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文献解读|环状RNA性质和功能

环状RNA功能和机制尚不完全清楚,最新研究表明环状RNA可以作为疾病潜在分子标记物,在疾病发生和发展中扮演重要角色。本文从以下几个方面对环状RNA进行了介绍 1....真核生物细胞中环状RNA性质 结构稳定性,大多数exonic环状RNA半衰期超过48小时,而mRNA平均半衰期为10小时,环状RNA这一特性得益于其闭合环状结构,对核酸外切酶具有耐受性 数量丰富...在不同物种间具有保守性,比如有科学家发现457个人类环状RNA可以在小鼠基因组上找到对应同源环状RNA 4....环状RNA作为疾病分子标记可能性 环状RNA在疾病发生和发展中扮演重要角色, 具有疾病分子标记潜能,已经有多篇文献报导了各种疾病中环状RNA作用,比如在胃癌,肝癌,肺癌,结肠癌,白血病等疾病中,...最后对环状RNA作为疾病分子标记可能性进行了总结和展望,环状RNA由于其稳定性,具有成为疾病分子标记可能,特别在外泌体研究中,相比其他RNA,环状RNA更加富集。

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R中优雅绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数,sina图是一种用于显示单个分类变量每个观测值图形。它与箱线图和小提琴图类似,但是它显示了每个单独数据点,这可以提供关于数据分布更多信息。...❞ 「sina图主要优点是它可以清楚地显示每个数据点,而不是简单地显示数据总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小数据集,其中每个数据点值都很重要。」...", direction=-1, labels=scales::label_number(suffix="TWh")) + # 设置x轴和y轴刻度...函数设置主题 cowplot::theme_minimal_grid(12, line_size = .3) + # 设置图例和轴样式 theme(legend.position = "top...unit="cm"), legend.justification = "center", legend.margin=margin(b=-15)) + # 设置颜色条样式

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文献解读|环状RNA调控父本基因表达

/articles/nsmb.2959 最初实验验证过环状RNA都是只由exon反向剪切构成,定义为exonic circRNA, 在本文中,科学家发现了一种新环状RNA,在该环状RNA中除了外显子外...环状RNA识别 首先通过CLIP技术,将RNA II型聚合酶结合RNA序列抓取下来,通过生物信息学分析,在这些序列中识别到了111个环状RNA, 对于其中丰度最高15个环状RNA, 通过RNase...R酶处理样本,然后设计引物扩增出了对应条带,证明了这些环状RNA真实存在,结果如下 ?...发现都存在intron区序列,这些包含内含子环状RNA, 和之前报告过可以作为miRNA sponge环状RNA和只由外显子构成环状RNA都不同,作者将它们定义为一类新环状RNA,并通过FISH...发现它们位于细胞和中,考虑到这些环状RNA和RNA II型聚合酶结合,作者认为它们具有调控转录功能。 2.

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使用IRESfinder分析环状RNA蛋白编码潜能

真核生物mRNA5’ 帽子结构可以介导核糖体结合,从而开启翻译过程,circRNA由于是一个闭合环状结构,缺失了5’端帽子结构,所以归类为非编码RNA一种。...随着环状RNA研究深入,有科学家发现部分环状RNA可以编码蛋白。...除了常见5’帽子结构介导核糖体结合外,还存在了一种特殊情况,在一些基因上存在一段长度在150-250bp序列,这些序列能够折叠成类似tRNA结构,介导核糖体与RNA结合,起始蛋白质翻译。...能够编码蛋白环状RNA上就是通过IRES来实现翻译过程,为例研究环状RNA蛋白编码潜能,有学者开发了识别IRES软件,IRESfinder就是这样一款软件,用于识别真核生物IRES位点,网址如下...https://github.com/xiaofengsong/IRESfinder 利用实验验证过583个人类IRES序列,挑选了19个kmer用于区分IRES和非IRES序列,在论文中,给出了测试数据集中二种序列

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circRNADisease:疾病相关环状RNA数据库

circRNADisease是一个手工整理疾病相关环状RNA数据库,网址如下 http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 目前该数据库中收录了330个circRNA...,48种疾病,354个circRNA和疾病之间关联数据。...该数据库中环状RNA包括circBase id和circRNA name两种,对于每个环状RNA和疾病关联数据,给出了检测方式,环状RNA在患病者中表达趋势,相关文献pubmed id,点击details...通过该数据库,可以方便得到已经报导环状RNA与疾病关联数据。...值得一提是,所谓环状RNA与疾病关联,其实就是检测相比正常组织,患者组织中差异表达环状RNA,方法包括转录组测序,芯片,qPCR等手段,只是一种简单关联,并没有深入挖掘circRNA在疾病中具体作用

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. | 用于药物开发环状

环状肽是由氨基酸组成多肽链,它们在远距离位置连接形成大环状结构。在自然界中发现了形状、大小和化学成分多样环状肽,展示了环状肽作为一类分子巨大结构多样性。...许多环状肽显示出显著生物活性,范围从复杂生物过程信号分子到防御用化学武器,这表明了环状功能能力。目前,有超过40种来自自然或其衍生物环状肽被用作治疗剂。...这种应用范围较窄与环状膜透过性通常较低有关,特别是对于大型和极性环状肽。然而,有几个例子表明,较小环状肽能够靶向细胞内蛋白和/或可以口服给药,表明环状肽可以跨膜和/或口服。...环状有利特性 鉴于环状肽众多有利特性,包括卓越结合性、良好稳定性等,自然界使用环状肽作为执行重要生物学功能配体并不令人惊讶。 环状肽可以比线性类似物更高亲和力地结合到靶点。...因为环状肽在溶液中比线性体更不灵活,所以结合到靶点时熵惩罚更低(图2a)。线性肽可以采取更多构象,而环状肽由于其环状结构限制,能够采取构象数量较少。

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CSCD:肿瘤特异性环状RNA数据库

CSCD收录了肿瘤特异性环状RNA, 采用生物信息学手段分析87个肿瘤样本中circRNA, 并筛选出只在肿瘤患者中表达环状RNA,该数据库网址如下 http://gb.whu.edu.cn/CSCD.../ 目前共收录了272152个肿瘤特异性环状RNA,在利用RNA_seq数据分析环状RNA过程中,使用了以下4款软件来识别环状RNA CIRI find_circ circRNA_finder circexplorer...点击每行环状RNA,在右侧面板会给出来源基因和该环状RNA详细信息,对于来源基因,详细信息如下所示 1. overview 这部分将基因结构进行可视化,矩形区域代表外显子,黑色实线代表内含子,同时用曲线标记环状...对于环状RNA,详细信息如下所示 1. overview 这部分对环状RNA结构进行可视化,同时提供了对应miRNA结合位点,蛋白结合位点,ORF区域可视化,示意如下 ?...ORF ORF代表开发阅读框,用于分析circRNA编码潜能,结果如下所示 ? 该数据库数据是可以免费下载,其分析肿瘤特异性思路以及针对环状RNA分析内容值得借鉴。

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Cell|高精度从头设计可透膜环状多肽

但蛋白质结构预测这个任务在新药发现上落地应用却鲜见报道。 David Baker,作为蛋白质结构预测领域领军人物,这次选择了环状多肽作为蛋白质结构预测落地应用场景。...同前两者相比,多肽药物市场一直偏小,这与其自身存在诸多缺陷是分不开。首先,是多肽药物稳定性问题,多肽药物因为其众多肽键存在而容易被体内肽酶水解。...David Baker选择了环状多肽这样一类结构来解决它稳定性问题。其次,便是跟透膜性密切相关口服问题,这也是多肽药物未能同小分子药物一样普及开来最关键问题所在。...2.结果 作者扩展了 generalized kinematic closure(genKIC)方法,随机生成~106个6-12个残基聚甘氨酸肽N-C环状骨架构象集合,把有2对以上主链氢键形成构象取出...总的来说,几乎所有没有暴露NH基团多肽都是可穿膜。与非设计大环化合物结果相反,透膜性和大小之间没有强烈相关性;事实上,一些10个和11个残基肽是高度可穿膜

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circinteractome:环状RNA与RBP以及miRNA结合数据库

随着高通量测序和生物信息发展,识别到环状RNA数量在不断增加,但是大部分环状RNA生物学功能仍然是未知。...为了探究环状RNA功能,有学者整理了环状RNA与RBP,miRNA之间调控信息,构建了circinteractome数据库,网址如下 https://circinteractome.nia.nih.gov...从circbase获取环状RNA基因组位置信息,通过UCSC提取环状RNA序列,利用环状RNA头尾相连构成junction reads,查询CLIP等数据分析结果,得到环状RNA与RBP蛋白结合信息...Divergent Primers 通过PCR扩增环状RNA序列时,PCR引物方向和常规线性RNA是不同,图示如下 ?...该数据库不仅提供了环状RNA与RBP,miRNA调控网络,还可以帮助我们设计PCR引物来验证环状RNA,或者设计siRNA干扰环状RNA表达,帮助我们研究其功能。

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circR2Disease:疾病相关环状RNA数据库

human mouse rat 最新版收录了661个环状RNA,100种疾病,739个环状RNA和疾病之间关联数据。...该数据库中记录都是从文献中整理得到,如果环状RNA来自circBase数据库,会给出对应超链接,否则只会给出文献中命名。...和同类型数据库一样,都会给出疾病名称,检测方式,环状RNA在患病者中表达趋势,相关文献pubmed id等信息。...通过这种类型数据库,我们不仅可以检索环状RNA和疾病之间关系,还可以构建环状RNA和疾病之间互作网络,示意如下 ?...上图中矩形代表疾病名称,圆形代表环状RNA,通过不断丰富环状RNA和疾病之间网络,可以对环状RNA在疾病中作用有一个更加清楚,深入理解。

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液压卡盘故障排除

完成零问题或锥度。 液压不正确 调整液压。 卡盘设置不正确 检查卡盘设置。 卡爪松动或损坏 检查卡盘。 未达到指令压力。 在指定超时时间内未达到指令设备压力。...夹紧和松开夹头观察液流量是否从正确软管位置流出。 如果一条软管没有发生流量或仅发生流量,请通过拆下激活电磁阀并检查其是否有可能导致堵塞碎片或其他碎屑来排除根本原因。...缺乏润滑可以大大减少卡盘夹紧力。 卡盘设置 纠正措施: 为正在使用材料选择正确钳口类型。 粗硬未加工棒料可以通过硬质卡爪更好地固定。 用柔软的卡爪可以更好地夹住干净或翻转棒料。...夹紧时,使用塞尺检查卡盘卡爪和工件之间间隙。确保卡爪抓住卡爪冲程中间。 在切割软卡爪之前,使用溅动或钻孔环正确加载卡盘。 卡盘卡爪 纠正措施: 拆除工件,然后夹紧卡盘。...如果有运动,检查是主卡爪还是可拆卸卡爪移动。 如果主卡爪有运动,卡盘会损坏。 如果可拆卸卡爪有运动,则检查螺栓长度和 T 型螺母。

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铝合金数控加工常用铣刀选择

数控编程、车铣复合、普车加工、Mastercam、行业前沿、机械视频,生产工艺、加工中心、模具、数控等前沿资讯在这里等你哦 铝合金加工常用立铣刀 图1 整体硬质合金立铣刀 图2 波纹立铣刀 图3焊立铣刀...直径为32、40铣刀多以焊式,波纹式、可转位式为主。...3、焊立铣刀(图3) 两刃焊立铣刀,刃长60mm,刀具总加工长度120mm,该刀具较波纹铣刀具有较好抗震性,加工表面质量较高,缺点是加工范围小,刀具易崩刃,刀具使用寿命短。...4、Φ32整体圆角可转位立铣刀(图4) 该铣刀是时速250公里动车组技术引进时典型工具,刀体与刀柄连在一起,做成整体式结构,刀具具有良好动平衡性能,可承载8000--12000转/分钟下粗加工与半精加工...,在铣削方孔、圆孔加工中,具有较强切削抗力和较高表面加工质量;底刃刀片过中心,可实现轴向与径向双向进给。

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