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斯坦福医疗ImageNet发布,如何评价PB级医疗影像数据

【新智元导读】斯坦福大学医学院与 Langlotzlab 合作创建一个 PB 级大型医疗影像数据 Medical ImageNet 最近发布,从官方网页介绍中可以看到,该数据包含近万张临床X光片 如此大规模医疗数据有望解决医疗影像数据不足问题,助推利用机器学习分析医学图像方面的进步。 ImageNet:A Resource for Machine Learning for Medical Images”talk,介绍了这个大型医疗影像数据内容、目的和进展等。 Talk 简介: 由于医学影像复杂性,以及缺乏可用有注释大型图像数据,医学影像方面的机器学习研究相比一般图像类似研究滞后。 该数据包含0.5 PB临床放射学数据,包括450万项研究,超过10亿张影像

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为计算机视觉生成庞大、合成标注、逼真的数据

如果你已经做过图像识别,你应该知道数据数量和准确性是重要。你所有场景也都需要标注,这意味着有上千或者上万张图片。这时间和精力对于我们小团队来说是不可估量。 概览 因此,我们发明了一个工具,使得创造大量标注数据更加容易。我们希望,通过生成识别及对所有对象分割所需图片,能对虚拟现实、自动驾驶、通用机器人有帮助。 我们甚至开源了我们VertuoPlus Deluxe Silver数据,其包含1000种咖啡机场景,所以你可以跟我们一起做!它是一个6.3GB下载包。 VGG图片标注工具样例,由Waleed Abdulla “Splash of Color”提供。 在过去绝大多数数据标注任务是由人工标注完成。 每个场景输出示例 生成数据机器学习 当整个数据生成之后,就可以直接使用它们来训练Mask-RCNN模型(关于Mask-RCNN历史,这里有一份很好资料)。

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    业界 | AI医疗新突破:增强罕见疾病影像数据,大幅提高识别准确率

    现在,多伦多大学教授 Shahrokh Valaee 和他团队设计了一种 AI 医疗领域中新方法:使用生成对抗网络创建 X 射线影像来增强 AI 训练。 「我们实验表明,由 DCGAN 生成的人工数据可以用于增强真实数据,」Valaee 说。「这为我们提供了更多训练数据,并提升了这些系统在识别罕见疾病上性能。」 MIMLab 将用增强数据获得识别准确率和原始数据获得准确率进行对比,发现对于常见疾病,其识别准确率提高了 20%。 对于某些罕见疾病,准确率提高了约 40%,并且由于合成 X 射线影像不是源于真实个体,该数据可以轻易地提供给医院外研究者,而不会侵犯个人隐私。 「这实在令人激动,通过证实这些增强数据帮助提高了分类准确率,我们已经可以克服将人工智能应用到医疗一大障碍,」Valaee 说。

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    【专家痛陈AI医学影像三大难点】数据规模小、标注质量差、懂算法不懂医疗

    对于其中医疗影像智能识别,报告指出,目前上市公司和创业公司正在纷纷布局,整体处于商业化初期阶段。而医疗影像识别的主要难点在于数据获取、数据标注和跨学科人才积累。 ,训练需要事先标注。 由于大多数标注依赖人工识别,因此数据标注将耗费较大量人力和时间,在医疗影像领域获取具有高可靠性标注数据也成为挑战之一; “AI+医疗”跨学科人才积累:在较为专业诊疗领域,应用及平台开发者不仅要研究人工智能算法 在产品化过程中,如果仅使用几个机型数据,或者下载公开数据数据来训练模型,即使实验室准确率很高,也很难在实际应用中取得很好效果。 “产品化比科研更难:找新数据,找新标注,找新思路” 医疗影像数据质量和标注难题,深睿医疗自然也遇到过。

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    关于开源神经影像数据如何使用协议

    本文提供了一个使用开源神经影像数据协议。涵盖了一个公开数据项目的所有阶段,包括数据下载到结果撰写,以及在公共存储库和预印本上共享数据和结果。 开始前: 大型、公开可用神经影像数据在神经科学领域正变得越来越普遍。 具体来说,该框架旨在帮助研究人员在开始使用开源神经影像数据时,应对他们可能面临无数选择。 磁盘空间,用于存储神经影像数据、眼球追踪数据和基本人口统计信息。 这类研究对于单个实验室来说是极其困难,它们表明了使用共享数据力量。更一般地说,开放数据使用依赖并加强了开放科学生态系统,该生态系统正在迅速成为神经影像规范。

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    DarkLabel:支持检测、跟踪、ReID数据标注软件

    不过该软件使用说明实际上不多,本文总结了大部分用法,实际运用还需要读者研究。 DarkLabel导出格式可以通过脚本转化,变成标准目标检测数据格式、ReID数据格式、MOT数据格式。 之后会在这个视频标注软件基础上进行一些脚本编写,可以批量构建ReID数据、目标检测数据和MOT数据。 ? 1. 保存GT:以所选数据格式保存到目前为止已获得结果。 导入数据时,需要选择与实际数据文件匹配格式,但是在保存数据时,可以将其保存为所需任何格式。 ,用鼠标拖动已经标注目标框。 总结 这个软件是笔者自己进行项目的时候用到一款标注软件,大部分视频标注软件要不就是太大(ViTBAT软件),要不就是需要Linux环境,所以在Window上标注的话很不方便,经过了很长时间探索,最终找到这款软件

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    图像分割 | FCN数据制作全流程(图像标注

    : 1.为自己数据制作label; 2.将自己数据分为train,val和test; 3.仿照voc_lyaers.py编写自己输入数据层。 其中主要是如何制作自己数据label困扰着大家。 PythonLearn1\\test_1_out.jpg") if __name__ == '__main__': convert(256,256) 二 图像标签制作 第一步:使用github开源软件进行标注 地址:https://github.com/wkentaro/labelme 第二步:为标注出来label.png进行着色 首先需要对照VOC分割颜色进行着色,一定要保证颜色准确性。 第三步:最关键一步 需要注意是,label文件要是gray格式,不然会出错:scores层输出与label数据尺寸不一致,通道问题导致,看下面的输出是否与VOC输出一致。

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    数据量不足,MedicalNet 如何助力医疗影像 AI 突破瓶颈?

    医疗影像AI“制造”方法如下:收集标注数据,再通过这些数据来训练人工智能模型,最终实现在系统中输入患者影像,获得接近资深医师诊断结果。 但医护人员资源有限,标注数据成为了困难,导致可用于训练同分布标注数据非常少,与数据驱动深度学习形成矛盾,这就是目前医疗影像 AI 发展瓶颈所在。 5.jpg 因此对于医疗影像 AI 研究来说,亟需找到大规模数据以及相应模型,为大部分小数据医疗影像AI应用提供信息支持,而这也正是开发 MedicalNet 动机。 尽管每个同分布医疗3D公开数据数据量小,但多个医疗场景数据集合起来能形成较大规模数据,MedicalNet 开发团队就将这些场景数据收集起来,用来训练不同预训练模型,再开源相关预训练模型 为解决数据数据之间标注不统一问题,在解码部分使用多任务形式对多个场景标注数据进行隔离。 在训练过程中,不同skip-connection组合用于缓解梯度消失问题。

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    NIH开源迄今最大临床医疗图像数据,用深度学习构建通用疾病检测模型!

    CT图像数据DeepLesion,也是迄今全球规模最大多类别、病灶级别标注开放获取临床医疗图像数据。 去除隐私后公共医疗数据本就不多,而且不同于其他类型数据标注医疗图像标注需要丰富临床经验,即使是资深医生,有时候也会在某个标注上产生意见分歧。 其结果就是,真正可用标注医疗图像数据稀缺,尽管各种医院诊所里积累了大量医疗图像数据。 DeepLesion:迄今最大多类别、病灶级标注临床医疗图像开源数据 在NIH临床中心,每当有患者做完CT扫描后,相应扫描图像都会被送至放射科医生处,然后医生会对图像进行解读。 构建通用疾病检测模型,推进精准个性化医疗 最终整理好DeepLesion数据,含有32735个标记病灶实例,包括来自全身各个部位关键影像学发现,比如肺结节、肝肿瘤、淋巴结肿大等。 ?

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    医疗AI落地必备!腾讯优图开源业界首个3D医疗影像数据预训练模型

    不同于自然图像,医疗影像大部分都是3D结构形态,同时,由于数据获取和标注难度大,数据量稀少,目前尚未存在海量数据及对应预训练模型。 为了产生3D医疗影像预训练模型,MedicalNet聚集多个来自不同3D医疗领域语义分割小规模数据,并提出了基于多分支解码器多域联合训练模型来解决数据集中标注缺失问题。 随着人工智能火热化,医疗影像AI也成为了当前各应用领域中最热门版块。区别于其他人工智能应用,人工智能在医疗领域应用门槛最高,最大原因在于标注数据匮乏。 医疗影像数据获取通常需要经历重重关卡,同时,由于领域专一性,数据通常需要资深医师标注,而每个3D数据标注耗时耗力。 在当前紧张医护资源下,医疗影像数据获取战线将非常漫长,大大阻碍了应用落地进程。再者,标注数据量相当有限,大部分医疗部门都需要面临数据量稀少和深度学习之间鸿沟。

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    吴恩达团队发起X射线AI诊断竞赛,这家中国公司登上了榜首

    鉴于X线胸片广泛和重要临床价值,以及专业影像医生缺乏普遍现象,吴恩达教授带领斯坦福机器学习团队,于2019年1月发布了大规模X线胸片数据CheXpert。 ? CheXpert数据主要来自于2002年10月至2017年7月之间收治于斯坦福医院患者。 为了验证与人类专家相比,人工智能算法解读X线胸片目前已达到何种水平,斯坦福团队还提供了500例测试数据,并通过8名放射科持证在岗专业医生进行标注,其中5名医生标注结果多数投票作为“金标准”(Ground 详细技术报告和代码开源将于近期公布。 ? 此次夺冠,是九峰医疗团队继2018年8月夺得斯坦福大学MURA(骨骼X线数据)大赛榜首后,再一次登顶X线人工智能算法国际竞赛。 九峰医疗通过云计算部署模式,实现远程医疗互联互通和数据实时监测,充分发挥X线设备分诊、诊断和筛查功能,弥补基层医疗影像专业人才不足现状,促进基层诊疗能力提升,打造广覆盖、高质量、低成本、高效率AI

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    刘士远教授:中国医学影像AI发展现状与思考丨2018医学影像AI经典演讲回顾(三)

    ,便于深度学习AI技术接入;在各类医疗数据里,放射类医疗影像又是比较容易获取类型,可以从这类数据入手来做标注并进行深度学习模型搭建;根据相关统计,相对于逐年递增巨大病人群,中国影像医生存在巨大需求缺口 首先就是实用性差,比如,现在影像AI产品大多是基于单病种图像标注形成模型,尚没有符合临床实用场景产品,而且大多数产品性能自报数据与实际检测数据不符,鲁棒性有待提高。 而且各家人工智能企业和机构采用训练数据标准多样,系统偏差较大,整个行业缺乏医学图像和疾病征像统一认识。 好消息是,国家在近期颁布了《国家健康医疗数据标准、安全和服务管理办法(试行)》。 ? 另外,在肺结节领域,中检院肺结节AI检验数据库标定专家组已经完成肺结节标准数据建设。 ? 在数据上,医生可以建立大样本单病种数据库,提高训练数据质量,并在此基础上规范化标注,形成高质量训练,还要学会在法律法规下分享和使用数据。 ? 医生还应当成为质量控制和标准制定者和执行者。

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    为什么医学影像AI已进入「后深度学习时代」?

    医生在技术开发过程中只起到了对训练数据手工标注作用,也就是说医生被当作人工智能背后标注工人’来用。” “从长期来讲,数据为王医学影像AI研究方法,在未来遇到问题将会越来越多。 上海长征医院影像医学与核医学科主任刘士远在2018中国医学人工智能大会演讲中指出,现在AI医疗产品遇到首个问题便是实用性差,如现在常见影像AI产品大多是基于单病种图像标注形成模型,尚未符合临床实用场景产品 而且众多人工智能企业和机构采用训练数据标准多样,系统偏差较大,行业缺乏医学图像和疾病征像统一认识。 2018年9月,国家颁布了《国家健康医疗数据标准、安全和服务管理办法(试行)》。此外,在肺结节领域,中检院肺结节AI检验数据库标定专家组已经完成肺结节标准数据建设。 在数据上,医生可以建立大样本单病种数据库,提高训练数据质量,并在此基础上规范化标注,形成高质量训练,还要学会在法律法规下分享和使用数据。 医生还应当成为质量控制和标准制定者和执行者。

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    腾讯开源首个医疗AI项目,业内首个3D医疗影像数据预训练模型

    而且,专有领域专有模型,MedicalNet相当于为各个3D医疗影像应用准备了具备临床通用知识数据库。 即使在小数据量中,这一数据有效特征也能帮助落地应用取得较好医疗检测性能。 开源项目地址: https://github.com/Tencent/MedicalNet 专为3D医疗影像开发 自然图像领域中存在着许多海量数据,如ImageNet,MSCOCO。 基于这些数据产生预训练模型推动了分类、检测、分割等应用进步。 与自然图像不同是,医疗影像大部分都是3D结构形态,同时,由于数据获取和标注难度大,数据量稀少,此前并没有海量数据及对应预训练模型开源。 腾讯优图给出了解释: MedicalNet聚集了来自多个不同3D医疗领域语义分割小规模数据,并提出了基于多分支解码器多域联合训练模型来解决数据集中标注缺失问题。

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    腾讯开源首个医疗AI项目,业内首个3D医疗影像数据预训练模型

    而且,专有领域专有模型,MedicalNet相当于为各个3D医疗影像应用准备了具备临床通用知识数据库。 即使在小数据量中,这一数据有效特征也能帮助落地应用取得较好医疗检测性能。 开源项目地址: https://github.com/Tencent/MedicalNet 专为3D医疗影像开发 自然图像领域中存在着许多海量数据,如ImageNet,MSCOCO。 基于这些数据产生预训练模型推动了分类、检测、分割等应用进步。 与自然图像不同是,医疗影像大部分都是3D结构形态,同时,由于数据获取和标注难度大,数据量稀少,此前并没有海量数据及对应预训练模型开源。 腾讯优图给出了解释: MedicalNet聚集了来自多个不同3D医疗领域语义分割小规模数据,并提出了基于多分支解码器多域联合训练模型来解决数据集中标注缺失问题。

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    腾讯8篇AI医疗论文入选国际学术顶会,涵盖癌症图像分类、CT病灶检测等领域

    近年来AI医学蓬勃发展,以“腾讯觅影”为代表AI医学解决方案快速进入多种疾病诊断核心环节。 不过,医学影像数据质量参差不齐,人工标注难度大等行业性难题,导致AI在医学上学习和应用面临诸多挑战。 与此同时,腾讯优图实验室研究,则有望在解决医学影像标注难题上找到新思路:医疗图像(如CT,MRI)往往是三维数据,该类数据存在标注难度大,标注信息难以获取等问题,这导致标注三维医学图像数量通常不足以很好地训练深度学习网络 此外,腾讯优图实验室另一项研究则提出了成对分割框架,通过有效挖掘医疗影像切片间关系,并以代理监督形式加以约束,从而通过不同切片之间配对,大幅提升标注数据数量和相邻切片预测结果光滑性和一致性。 基于该方法训练出来深度神经网络,在不使用任何标注显微镜数据情况下,在显微镜任务上取得了极为优异性能,甚至超过了使用部分带标注数据训练神经网络。 研究之三则围绕病理图像色彩归一化。 (下)将训练好模型不经过参数微调(fine-tune)直接在其他病理数据上测试,同样能进行准确色彩归一化。

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    吴恩达团队发起骨骼X光片识别挑战赛,好胆你就来

    MURA(MUsculoskeletal Radiographs,肌骨骼放射影像)是骨骼 X 光片大型数据。算法任务是判断一张 X 光片是正常还是异常。 世界上有很多地方并没有专业放射科医生可以对该疾病进行诊断,我们希望这个数据可以给医疗图像技术带来显著提高,使学习模型对医疗图像判断能达到专家诊断水平,从而提高医疗保健水平。 MURA 是最大公共放射线影像数据之一。我们把该数据开放给社区并举办借此比赛,希望参赛者模型可以达到和放射科医生一样水平。 ▌怎样参加比赛? MURA 数据包含了对 12173 个病人 14863 份研究数据,总共有 40561 份多视图放射线影像。 ▌测试数据收集 为了评估模型以及获得放射科医生可靠估计,6 名经认证斯坦福放射科医生对额外 207 份肌骨骼研究数据进行了标注,这些标注数据将作为我们测试数据

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