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CyTran: Cycle-Consistent Transformers forNon-Contrast to Contrast CT Translation

我们提出了一种新的方法,将不成对的对比度计算机断层扫描(CT)转换为非对比度CT扫描,反之亦然。解决这项任务有两个重要的应用:(i)为注射造影剂不是一种选择的患者自动生成对比CT扫描,以及(ii)通过在配准前减少造影剂引起的差异来增强对比CT和非对比CT之间的对准。我们的方法基于循环一致的生成对抗性卷积变换器,简称CyTran。由于循环一致性损失的积分,我们的神经模型可以在未配对的图像上进行训练。为了处理高分辨率图像,我们设计了一种基于卷积和多头注意力层的混合架构。此外,我们还介绍了一个新的数据集Coltea-Lung-CT-100W,其中包含从100名女性患者中收集的3D三相肺部CT扫描(共37290张图像)。每次扫描包含三个阶段(非造影、早期门静脉和晚期动脉),使我们能够进行实验,将我们的新方法与最先进的图像风格转移方法进行比较。我们的实证结果表明,CyTran优于所有竞争方法。此外,我们表明CyTran可以作为改进最先进的医学图像对齐方法的初步步骤。

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基于Jupyter快速入门Python|Numpy|Scipy|Matplotlib

在深入探讨 Python 之前,简要地谈谈笔记本。Jupyter 笔记本允许在网络浏览器中本地编写并执行 Python 代码。Jupyter 笔记本使得可以轻松地调试代码并分段执行,因此它们在科学计算中得到了广泛的应用。另一方面,Colab 是 Google 的 Jupyter 笔记本版本,特别适合机器学习和数据分析,完全在云端运行。Colab 可以说是 Jupyter 笔记本的加强版:它免费,无需任何设置,预装了许多包,易于与世界共享,并且可以免费访问硬件加速器,如 GPU 和 TPU(有一些限制)。 在 Jupyter 笔记本中运行教程。如果希望使用 Jupyter 在本地运行笔记本,请确保虚拟环境已正确安装(按照设置说明操作),激活它,然后运行 pip install notebook 来安装 Jupyter 笔记本。接下来,打开笔记本并将其下载到选择的目录中,方法是右键单击页面并选择“Save Page As”。然后,切换到该目录并运行 jupyter notebook。

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Science:Julich-Brain:一个新的细胞结构水平的概率脑图谱

细胞结构是人类大脑在微结构上出现分离的基本生物原理,但就目前为止,还没有出现一个考虑到细胞层面及个体差异的人类脑图谱出现。本文介绍了Julich(德国于利希)实验室的最新研究成果——Julichu-Brain,这是一个包含皮层区域和皮层下核的细胞结构图的3D图谱。该图谱以概率的方式考虑了个体大脑之间的差异。除此以外,构建这样的一个脑图谱是需要大量的数据和工作量的,开发过程中需要开发嵌套的、相互依赖的工作流(working pipeline),使用该工具流可以检测大脑区域之间的边界、数据处理、追踪来源,以及灵活地执行不同工作流程,以处理不同空间尺度上的大量数据(这个工作流可能在日后起到更多的作用,开发更多的研究成果)。使用间隙映射的方法可以补充皮层映射,以实现完全的皮层覆盖。并且本图谱的开发考虑后续的动态进展,随着图谱绘制在不同方面的进展的调整,本图谱可以支持健康受试者和患者的神经影像学研究,以及建模和仿真,并可进行互操作,以连接其他脑图谱和资源。文章发表在Science杂志。

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CVPR 2017精彩论文解读:综合使用多形态核磁共振数据的3D生物医学图像分割方法 | 分享总结

论文的故事还在继续 相对于 CVPR 2017收录的共783篇论文,即便雷锋网(公众号:雷锋网) AI 科技评论近期挑选报道的获奖论文、业界大公司论文等等是具有一定特色和代表性的,也仍然只是沧海一粟,其余的收录论文中仍有很大的价值等待我们去挖掘,生物医学图像、3D视觉、运动追踪、场景理解、视频分析等方面都有许多新颖的研究成果。 所以我们继续邀请了宜远智能的刘凯博士对生物医学图像方面的多篇论文进行解读,延续之前最佳论文直播讲解活动,此次是第2篇。 刘凯博士是宜远智能的总裁兼联合创始人,有着香港浸会大学的博

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