串错误码’ ：表示长度为5的sqlstate_value类型的错误代码； MySQL_error_code ：匹配数值类型错误代码；错误名称 ：表示DECLARE...SQLWARNING ：匹配所有以01开头的SQLSTATE错误代码；NOT FOUND ：匹配所有以02开头的SQLSTATE错误代码；SQLEXCEPTION ：匹配所有没有被SQLWARNING或...5：使用NOT FOUND DECLARE EXIT HANDLER FOR NOT FOUND SET @info = 'NO_SUCH_TABLE'; #方法6：使用SQLEXCEPTION

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关于ORA-01779问题的分析和解决 (r4笔记第22天)

最近同事问我一个问题，是关于一个update语句的问题，需求有点特别，结果在使用update语句尝试了各种方法后，仍然是不依不饶的报出ORA-01779的错误。...data.credit_class在link.credit_class中存在，所以就需要把amount从110修改为100 对于id未9的数据来说，data.credit_class在link.credit_class中不匹配...有些数据的credit_class匹配link.credit_class,有些不匹配。我们先一股脑把数据都配上，然后再过滤。...尝试了各种方法之后，发现还是把数据一分为二，creidt_class匹配的一组，credit_class不匹配的一组。根据count(id) 做group by来分组。...--不匹配credit_class的数据为： select *from(select x.id,a.credit_class old,x.credit_class ,x.amount,a.score

1.3K81

Flink UDF自动注册实践

这个类，该处的udf函数由用户自己定义，而函数的注册此处我们自己实现; 函数注册时，使用flink的tableEnv上下文对象注册该函数，此处注册时使用的方法是TableEnvironment类里面的重载方法...对泛型内的类型进行序列化和反序列化时会和我们规定的泛型进行对比，如果此时我们的数据schema或者说我们的数据本身格式不匹配抑或是我们给出了数据的泛型，编译过了擦除掉之后，在实际运行中却发现并没有该字段信息...UDAF时也会使用，那么原因在于这两个函数加入了泛型的约束，所以兜兜转转，会有中间的一个检查判断过程，接着，同样是在TableEnvironment这个类中的registerTableFunctionInternal...=> collect(x, x.length)) }} 这个里面的返回即是(String, Int)，因为我们注册时，已经获取了该类的泛型，所以此时，只需要我们在注册前引入隐式转换即可。...此处我们的前提是用户上传到我们的系统，我们通过反射来拿到该类的实例然后再去注册，那么，问题就来了，如果平时使用没有任何问题，而我们自动让flink识别注册时，flink却做不到，原因为何，请先看看，平时使用和我们自动注册时的一些区别

1.6K30

「Workshop」第五期：使用data.table操作数据

()的适用范围更广 data.table::copy() 复制数据起一个新的名字，因为data.table的部分函数在使用的过程中会直接对原来的数据进行改写，为了防止原来的数据被改变，使用拷贝的文件...is.null(key(x))) key(x) else key(y), by.y = key(y), maxgap = 0L, minoverlap = 1L, type = c("any...y作为索引去x中寻找有overlap的情况 > x = data.table(chr=c("Chr1", "Chr1", "Chr2", "Chr2", "Chr2"), +...y的区域完全包含在x的区域内的情况（相等也属于within） type = "any" 匹配y和x有重叠的区域 type = "start" 匹配start一样的情况 type = "end"匹配end...其他 nomatch = NULL 返回匹配得上的部分 setkey() 设置匹配索引 参数which = TRUE 是只返回两个数据框匹配情况的行号 参数mult = "first" 是返回x中第一次匹配上的行

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操作员行为

对于 tablex和 record y，与字段名称匹配相应表列名称x的字段的记录字段值y匹配的表行。如果表中没有唯一匹配的行，则会引发错误。...，它返回null时的位置（或匹配）y的列表或表中不存在x。如果 有多个匹配项y，仍会引发错误。 例如： 复制 {"a","b","c"}{0}?...如果y产生一个数值并且 的值y大于或等于 的计数x，"Expression.Error"则会引发带有原因代码的错误，除非使用可选运算符形式x{y}?，在这种情况下null返回值。...如果x生成一个表值并y生成一个记录值并且没有匹配的yin x，"Expression.Error"则会引发带有原因代码的错误，除非使用可选运算符形式x{y}?，在这种情况下null返回值。...如果x生成一个表值并y生成一个记录值并且有多个匹配项yin x，"Expression.Error"则会引发带有原因代码的错误。 在没有项目x比在其他位置y的项目选择的过程中被评估。

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记一次参数走私导致的权限绕过

若解析请求参数时与Controller的解析方式存在差异，则可能可以绕过现有的安全措施， 0x00 前言 因为HTTP 是无状态的协议（对于事务处理没有记忆能力，每次客户端和服务端会话完成时，服务端不会保存任何会话信息...long类型的值： 核心方法大致如下，首先在charArrayComprae方法中，会检查目标字符串（src）中的特定子串（由字符数组dest表示）是否与另一个字符数组完全匹配： 若不匹配则返回0L，其次如果当前字符是负号...（小数点），则设置匹配状态为NOT_MATCH（-1），并返回0L。 如果是','或'}'（逗号或右大括号），则表示数字结束，处理结束的逻辑。...如果是其他非空白字符，则设置匹配状态为NOT_MATCH（-1），并返回0L。 在数字解析结束后，会验证数字的有效性。并根据negative的值决定是否返回负数。...在这种情况下，fieldValues 映射会被用来存储字段名和对应的值，以便后续创建对象时使用。

12210

synchronousqueue场景_SynchronousQueue原理解析

例如clear是不执行任何操作的，contains始终返回false,peek始终返回null。...所以为了保证不出现的错误，使用这个类型队列的时候，maximumPoolSize一般指定成Integer.MAX_VALUE，即无限大....进行线程的匹配操作, 匹配操作是从 head.next 开始匹配 (注意 队列刚开始构建时 有个 dummy node, 而且 head 节点永远是个 dummy node 这个和 AQS 中一样的)...两者的模式是否匹配 (因为并发环境下 有可能其他的线程强走了匹配的节点) x == m || // 20. m 节点 线程中断或者 wait 超时了 !m.casItem(x, e) // 21....上述是使用非公平策略的结果(首先匹配c2线程所在的结点，之后再匹配c1线程所在结点)。 修改源码，还是使用非公平策略，只是改变c1、c2、p1、p2之间的启动顺序。

89030

如何完美解决 `could not execute statement； SQL ； nested exception is org.hibernate.exception.SQLGramm

可能原因和解决方案 2.1 实体类与数据库表字段不匹配 2.2 数据库约束冲突 2.3 数据库架构变化 2.4 SQL 语法错误 3....这个错误通常是由于 SQL 语法错误、数据映射问题或者数据库架构不匹配导致的。在这篇博客中，我们将深入探讨这个问题的可能原因，并提供详细的解决方案和最佳实践，以确保你能够顺利解决这个问题。...SQLGrammarException 是由 Hibernate 或 JPA 抛出的异常，表示无法执行 SQL 语句，通常是由于 SQL 语法错误或数据映射不匹配导致的。...例如： 字段类型不匹配（例如，实体类中的 Long 类型映射到数据库的 String 类型）。 字段名称拼写错误。 缺少映射关系。 解决方案： 确保实体类和数据库表的字段名称和数据类型一致。...插入或更新数据时，确保满足表的约束条件。 2.3 数据库架构变化 在数据库架构变更后，如果没有及时同步更新实体类或相关代码，可能导致 SQL 与数据库不匹配。 解决方案： 检查数据库架构是否变更。

62810

OGG复制MYSQL到ORACLE时空字符串问题

【背景】 使用OGG同步MYSQL数据到ORACLE,如果表没有主键，那么此时使用所有列作为条件来更新或者删除数据，MYSQL里面存在空字符串,同步到ORACLE数据库时转换成空(NULL)，注意这个不是在...OGG层转换，而是依赖数据库的转换,那么此时更新或者删除会遇到非常经典错误1403(找不到数据)，注意触发场景是表没有主键且更新或者删除时存在空字符串。...AND ROWNUM = 1 Statement length: 446 (S)top display, (K)eep displaying (default): 从这里可以清晰看到OGG更新还是使用空字符串去匹配数据...,显然无法匹配的.直接1403 错误 2022-01-04 20:15:03 WARNING OGG-01004 Aborted grouped transaction on YTMAT.XIAOXU...,bb),如果不涉及到空字符串，此时通过创建唯一索引来解决这个问题.

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iptables删除命令中的相关问题

最近在做一个V*P*N中间件的配置工作，在配置iptables的时候，当用户想删除EIP（即释放当前连接），发现使用iptables的相关命令会提示错误。...按行删除 如果按照行号删除，就不会有这篇文章了，当然如果你删除前就知道了行号，那么就可以使用一下命令 iptables -t $table -D POSTROUTING 2...必须给出规则的每一个细节， 和你当初添加该规则时一样，和添加动作唯一不同的是，你要把-A改成-D 。...这种精确匹配删除的成功依赖的就是用户提供的所有match字段，target字段必须和内核中保存的一模一样，精确到字节级别的匹配。如果哪怕有一个字节不匹配，就会有二义性，删除失败。 3....使用Python-iptables进行操作 本来我这接口就是用python写的，所以自然就想到使用python-iptables来进行规则的删除。

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