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基于神经网络的迁移学习用于单细胞RNA-seq分析中的聚类和细胞类型分类

今天给大家介绍由美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院生物统计学,流行病学和信息学系Jian Hu等人在《Nature Machine Intelligence》上发表了一篇名为“Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis”的文章。文中提出了一种迁移学习算法ItClust,这是一种监督的机器学习方法,该方法借鉴了现有的受监督细胞类型分类算法的思想,利用了从源数据中学到的特定细胞类型的基因表达信息,来帮助对新生成的目标数据进行聚类和细胞类型分类。通过使用不同的scRNA-seq数据进行全面的评估,发现ItClust能够显著的提高聚类和细胞类型分类的准确性。随着scRNA-seq在生物医学研究中的日益普及,未来希望ItClust将更好地利用大量现有的经过良好注释的scRNA-seq数据集,并使研究人员能够准确地对研究中的细胞进行聚类和注释。

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Integrated Recognition, Localization and Detection using Convolutional Networks

我们提出了一个使用卷积网络进行分类、定位和检测的集成框架。我们认为在一个卷积网络中可以有效地实现多尺度和滑动窗口方法。我们还介绍了一种新的深度学习方法,通过学习预测目标的边界来定位。然后,为了增加检测的置信度,对边界框进行累积而不是抑制。我们证明了使用一个共享网络可以同时学习不同的任务。该集成框架是ImageNet Large scale evisual Recognition Challenge 2013 (ILSVRC2013)定位任务的获胜者,在检测和分类任务上获得了非常有竞争力的结果。在比赛后的工作中,我们为检测任务建立了一个新的技术状态。最后,我们从我们最好的模型中发布了一个名为OverFeat的特性提取器。

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