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    aglient芯片原始数据处理

    以及 oligo包可以处理agilent芯片吗,这个作业难度非常高,不过我们生信技能树优秀讲师:小洁在繁重的授课压力下抽空整理了相关数据处理经验分享给大家,下面看她的表演: 本文讲的是aglient芯片原始数据的处理...GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期,比如是空的,或者是有负值的,那我们就处理一下它的原始数据。aglient的芯片应用也很广泛,举个OSCC的栗子:GSE23558,跟着学习学习。...HealthyControl"),"normal","tumor") group_list <- factor(group_list, levels=c("normal","tumor")) 1.2 读取原始数据...这个原始数据下载,在GEO主页,可能对大家的网络有一点点要求,可以参考:下载GEO数据太慢?

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    安捷伦芯片原始数据处理

    双通道芯片有时候实验设计挺复杂的,agilent的原始数据数据处理在中文互联网上也不算常见。...本文借助limma的帮助文档,完成一篇使用agilent双色表达分析,研究肺鳞癌早期肿瘤发生和免疫逃避机制的nature的原始数据处理和文章复现。...RG <- read.maimages(txt, source="agilent",green.only = F) 原始数据读进来是一个「RGList」对象,由limma包产生。.../no_normalize_MAplot") #可以看到读入原始数据和画MAplot是限速步骤,因为122个样本量太大了,把读好的数据存成.Rdata方便日后取用 save(RG,GSE_number,...SCC_normal_DEG) DEG_volcano(high_normal_DEG) DEG_volcano(low_normal_DEG) 结果还行 我们这篇推文就到此结束了,内容主要是agilent双色芯片的原始数据读入和预处理

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    NVH原始数据文件如何读取 Part2

    01 — 画出整体数据 前一篇文章提到:数采系统记录的原始数据包含两部分:ASCII码明文和某类型的二进制数据。如图1。 ? 图1 本文中,我们以24位数据格式来举例。...图6 而解析原始数据格式,则是个逆向工程。需要先准备好各通道的数据(用NVH自身软件导出),然后从整体数据中找到其相应位置,如图7。 ? 图7 虽说,图7过程和图8有些类似。...04 — 总结 总结一下针对NVH原始数据文件的解析过程: 1)用NVH自身软件导出各通道数据备用。 2)读取NVH原始数据文件的ASCII明文内容,内含采样频率、通道数、各通道修正系数等。...以上是解析NVH原始数据文件的大致过程,具体过程及细节不再详述。在逆向解析的过程中难免会遇到各种问题,当然,乐趣,也尽在其中 。

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