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Nat. Biotechnol.| BioCypher推动生物医学知识表征大一统

今天我们介绍由海德堡大学医学院的Sebastian Lobentanzer等学者发表在Nature Biotechnology上的工作。在所有研究人员之中,标准化的生物医学知识表征是一项难以克服的任务,它阻碍了许多计算方法的有效性。为了促进知识表征的协调和互操作性,该工作将知识图谱创建的框架标准化。本文提出的BioCypher实现了这一标准化,这是一个FAIR(可查找、可访问、可互操作、可重用)框架,可以透明地构建生物医学知识图谱,同时保留源数据的来源。将知识映射到生物医学本体有助于平衡协调、人类和机器可读性以及对非专业研究人员的易用性和可访问性的需求。本文展示了该框架在各种用例中的有用性,从维护特定于任务的知识存储,到生物医学领域之间的互操作性,再到为联邦学习按需构建特定于任务的知识图。

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​西湖大学人工智能与生物医学影像实验室招聘科研助理和博士后

本期将为大家介绍西湖大学人工智能与生物医学影像实验室招聘科研助理和博士后的相关信息。 一、实验室介绍  实验室所在学校概况:西湖大学是一所由社会力量举办、国家重点支持的非营利性的新型研究型大学,主要开展基础前沿科学技术研究,坚持发展有限学科,注重学科交叉融合。学校按照 “高起点、小而精、研究型” 的办学定位,致力于集聚一流师资、打造一流学科、培育一流人才、产出一流成果,努力为国家科教兴国和创新驱动发展战略、建设高水平研究型大学作出突出贡献。 团队背景方面:西湖大学人工智能与生物医学影像实验室致力于将人工智

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了解Python及python的安装及启

为什么python使用这么多? python语法简单,上手容易,精通难。现在使用爬虫比较多,还可以作前端。 ########################################################### 自从20世纪90年代初Python语言诞生至今,它已被逐渐广泛应用于系统管理任务的处理和Web编程。 Python的创始人为Guido van Rossum。1989年圣诞节期间,在阿姆斯特丹,Guido为了打发圣诞节的无趣,决心开发一个新的脚本解释程序,作为ABC 语言的一种继承。之所以选中Python(大蟒蛇的意思)作为该编程语言的名字,是取自英国20世纪70年代首播的电视喜剧《蒙提.派森干的飞行马戏团》(Monty Python's Flying Circus)。 ABC是由Guido参加设计的一种教学语言。就Guido本人看来,ABC 这种语言非常优美和强大,是专门为非专业程序员设计的。但是ABC语言并没有成功,究其原因,Guido 认为是其非开放造成的。Guido 决心在Python 中避免这一错误。同时,他还想实现在ABC 中闪现过但未曾实现的东西。 就这样,Python在Guido手中诞生了。可以说,Python是从ABC发展起来,主要受到了Modula-3(另一种相当优美且强大的语言,为小型团体所设计的)的影响。并且结合了Unix shell和C的习惯。 Python [2] 已经成为最受欢迎的程序设计语言之一。自从2004年以后,python的使用率呈线性增长。2011年1月,它被TIOBE编程语言排行榜评为2010年度语言。 [3] 由于Python语言的简洁性、易读性以及可扩展性,在国外用Python做科学计算的研究机构日益增多,一些知名大学已经采用Python来教授程序设计课程。例如卡耐基梅隆大学的编程基础、麻省理工学院的计算机科学及编程导论就使用Python语言讲授。众多开源的科学计算软件包都提供了Python的调用接口,例如著名的计算机视觉库OpenCV、三维可视化库VTK、医学图像处理库ITK。而Python专用的科学计算扩展库就更多了,例如如下3个十分经典的科学计算扩展库:NumPy、SciPy和matplotlib,它们分别为Python提供了快速数组处理、数值运算以及绘图功能。因此Python语言及其众多的扩展库所构成的开发环境十分适合工程技术、科研人员处理实验数据、制作图表,甚至开发科学计算应用程序。 ############################################################## 摘至百度百科 ############################################################## 二:python的安装 ——linux系统 -官网下载源码安装包(python3.6) -解压安装包 -安装编译过程中需要的依赖包:gcc,zlib,zlib-devel,openssl-devel,readline,readline-devel -进入解压的安装包进行编译

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【黄啊码】Python是什么?Python的历史以及其语言特点

Python 由 Guido van Rossum 于 1989 年年底出于某种娱乐目的而开发, Python 语言是基于 ABC 教学语言的,而 ABC 这种语言非常强大,是专门为非专业程序员设计的。但 ABC 语言并没有获得广泛的应用, Guido 认为是非开放造成的。 Python 的“出身”部分影响了它的流行,Python 上手非常简单,它的语法非常像自然语言,对非软件专业人士而言,选择 Python 的成本最低,因此某些医学甚至艺术专业背景的人,往往会选择 Python 作为编程语言。 Guido 在 Python 中避免了 ABC 不够开放的劣势,Guido 加强了 Python 和其他语言如 C、C++ 和 Java 的结合性。此外,Python 还实现了许多 ABC 中未曾实现的东西,这些因素大大提高了 Python 的流行程度。 2008 年 12 月,Python 发布了 3.0 版本(也常常被称为 Python 3000,或简称 Py3k)。Python 3.0 是一次重大的升级,为了避免引入历史包袱,Python 3.0 没有考虑与 Python 2.x 的兼容。这样导致很长时间以来,Python 2.x 的用户不愿意升级到 Python 3.0,这种割裂一度影响了 Python 的应用。 毕竟大势不可抵挡,开发者逐渐发现 Python 3.x 更简洁、更方便。现在,绝大部分开发者已经从 Python 2.x 转移到 Python 3.x,但有些早期的 Python 程序可能依然使用了 Python 2.x 语法。 2009 年 6 月,Python 发布了 3.1 版本。 2011 年 2 月,Python 发布了 3.2 版本。 2012 年 9 月,Python 发布了 3.3 版本。 2014 年 3 月,Python 发布了 3.4 版本。 2015 年 9 月,Python 发布了 3.5 版本。 2016 年 12 月,Python 发布了 3.6 版本。 ......

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