但是这样的入门，远远不够，一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的，而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ，比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat，这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行，才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ；
强烈要求我们推荐纯粹的R语言的文献图表复现全套代码，其实很容易检索到，2020奶牛7月仅仅是单细胞高分（IF>9）文章就有一百多篇，全部的单细胞相关文章有六七百篇了。一般来说，公布代码，都是在GitHub，所以只需要关键词合适，搜索十几篇带有配套文章的图表的数据和代码很正常。
在做数据分析时，常常遇到的一个场景是，1,2,3 需要转换成其对应的"a","b","c"。比如在对结果进行分类统计的时候。
前面我们已经对xaringan进行详细的入门介绍：R沟通｜用xaringan包制作幻灯片，并且做了一个小小的拓展：R沟通｜设置xaringan主题。今天介绍下另一个与xaringan幻灯片息息有关的包：xaringanExtra[1]。
这是第 2 章的内容，概要性地讲解基于bookdown拓展包进行图书排版的整体思路与实现方式.
要想在Java中连接Redis，并进行操作，由两种方式，一种是spring data redis，它是由spring集成的，不支持集群，一种是官方推荐的jedis，支持集群，其他功能差不多一样，
R的bookdown扩展包是继knitr和rmarkdown扩展包之后， markdown格式的另一种扩展， 使得Rmd格式可以支持公式、定理、图表自动编号和引用、链接， 文献引用和链接等适用于编写书籍的功能。
前言 要说清楚这个题目对我来说可能都不是一件简单的事情，我简单尝试。 研究 GIS 的人应该都清楚在 GIS 中最常用的技术是瓦片技术，无论是传统的栅格瓦片还是比较新颖的矢量瓦片，一旦将数据切好瓦片就会造成其层级固定，假如说 0 - 11 级，请求此层级范围内数据的时候能够正常响应，但是当用户请求超过最高级（假如为 12 ）的时候该如何处理呢？传统方式只能返回 404 ，即显示空白数据，然而有没有更好的方式呢，能够使得用户在请求超过最高级数据的时候能够优雅的并且正确的返回数据而不是直接 404。这个问题可以
假设你已经安装了R[1]（R Core Team 2020）和RStudio IDE[2]。
虽然在[[117-R工具指南23-利用vscode进行R的远程开发，并打通conda环境]] 中，可以通过vscode 选择特定的环境使用R。
大多数 dplyr 函数使用非标准计算（NSE）。这是一个术语——意味着它们不遵循通常的计算规则。相反，它们捕获你键入的表达式并以自定义的方式对其进行计算。这让 dplyr 代码有两个主要优点：
本文主要是基于：R沟通｜使用 Blogdown 构建个人博客写的。所以一定要先把前面这一篇做好，项目创建好，网站部署好后，再做接下来的创建 rmd 文件，保存，github 提交，之后过几分钟网站就会自动同步你的最新博客啦！
问题描述 hdu1061-Rightmost Digit hdu1097-A hard puzzle 这两个oj题目思路几乎一样，都是为了快速求出一个数n次方后的末尾数为都多少？ 解题思路 1的所有次方都是1 0的所有次方都是0 5的所有次方都是5 6的所有次方都是6 2^1=2 2^2=4 2^3=8 2^4=6(四个一循环) 3^1=3 3^2=9 3^3=7 3^4=1(四个一循环) 7^1=7 7^2=9 7^3=3 7^4=1(四个一循环) 4^1=4 4^2=6(两个一循环)
本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly[1]），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
在[[70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课]] 和[[04-可重复工作执行简明指南（中）]] 我们都提过，Rmd 的参数化功能非常的实用。
在本指南中，我们想向您展示如何使用现在提供的一些奇妙，免费的工具和软件包编写美观，可重复的报告。这些工具将帮助您交流科学知识，并希望您再也不会复制和粘贴R输出。
bookdown是一款及其方便的编写技术文档或教材的工具，语法简洁，数据处理灵活。支持Rmarkdown或普通markdown通过pandoc软件转换为HTML或PDF。 Here lists the usage of bookdown for writing documents. Get required information Install required software Rstudio或Pandoc二选一, bookdown必须安装。 Install Rstudio (version>1.0.0
Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在 rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。R Markdown 格式，简称为 Rmd 格式， 相应的源文件扩展名为.Rmd。输出格式可以是 HTML、docx、pdf、beamer 等。
想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。
我实际做的事情就是写了两个R的函数，可以通过调用的方式创建Rmarkdown文档，并利用knitr包的knit函数将其转换为markdown文档。
顺便复习一下Rmd 了。基础知识点参见：[[71-R分享01-Rmd新手入门指南]]
有一些不食人间烟火的评论，说这样的包对大家的技术进步并没有如何作用，仅仅是傻瓜式修改代码。它们也不过是另外一种封装，并不能有助于用户对ggplot2语法的理解。
无意间发现一个好玩的R包(blastula)，R也可以用来自动发送邮件，之前都是用python。这样用R处理一些事情后日志就可以直接通过R发送。
最近读了 Karl Broman[1] 的initial steps toward reproducible research (kbroman.org)[2]，颇有感悟，结合自己阅读时候的体验，分享给你们。
如果你简单谷歌搜索关键词：gatk best practices pipeline rna-seq 会搜索到大量过期的教程：
bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。样式清新，使用简单，值得拥有。(点击阅读原文，跳转博客，所有外链可点) 在Bookdown的官网，有很多免费的用bookdown写的R书籍，如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》，Roger D. Peng撰写的《R Programming for Data Science》, 陈总的《液
嵌入汇编是指在C和C++的源程序中插入汇编语言指令，也称内嵌汇编、内联汇编或行内汇编。VisualC++中使用“__asm”关键字指示嵌入汇编，不需要独立的汇编系统就可以正常编译和连接。使用“__asm”关键字既可以引导单条回汇编语言指令，也可以用空格在同一行分隔多个“__asm”引导的汇编语言指令，更好的方法是使用花括号书写一个汇编语言程序片段。
结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题. ">"变为了引用, Rmarkdown还有一个优势, 其能够将执行R代码, 然后将结果保存为markdown的格式, 其它标准markdown不具备这种能力.
参考：http://www.iamle.com/archives/1664.html
请注意，第一行文本（Coluumn 1）下的一系列破折号是第二级标题的另一种 Markdown 语法形式，即
比如李东风的这本：23 用bookdown制作图书 | R语言教程 (pku.edu.cn)[3]
参见：https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/rmarkdown.html[1]
紧接着上一篇文章，我已经学习了控制台的使用，以及创建不同应用的Helloworld程序，这一篇文章，我介绍Windows窗体应用程序的简单实用，按照调用流程一步一步的操作，希望能帮助初学者也能一步一步的搭建起自己的第一个应用。由于本人水平有限，文章中难免有介绍不足的地方，敬请谅解。
习惯了Windows电脑下的所见即所得，找到程序或文件双击即可运行或打开；于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明，给他一个名字就可以运行程序或打开文件；于是在命令行下或程序里不断碰壁，为啥这个命令不运行了呢？
合并再编织（M-K）：将不同的Rmd文件（不同章节）合并到一个Rmd 文件中（Merge），再将他们输出成一本书（knit）。
在conditional language model（CLM）任务（主要是summarization，translation）中，而由于language generation主要是通过auto-regressive的方式，错误更容易积累，因此OOD问题可能更严重。
2. 线粒体基因比例特别高的，往往细胞表达的nCount比较大，可以通过percent.mt过滤
Stanford 大学 在MOOC上面的公开课：PH525x series - Biomedical Data Science 还专门抽一个章节来讲解这个问题，足以见它的重要性。 http://genomicsclass.github.io/book/
也许绝大部分人采用以上的两种，第一种的公式是可编辑的，第二种是不开编辑的，即公式离开了mathtype进入word中就变为不可编辑的形式。若是想要公式可编辑，还是选择使用word自带的公式编辑器吧。
你可以把它理解成类似[[82-R分享04-用模板美化你的Rmd输出]] 中的类似的模板，只不过这个模板是输出成类似ppt 效果的html。
这一步骤先检查上一步书写语法是否有误以及是否有遗漏等其他错，之后将注释信息和函数转换为Rmd文档。
当一个入侵者进入了你的系统并且种植了木马，通常会想法来隐蔽这个木马（除了木马自身的一些隐蔽特性外，他会尽量给你检查系统的过程设置障碍），通常入侵者会修改一些文件，比如管理员通常用ps -aux来查看系统进程，那么入侵者很可能用自己经过修改的ps程序来替换掉你系统上的ps程序，以使用ps命令查不到正在运行的木马程序。如果入侵者发现管理员正在运行crontab作业，也有可能替换掉crontab程序等等。所以由此可以看出对于系统文件或是关键文件的检查是很必要的。目前就系统完整性检查的工具用的比较多的有两款： Tripwire和AIDE，前者是一款商业软件，后者是一款免费的但功能也很强大的工具。
规则描述：在给定时间段内已停用的用户帐户可以自动禁用。建议在密码到期后 30 天内处于非活动状态的帐户被禁用。
在Rmarkdown中提供了直接生成Word文档格式的选项，只要在新建rmarkdown时选择Word选项就行了。
这个时候很多R语言小白会下意识的以为是自己的R语言代码有问题，其实如果你仔细 看报错，就应该是明白网络有问题，因为中国大陆绝大部分地区访问GitHub其实是很困难的。
因为我只想保留recal后的bam和，call出来的gvcf文件，但是发现有些样本根本就走不通这个流程，就需要debug了。
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.
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