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更快的处理bam数据—Sambamba

【直接从数据中清除被识别为重复的reads】 -t: #设定使用的线程数量 -l: #指定结果文件的压缩级别,范围从 0(无压缩)到 9(最大压缩) -p: #在标准错误输出 (STDERR) 中显示进度条...在排序过程中进行read过滤,仅保留对后续分析有用的数据 index — 建索引 用于为按坐标排序的 BAM 文件创建索引。...chr3_200k-300k.sorted.bam -t: #设定使用的线程数量 -l: #指定结果文件的压缩级别,范围从 0(无压缩)到 9(最大压缩) -p: #在标准错误输出 (STDERR...> d0_stat.csv -l: #指定结果文件的压缩级别,范围从 0(无压缩)到 9(最大压缩) -p: #在标准错误输出 (STDERR) 中显示进度条 -b: #以 CSV 格式输出结果...COVTHRESHOLD: 提供一个或多个覆盖度阈值,对于每个阈值,会添加一个额外的列,显示区域中覆盖度超过此值的碱基的百分比 window模式特定选项 -w, --window-size=WINDOWSIZE

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Echarts数据可视化全解注释

非类目轴,包括时间,数值,对数轴,boundaryGap是一个两个值的数组,分别表示数据最小值和最大值的延伸范围,可以直接设置数值或者相对的百分比,在设置 min 和 max 后无效['20%', '20%...非类目轴,包括时间,数值,对数轴,boundaryGap是一个两个值的数组,分别表示数据最小值和最大值的延伸范围,可以直接设置数值或者相对的百分比,在设置 min 和 max 后无效['20%', '20%...非类目轴,包括时间,数值,对数轴,boundaryGap是一个两个值的数组,分别表示数据最小值和最大值的延伸范围,可以直接设置数值或者相对的百分比,在设置 min 和 max 后无效['20%', '20%...非类目轴,包括时间,数值,对数轴,boundaryGap是一个两个值的数组,分别表示数据最小值和最大值的延伸范围,可以直接设置数值或者相对的百分比,在设置 min 和 max 后无效['20%', '20%...非类目轴,包括时间,数值,对数轴,boundaryGap是一个两个值的数组,分别表示数据最小值和最大值的延伸范围,可以直接设置数值或者相对的百分比,在设置 min 和 max 后无效['20%', '20%

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    记录--Echart配置参数介绍

    丰富的API和文档:Echarts提供了丰富的API供开发者调用,同时官方文档也非常详细和全面,这使得学习和使用Echarts变得相对容易。...分隔区域会按数组中颜色的顺序依次循环设置颜色。默认是一个深浅的间隔色。...非类目轴,包括时间,数值,对数轴,boundaryGap 是一个两个值的数组,分别表示数据最小值和最大值的延伸范围,可以直接设置数值或者相对的百分比,在设置 min 和 max 后无效 ['20%',...可以设置成特殊值 'dataMax',此时取数据在该轴上的最大值作为最大刻度。不设置时会自动计算最大值保证坐标轴刻度的均匀分布。...默认自动判定(即如果标签重叠,不会显示最小 tick 的 label) showMaxLabel:null, // 是否显示最大 tick 的 label。

    24110

    【C语言刷题——Leetcode12道题】带你起飞,飞进垃圾堆

    给定两个整数 left 和 right ,返回一个列表,列表的元素是范围 [left, right] 内所有的 自除数 。...字符串中的最大奇数 给你一个字符串 num ,表示一个大整数。请你在字符串 num 的所有 非空子字符串 中找出 值最大的奇数 ,并以字符串形式返回。如果不存在奇数,则返回一个空字符串 “” 。...找出数组的最大公约数 给你一个整数数组 nums ,返回数组中最大数和最小数的 最大公约数 。 两个数的 最大公约数 是能够被两个数整除的最大正整数。...将 nums 按 非递减 顺序排序后,返回由 nums 中目标下标组成的列表。如果不存在目标下标,返回一个 空 列表。返回的列表必须按 递增 顺序排列。...字母在字符串中的百分比 给你一个字符串 s 和一个字符 letter ,返回在 s 中等于 letter 字符所占的 百分比 ,向下取整到最接近的百分比。

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    影视后期丨Adobe Audition安装教程-AU软件全版本下载地址 +干货分享

    Au进行平均以计算最小RMS和最大RMS值的一系列这样的窗口;要获得最准确的RMS值,动态范围较广的音频使用宽窗口,动态范围较窄的音频使用窄窗口)04编辑器 & 混音器编辑器是 Audition 剪辑音频最主要的工作区...Pass Filter)为低通滤波器,表示是否过滤掉高频/低频波段常量:切换Q值/宽度,超静音可消除噪音和失真范围:切换显示范围(30dB/90dB)5、调制① 和声(通过少量反馈添加多个短延迟)模拟多个语音或乐器...较低值可产生发泡声音背景噪声)窗口宽度:每个 FFT 窗口的百分比b. “鉴别” 选项卡帮助识别中置声道的设置。...),值大于零将产生更高音色(如,使男声像女声),小于零的值则相反音调一致:保持乐器/人声的音色高级(Audition)拼接频率:确定当保留音高或节拍同时拉伸波形时,每个音频数据块的大小重叠:每个音频数据块与相邻块的重叠程度选择适当的默认值...:为“拼接频率”和“重叠”应用合适的默认值恒定元音:在伸缩的人声中保留元音的声音干货分享Adobe Audition是一款特别专业的音频处理编辑软件,很多需要对音频进行处理的小伙伴们都会使用这款软件,软件的功能非常的丰富

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    EXPLAIN 使用分析

    表示表的连接类型 possible_keys 表示查询时,可能使用的索引 key 表示实际使用的索引 key_len 索引字段的长度 ref 列与索引的比较 rows 扫描出的行数(估算的行数) filtered 按表条件过滤的行百分比...id相同时,执行顺序由上至下; 如果是子查询,id的序号会递增,id值越大优先级越高,越先被执行; id如果相同,可以认为是一组,从上往下顺序执行;在所有组中,id值越大,优先级越高,越先执行。...ref: 非唯一性索引扫描,返回匹配某个单独值的所有行,本质上也是一种索引访问,它返回所有匹配某个单独值的行,可能会找多个符合条件的行,属于查找和扫描的混合体。...查询中如果使用覆盖索引(select 后要查询的字段刚好和创建的索引字段完全相同),则该索引和查询的select字段重叠,仅出现在key列表中。...Using where 表明使用where过滤 using join buffer 使用了连接缓存 impossible where where子句的值总是false,不能用来获取任何元组 select

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    leveldb实现分析

    每个文件内的数据按key有序存储。level 0的文件是由内存中的Immutable Memtable做campaction导出来的。该层文件之间的key范围可能会存在重叠。...其他层的sstable是由本省的文件和上一层的文件做归并排序(compaction)导出来的。文件可能在归并后被删除。除了level0,其他层level内不同文件之间key的范围不会存在重叠。...数组的大小是这个节点的高度,数组的值指向下一个node节点。随机生成一个小于最大值的数作为当前要插入节点的高度。 每次插入从最高层去比较找到要插入点的前驱node指针。...(1)触发时机:满足一下任意一个条件 level0的文件个数太多,超过指定值。(level0 的sst文件是由memmtable做compaction生成的,文件之间的key范围有可能重叠。)...循环期间会有一个判断,如果当前所有遍历过的key在grandparents中重叠范围大于指定的值后,会提前停止compaction。

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    【人工智能】Transformers之Pipeline(二十七):蒙版生成(mask-generation)

    在数据收集循环中使用facebook的高效模型,facebook构建了迄今为止最大的分割数据集,在 1100 万张获得许可且尊重隐私的图像上包含超过 10 亿个掩码。...points_per_batch(可选,整数,默认为 64)— 设置模型同时运行的点数。数字越大,速度越快,但会占用更多 GPU 内存。...stable_score_thresh ( float,可选,默认为 0.95) — 中的过滤阈值[0,1],使用在用于二值化模型的掩模预测的截止值变化下的掩模稳定性。...crops_nms_thresh(float,可选,默认为 0.7)— 非最大抑制用于过滤重复蒙版的框 IoU 截止值。...crop_overlap_ratio ( float,可选,默认为512 / 1500) — 设置裁剪重叠的程度。在第一个裁剪层中,裁剪将重叠图像长度的这一部分。后续裁剪较多的层将缩小重叠部分。

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    Sentry 监控 - Discover 大数据查询分析引擎

    诸如在过滤器中添加或排除值、打开选定版本或查看底层问题堆栈等操作: 如果第一列显示图标(如上所示),则表示事件已堆叠。单击该图标可查看完整的事件列表。...使用搜索栏输入这些 key 并为其分配值。这将过滤您的事件列表。这是内置的 key fields。...https://docs.sentry.io/product/sentry-basics/search/#using-or-and-and 您还可以通过将值放在列表中来搜索同一 key 的多个值。...标签摘要分面图(或分面图)是按频率排序的前 10 个 key 的可视化。最常见的标签值(tag value)直接列在说明(description)和百分比(percentage)的栏上方。...Sentry 监视不同类型的事件的错误和性能。要查询问题(issues),请在搜索栏中按 event.type:error 进行过滤。

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    Python 算法高级篇:桶排序与基数排序

    Bucket 9: [ ] 然后,我们将列表中的元素分别放入这些桶中,根据个位数的值将它们分配到不同的桶中。...请注意,桶排序对于小范围内的整数或浮点数非常高效,但对于稀疏数据或数据范围较大的情况,可能不如其他排序算法高效。 什么是基数排序? 基数排序是一种非比较性排序算法,它将整数按照位数进行排序。...基数排序通常用于对整数进行排序,特别是对于具有相同位数的整数集合。 基数排序的基本步骤 1 . 将整数按照个位数的值分成 10 个桶,每个桶包含相同个位数的整数。 2 ....基数排序的示例 让我们看一个基数排序的示例,假设我们有一个整数列表: [170, 45, 75, 90, 802, 24, 2, 66] 首先,我们按照个位数的值将它们分成 10 个桶: Bucket...它对于整数排序非常高效,尤其是当整数具有相同位数时。但对于不同位数的整数,需要在每一轮排序后重新分桶,因此它不太适合对范围广泛的整数排序。

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    mysql 分区键_mysql分区

    分区对应用来说是完全透明的,不影响应用的业务逻辑 创建分区,是对数据表,和索引表,同时创建分区的。...list分区:类似range分区,区别在于list分区是基于枚举的值列表分区,range是基于给定的连续区间范围分区 hash分区:基于给定的分区个数,把数据分配到不同的分区 key分区:类似与hash...VALUES LESS THAN MAXVALUE :比最大值大的其他值的分区;list中不存在; 在5.5版本后,range支持非整数 分区;使用关键字 PARTITION BY RANGE COLUMNS...,不能缩小;即 p2 范围>=40; 拆分与合并,后范围只能变大,不能缩小; 同时不能与其他分区 重叠,即只能够重新定义相邻的分区,不能跳分区进行重定义; hash和key分区管理: hash分区,删除...:增,删,合并,拆分; 拆分与合并,后范围只能变大,不能缩小; 同时不能与其他分区 重叠,只能够重新定义相邻的分区,不能跳分区进行重定义; hash:删,增; 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https

    3.8K30

    Python 数据处理:Pandas库的使用

    ---- 2.3 索引、选取和过滤 Series索引(obj[…])的工作方式类似于 NumPy 数组的索引,只不过Series的索引值不只是整数。..._.j] 通过整数位置,同时选取行和列 df.at[label_i, label_j] 通过行和列标签,选取单一的标量 df.iat[i,j] 通过行和列的位置(整数),选取单一的标量 reindex...通过标签选取行或列 get_value, set_value 通过行和列标签选取单一值 ---- 2.5 整数索引 处理整数索引的 Pandas 对象常常难住新手,因为它与 Python 内置的列表和元组的索引语法不同...describe 针对Series或各DataFrame列计算汇总统计 min、max 计算最小值和最大值 argmin、argmax 计算能够获取到最小值和最大值的索引位置(整数) idxmin、idxmax...”的布尔型数组 match 计算一个数组中的各值到另一个不同值数组的整数索引;对于数据对齐和连接类型的操作十分有用 unique 计算Series中的唯一值数组,按发现的顺序返回 value_counts

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    【愚公系列】2023年11月 Winform控件专题 numericUpDown控件详解

    最大值、步长等属性。...需要注意的是,当启用InterceptArrowKeys属性时,用户可以通过键盘输入任何数字,而不仅仅是整数或浮点数范围内的数字。...在使用NumericUpDown控件时,我们可以设定控件的最大值和最小值,这可以通过设置Maximum和Minimum属性来实现。...2.在属性窗口中找到Maximum和Minimum属性,将它们的值分别设置为你想要的数字范围的最大值和最小值。3.保存窗体并运行程序。...数值统计NumericUpDown控件还可以用来显示和编辑数值统计信息,比如平均值、总数、最大值、最小值等。通过设置ReadOnly属性为true,禁止用户编辑数值,只能查看。

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    Pandas 秘籍:1~5

    由于列都是数字,因此此操作按预期进行。 每列中都有一些缺失值,但在操作后它们仍然缺失。 从数学上讲,添加.005应该足够,以便下一步的底数分割正确舍入到最接近的整数百分比。...更多 可以按升序对一列进行排序,而同时按降序对另一列进行排序。 为此,请将布尔值列表传递给ascending参数,该参数与您希望对每一列进行排序的方式相对应。...四、选择数据子集 在本章中,我们将介绍以下主题: 选择序列数据 选择数据帧的行 同时选择数据帧的行和列 同时通过整数和标签和选择数据 加速标量选择 以延迟方式对行切片 按词典顺序切片 介绍 序列或数据帧中数据的每个维度都通过索引对象标记...序列和数据帧索引器允许按整数位置(如 Python 列表)和标签(如 Python 字典)进行选择。.iloc索引器仅按整数位置选择,并且与 Python 列表类似。....布尔数组的整数位置与数据帧的整数位置对齐,并且过滤器按预期进行。 这些数组也可以与.loc运算符一起使用,但是它们对于.iloc是必需的。 步骤 6 和 7 显示了如何按列而不是按行进行过滤。

    37.6K10

    EMR入门学习之YARN的基本操作(十五)

    一、YARN CapacityScheduler调度器 简介 CapacityScheduler允许多租户安全地共享大型集群,以便在分配的容量限制下及时为其应用程序分配资源,同时最大化吞吐量和群集的利用率...可以通过在yarn.scheduler.capacity.root.queues配置中,使用逗号分隔的子队列列表来设置更多队列。...Used Capacity:该队列已使用资源占root队列的百分比 Absolute Capacity:该队列默认分配的资源占root队列的百分比 Absolute Max Capacity:该队列分配的资源最大可占父队列的百分比...Configured Max Capacity:该队列默认最大占父队列资源的百分比 Configured Mininum User Limit Percent:单个用户最少可使用队列资源的百分比,最大值与用户数有关...如果需要过滤出某个状态的应用,可以使用-appStates;使用-appTypes则可以过滤某个类型的应用 -appStates   打印RM上符合states的应用信息。

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    Nature 子刊:IncRNA在肿瘤发生中的深度分析

    显然,CLC与其他三个数据库的重叠最大,这表明它具有最大的特异性。 其中,图2a显示的是每个交叉点包含的独特人类lncRNA的总数。...其中,该百分比出现在两次CRISPR / Cas-9癌症筛查的癌症lncRNA候选最终列表中(Liu等人9和Zhu等人47)。...每个栏中显示了数据库和筛选之间重叠的基因名称。 ? 图2b. 每个数据库的GENCODE lncRNA的百分比 3....其中,黑色线表示基线,是CLC基因在整个测试基因列表中的百分比。彩色点表示在q值截止值为0.1时预测的候选数。图例中的“ n”显示每种癌症类型的CLC数量和候选总数。...通过所有单独的方法以及在PCAWG中开发的驱动程序组合列表,CGC和非CGC基因组之间的驱动程序基因预测率(q值截止值为0.1) 4.

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    Google Earth Engine(GEE)——TFRecord 和地球引擎

    如本例所示,扁平化列表可以拆分为多个单独的像素 . 或者可以像本例一样恢复导出补丁的形状。 为了帮助减少边缘效应,导出的补丁可以重叠。...kernelSize 如果指定,图块将被正负边距尺寸缓冲,导致相邻块之间重叠。如果指定,则必须提供两个维度(分别为 X 和 Y)。 数组[2]。...默认值:真 maxFileSize 导出的 .tfrecord(压缩前)的最大大小(以字节为单位)。较小的文件大小将导致更大的分片(从而产生更多的输出文件)。 国际。...整数类型带的小数部分被删除,并被限制在带类型的范围内。默认为 0。 国际。默认值:0 tensorDepths 从输入数组带的名称映射到它们创建的 3D 张量的深度。...默认值:假 maskedThreshold 补丁中被屏蔽像素的最大允许比例。超过此限额的补丁将被删除而不是写入文件。如果此字段设置为 1 以外的任何值,则不会生成 JSON sidecar。

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