使用频标比对器测定频标源的这些基本特性时，归根结底都是测定一段时间内平均频率的相对频差。不同点是，所采用的平均时间要满足各种特性的要求，特别是在测定频率稳定度时，要与所要求的取样时间相一致。...SYN5607型相位计-3.jpg SYN5609A型频标比对测量系统采用双混频时差测量技术，7寸触摸屏设计，具有测量开机特性、日频率波动、日频率老化率（漂移率）、长短期频率稳定度、频率复现性、频率准确度...、频差和相差等功能的精密比对仪器，并具有多项统计功能，包括平均值、最大值、最小值、峰峰值、标准偏差和趋势图等，其测量算法和数据处理完全符合国家检定规程对有关频标特性测试的规定。...如果机器工作正常，仪器进行初始化，然后进入测试功能选择界面（默认界面）； 首页包括两种测量项目和一个系统设置，分别包括“通用测量”，“自动测量”，“系统设置”； 触摸屏“通用测量”操作说明 液晶左边为频标选择...经过系统验证,频标计量校准系统能够实现时统频标的实验室和现场计量保障,增强设备性能验证与测试能力。 本文章版权归西安同步所有，尊重原创，严禁洗稿，未经授权，不得转载，版权所有，侵权必究！
由于测序数据是探针数据，并且数量也不是太多，考虑使用python的正则进行序列匹配，实际结果看其比对效率还是挺低的。...format(fastq_file)) 正则进行序列比对 使用正则进行序列匹配，如果匹配，则返回探针序号，如果没有匹配，则返回字符串“None”。...共有86完条read，比对共运行接近8min，效率比较低，使用常规字符串操作进行序列匹配还是只适用于数据量比较少的情况。..., ref_seq_str) res_align[:3] # ['RNA42588', # 'RNA46325', # 'None'] 随机抽样获取饱和度数据 饱和度数据其实就是重抽样数据，筛选到比对结果后...= "None"] # 去除比对失败的探针 dat.append([i * 1000, len(l)]) # # 抽样数量10,0000 - 总reads数，100000为步长 fastq_seq_len
一、JuiceFS 对比 Alluxio Alluxio（/əˈlʌksio/）是大数据和机器学习生态系统中的数据访问层。...不仅兼容 Hadoop 2.x 和 Hadoop 3.x，还兼容 Hadoop 生态系统中的各种组件。...二、JuiceFS 对比 CephFS 1.共同点 两者都是高可靠，高性能的弹性分布式文件系统，且均有良好的 POSIX 兼容性，在各种文件系统使用场景都可一试。...2.不同点 2.1 系统架构 两者都采用了数据和元数据分离的架构，但在组件实现上有很大区别。...这里使用本地创建的 MinIO 对象存储，使用两款工具分别创建文件系统： S3QL S3QL 使用 mkfs.s3ql 工具创建文件系统： mkfs.s3ql --plain --backend-options
一、序列比对 序列比对是整个生物信息的核心，因为几乎每个生物信息分析过程都需要用到序列比对。判断两个基因或两段基因组片段是否相似是序列分析的基本工作。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为是局部比对，所以只要序列之间出现同源区域就可以，而不用考虑整体，因此，blast 比对结果就会出现很多多对多的比对。也容易出现很多较差的比对，一个基因与另一个基因分成多份比对结果。
当我们对三条及三条以上的序列进行合并分析时，则常需要进行多序列比对，多序列比对是系统发育分析、祖先序列重建、寻找蛋白结构域等分析的基础。...需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对，然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按记分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果...，用来确定向多序列比对中添加新序列的次序； ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，并根据指导树向这对序列的比对中插入序列，一步步构建完整的多序列比对。
今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...双序列比对算法 ⑴基本算法（LCS算法） 序列比对实质上是一个路径寻找问题，若有序列v=ATGTTAT和w=ATCGTAC两个短序列，其比对过程可以用下图表示： 从(0，0)到(7，7)，每穿过一个顶点相当于成功匹配一个碱基...双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关，或者说正比于这两个序列长度的乘积，用O(mn)表示。 双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...最终对比对结果也即score足够高的HSPs进行显著性分析，将输入序列与一系列长度相等的随机序列进行比对，其分值符合Gumbel极值分布，在这种随机情况下，获得比当前比对得分高的随机序列条数的期望称为expectation...，不适合outfmt大于4的情况，默认为500 -num_alignments：对于每个输入序列，在结果中显示的高分比对结果的详细比对情况数目，默认为250 -line_length：结果中详细比对情况的行的长度
而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到这些相似性的片段，和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对，而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对...Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...图片内容引自《生物序列分析》 如图中所说，关键点就是找到v值，然后通过不断的分划，最终得到全部的比对序列。本文给出了这种算法的一种代码实现。 代码的关键在于终止条件的设置以及必要时巧妙地颠倒行列。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?
MEGA是一个用于多序列比对和可视化、以及构建系统发育树的免费程序。...之前我们介绍的DNAMAN和Jalview 都可以用于多序列比对，MEGA有一些其它特点，本篇给大家做简单的介绍。 软件下载 可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。...系统发育树 构建系统发育树时需要基于多序列比对结果进行加工，可以按照下述方法进行，也可以采用其他软件，再将其输出结果导入MEGA 11。...即可完成系统发育树的构建。 可以用鼠标双击选中发育树，修改发育树中的文字。...点击"Copy to Clipboard"可保存为多种图片格式 (PDF、PNG、TIFF等)，还可以选择"Copy to Clipboad"，直接复制到word中进行图片编辑(wps不可以)。
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
频标比对器的检定系统配置方案 本文主要是描述了对频标比对器设备的检定所需的测试设备及相关注意事项内容。 同时以《JJG545-2015频标比对器检定规程》作为参考依据。...设备有： SYN3204型GPS驯服铷原子频率标准 SYN5102型GPS定时频率比对仪 比对不确定度 频标对比器在测量时引入的不确定度，用阿伦标准偏差表示，与取样时间有关。...观察频标比对器测量功能是否能够正常工作 图片1.png 如果被检频标比对器技术说明书给出最大允许相对频率偏差指标，如下图所示连接，参考频标输出端连接频标比对器参考输入端，频率合成器输出端连接频标比对器被测输入端...图片2.png 对比不确定度检定方法采用自相关原理，即将参考频标信号分为两路，分别连接到频标对比器的参考和被测输入端 设置频标比对器测量带宽，对于频差倍增型频标比对器还需要设置倍增次数，打开频标比对器的测量功能...将1s稳定度测量结果与技术说明书给出的1s比对不确定指标比对，如果优于或者等于比对不确定指标，则将最小功率电平值登记在表格，如果差于比对不确定度指标，则认为被检频标比对器的输入灵敏度不合格。
因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...，不能像 blast 比对，分开比对； 5、比对仅能容许一定数目的错配和空位； 6、序列太短，会出现一条序列比对到多个位置的情况； 7、数据量较大，比对比较耗时...3.2 比对算法 短序列比对有很多比对软件，例如 bwa，soap，bowtie2，hisat2，subread 等，在众多的短序列比对软件中，BWA 几乎已经成为默认的行业标准。...1、两条 reads 都比对不上； 2、一条比对上，另外一条比对不上，或者另外一条比对到另外染色体，或者两条比对不在正常 insert size 范围内； 3、一对一比对无错配，...pairend 比对） 2、只有一条reads比对上目标序列 （single比对） 3、两条reads比对到不同序列 （single比对） 4、两条reads比对超出
一、比对练习 mkdir 52.bwa #1 bwa比对 #建立索引 ln -s /share/home/xiehs/05.assembly/data/MGH78578.fasta ....#bwa比对 bwa mem MGH78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_1.fastq.gz /share/home/xiehs.../05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz >MGH78578.sam #bwa-mem2比对 bwa-mem2 index MGH78578.fasta time bwa-mem2...share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz | samtools sort -O bam - >MGH78578.sorted.bam #拟南芥比对.../il_1.fq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/ninanjie/illumina/il_2.fq.gz >tair10.sam 2>bwa.log 二、split比对
通常，这种想法会导致一些草率随意的代码，一旦攻击者在这些代码中发现漏洞，一些后验证性（Post-authentication）Bug就能被攻击者利用，对软件系统形成威胁。...今天，我们要来说的就是，通过身份验证绕过漏洞结合用户输入的表达式注入漏洞，形成对HP智能管理服务器（ HPE IMC）系统的远程代码执行。...补丁比对发现HPE IMC系统doFilter方法远程绕过漏洞ZDI-17-161 在下面的web.xml文件中，HPE IMC系统使用了UrlAccessController类作为访问控制过滤器，来限制未授权用户对受保护.../这种样子的，攻击者就能绕过过滤器以未授权用户身份访问受保护的其它系统组件。事实上，这也就是ZDI-17-161漏洞的威胁所在。...至此，攻击者控制的数据可被解析为一个ValueExpression并被完成最终估值，一旦目标Web服务器运行的是系统权限，则攻击者构造的恶意Payload也将会以系统权限执行。
算法首先通过寻找MEMs来种子化（seeding）比对。MEMs是指在参考基因组中能找到的与查询序列完全匹配的最长片段。这些MEMs作为潜在比对位置的初始点。...Affine-gap惩罚是一种在序列比对中用于处理插入和缺失（indels）的技术。Smith-Waterman算法是一种经典的动态规划算法，用于局部序列比对，能够找到最优的局部比对。...默认值100 bwa mem -a ref.fa reads.fq > aln.sam -a ## 参数使得所有可能的比对结果都会输出，而不仅是最佳比对。...这意味着在进行初步的比对（种子比对）时，序列间允许有一定数量的不匹配。 maxDiff：这是在整个读取序列中允许的最大差异数。这意味着在整个读取和参考序列的比对中，允许的不匹配总数不应超过这个数值。...当mate.fq文件存在时，执行双端（paired-end）比对。双端比对模式仅适用于Illumina短插入片段文库的读取。
python flask图片识别系统使用到的技术有：图片背景切割、图片格式转换（pdf转png）、图片模板匹配、图片区别标识。...运行效果 第一组： 图片1： [在这里插入图片描述] 图片2： [在这里插入图片描述] 开始上传： [在这里插入图片描述] 上传成功、图片预览： （emmm..抱歉图片大小未处理，有点大哈） [在这里插入图片描述...第二组： 这会搞个复杂些的，也是实用的图片 图片1：（图片仅供交流，侵权删） [在这里插入图片描述] 图片2： [在这里插入图片描述] 你会发现，其实图片2是图片1的子图，这下我们看看程序处理的效果：...img_stream @app.route('/qingchutp//') def qingchu_imgs(destdir,yuandir): '''清楚系统图片缓存...return '清除成功' def qingchu_files(bl_files,bl_dirs): '''清楚系统图片缓存 :return: ''' rootdir
编辑距离的求解过程和全局比对是十分相似的（关于全局比对，可以参见前文《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》），都需要全部符号参与比对，都允许插入、缺失和错配。...编辑距离与最长公共子序列 在只允许插入和缺失而不允许错配的情况下，两个字符串的编辑距离可以通过最长公共子序列的长度（关于最长公共子序列，可以参看前文《序列比对（24）最长公共子序列》）间接算出来。...,j)比对的最低得分 }; typedef struct Unit *pUnit; void strUpper(char *s); void printAlign(pUnit** a, const int...i][j]->M); printf("\n"); } */ printf("min score: %d\n", aUnit[m][n]->M); // 打印最优比对结果
同时公司对外的业务系统在数量和每个业务系统支撑的用户群方面也在快速的增长，势必会在对图片的请求上出现爆炸式的增长，这对图片系统的快速反映和高可用性提出了更高的要求，在保证公司的快速发展前提下，如何不降低用户使用系统的体验质量...Nginx为web服务器，利用其高并发特性，提供对高并发访问量的支持 利用nginx的代理缓存特性和硬件的海量磁盘容量，为系统搭建了图片缓存模块，保证系统对已经处理过的图片资源进行再次访问时快速有效的提供响应...，提高了系统的响应速度并避免了资源的重复执行，造成浪费，提高了系统利用率 图片数据源采用了多套方案实现，为使公司原有业务、新开发业务能快速使用分布式图片系统提供支持，减少了使用系统的复杂性 其中一种数据数据源采用了高性能的...避免原有系统为应对新增某一种新的图片尺寸，而必须将全部图片重新生成一份该尺寸，造成存储空间的浪费 图片处理模块能够应对不同系统对图片质量的不同需求，对要求高的可以采用较好的图片处理算法，对一般要求的可以采用一般的图片处理算法...满足日益繁多的图片尺寸格式需求 项目的意义 由图片单纯的文件存储变成一个系统平台，规则解析对于系统扩展提供灵活机制。使移动终端的图片格式需求不再受限。
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