python操作excel主要用到xlrd和xlwt这两个库,即xlrd是读excel,xlwt是写excel的库。
任何输入都会作为编辑命令,而不会出现在屏幕上,若输入错误则有“岬”的声音;任何输入都引起立即反映
六、基本编辑 插入、删除、剪切、复制等构成了基本的文本编辑操作,vi 也以其特殊的方式支持这些操作。 0.撤销-u命令 同时 vi 还支持有限形式的撤销操作,在命令模式下按 U 键(u命令)就
记录下自己对RNA-seq基因注释的学习,并对Drop-seq软件包中的注释模块进行代码研读
我以前的文章介绍过grep了,今天我就来说一下第二个sed,它是stream editor的缩写。在Linux的文本文件中文本存储都是一行,显示时表现的多行其实都是因为有换行符的存在,例如:文本是:abc$def$ghi 显示出来就是三行了。Sed就是一个行编辑器,它一次读一行文本进行操作,然后根据我们的选择看是否同步到文本之中。还有一个叫awk的,在Linux上叫做gawk(gnu awk),它是一个文本格式化工具,我们下一篇文章再说。 工作机制:每次读取一行文本至“模式空间(pattern space)
在NGS数据分析中,常常需要对fasta/fastq文件进行一些处理,fastx_toolkit是一款综合性的工具,提供了很多有用的功能,能够简单方便的处理序列文件。官网如下
腾讯分布式数据仓库(Tencent distributed Data Warehouse, 简称TDW)基于开源软件Hadoop和Hive进行构建,并且根据公司数据量大、计算复杂等特定情况进行了大量优化和改造,目前单集群最大规模达到5600台,每日作业数达到100多万,已经成为公司最大的离线数据处理平台。为了满足用户更加多样的计算需求,TDW也在向实时化方向发展,为用户提供更加高效、稳定、丰富的服务。 TDW计算引擎包括两部分:一个是偏离线的MapReduce,一个是偏实时的Spark,两者内部都包含了一个
基本上vi可以分为三种状态,分别是命令模式(command mode)、插入模式(Insert mode)和底行模式(last line mode),各模式的功能区分如下:
HBase应用场景非常广泛;社区前面有一系列文章。大家可以到社区看看看;张少华同学本篇主要讲HBase的MOB压缩分区策略介绍,非常赞!大力推荐!
一、复习 文件的操作 import codecs with codecs.open("aaa.txt", "w") as f: f.writelines("this\nis\na\ntest\nfile!!") 高阶函数:sorted dict1 = dict(a=1, b=2) print(sorted(dict1.items(), key=lambda d:d[1])) 输出://以列表的方式输出 [('a', 1), ('b', 2)] 如果需要以字典形式的方式输出,则
碎碎念:今天马拉松入门课程已经结课了,而我才补课到12天,呜呼!原本觉得自己R学的很好想直接跳到转录组,没有linux的基础根本听不懂,还得一步一步慢慢来。直播课连上3小时已经很难坚持了,补课的时候没有互动更加难熬,唯一的好处是听不懂的地方可以反复拖回来看,只能用这个勉强安慰一下自己了(;′⌒`)
S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解,因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数,需要细致的讲解)
+/PATTERN:打开文件后,直接让光标处于第一个被PATTERN匹配到的行的行首 vim + file 直接打开file,光标在最后一行
在Linux的世界中,有着一个文本三剑客的称呼,它们分别代表grep(文本过滤),sed(流编辑器),awk(gawk)(报告生成器)。 它们是强大的文本处理工具,了解并掌握它们,可以让你对文本的处理更加从容和轻松。 今天我们主要是围绕sed来进行分析。 一、初识sed sed:Stream Editor 从名字上也可以直观的了解到它是一个流编辑工具。何为流编辑器?就是把文本中的文字按照特定的分隔方式,进行数据流处理。sed就是基于这种方式,它是以换行符以分隔单位,对文本进行逐行的处理。 ---- 二、
总结了一下常见集中排序的算法 归并排序 归并排序也称合并排序,是分治法的典型应用。分治思想是将每个问题分解成个个小问题,将每个小问题解决,然后合并。 具体的归并排序就是,将一组无序数按n/2递归分解成
原文链接:https://my.oschina.net/liuyuantao/blog/749329 总结了一下常见集中排序的算法 归并排序 归并排序也称合并排序,是分治法的典型应用。分治思想是将每个
总结了一下常见集中排序的算法 归并排序 归并排序也称合并排序,是分治法的典型应用。分治思想是将每个问题分解成个个小问题,将每个小问题解决,然后合并。 具体的归并排序就是,将一组无序数按n/2递归分解
归并排序也称合并排序,是分治法的典型应用。分治思想是将每个问题分解成个个小问题,将每个小问题解决,然后合并。
花了两天时间写了一个Excel数据转换脚本,原需求除了要把数据转存到Mysql中,还要对每一条数据进行拆分和重组,并不容易。最终我利用R语言完成了这个小需求,本着总结学习的想法,在此处将多余逻辑删除,抽离出了最基本的Excel转存Mysql的功能,这样也可以算一个小轮子了。(仅做学习用,Navicat等工具可以直接导入Excel)
后面会把前端进阶的课程内容都总结一遍。有些都是很常见的知识,但是为了梳理自己的知识树,所以尽量模糊的地方都会记录
下载安装包: https://github.com/alibaba/canal/releases canal.kafka-1.1.0.tar.gz
这里绘制的生存曲线是比较简单的,更详细的生存曲线教程请参见R语言统计与绘图:ggsurvplot()函数绘制Kaplan-Meier生存曲线这篇推文。
Python 可以通过内置函数 open() 获取文件对象,然后进行创建和读写操作,该内置函数返回一个文件对象
sambamba 主要是由Artem Tarasov开发的一款高效的生物信息学工具,主要用于处理大规模的测序数据,尤其是针对SAM/BAM格式的文件。这个软件的设计目的是为了提供比现有工具(samtools)更快的性能,特别是在多核处理器系统上,它利用多核处理并显著缩短处理时间。其具有以下特性:
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。
可读写模式,r+,w+,x+,a+,这几种模式还遵循了 r,w,x,a的基本原则。
如果你没有合适的工具,编辑视频可能会是一件非常痛苦的事情。我们知道有很多工具可用于图像编辑,可以快速裁剪图像、调整图像大小或处理图像,但不能对视频执行批量的操作。
Git 是一个分布式的代码管理容器,本地和远端都保有一份相同的代码。 Git 仓库主要是由是三部分组成:本地代码,缓存区,提交历史,这几乎是所有操作的本质,但是为了文章更加简单易懂,就不围绕这块展开了,有兴趣的可以去了解下。 开门见山,我们直接来说说 Git 有哪些常见的操作。
本文是鉴于有些粉丝的工作需求,有时候需要遇到这些文件的处理。因此,我写了一个文章集合,供大家参考,整篇文章已经整理成册(如下图所示)。由于文档获取人数太多,大家如有需求,请关注公众号:【数据分析与统计学之美】,回复关键词:【自动化文档】!
本文介绍sublime text3的使用,至于安装请参考我的文章Sublime Text3+Golang搭建开发环境
因为项目需要对大量数据进行排序计算top k,开始了解并行计算框架,接触了spark,spark都是用scala写的,所以为了了解spark,恶补了一阵scala语言。 这是一种非常简练的函数式语言,最让我感觉兴趣的就是它天然支持并行计算,并且因为生成的目标代码是java虚拟上的class,所以与java有着天然的亲和力。可以与java代码之间自由的互相调用。 原本是想通过spark架构来实现大数据的快速排序(实现top k),仔细研究了spark后发现有难度,就暂时放弃了这个方案。但是想到了新的解决方法,就是利用scala(研究spark的副产品)的并行特性来实现大数据的快速排序模块,加入到系统中,供java代码调用。。。 下面的代码就是这个模块的核心排序算法。 总体的流程就是:
下面演示对Mat对象中的每个像素点的值都进行取反操作,并且分别用这三种方法实现像素操作。
sort命令是在Linux里非常有用,它将文件进行排序,并将排序结果标准输出。sort命令既可以从特定的文件,也可以从stdin中获取输入。 语法:
排序算法可以说是数据结构与算法当中最为基础的部分,针对的是数组这一数据结构。将数组中的无序数据元素通过算法整理为有序的数据元素即为排序。
标准容器定义的操作比较少,我们需要其他的一些函数来操作容器,比如查找,排序,这些算法不依赖容器类型。
分治算法是一种很古老但很务实的方法。本意即使将一个较大的整体打碎分成小的局部,这样每个小的局部都不足以对抗大的整体。战国时期,秦国破坏合纵的连横即是一种分而治之的手段;十九世纪,比利时殖民者占领卢旺达, 将卢旺达的种族分为胡图族与图西族,以图进行分裂控制,莫不如是。
如果仅仅是普通的合成,例如一个底图和一个PNG水印图片合成,直接使用canvas的drawImage()方法即可,语法如下:
本篇主要介绍interval, intidx, split, extractFields这四个命令。
通过前面两篇的基础学习,我们对NPOI有了一定了了解,下面就开始进入实战,解析下面格式的Excel(下面只是列举了几个例子),并保存入库
vi编辑器是所有Unix及Linux系统下标准的编辑器,它的强大不逊色于任何最新的文本编辑器,这里只是简单地介绍一下它的用法和一小部分指令。由于对Unix及Linux系统的任何版本,vi编辑器是完全相同的,因此您可以在其他任何介绍vi的地方进一步了解它。Vi也是Linux中最基本的文本编辑器,学会它后,您将在Linux的世界里畅行无阻。
VCF 是生物信息分析中非常重要的一种格式。主要用来描述基因组突变的信息,无论是检测出来的 SNP,indel,cnv,还是 SV,都可以存储格式都为 vcf 格式。从比对生成的 bam 文件中,将潜在变异信息筛选出来,就是 vcf 格式。vcf 是一种列表格式,里面包含很多的内容。需要掌握每一列的信息,并能使用相对应的软件对 vcf 进行处理。处理 VCF 格式软件主要包括 bcftools,vcftools,gatk,python pyvcf,plink 等。
Vim(Visual Interface|可视化接口),在linux中常常使用的工具,是进行Linux嵌入式编程的必备工具之一; vim最大的贡献就是它的按键系统这也是为什么chrome、idea、atom等编辑器都会提供一个vim mode;
open(file, mode='r', buffering=-1, encoding=None, errors=None, newline=None, closefd=True, opener=None)
HBase的下载与安装 (HBase是一种数据库:Hadoop数据库,它是一种NoSQL存储系统,专门设计用来快速随机读写大规模数据。本文介绍HBase的下载与安装的整个过程。) 一、HBase的下载 1.登录HBase官网http://hbase.apache.org/,可看到如图1所示的页面: 图1 登录HBase官网的页面 2.点击图1中的红色小框中的“here”,进入如图2所示的页面。 图2 下载链接 3.点击图2中的红色小框中的链接,进入如图3所示的下载页面。 图3 下载
树的深度通常从0开始计,故层数等于n+1,后续统一用深度 可以得到,这个算法的时间复杂度是:
正则表达式可以拼接,如果A和B都是正则表达式,那么 AB也是正则表达式.如果字符串p匹配A并且另一个字符串q匹配B, 那么pq可以匹配 AB.这就构成了由简单构建复杂的基础.除非:
在Python开发过程中,为了实现某项功能,经常需要对某些字符串进行特殊处理,如拼接字符串、截取字符串、格式化字符串等。下面将对Python中常用的字符串操作方法进行介绍。
要注意的是,有些命令不支持正则模式,比如fs、find等,有些是支持正则的,比如grep、awk、sed等。正则的语法和js中的正则几乎没有区别,下面仅简单罗列下常用的正则:
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