上述一串代码意思是新增一列列名为“new”、数值是Sepal.Length * Sepal.Width的列
豆花寄语:学生信,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
在分析表达谱芯片的时候,我们经常会遇到多个探针对应同一个基因的情况。一般遇到这种情况,最常见的两种处理方法是
认识Tidy Data1.Reshape Data2.Handle Missing Values3.Expand Tables4.split cells一、测试数据1.新建数据框2.用tidyr进行处理3.按照geneid排序4.空值操作用表二、Dplyr能实现的小动作1.arrange 排序2.fliter3.distinct4.select5.mutate6.summarise7.bind_rows8.交集、并集、全集9.关联
还有一种像Linux一样直接修改R中的相当于Linux中的.bashrc/环境文件一样的R的环境文件.Rprofile即可
由于业务中接触的数据量很大,于是不得不转战开始寻求数据操作的效率。于是,data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求。
数据框来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据
R语言中有几个常用的函数,可以按组对数据进行处理,apply, lapply, sapply, tapply, mapply,等。这几个函数功能有些类似,下面介绍下这几个函数的用法。
6.简单合并:在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意,bind_rows()函数需要两个表格列数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数
今天的内容在我刚看到的时候,觉得很难,看不懂每一步代码的意思,不知道是如何得到花花老师的结果的,但是在自己一步一步按照教程来进行操作,仔细比对前后的变化的时候,我对dplry包的使用有了更清晰的认识,这一部分内容需要自己多多练习,才能体会其中的含义。
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
默认情况下,DESeq2 使用 Wald 检验来识别在两个样本之间差异表达的基因。给定设计公式中使用的因素,以及存在多少个因素水平,我们可以为许多不同的比较提取结果。在这里,我们将介绍如何从 dds 对象获取结果,并提供一些有关如何解释它们的解释。
约等于表格 但是:列有要求(同一列只允许同一种数据类型);不是文件(可以导出来成为一个文件);
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列
dplyr是一个在R语言中非常流行的数据处理包,它提供了许多功能强大且易于使用的函数,包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。这些功能使得dplyr成为数据清洗、处理和分析的首选包。
为了保证可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像,只需要运行这两行代码即可:
今天延续Day2讲完了全部的几个重要数据类型,都是后续生信分析非常重要的知识点以及小Tips,同时深深感受到代码思维的重要性。要写能换个环境和场景依然可运行的代码,而不是一次性的玩意儿
一个新数据框,其中包含键、 x 值和 y 值。我们使用 by 参数告诉 dplyr 哪个变量是键:
目录 R语言第一章数据处理基础①读取EXEL表格数据 R语言第一章数据处理基础②一行代码完成数据透视表 rpivotTable:R的数据透视表 安装 # devtools::install_github(c("ramnathv/htmlwidgets", "smartinsightsfromdata/rpivotTable")) 数据透视表应出现在的RStudio的Viewer中。 data可以是data.frame表或data.table。如果仅选择数据,则数据透视表将打开,行和列上没有任何内容(但
今天的任务是学习R包。以dplyr包的安装加载和使用为例进行学习,因为R包之间的使用是相通的,掌握了一个,后面的可以通过具体代码的学习进行使用。dplyr这个包我以前没有接触过,从这个入手,又能学习到新东西真不错。
R包是多个函数的集合,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
教程:https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw
首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件;然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码
简单点说by(data, INDICES, FUN)函数的典型用法: 是将data数据框或矩阵按照INDICES因子水平进行分组,然后对每组应用FUN函数。 是不是没懂?反正看完后我没懂~
他认为替换不干净,应该是循环有问题。希望我们帮忙检查,我通常是懒得看其他人写的代码,所以让群里的小伙伴们有空的都尝试写一下。
一、玩转字符串 stringr包 图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 2.字符串拆分 str_sp
动不动就问我们对医院的福利满意吗,对自己的收入满意吗,觉不觉得工作负荷太重了???🙂
当开始差异表达基因分析时,先从一个矩阵开始,该矩阵总结了数据集每个样本中的基因水平表达。矩阵中的行对应基因,列对应样本。在矩阵的每个位置,有一个整数值,表示源自样本中特定基因的序列读取总数(如下图)。
(1)在Rstudio程序设置中设置,可以用options()$repos来检验,但有时候还是不能成功,也不能下载Bioconductor的包
大家好,本文为R语言数据处理120题系列完整版本。作者精心挑选120道数据处理中相关操作以习题形式发布,一共涵盖了数据处理、计算、可视化等常用操作,并对部分题目给出了多种解法与注解。动手敲一遍代码一定会让你有所收获!
部分人可能会因为镜像的问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw
很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构,再深入点就会学到循环与自定义函数。有些类似于先认识编程,再按照数据处理、可视化、统计分析等应用方向开始下一个学习的旅程。
菜单栏-Tools-Packages-Primary CRAN repository-选择国内镜像
我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。前面提到R语言授课时的超纲练习题,已经分享过两位优秀学员的答案。
df1 <- data.frame(gene=paste0("gene",1:4),
层次聚类 (hierarchical clustering)是一种对高维数据进行可视化的常见方法。
原文作者: Sunil Ray 翻译:王鹏宇 我一直对数据界的编程马拉松(Hackathons)保持关注。通过对比排名榜初期和最终的结果, 我发现了一个有趣的现象:在初期排名较高的参赛者,在最终的验证环节往往地位不保,有些甚至跌出前 20 名。 猜猜是什么对引起了排名的剧烈变化?换句话说,为什么这些参赛者的模型在最终验证环节无法保证稳定性?让我们来探讨一下可能的原因。 预测模型为何无法保持稳定? 让我们通过以下几幅图来理解这个问题: 此处我们试图找到尺寸(size)和价格(price)的关系。三个模型各自做
引言:上一期(这里可到达上一期)我们利用得到的肝癌的数据,进行了预处理,得到了最终的表达矩阵TCGA_LIHC_final.csv,今天我们的主要任务就是进行差异表达分析。此外,还会顺带讲两个进行富集分析和聚类分析的函数。
“软件工程师阅读教科书作为参考时不会记住所有的东西,但是要知道如何快速查找重·要的知识点。”
数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式,不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构,包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。关于数据结构的使用,我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。
这个包以一种统一的规范更高效地处理数据框。dplyr 包里处理数据框的所有函数的第一个参数都是数据框名。
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