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color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

对于通路分析结果的可视化而言,最常用的展现方式就是在通路中高亮显示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在线服务,可以方便的完成这一任务。...这个工具使用比较简单,分为4步: 在Select KEGG pathway map 输入框中输入想要标记的pathway ID ; 在Enter data中输入需要标记的基因和对应的信息,或者通过选择文件按钮...,上传对应的文件; 在Option中选择和上一步输入的文件格式相匹配的操作; 点击Exec按钮,提交任务; 从上面的截图可以看出,这个工具提供了3种标记方式 ,下面我们以hsa05200这条通路为例,看下实际用法...总结 通过color pathway, 我们可以有多种方式在通路图中标记我们的基因,可以直接指定颜色,也可以将表达量等数值信息映射到图中。 对于每种输入格式,必须要有#开头的注释行。...color pathway 一次只可以标记1张通路图,不适合大规模的标记。

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    Django调用百度地图api在地图上批量增加标记点

    在调用百度地图api进行web开发时遇到了一个需求,我们需要在网页中内嵌一个div 然后在div中调用百度地图的js显示我们所需要的地区。...根据需求坐标在地图上添加若干个标记点,并批量的为各个标记点设置监听函数,使之显示我们所需要的信息 开始 创建工程 首先,创建一个测试用的工程来测试我们的需要,可以使用pycharm或者django自带的命令创建工程...i] = new BMap.Marker(point[i]); //按照地图点坐标生成标记 map.addOverlay(marker[i]); }...i] = new BMap.Marker(point[i]); //按照地图点坐标生成标记 map.addOverlay(marker[i]); }...http://127.0.0.1:8000/address 点击按钮获取我的位置 注: 上述代码在django1.9和Python2.7.12在ubuntu16.04 lts中编译成功运行,其他环境请自行测试

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    在图中,从某顶点到另一顶点长度为n的路径有多少条?(矩阵乘法的应用)

    其实矩阵A的含义可以这样解释,a[i][j]表示的是,从点i出发走一步到点j有多少条路径,不用多说要么为1,要么为0。而乘上一个矩阵A就相当于步数+1。...现在我们来分析A^2这个矩阵的含义,a[i][i]表示的是,从点i出发走2步到达点j有多少条路径。那么是否可以表示为A^3,A^4,...,A^n这样的形式呢。...1][2] + a^2[1][2]*a[2][2] + a^2[1][3]*a[3][2] + a^2[1][4]*a[4][2] = 2*1 + 1*0 + 2*1 + 1*1 = 5 这个其实就是在走两步的基础上再走一步...Output 输出一个整数,即为图中长度为k的路径的条数。...3) B^m(2≤m≤n)中位于 i 行 j 列(0≤i,j≤n-1)的非零元素的含义是:图中从顶点 i 到顶点 j长度为 m 的路径条数。

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    独家 | Tableau中的Z-Order了解一下!

    在CSS中,有一个z-index设置,用于在视图中向前或向后移动对象,控制哪个对象被放在顶层。在Tableau中,我们没有这种明确定义z顺序方式。相反,视图由正在使用的标记定义。...按字母顺序排列的标记 在下一个例子中,我只是将Country从Marks Card的底部移到了顶部。由于国家按字母顺序排列,而国家/地区位于标记卡的顶部,因此z顺序现在按字母顺序设置为国家/地区。...例如,如果我们希望在每种情况下所有较小的点都位于较大的点之上,那么我们可以按人口对国家进行排序。...如果我们按人口总数递增排序,则人口最少的国家将位于列表的顶部,最大的国家将位于列表的底部,而z顺序将会把较小的点放到较大点的顶部。...现在我们可以将鼠标悬停在视图中的每个点上,因为较小的点绘制在较大的点之上,而不管国家或地区如何。 下面是Tableau Visualization显示的三个示例。

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    独家 | 手把手教数据可视化工具Tableau

    通过将“Sales”(销售额)拖到到“文本”来调整这一点。现在可以认为视图是完整的: 说明: 1. 某些情况下,向视图中添加度量可能会增加视图中标记的数量。...许多操作都应用筛选器,这意味着,在您构建视图和添加筛选器时,这些筛选器始终按操作顺序所建立的顺序执行。...有时,您可能预计 Tableau 会按一个顺序执行筛选器,但操作的顺序决定的筛选器按不同的顺序执行,则结果可能会出人意料。如果发生这种情况,您有时可以更改操作在管道中执行的顺序。...视图中每个条形的顶部现在便有货币总计: 您可能需要调整视图以使其正常显示。如果条形太窄,数字将被截断;若要修复这一点,请在键盘上按 Ctrl + 向右键以使条形更宽。...通过按 Ctrl + Shift + B(在 Mac 上按:ñzB)来增加标记大小;按下 Ctrl + Shift (ñz) 并继续按 B,直到方块足够大为止。 在此视图中,您只能看到中部地区的数据。

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    图的遍历(深度优先搜索和广度优先搜索)

    对于连通图,从初始顶点出发一定存在路径和连通图中其它顶带相连,所以对于连通图来说,从初始顶点出发一定可以遍历该图。连通图的深度优先遍历递归算法如下。 (1)访问顶点v并标记顶点v已被访问。...2、标记点B,找到B得下一个邻接点D. 3、标记顶点D,找到D点的下一个邻接点C. 4、标记顶点C,从c出发找到C的下一个邻接点B,因为B点已经被访问过,则回退到顶点D. 5.找D的下一个临界点C...6 B的下一个邻接点D已被访问过,回退到A. 7、从A出发,找到临界点E,标记E点 8、E没有临界点,算法结束。...广度优先遍历是指,从指定顶点开始,按照到该顶点路径长度有短到长的顺序,依次访问图中的其余顶点。图的广度优先遍历算法也需要一个队列来保存访问过的顶点的顺序,以便按顺序访问这些顶点的邻接顶点。...对上图进行广度优先遍历 将A加入队列,取出A,标记为已访问,将其临界点B、E入队列,【B、E】 取出B,标记B已被访问,将其未访问过的邻接点加入队列,【E、D】 取出E,标记E已被访问,E没有临界点

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    标号法(label-setting algorithm)求解带时间窗的最短路问题

    很显然,在图中,如果两点间斜率k>=0,终点is dominated。...(如X_i^1 dominateX_i^5)因为两个标记所代表的两条路径都将到达同一个点,而斜率终点的那条路径时间和cost都更高,当然更差了。而k=0时,我们在图中画了几条直线。...如何保证这一点呢?我们在下一节中给出解决方法。 4 标记处理的顺序:字典排序 在LS处理标记的过程中,我们是按结点顺序拓展标记的,所以对于一个结点的多个标记我们需要依照一个顺序进行处理。...这个顺序最好能在拓展过程中揪出所有无效点,即一边拓展一边进行EFF查找。 在函数图像中我们用斜率k来表示统治关系,容易想到从左到右判断k,找出所有的k>=0的线段。...转化过来,就是按照先比较T再比较C的顺序进行排序。因此,我们在存储标记的时候也考虑按先判断T再判断C的顺序存储,处理时从小到大处理。这就是所谓的字典排序。显然,这是一种全排序,满足我们的需求。

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    模拟试题A

    会产生变换前后维度的改变的是( ) A)建模变换 B)观察变换 C)投影变换 D)视口变换 2.下列描述深度缓冲消隐算法的特点中,正确的是( ) A)从每个多边形出发,根据其对应像素深度大小比较,严格按自远到近顺序进行显示...B)以视区每个像素为处理对象,严格按自远到近顺序进行显示 C)从每个多边形出发,根据其对应像素深度大小比较,可按任意顺序进行显示 D)以视区每个像素为处理对象,可按任意顺序进行显示 3...图B.4中,左图表示由小圆点包围形成一四连通区域,其中已知种子O,其余点标记为A,B,C,D,E,F。...(10分) (1)试根据简单四连通种子填充算法按左、上、右、下入栈的顺序给出像素点填充的次序,用序号123456将填充次序结果在右图中标出(4′); ? 填充次序结果: ?...图B.4 区域填充 (2)将填充过程中每一步堆栈中的内容按所给字母标记填写在下图所示堆栈中(6′)。 ? 图B.5 堆栈 2. 已知p点在xoy坐标系下坐标为 ?

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    揭秘你处理数据的“底层逻辑”,详解公式引擎计算(二)

    为了实现这种计算关系之间的管理,出现了计算链,用以对公式之间的依赖和先后顺序进行管理,处理在电子表单中错综复杂的依赖。涉及到图的处理,脏值计算等内容。...有向无环图和有向有环图的计算 在一张图中,如果从一个节点出发,最后能回到这个节点,我们称之为有向有环图,反之被称作有向无环图。...左图中不论从任意一个节点出发都不能再回到该节点,所以左图是有向无环图。 右图中A点可以出发后回到A节点,所以右图是有向有环图。...左图中是一个从上到下的累加,使用按需计算计算的很顺畅,从上向下按顺序计算即可,堆栈中存在的待计算元素不超过两个,按需计算比图的计算更加快。...脏值计算 在这个图中,如果此时修改了某节点的值,这个时候就需要根据传播途径,标记所有需要重算的节点。

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    多个基因集富集结果泡泡图绘制展示

    这时我们需要在富集结果后面加一列,标记该结果是哪个基因集的富集,在Excel中可以很方便地操作。如下面动图所示,分组的名字自己根据实际取名即可。...图中每个点代表一个富集的条目,在Y轴有对应标记。每一列是一组基因的富集结果。三组共有的富集在最上面,2组共有的富集在中间,每组特有的富集在底部。...每个点的大小代表用于分析的基因集中匹配到该通路的基因数目,颜色代表富集程度。 如果希望在显示多组时,依然保留log_odds_ratio的信息,也可以。...图中每个点代表一个富集的条目,在Y轴有对应标记。...这些条目按其log_odds_ratio的值排序后展示,log_odds_ratio高的条目在Y轴上方展示;每个点的大小代表用于分析的基因集中匹配到该通路的基因数目,颜色代表富集程度。

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    手把手教你|VBS或VBA中的排序算法

    最近有朋友向我咨询一个需要在RSViewSE环境中实现的排序算法问题,背景是将若干个PLC内共约2000个DI点的状态变化按先后顺序排列出来,这2000个DI点大约可以分为100组,每组20个DI标签,...本文中使用一个软件模拟出OPC UA的变量与SE建立通讯,并且在SE的标记库内创建变量关联起来。 02 自行学习在SE内使用VBA脚本获取标记库标签值的方法,可参考SE帮助文档。...在没有点击初始化按钮时,系统会将排序标签的默认状态记录到本地磁盘的文件内,本例子中如下: 点击初始化并开始排序按钮,系统会按每秒一次的频率监测需要排序的标签值状态。...依次模拟下来会发现,系统会将每个DI状态变化的顺序都记录下来。如下图所示 排序完成,可根据排序数组内记录的内容从程序内可轻松获知对应DI点的变化顺序。...修改下图中的21为实际需要的数字即可。 ②将标记库内需要参与排序的标签都创建出来,并且在VBA程序内将标签值传递给数据数组,必须将需要参与本次排序的所有标签值都写进来。

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    盘一盘 Python 系列 - Cufflinks (下)

    列表:[value] 对每条轨迹按顺序的设置模式 字符串:具体模式的名称,适用于所有轨迹 具体选项有折线 lines、散点 markers、折线加散点 lines+markers、折线加文字lines...---- symbol:字典、列表或字符串格式,用于设置标记类型,仅当 mode 含 marker 才适用 字典:{column:value} 按数据帧中的列标签设置标记类型 列表:[value] 对每条轨迹按顺序的设置标记类型...orientation:字符串格式,用于设置形状的排放方式,h 代表水平 v 代表竖直,仅当 kind = bar 或 histogram 或 box 才适用 boxpoints:布尔或字符串格式,用于在箱形图中显示数据...annotations:字典格式 {x_point: text},用于在点 x_point 上标注 text。 keys:列表格式,指定数据帧中的一组列标签用于排序。...和只展示可疑离群点,最后一天按水平展示箱 (参数 orirentation ='h')。

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    25个视频神同步,还能给视频声音移花接木,谷歌开源最新自监督算法

    可是要让AI理解视频里每一帧的内容太难了,因为你不可能逐帧对视频做标记,用监督学习的方法是不切实际的。 ?...目前,谷歌已经开源了TCC的代码,希望让用户能够在自己开发的程序中用上这种最新算法。 TCC原理 当一个人想去倒一杯饮料时,他会去伸手去拿茶壶、酒瓶或水杯。这是一种按特定顺序发生的事件。...在下图中,谷歌展示了使用TCC训练的模型,该模型来自宾夕法尼亚动作数据集中进行深蹲练习的人的视频。 ? 图中左侧的每个点对应于帧嵌入,点的位置随着当前视频帧动作而变化。...在识别高尔夫挥杆和网球发球这个两个动作时,有监督学习需要50个标记样本才能达到和TCC一样的准确度,而TCC在仅有一个标记样本的情况下就已经有很高准确度了。 ?...实际应用 TCC可以在只有一个标记视频的情况下,将其它同类视频的动作阶段进行分类,并且可以用参考视频一次对齐多个剪辑视频,做到“神同步”。

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    自动编码器

    当他们收到一幅新画时,N.Coder 在墙上选择一个点作为标记来代表这幅画,然后扔掉原来的艺术品。当顾客要求观看这幅画时,D.Coder 尝试仅使用墙上相关标记的坐标来重新创作这件艺术品。...第 5-17 行按顺序将卷积层堆起来。...第 6-15 行按顺序将卷积转置层堆起来。...通过模型中的 encoder 在测试集生成坐标在 2D 散点图中显示。 图中有三个现象值得注意: 有些数字的占地区域很小,比如红色的 9,有些数字的占地区域很大,比如紫色的 0。...图中的点对于 (0, 0) 不对称,比如 x 轴上负值的点比正值的点会多很多,有些点甚至到了 x =-15 处。 颜色之间有很大的间隙,其中包含很少的点,如上图左上角。

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    【UML建模】(5) UML建模之活动图

    活动节点在图例上的表达方式和动作相同,其图标表示如下图所示: 开始和终止 活动图中的开始和终止是两个标记符号,分别标记了业务流程的起始位置和结束位置。...活动图中有且仅有一个开始标记,一般至少有一个结束标记(死循环的情况下可能没有结束标记)。 开始的图标 2....控制流从活动图的开始标记开始运行,经过顺序、分支等结构引导者各个动作的连续执行。 判断节点 判断节点是活动图中进行逻辑判断,并创造分支的一种方法。它有一个进入控制流和至少两个导出控制流。...从业务流程的开始节点开始,把过程中发生的动作按事件顺序排列,依次把这些动作添加到活动图中。 把局部的过于复杂的动作序列加以总结,绘制成一个活动节点;如果需要,把这个动作序列使用另外的活动图进行建模。...把活动节点纵向按照事件发生顺序,横向按照参与角色和系统角色对应填入活动图中。 综合例子 总结 本文详细介绍了UML活动图的信息。

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    自识别标记(self-identifying marker) -(4) 用于相机标定的CALTag源码剖析(下)

    然后分别求每个角点和该重心的向量,将这些向量转化为极坐标系,将极坐标系下的角度按照升序排列就是逆时针角点的顺序。极坐标下的角度如下: ?...R(i).H为映射矩阵H,S是下图左unitSquare内部均匀采样点,R(i).HS是计算得到的右边quad中的真实采样点。 这右图中采样点按顺序排成一列就是该quad的code值。...是什么原因导致这些角点被忽视了? 请看下图的一个例子,图中深红色圆圈内的角点是经过上述步骤(验证CODE,识别ID)检测到的角点。品红色圆圈内的角点就是利用标记信息表恢复出来的角点。...目前对于检测成功的标记,我们知道他们的CODE, ID,在标记信息表中的位置(第几行第几列),比如实验用的自识别标记图案的标记信息表如下: ? ?...分布参数和参数的中值差在一定阈值T范围内,认为符合成为角点的条件,否则认为不是角点。

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