1.概要 在日常的工作当中我们经常会遇到阅读大量代码，如果大量的代码中出现问题需要回滚那么这个时候就需要比对出当前的修改和之前的修改有什么区别。...如果我们人工的去逐行比对会非常费眼睛，且非常的耗时还容易出错。 1.1BeyondCompare 这里推荐一款文件比对工具BeyondCompare....官网：https://www.beyondcomparepro.com/download 优点：是一款文件对比相对来说比较专业的工具。 缺点：收费，寻找破解版比较复杂耗时。...那么有没有简单且好安装下载的工具呢？接下来看看详细内容。 2.详细内容 TortoiseSVN TortoiseSVN这个工具相信大家并不陌生，就是一个代码版本的管理器。...这个工具中其实也包含了文件比对功能，那么如何使用它呢？ 官网下载：https://tortoisesvn.net/ 这里下载和安装就不演示了基本每个开发者的电脑大概率都会有。
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。...在构建索引时，还支持加入intron的区间信息，通过sjdbFileChrStartEnd指定对应的文件，多个文件用逗号分隔，这种格式的文件是由STAR比对产生的，通常用于2-pass比对模式。...，STAR官方更推荐使用2-pass比对模式，即比对两次，有以下两种方式 multi-sample 2-pass 第一次比对和上述的用法一致，比对完之后，每个样本会产生一个intron的区间文件SJ.out.tab...; 在第二次比对之前，重新构建一次基因组的索引，添加所有样本的SJ.out.tab文件，然后利用新的基因组索引重新比对。...per-sample 2-pass 对于单个样本，在比对时直接添加--twopassMode Basic参数，软件会自动进行两次比对，将第一次比对的SJ.out.tab加入到索引，然后重新比对。
在做数据库迁移后，我们可能需要知道我们的表，索引，存储过程等对象是否迁移成功 这时可以用如下脚本来进行检查
多序列比对结果可以存储为很多格式（Multiple sequence alignments can be stored in a large variety of formats.）...GCATATAT #ccsA3 ATGATATTTT CAACTTTAGA GCATATAT #ccsA4 ATGATATTTT CAACTTTAGA GCATATAT 不同的比对软件会输出不一样的比对格式...；比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样。...这里推荐 ALTER http://www.sing-group.org/ALTER/ 来完成比对格式转化的任务。...小工具对应的论文 ALTER: program-oriented conversion of DNA and protein alignments 期刊 Nucleic Acids Research 2010
运行速度 随着测序价格的下降和数据深入挖掘的需求，测序量越来越大，海量测序reads的比对，要求速度上必须够快。 3....同时由于测序的短序列可能和基因组多个位置存在同源，一条reads会比对到基因组上多个位置。...双端测序技术在一定程度上能够校正多个位置，因为双端reads 来自同一个DNA片段，二者在基因组上的位置不会相距太远，但是仅靠这一点并不能解决所有的同源比对，这就要求比对算法对多个位置进行判断和打分，给出比对结果的可靠性...在比对转录组数据时，就需要考虑跳过剪切位点。 目前mapping的工具有很多，比如bwa, hisat, star等。hisat 是其中速度最快的，是tophat软件的升级版本。...reads比对到基因组上的一个位置，我们称之为一个alignment。
由于测序数据是探针数据，并且数量也不是太多，考虑使用python的正则进行序列匹配，实际结果看其比对效率还是挺低的。...format(fastq_file)) 正则进行序列比对 使用正则进行序列匹配，如果匹配，则返回探针序号，如果没有匹配，则返回字符串“None”。...共有86完条read，比对共运行接近8min，效率比较低，使用常规字符串操作进行序列匹配还是只适用于数据量比较少的情况。..., ref_seq_str) res_align[:3] # ['RNA42588', # 'RNA46325', # 'None'] 随机抽样获取饱和度数据 饱和度数据其实就是重抽样数据，筛选到比对结果后...= "None"] # 去除比对失败的探针 dat.append([i * 1000, len(l)]) # # 抽样数量10,0000 - 总reads数，100000为步长 fastq_seq_len
ChaissonLab/LRA 安装直接使用conda conda install -c bioconda lra 参考序列构建索引 lra index -ONT pome_mt_potential.fa 比对
全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...三、blast 简介 Blast 全称 Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，。...NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST，使用 BLAST+工具。
需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...多序列比对工具 动态规划算法的工具有MSA；渐进多序列比对算法的工具有Clustal家族（包括Clustalx和Clustalw；迭代法工具有PRRN/PRRP、DIALIGN、MUSCLE以及目前最常用的...MAFFT；基于一致性算法的工具有ProbCons和MergeAlign，此外还有T-Coffee系列软件。...MAFFT（http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/）为常用的多序列比对工具，最简单的使用方法如下所示： mafft multi_protein.faa > multi_protein.align
全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...Mummer 其实是一个软件包，里面包含了很多工具，这些工具搭配起来使用，可以完成非常多的工作。例如基因组比对，共线性分析，同源序列搜索，重复序列查找，SNP和 Indel 检测等。.../manual/ 2.2 软件使用： mumer 这个软件不常用，而使用最多的是 nucmer 这个程序，根据命名我们可以看出，(NUCleotide MUMmer) ，是在核酸水平进行比对的工具
创建由多个层组成的大型 Java 应用程序需要使用多种领域模型，如持久化模型、领域模型或者所谓的 DTO。为不同的应用程序层使用多个模型将要求我们提供 bean...
双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关，或者说正比于这两个序列长度的乘积，用O(mn)表示。 双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...其中最常用的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较搜索的分析工具。...此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示： 软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...，需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库，如下所示： Blast算法基于动态规划算法开发。...DIAMOND（Double Index Alignment of Next-generation sequencing Data），该工具为基于BLAST的快速序列检索比对工具，但目前仅支持blastp
序列比对和序列特征分析总目录 多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/ 另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu.../BIMER/tools/msa.html https://www.expasy.org/genomics/sequence_alignment 工具很多，以下为推荐的在线版本工具： - DNA多序列比对...- 蛋白质多序列比对推荐 Clustal Omega....image.png Alignment进行比对：Alignment--Do complete alignment，结果如下 ?
1、Beyond Compare，这个是收费的，有资金可以买一个，的确是非常不错的 需要注意的是吧时间戳拿掉， 这样就可以加快对比效果
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
本文介绍 9 种 Linux 下常用的 9 种代码比对工具，不仅有命令行工具，还有 GUI 界面工具，让你轻松进行代码比对。...它的中文主页是：http://vimcdoc.sourceforge.net/doc/diff.html 以上介绍的两款是 Linux 命令行的对比工具，我们再来看一些 GUI 比对工具。 3....DiffMerge DiffMerge 是一个跨平台的 GUI 文本比对工具，具有 Linux ，Windows ，macOS 三大平台版本。...Meld Meld 是一个轻量级 GUI 代码比对工具，它支持用户比对文件、目录，并且高度集成版本控制软件。...Diffuse Diffuse 是另外一款很受欢迎的，免费，小巧，也十分简单的 GUI 文本差异比对合并工具，它是用 Python 写成的，具有两个主要功能：文件比对及版本控制，允许文件编辑、合并，并且输出两个文件的差异点
，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对...Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...图片内容引自《生物序列分析》 如图中所说，关键点就是找到v值，然后通过不断的分划，最终得到全部的比对序列。本文给出了这种算法的一种代码实现。 代码的关键在于终止条件的设置以及必要时巧妙地颠倒行列。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
而动态webp比gif好了不止一两点，gif只支持2位的透明通道，而且图片锯齿严重。...可惜，现在制作WebP的工具寥寥无几，更不用说动态WebP了，只能靠Google提供的命令行工具，但是对于批量图片转换，命令未免太长了，着实不方便，故写下了这篇文章。...点击选择图片，然后如果是需要png转webp则选择png图片，需要静态webp转动态webp则选择webp图片，填上每帧的时间间隔，可多选。点击清除可清除已选的所有图片。 ?...转化过程中，可能会报错，最可能是libwebp工具包不在当前目录，这里提供几个下载地址，其他的自行百度到google开发者页面下载吧 libwebp工具包下载地址： windows64位：http://...对于webp图片的查看，可以用chrome浏览器打开，毕竟是google自家的产品嘛。
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