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时间序列特征选择:保持性能同时加快预测速度

项目的第一部分,我们必须要投入时间来理解业务需求并进行充分探索性分析。建立一个原始模型。可以有助于理解数据,采用适当验证策略,或为引入奇特想法提供数据支持。...在这篇文章,我们展示了特征选择减少预测推理时间方面的有效性,同时避免了性能显着下降。tspiral 是一个 Python 包,它提供了各种预测技术。...为了进行实验,我们模拟了多个时间序列,每个小时频率和双季节性(每日和每周)。此外我们还加入了一个从一个平滑随机游走得到趋势,这样就引入了一个随机行为。...之所以说“独立”,是因为尽管它们表现出非常相似的行为,但所有的系列并不相互关联。通过这种方式,我们分别对它们进行建模。 我们使用目标的滞后值作为输入来预测时间序列。...而full方法比dummy和filter方法性能更好,递归方法,full和filtered结果几乎相同。

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时间序列特征选择:保持性能同时加快预测速度

项目的第一部分,我们必须要投入时间来理解业务需求并进行充分探索性分析。建立一个原始模型。可以有助于理解数据,采用适当验证策略,或为引入奇特想法提供数据支持。...在这篇文章,我们展示了特征选择减少预测推理时间方面的有效性,同时避免了性能显着下降。tspiral 是一个 Python 包,它提供了各种预测技术。...之所以说“独立”,是因为尽管它们表现出非常相似的行为,但所有的系列并不相互关联。通过这种方式,我们分别对它们进行建模。 我们使用目标的滞后值作为输入来预测时间序列。...最后只考虑训练数据上选择有意义滞后(filtered)来拟合我们模型 可以看到最直接方法是最准确。...而full方法比dummy和filter方法性能更好,递归方法,full和filtered结果几乎相同。

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R语言使用merge函数匹配数据(vlookup,join)

by = ‘公共列名’ ,前提是两个数据集中都有该列名,并且大小写完全一致,R语言区分大小写 by.x,by.y:指定依据哪些行合并数据框,默认值为相同列名 all,all.x,all.y:指定x...和y行是否应该全输出文件 sort:by指定(即公共)是否要排序 suffixes:指定除by外相同列名后缀 incomparables:指定by哪些单元不进行合并 举例说明如下 1、读取并创建数据示例..."English" [1] "name" "school" "class" "maths" "English" # 可以看出两个数据集有公共 5、inner 模式匹配,只显示两个数据集公共有的行...# 连接置于第1; 有多个公共公共后加上x,y表示数据来源,.x表示来源于数据集w,.y表示来源于数据集q # 数据集中w name = ‘D’ 不显示,数据集中q name...,sort=TRUE) # 建议使用 指定了连接 情况 # 多个公共,未指定连接 # 左连接,设置 all.x = TRUE,结果只显示数据w及wq数据集中没有的 merge(w,

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R语言批量读取300个Excel表格

当然,合并包括,行堆积,对接,根据ID合并等操作。R语言都是可以实现。 还有一个Excel表格,有100个Sheet,想把这100个sheet表读取然后合并。...还有一种情况,是有100个Excel表格,想把其合并到一个Excel不同sheet。 虽然,我知道大家电脑内存很大,但是你这样折腾Excel真的好吗???...模拟数据 模拟数据过程很简单,新建一个Excel,里面加点内容,然后复制粘贴,重命名。 ❝懂了这么多编程知识,这一步显得不够高科技,但是确实是很直接。❞ 2....批量写入 3.1 批量写入到不同Excel 「步骤:」 内容为list,每个元素为一个data.frame 这里,我们用re结果: > str(re) List of 8 $ a1.xlsx:'...sheet表格 有时候重命名list更有用,比如写入到不同sheet表格,名称就是不同sheet表名称 读取不同sheet表格时,可以用1,2,3表示对应sheet 另外,如果想把批量读取Excel

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数据框、矩阵和列表20230202

一、向量、矩阵、数据框和列表区别 1)向量:一维 2)矩阵:二维,只允许一种数据类型 3)数据框:二维,每只允许一种数据类型 4)列表:容纳各种数据类型 ps:数据类型判断:clss()...iris,mtcars (2)新建数据框: 1、data.frame() 2、read.csv(" ") ⚠️文件在当前工作路径可以直接使用文件名,否则需要使用绝对路径,否则就会报错。...~2) ‼️使用取子集方法筛选 eg:筛选score大于0行 > df1[df1$score>0,] gene change score 1 gene1 up...]<-"重命名 " rownames(数据框名称)[行数]<-"重命名" 5、数据框连接 (新建数据框) > test1<-data.frame...NAME weight 1 Damon 140 2 jimmy 145 3 niker 110 4 tony 138 (连接数据框,根据共有的列名

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生信学习入门常见错误可能原因分类总结和求助指南

同时也截取下对应目录文件列表,方便他人一起看下是不是文件名字符没分辨清楚,如1与l或空格等特殊字符存在。如下面这个- R 做了转换,致使匹配不上。...更多时候,会出现这样错误,中间少点了某一句,致使程序一直未能如期运行。Terminal运行处,出现了很多不结束大于号(>)开头行,很多命令都被卡住了,要么一直运行不了,要么运行报错。...,注意分隔符是否为TAB键 ---- Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, variable, value = integer(0)) : replacement...,注意大小写;特殊地,对线图,数值列名字必须是value ---- Error in order(data$term, data$Ratio) : argument 1 is not a vector...Calls: [ -> [.data.frame -> order Execution halted 请提供数据存在列名字,注意大小写; ---- Error in grDevices::col2rgb

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MySQL基础知识

字符串型和日期时间类型数据可以使用单引号(' ')表示 别名,尽量使用双引号(" "),而且不建议省略as 2.2 SQL大小写规范 MySQL Windows 环境下是大小写不敏感...MySQL Linux 环境下是大小写敏感 数据库名、表名、表别名、变量名是严格区分大小写 关键字、函数名、列名(或字段名)、别名(字段别名) 是忽略大小写。...如果坚持使用,请在SQL语句中使用`(着重号)引起来 保持字段名和类型一致性,命名字段并为其指定数据类型时候一定要保证一致性。...选择特定: SELECT column1, column2 FROM tablename; 3.3 别名 重命名一个 便于计算 紧跟列名,也可以列名和别名之间加入关键字AS,别名使用双引号...对,就是 SELECT 查询结果增加一固定常数列。这取值是我们指定,而不是从数据表动态取出。 你可能会问为什么我们还要对常数进行查询呢?

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R语言︱情感分析—基于监督算法R语言实现(二)

,词汇变量也会增多,矩阵会越来越稀疏,计算量越来越大,这样挑选算法同时我们将不得不解决另外一个问题,即特征词提取,这里特征词提取方法不是一般特征词提取方法就能解决,其目的是提取能够区分情感倾向特征词...aggregate相当于把每个文档词去重了一下,不是ID去重,不同文档也可能存在相同词。...可参考博客:给R变个形 图4 4.2 训练集- 随机森林模型 随机森林模型不需要id项,通过row.names把id这一放在R默认序号,如图4第一。...为了保证自变量与模型中用到自变量保持一致,需要补齐完整单词。 首先要删除一些新词(语料库没有出现,测试集中出现词); testtfidf <- testtfidf[!...答:dcast重排时候,是按照term名称大小写顺序来写,所以肯定和训练集结构是一致! 为什么图5,一些词语Id为0,而dcast之后,不存在0id个案呢?

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生信学习小组Day5笔记—Chocolate Ice

)数组(array)因子(factor)数据框(data.frame)**向量与数据框是最重要最常用两种对象类型。...X是一个数据框colnames(X) #查看列名rownames(X) #查看行名,默认值行名就是行号,1.2.3.4...colnames(X)[1]<-"name"#有的公司返回数据,左上角第一格为空...#header=T意思是第一行为表头 # sep=" "意思是指定字符分隔符号为" ",输入时候,原内容是用什么符号分隔,sep就要保持一致,否则可能无法正确读取。...,不过只能提取一)课后问题请在作业回答一个问题:save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found,是为什么,应该怎么解决?...报错原因:没有X这个变量,可能是本来没有新建X这个变量,也可能是变量名字打错了(比如大小写)解决方法:environment找找是否有这个变量,核查变量名输入是否正确

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文本情感分析:特征提取(TFIDF指标)&随机森林模型实现

; (2)如果文本越来越多,词汇变量也会增多,矩阵会越来越稀疏,计算量越来越大,这样挑选算法同时我们将不得不解决另外一个问题,即特征词提取,这里特征词提取方法不是一般特征词提取方法就能解决...aggregate相当于把每个文档词去重了一下,不是ID去重,不同文档也可能存在相同词。...图4 4.2 训练集- 随机森林模型 随机森林模型不需要id项,通过row.names把id这一放在R默认序号,如图4第一。...为了保证自变量与模型中用到自变量保持一致,需要补齐完整单词。 首先要删除一些新词(语料库没有出现,测试集中出现词); testtfidf <- testtfidf[!...答:dcast重排时候,是按照term名称大小写顺序来写,所以肯定和训练集结构是一致! 为什么图5,一些词语Id为0,而dcast之后,不存在0id个案呢?

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认识数据框

背景 数据框是一种表格式数据结构,属于一种二维表,分为行和。数据框旨在模拟数据集,与其他统计软件例如 SAS 或者 SPSS 数据集概念一致。...数据集通常是由数据构成一个矩形数组,行表示观测,列表示变量。不同行业对于数据集行和叫法不同。...一个数据框,每一行元素个数相同,每一元素个数也相同,每一数据类型一致,都为一个向量,每一行内容还是一个数据框。数据框是 R 中使用最广泛一种数据格式。...,一次实现 Excel Vlookup 功能 dta <- genes200[gene93,] dta #数据包含没有检索到 gene ID,返回值为 NA,利用 na.omit 删除包含 NA 行...dta <- na.omit(dta) rownames(dta) <- 1:nrow(dta)#86个行数重命名 write.csv(dta,file = "gene93.csv",row.names

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fuzzyjoin实现模糊匹配连接

fuzzyjoin包是dplyr连接操作变体,它可以支持模糊(匹配)连接,比如忽略单词之间大小写,根据正则表达式进行连接,忽略单词拼写错误等。...该包函数命名也很简单易懂,对于六个dplyrjoin操作每个变体,只要在前面加上统一前缀即可,比如,根据正则表达式进行连接: regex_inner_join regex_left_join...geo_ interval_ 安装 install.packages("fuzzyjoin") #或者 devtools::install_github("dgrtwo/fuzzyjoin") 忽略大小写连接...默认dplyr各种连接不支持忽略大小写连接。...misspelling和wordsword进行连接,正常情况下,由于misspelling中都是拼错单词,它是不可能连接起来,但是stringdist_inner_join可以根据单词之间距离进行连接

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R语言基础教程——第3章:数据结构——因子

名义型变量是没有顺序之分类别变量。类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量R称为因子(factor)。因子R中非常重要,因为它决定了数据分析方式以及如何进行视觉呈现。...通常情况下,创建数据框变量时,R隐式把数据类型为字符创建为因子,这是因为R会把文本类型默认为类别数据,并自动转换为因子。前面我们讲数据框时,就有提到。...如果把其他字符串添加到gender,R会抛出警告消息,并把错误赋值元素设置为NA,例如: > student$Gender[1]<- "female" Warning message: In `[...,其实是因子水平顺序,我们可以通过levels,使现有的因子按照指定因子水平来排序。...,c(150,170,190)) [1] (150,170] (170,190] (150,170] Levels: (150,170] (170,190] 8 修改数据框因子 一般情况下,数据框字符类型会转换为因子类型

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MySQL数据库创建(表创建,,表增删改,深入浅出)

如果坚持使用,请在SQL语句中使 用`(着重号)引起来 保持字段名和类型一致性:命名字段并为其指定数据类型时候一定要保证一致性,假如数据 类型一个表里是整数,那另一个表里可就别变成字符型了...使用 ALTER TABLE 语句可以实现: 向已有的添加 修改现有表 删除现有表 重命名现有表  修改一个 重命名一个  删除一个  重命名表  删除表...,禁止出现数字开头,禁止两个下划线中间只出 数字。...表删除 操作将把表定义和表数据一起删除,并且MySQL执行删除操作时,不会有任何的确认信 息提示,因此执行删除操时应当慎重。...删除表前,最好对表数据进行 备份 ,这样当操作失误时可 以对数据进行恢复,以免造成无法挽回后果。

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第03章_基本SELECT语句

字符串型和日期时间类型数据可以使用单引号(’ ')表示 别名,尽量使用双引号(" "),而且不建议省略 as # 2.2 SQL 大小写规范 (建议遵守) MySQL Windows 环境下是大小写不敏感...MySQL Linux 环境下是大小写敏感 数据库名、表名、表别名、变量名是严格区分大小写 关键字、函数名、列名 (或字段名)、别名 (字段别名) 是忽略大小写。...# 3.2 别名 重命名一个 便于计算 紧跟列名,也可以列名和别名之间加入关键字 AS,别名使用双引号,以便在别名包含空格或特殊字符并区分大小写。...对,就是 SELECT 查询结果增加一固定常数列。这取值是我们指定,而不是从数据表动态取出。 你可能会问为什么我们还要对常数进行查询呢?...比如说,我们想对 employees 数据表员工姓名进行查询,同时增加一字段 corporation ,这个字段固定值为 “尚硅谷”,可以这样写: SELECT '尚硅谷' as corporation

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基本SELECT语句与显示表结构

选择特定: SELECT department_id, location_id FROM departments; MySQLSQL语句是不区分大小写,因此SELECT和select作用是相同...别名 重命名一个(alias 别名),便于计算。注意,重命名之后结果集中会显示别名而非原名。...紧跟列名,也可以列名和别名之间加入关键字AS,别名使用双引号,以便在别名包含空格或特殊字符并区分大小写。建议别名简短,AS 可以省略。...对,就是 SELECT 查询结果增加一固定常数列。这取值是我们指定,而不是从数据表动态取出。...PRI表示该是表主键一部分;UNI表示该是UNIQUE索引一部分;MUL表示某个给定值允许出现多次。 Default:表示该是否有默认值,如果有,那么值是多少。

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day5-白雪

引用自微信公众号生信星球 小白 (1)R赋值符号不是等号,而是<- (2)Console 控制台输入命令,相当于Linux命令行 #左侧控制台 (3)R代码都是带括号,括号必须是英文。...(4)显示工作路径 getwd() (5)向量是由元素组成,元素可以是数字或者字符串。 (6)表格R语言中改名叫数据框^_^ (7)别只复制代码,要理解其中命令、函数意思。...> a <- c(1,2,3) #将a定义为由元素1,2,3组成向量 > a #显示a [1] 1 2 3 > b <- 1:10 #给b赋值为1-10之间所有的整数 > b [1] 1 2...sep:字段分隔符 dec:文件中用于小数点字符。 读取本地数据 (huahua.txt示例数据里有,记得一定要放在工作目录里,否则报错。)...`[.data.frame`(a, 3) : undefined columns selected > a[,3] Error in `[.data.frame`(a, , 3) : undefined

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RNA-seq入门实战(三):R里面整理表达量counts矩阵

counts与TPM矩阵: 读取counts.txt构建counts矩阵;样品重命名和分组;counts与TPM转换;基因ID转换;初步过滤低表达基因与保存counts数据 从salmon输出文件获取...转换时经常会出现多个Ensembl_id对应一个gene symbol情形,此时就出现了重复gene symbol。此时就需要我们进行基因ID转换前去除重复gene symbol。...table(duplicated(symbol)) #统计重复基因名 ###使用aggregate根据symbol相同基因进行合并 counts <- aggregate(counts...column_to_rownames(counts,'Group.1') tpm <- aggregate(tpm, by=list(symbol), FUN=sum) ###使用aggregat 将symbol相同基因进行合并...counts矩阵 需要用到tximport包从salmon输出文件获取counts矩阵,tximport函数输入quant.sf文件路径、转换类型type = "salmon"、以及转录本与基因名

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(数据科学学习手札07)R在数据框操作上方法总结(初级篇)

上篇我们了解了Pythonpandas内封装关于数据框常用操作方法,而作为专为数据科学而生一门语言,R在数据框操作上则更为丰富精彩,本篇就R处理数据框常用方法进行总结: 1.数据框生成 利用...:数据框构成向量变量名,顺序即为生成数据框顺序 row.names:对每一行命名向量 stringAsFactors:是否将数据框字符型数据类型转换为因子型,默认为FALSE > a <-...,第三数据数据类型发生了改变: > a <- 1:10 > b <- 10:1 > c <- c('a','b','c','d','e','f','g','h','i','j') > df <- data.frame...R,通过内联键合并数据框函数为merge(),其主要参数如下: by:对两个数据框建立内联共有(元素交集部分不能为空集),以此列为依据,返回内联取交集后剩下样本行 sort:是否对合并后数据框以内联列为排序依据进行排序...,默认为TRUE suffixes:对合并后数据框同名采取重命名后缀内容 > a <- 1:10 > b <- 10:1 > c <- c('b','a','c','d','e','f','g'

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