本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数（单侧公式）不太熟悉，所以通过本文分享一下我的心得。...img 公式保存了创建它的环境 使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...")= 从属性部分我们可以看到公式保存了创建它的环境。...基本用法 假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。
首选是构造一份数据集 image.png 数据是excel存储，读取数据使用R包readxl中的函数read_excel() 读取数据 library(readxl) df<-read_excel...("20210910.xlsx") 删除行 library(tidyverse) df %>% rows_delete(tibble(var="AAA")) 设置因子水平 library...var=fct_relevel(var,var)) %>% ggplot(aes(x=var,y=value))+ geom_col(aes(fill=var)) image.png 指定列大小写转换...df %>% mutate_at("var",toupper) 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子...；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
出版有《R for Data Science》（中文版《R数据科学》），这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。...library(tidyverse) #加载以下tidyverse中核心的packages: ggplot2：画图，可视化数据 dplyr：操控数据，过滤、排序等 tidyr：清理数据 readr：(.../ 03 — %>%：管道函数 ——将左侧的值应用到右侧数据data位置 管道函数在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读...例如：x %>% f(y) 等价于 f(x,y) Rstudio中快捷键： ctrl+shift+m 以R中自带的iris（鸢尾花数据集）为例： > head(iris,n=3) Sepal.Length...#key：将原数据框中的所有列赋给一个新变量key #value：将原数据框中的所有值赋给一个新变量value #…：可以指定哪些列聚到同一列中 #na.rm：是否删除缺失值 widedata <-
就我个人而言，Python更适合写流程，平时建模都是用R语言处理好数据，交予第三方软件，最后用Python串起来。不得不说，R语言的tidyverse是真的好，非常高效。...从某种角度，只学R语言没有接触过tidyverse的用户，看到R的代码，觉得它已经脱离了R语言的范畴！！！...第一步：将数据转化为长数据 第二步：将数据group_by，然后nest形成列表 第三步：使用map进行批量方差分析 第四步：使用map进行结果整理 结果： 一个字：绝 二个字：真绝 …… 昨天的文章中...（统计学习心法：万物皆可回归，有时可以分类）介绍，学习心法很重要，学习框架很重要，而学习R语言高效的方法就是在tidyverse下学习，问题来了，tidyverse怎么学？...当然看最新的电子书，纸质版的都out了：R语言学习看最新版的电子书不香嘛？ ---- 大家好，我是邓飞，一个持续分享的农业数据分析师
seaborn提供了一个快速展示数据库中列元素分布和相互关系的函数，即pairplot函数，该函数会自动选取数据框中值为数字的列元素，通过方阵的形式展现其分布和关系，其中对角线用于展示各个列元素的分布情况...，剩余的空间则展示每两个列元素之间的关系，基本用法如下 >>> df = pd.read_csv("penguins.csv") >>> sns.pairplot(df) >>> plt.show()...函数自动选了数据框中的3列元素进行可视化，对角线上，以直方图的形式展示每列元素的分布，而关于对角线堆成的上，下半角则用于可视化两列之间的关系，默认的可视化形式是散点图，该函数常用的参数有以下几个 ###...#### 3、 x_vars和y_vars 默认情况下，程序会对数据框中所有的数值列进行可视化，通过x_vars和y_vars可以用列名称来指定我们需要可视化的列，用法如下 >>> sns.pairplot...通过pairpplot函数，可以同时展示数据框中的多个数值型列元素的关系，在快速探究一组数据的分布时，非常的好用。
一 载入数据 R包 使用TCGA下载的数据，仅使用以下几行几列， 作为示例 library(tidyverse) data <- read.csv("separate.csv",header = TRUE...第一列的ID，和人为添加的ID2，名称不规则，我们只需要前面的基因名。...2.4，按照第几个字符拆 根据第几个字符拆分，适合数据规整的，，， 可以用来将TCGA中的sampleID转为常见的16位，需要先转置 data2 %>% select(Gene1,contains...() %>% #数据转置，样本为行名 rownames_to_column(var="Sample") %>% #行名变为数据中的列 separate(Sample, into = c("Sample...可参考：盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作 Tips： 1）数据分列可以先默认试一下，如2.1所示 2）使用R的帮助，一定！
我的思路是 先把5份数据的基因名取交集 用基因名给每份数据做行名 根据取交集的结果来提取数据 最后合并数据集 那期内容有人留言了简便方法，很短的代码就实现了这个目的。...TRUE，则返回文件的完整路径，如果设置的为FALSE则只返回文件名。...相对路径和绝对路径是很重要的概念，这个一定要搞明白 pattern参数指定文件的后缀名 接下来批量将5份数据读入 需要借助tidyverse这个包，用到的是map()函数 library(tidyverse...之前和一位同学讨论的时候他也提到了tidyverse整理数据，但是自己平时用到的数据格式还算整齐，基本上用数据框的一些基本操作就可以达到目的了。...也就没有学tidyverse这个包的内容，看来得抽时间好好学习一下了。
前面分享了单个文件中的select列，filter行，列拆分等，实际中经常是多个数据表，综合使用才能回答你所感兴趣的问题。 本次简单的介绍多个表（文件）连接的方法。...一 载入数据，R包 library(tidyverse) x <- tribble( ~key, ~val_x, 1, "x1", 2, "x2", 3, "x3" )...如果x中的key变量，在y中有多个同样的key，那么所有的结合可能都会罗列出来 ?...a 变量和 y 表中的 b 变量，输出结果中使用的是 x 表中的变量。...semi_join函数 保留 x 表中与 y 表中的观测相匹配的所有观测 ?
线性泛基因组相关论文通常会获得基因存在缺失变异矩阵，接下来会使用这个矩阵构建进化树，今天的推文介绍一下使用iqtree软件利用基因存在缺失变异矩阵（0/1）矩阵构建进化树的代码 iqtree软件可以直接使用...conda进行安装 如果是0/1矩阵作为输入数据，iqtree需要用到的格式是phy这个格式 http://www.iqtree.org/doc/Tutorial image.png 我们那到的基因存在缺失变异矩阵通常的格式是...行是基因，列是样本的一个表格 image.png 这里我们用R语言把这个表格转换成iqtree需要的phy格式输入文件 R语言代码 library(tidyverse) read_tsv("2024...这里有一个小知识点，R语言里把数据框所有列合并成一列，可以用tidyr包中的unite函数。...把一列拆分成很多列可以用separate函数，参考这个链接 https://tidyr.tidyverse.org/reference/unite.html 这里的示例数据集来源于论文 Aspergillus
type='button']").click(function() { $("input[name='test']:checked").each(function() { // 遍历选中的checkbox...n = $(this).parents("tr").index(); // 获取checkbox所在行的顺序 $("table#test_table"...">第2列 第3列 第4列 第5列 1...input[type='button']").click(function() { $("input[name='test']:checked").each(function() { // 遍历选中的checkbox
数据描述 数据来源是我编写的R包learnasreml中的fm数据集。...使用R语言默认的方法：列选择 这一种，当然是简单粗暴的方法，想要哪一列，就把相关的列号提取出来，形成一个向量，进行操作即可。...而且，后面如果想要根据列的特征进行提取时（比如以h开头的列，比如属性为数字或者因子的列等等），就不能实现了。 这就要用到tidyverse的函数了，select，rename，都是一等一的良将。...5.2 放到环境变量中 「推荐的方法：」 r$> select = dplyr::select r$> a3 = a2 %>% select(ID,F1,y1,y2,y3) 推荐在载入包时，将下面代码放在开头...library(tidyverse) select = dplyr::select 6. 提取h开头的列 这里，用starts_with，会匹配开头为h的列。
机器学习已经成为继理论、实验和数值计算之后的科研“第四范式”，是发现新规律，总结和分析实验结果的利器。...机器学习涉及的理论和方法繁多，编程相当复杂，一直是阻碍机器学习大范围应用的主要困难之一，由此诞生了Python，R，SAS，STAT等语言辅助机器学习算法的实现。...在各种语言中，R语言以编程简单，方法先进脱颖而出,本次机器学习基于现代Ｒ语言，Tidyverse,Tidymodel语法。...一：基础知识1.Tidymodel,Tidyverse语法精讲2.机器学习的基本概念3.机器学习建模过程4.特征工程二：回归1.线性回归略谈2.岭回归3.偏最小二乘法4.Lasso回归与最小角度回归5....XGBOST5.总结图片五：其它方法1.支持向量机2.深度学习基础3.可解释的机器学习图片图片六：降维1.主成分分析2.广义低秩模型3.Autoenconders图片图片七：聚类与分类1.K-均值聚类2
Q：多个数据集，列数不一致，列名也不一致，如何按行合并，然后保留全部文件的变量并集呢？ A：使用 rbind.fill 函数试试！...数据集按列合并时，可以根据merge 或者 dplyr函数包的merge系列函数决定连接方式，达到数据合并的需求。...data1，data2，data3 列数不一致，列名也不一致，现在需要按行合并，可能的问题： 1）rbind： 是根据行进行合并（行叠加）但是要求rbind(a, c)中矩阵a、c的列数必需相等。...2）列数相同的时候，变量名不一致也会合并，导致出错 二 rbind.fill“智能”合并 列数不一致多个数据集，需要按行合并，尝试使用plyr包rbind.fill函数 library(plyr) rbind.fill...呐，就是这样，rbind.fill函数会自动对应数据列名，不存在的会补充列，缺失时NA填充。
image.png Conda是一个非常好用的工具，既可以管理packages，也可以管理和下载软件，还可以建立多个虚拟环境来独立运行多个版本的软件。...做生信常常用的一些包只支持老版本的R，一些新开发的包又只支持最新的R，这里我们用conda建立多个版本的R环境。...： conda env list 如需要安装特定版本的软件: conda install 软件名=版本号 最新Python的安装： conda create -n py37 python=3.7 #或者...： conda create -n r36 r=3.6 安装特定版本R conda install -c r r=3.6 #或 conda install r=3.6 conda来安装R的packages...https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/ conda install -c r r-dplyr 查看已创建的环境
作者：科研猫 | 西红柿 责编：科研猫 | 馋猫 背景 将竞争风险模型的cmprsk包加载到R中，使用cuminc()函数和crr()函数可以进行考虑竞争风险事件生存数据的单变量分析和多变量分析。...以往推文我们已经详细描述了基于R语言的实现方法，这里不再赘述。那么，您如何看待竞争风险模型呢？如何绘制竞争风险模型的列线图？在这里，我们演示如何绘制基于R的列线图。...主要原因是，如果哑变量出现在列线图中，结果将难以解释清楚。 因此，应避免在列线图中使用哑变量。 regplot包中的regplot()函数可以绘制更多美观的列线图。...mstate包中crprep()函数的主要功能是创建此加权数据集，如下面的R代码所示。然后，我们可以使用coxph()函数拟合加权数据集的竞争风险模型，再将其给regplot()函数以绘制列线图。...R中的riskRegression包可以对基于竞争风险模型构建的预测模型进行进一步评估，例如计算C指数和绘制校准曲线等。
Mysql中的列类型： 数字类型 字符串类型 布尔型 日期时间类型 数字类型： 1个字节=8比特，但数字里有一个比特用于符号占位 TINYINT 占用1个字节，表示范围：-128~127 SMALLINT...支持的范围是1000-01-01 ~ 9999-12-31 TIME 支持的范围是00:00:00 ~ 23:59:59 DATETIME 支持的范围是1000-01-01 00:00:00 ~ 9999...电话、手机号码：有格式要求 用户名：必须唯一 登录密码：密码不能为空字符串且长度不能少于N位 员工所在部门：可取值必须在部门表中存在过 主键约束： 列名 类型 PRIMARY KEY 声明为“...表中所有的记录行会自动按照主键列上的值进行排序。 一个表至多只能有一个主键列。 唯一约束： 列名 类型 UNIQUE 声明为“唯一”的列上不能出现重复值，但可以出现多个NULL值。...非空约束： 列名 类型 NOT NULL 声明为“非空”约束的列上不能出现NULL，但可以重复 检查约束对于Mysql不支持 默认值约束 列名 类型 Default 值 声明为“默认值”约束的列上没有值的将会默认采用默认设置的值
但是，你知道这个图解释变异的百分比吗？如果解释度很低，那也意义不大。...这我们就需要在PCA图中，将PC1和PC2的解释百分比附上面，比如PC1解释8%的变异，PC2解释4%的变异，那么这个PCA图可以解释12%的变异。 问题来了：如何计算PC1和PC2的解释百分比？...，分别是3个PCA的特征值 plink.eigenvec，特征向量，第三四五列是3个PCA的特征向量，作图用前两个PCA $ head plink.eigenvec 0 ID1 -0.032 0.0185407...PCA的百分比，以及PCA可视化： library(tidyverse) library(tidyverse) re1a = fread("plink.eigenval") re1b = fread("...一步到位 现在的问题是，样本的个数，还要查看，然后定义--pca number，再读取，可以在R中一步到位： 思路： 读取plink文件的fam，确定个数 R中调用plink，传参个数 作图 args
涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...*与 write.* load 与 save readRDS 与 saveRDS 数据操作流程 放本小抄在身边，随时查阅 Tidyverse https://github.com/tidyverse/...num_range starts_with ends_with one_of matches 行筛选 slice, filter, sample_n, sample_frac, top_n, distinct 列筛选...anti_join left_join, right_join, inner_join, full_join intersect setdiff union setequal 辅助查看两个数据集是否相同（不管行序） 变异动词...基础语法一致，也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？
图 2 输出的结果 先来分析图 1 是怎么变成图 2，图1 中的 tag1、tag2、tag3 三个字段都存在 NULL 值，且NULL值无处不在，而图2 里面的NULL只出现在这几个字段的末尾。...有一个思路：把每一列去掉 NULL 后单独拎出来作为一张独立的表，这个表只有两个字段，一个是序号，另一个是去 NULL 后的值。...比如 tag1 列变成 t1 表，tag2 列变成 t2 表,tag3 列变成 t3 表。...一个比较灵活的做法是对原表的数据做列转行，最后再通过行转列实现图2 的输出。具体的实现看下面的 SQL（我偷懒了，直接把原数据通过 SELECT 子句生成了）。...，按值在原表的列出现的顺序设置了序号，目的是维持同一列中的值的相对顺序不变。
Antd for Vue 的 Table 组件还是很方便的，今天就记录一下，如何让在一列中展示多个参数。...dataIndex 列数据在数据项中对应的 key，支持 a.b.c 的嵌套写法。 key Vue 需要的 key，如果已经设置了唯一的 dataIndex，可以忽略这个属性。...scopedSlots 使用 columns 时，可以通过该属性配置支持 slot-scope 的属性，如 scopedSlots: { customRender: 'XXX'}
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