可以使用str_sub()函数来提取字符串的一部分。除了字符串参数外,str_sub() 函数中还 有 start 和 end 参数,它们给出了子串的位置(包括 start 和 end 在内):
这一部分,将R语言stringr包中的使用正则表达式的字符串函数简单介绍一下,会用到正则表达式的相关内容,有关正则表达式的知识可以回顾R&Python Data Science系列:数据处理(6)--字符串函数基于R(二)
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()
作为同属于tidyverse 大家庭的一份子,stringr 也为R 的一般字符串处理,献上了一份自己的力量!
R语言在提取字符串上有着强大的能力,其中字符串可以看做为文本信息。今天需要跟大家介绍一款更为通用、更加底层的文本信息提取工具——正则表达式。
本文通过文本的挖掘,对人们在冠状病毒锁定期间正在做什么以及他们的感觉进行的探索性和情感分析
第一部分:字符串 1 检测字符串长度 x = "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." length(x) [1] 1 2 字符串拆分 str_split(x," ") [[1]] "The" "birch" "canoe" "slid" "on" "the" "smooth" "planks
x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 #是list 所以用[[]]
⚠️注意:str_spilt的第二个参数,写你想分割的符号,上面代码“hello world”的分割是空格,因此输入“ ”,同样也可以是其他符号。
[1] "The birch canoe slid on the smooth planks."
哈喽,我是学习生物信息学的阿榜!非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记,将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误,欢迎指正。让我们一起加油,一起学习进步鸭? 这份学习目录可以
plot绘图:当需要绘制 plot(iris[ ,1],col=iris[ ,5]) ;plot(iris[ ,2],col=iris[ ,5]) ; plot(iris[ ,3],col=iris[ ,5]) ; plot(iris[ ,4],col=iris[ ,5])时,可以自定义函数方便快捷的完成。
由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格,所以先插这个课,「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO(世界卫生组织)的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。
x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."
本期“大猫的R语言公众号”由“村长”供稿。村长,数据科学、指弹吉他及录音工程爱好者,浙大金融学博士在读,在data.table包和MongoDB的使用上有较多经验。
例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
str_detect:用来匹配字符中的字母,返回布尔值 str_count():匹配字符,返回匹配的个数
问了具体后,才知道原来是ncbi上的信息,相当于在ncbi上在gene库中查找,然后爬取目标信息。如下:
lapply(list, FUN, …) :对列表/向量中的每个元素实施相同的操作
之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分,然后可视化目标基因集合的打分 ,这里介绍scMetabolism包-整合了多个可以完成细胞代谢相关通路评估方法的R包。
1、Euclidean,欧氏距离是最易于理解的一种距离计算方法,源自欧氏空间中两点间的距离公式。
在之前的开篇提到了text2vec,笔者将其定义为R语言文本分析"No.1",她是一个文本分析的生态系统。笔者在学习之后发现开发者简直牛!基于分享精神,将自学笔记记录出来。开篇内容参考:
https://bruigtp.github.io/flowchart/articles/flowchart.html
一、以下为stringr包的字符串处理函数: 1. 字符串的大小写转换 str_to_upper(string, locale = “”) str_to_lower(string, locale =
上面这个代码复制粘贴,是不能出图的,因为分组和表达的数据是直接加载之前保存的信息。
现在已经有明确的实验证明,跟SARS病毒一样,新冠状病毒2019-nCoV与宿主细胞的ACE2受体结合[1]。GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据,下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况。
i :代称,比如第一次循环则代表in后面向量的第一个元素;第二次则为第二个元素,直到完成in后面向量里所有元素的循环为止。如in后面的向量有8个元素,则8次循环。
https://www.nature.com/articles/s41588-024-01683-0
专题一:玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数,空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"
重启session(重新打开RStudio、重启R,打开新的session)时需要重新加载R包
R是一种语法非常简单的表达式语言(expression language),大小写敏感。 可以在R 环境下使用的命名字符集依赖于R 所运行的系统和国家(系统的locale 设置),允许数字,字母,“.”,“_”
step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列
GTEx数据库(https://gtexportal.org/home/datasets)中有人体各个器官和组织的转录组。之前的有关ACE2教程,都是用这个数据库中的数据完成的。当然数据是开放下载的,Xena研究机构提供了标准化以后的数据(下载链接是https://toil.xenahubs.net/download/gtex_RSEM_gene_tpm.gz, https://toil.xenahubs.net/download/GTEX_phenotype.gz )这个数据下载解压以后有大小有3G+,一般笔记本是无法打开的,用内存大一点的服务器读入也需要一段时间。这个也成为很多小伙伴使用这个数据库的痛点。看过下面这些画图教程的小伙伴应知道:
数据分析的结果很大程度上跟数据质量有关系,在数据采集过程中的数据清洗步骤下,对字符串的操作是最常见的场景,下面我们一起来学习下在Python中是怎么操作字符串的。
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