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gggenes绘制多物种基因结构比较

https://wilkox.org/gggenes/ gggenes是ggplot2的扩展包,用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。...使用make_alignment_dummies()跨面对齐基因 通常我们会想要所有物种按某一个指定的基因对齐,比如下面例子中的geneE。...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因,生成一组空基因;再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中,就可以填充两侧的空白,以在图上直观地对齐所选的基因...用geom_gene_label()标记基因 把基因名字所在的列名字映射到label属性可以在图上标记每个基因的名字。...使用geom_subgene_label()给子区域在图上加标签,它的工作原理类似于geom_gene_label(),但主要的区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax

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咦!这样画基因结构图够好看!(结尾有送书福利)

https://wilkox.org/gggenes/ gggenes是ggplot2的扩展包,用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。...使用make_alignment_dummies()跨面对齐基因 通常我们会想要所有物种按某一个指定的基因对齐,比如下面例子中的geneE。...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因,生成一组空基因;再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中,就可以填充两侧的空白,以在图上直观地对齐所选的基因...用geom_gene_label()标记基因 把基因名字所在的列名字映射到label属性可以在图上标记每个基因的名字。...使用geom_subgene_label()给子区域在图上加标签,它的工作原理类似于geom_gene_label(),但主要的区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax

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    R绘图:美且有价值

    同样地使用ggplot2包(这个包真是可视化的神器),应用theme_bw()主图,再自定义一套颜色配色,具体的可视化效果如下: 三、渠道投入与产出 电商行业有专门的渠道推广的工种,负责引流粉丝,然后销售通过微信等方式地服务客户...其次是要能够直观地比较出目标量的差异,因此我选择了嵌套式的条形图,大条形图表示各部门的目标,嵌套在内的条形图表示完成的部分。...可视化以basic plot 中的barplot函数为主体,下面是可视化的效果: 五、日进粉趋势图 之前介绍到的粉丝引流,在整个销售环节中占有重要的部分,所以进粉的量很大程度地影响业绩,我们通过日进粉趋势图可以发现一个月每日的进粉情况...下面是可视化的效果,其中饼图的面积代表了各部门整体的进粉量,其次已转化的客户用深颜色体现,其下面备注各部门的转化率: 七、各城市客户-男女比例 区域可视化其实大家也不会陌生,就是在地图标注出各城市或者区域指标值...在R语言中我们首先要画出一张中国地图以便我们在地图上进行标注。首先我们需要使用到sp包和maptools包,其次我们还需要下载地图数据。之后使用plot就可以实现地图的绘制。

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    【数据分析 R语言实战】学习笔记 第四章 数据的图形描述 (上)

    低级绘图命令:在一个己经存在的图形上加上更多的图形元素,如额外的点、线和标签。 交互式图形命令:允许交互式地用鼠标在一个已经存在的图形.上添加图形信息或者提取图形信息。...4.2.2函数layout() layout()内部的参数是一个矩阵(matrix ),其通过定义矩阵来灵活地将图形区域进行分割,matrix默认按列输入。...4.3.5交互式绘图命令 R的交互式函数允许用户直接用鼠标在一个图上提取和提交信息,最简单、最常用的函数是: Locator(n,type="n",…) > x=rnorm(10) > plot(x)...R中另一个比较有意思的交互函数是identify()它用于在散点图中找出点。...为了更好地按某一分类变量去比较数据,有些时候也需要分割图形区域。使用lattice绘图时,分割绘图区域的操作变得很简单,只要设置参数layout即可。

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    ggmapinset!这个工具绘制子地图真的太方便~~

    简介 ggmapinset是R语言中的一个包,它是基于ggplot2和ggmap包的扩展,用于在地图上添加缩略图。...该包提供了一种简单的方法,可以在一个图形中同时显示主地图和缩略图,从而方便用户进行比较和分析。...安装方法 可以使用以下命令在R中安装ggmapinset包: install.packages("ggmapinset") 特点 提供了一种简单的方法,可以在一个图形中同时显示主地图和缩略图。...,可参考:ggmapinset包官网[1] 总结 ggmapinset 是一个非常有用的R包,它可以在地图上添加缩略图,提高图形的可读性。...该包提供了一些简单的函数,可以方便地调整缩略图的大小和位置,并添加标签和注释。如果您需要在地图上显示多个区域的数据,那么ggmapinset是一个值得尝试的工具。

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    【完整案例】如何用R实现空间数据可视化

    流行病学的数据讲究“三间分布”,即人群分布、时间分布和空间分布。其中的“空间分布”最好是在地图上展示,才比较清楚。...但是老版数据中,市级数据中缺少绘制区域的多边形数据,让市级分布图的绘制稍麻烦一些,新版中也许会有改进。 用R绘制地图比较简单。...这是因为,在绘图的过程中,默认把经度和纬度作为普通数据,均匀平等对待,绘制在笛卡尔坐标系上造成的。其实,地球的球面图形如何映射到平面图上,在地理学上是有一系列不同的专业算法的。...为了进一步在ggplot2包中绘图,需要把SpatialPolygonsDataFrame数据类型转化为真正的data.frame类型才可以。...把每个区域的边界保存在单独的文件中。然后在R中把这些数据转化为GIS数据,保存为shp格式的标准地图文件。

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    R语言绘制中国地图,并展示流行病学数据

    流行病学的数据讲究“三间分布”,即人群分布、时间分布和空间分布。其中的“空间分布”最好是在地图上展示,才比较清楚。R软件集统计分析与高级绘图于大成,是最适合做这项工作了。...但是老版数据中,市级数据中缺少绘制区域的多边形数据,让市级分布图的绘制稍麻烦一些,新版中也许会有改进。 用R绘制地图比较简单。...这是因为,在绘图的过程中,默认把经度和纬度作为普通数据,均匀平等对待,绘制在笛卡尔坐标系上造成的。其实,地球的球面图形如何映射到平面图上,在地理学上是有一系列不同的专业算法的。...为了进一步在ggplot2包中绘图,需要把SpatialPolygonsDataFrame数据类型转化为真正的data.frame类型才可以。...把每个区域的边界保存在单独的文件中。然后在R中把这些数据转化为GIS数据,保存为shp格式的标准地图文件。

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    geofacet!另类网格地图绘制,商务地图就靠它了...

    geofacet可以在一个大的地图上绘制多个小区域图,每个小区域图都对应着一个特定的地理区域,例如国家、地区或行政区划等。...这使得分析人员可以更好地掌握和比较不同地区的数据,从而更好地发现数据的规律和趋势。 geofacet的主要功能包括: 网格化绘图:Geofacet提供了一系列函数和工具,可以将地图网格化成多个小图形。...这些小图形可以按照特定的方式排列,例如按照行列顺序、按照地理位置或者按照自定义的方式进行排列。 多维比较:通过将地图网格化成小图形,Geofacet可以方便地展示多个指标和变量之间的关系。...例如,可以在多个小区域图中比较不同地区的人口、经济、教育等指标,以及它们之间的关系和趋势。...通过网格化的方式,Geofacet可以减少大图形的复杂度和混乱度,同时保留数据的细节和趋势。无论是在学术研究、商业分析还是政府决策中,Geofacet都有着广泛的应用和重要的价值。

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    2017年度全国出差地图

    从去地理化的联系度图上看,铁路出行并不是高度中心化的,而是自然地构成了两大区域: 北京-长三角-成渝这三个地区在铁路出行上形成了紧密的组团,具有极高的联系度。...而联系面积最广的则是京津冀城市群-山东半岛城市群-河南中原城市群-长三角城市群,这四个区域在汽车差旅联系上已经形成了连绵趋势。...而最有趣的则是海南岛的一系列城市,他们与大陆地区只有唯一的联系通道:湛江。几十个城市的联系集于一点,硬生生把湛江放大成了一个区域型的节点。...总时间和准时性指标中,火车的准时发车时间和延误时间未查到资料。由于路线上多为高铁,根据经验,准时发车率统一按98%计算。关于延误时间,高铁按无延误计算,动车按5分钟计算,K字头车按10分钟计算。...候车时间按20分钟计算。 便捷性指标中,飞机采用班次数;火车采用最快车型的班次数。

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    R语言可视化——地图与气泡图结合应用

    今天跟大家分享如何在地图上进行散点图、气泡图绘制。 昨天跟大家介绍了ggplot函数进行地图绘制的原理,通过轮廓点和分组来定义每一个地区(国家边界),通过多边形填充来完成区域填色。...ggplot的图层叠加原理晕允许我们在坐标系统的叠加多个图层; 所以在地图上叠加散点、甚至气泡可以很容易的实现: 包的导入: library(maptools) library(ggplot2) library...geshengzhibiao.csv") #读取业务数据 province_city 城市坐标...以上语法中,使用了geom_polygon()多边形函数来定义并填充地图背景 (注意里面的fill参数(指定地图区域颜色),colour参数指定多边形(也就是地区轮廓线)边框颜色),然后通过geom_point...最后的ggtitle定义主题,theme内的参数清除掉所有图层上的无关元素(背景、网格系统、横纵轴标签、刻度线、轴标题、图例)

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    ArcGIS_Pro官方课程整理【第二期】

    在本例中,原来的任务是在 10-40 cm 分辨率的影像中检测建筑物,新任务是在 1 米分辨率的影像中检测建筑物。...地图上的 Seattle_buildings 输出图层 处理将在几分钟后完成,Seattle_buildings 输出图层将显示在内容窗格中和地图上。 2....按城市化程度对区域进行分类 按城市化程度对区域进行分类 教程链接: Classify Areas by Degree of Urbanization[4] 内容简介: 本教程教授如何使用联合国认可的城市化程度分类方法...人口格网是确定一个区域城市化程度的重要第一步。 在这个教程中,学习者需要下载包含教程数据的ArcGIS Pro工程包,并使用其中的地图。...最后,将滑坡敏感性的结果图层与提取的建筑物图层进行比较,以确定哪些建筑物处于高风险区域。 高风险区域中的一些建筑物 格林纳达的大多数建筑物似乎都位于风险较低的区域。

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    R绘图-ggplot2 (2)

    color))+scale_y_log10()+scale_colour_manual(values=rainbow(7)) 5、统计变换(Statistics) 统计变换对原始数据进行某种计算,然后在图上表示出来...#这里就不按颜色、切工来分了,不然ggplot会按不同的分类变量分别做回归,图就很乱, #如果我们需要这样做,我们可以使用分面,这个将在后面介绍。...,饼图实际上就是柱状图,只不过是使用极坐标而已,柱状图的高度,对应于饼图的弧度,饼图并不推荐,因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度(柱状图) #靶心图: ggplot(small)+geom_bar...#做为图层的一个很好的例子是蝙蝠侠logo,batman logo由6个函数组成,在下面的例子中,我先画第一个函数,之后再加一个图层画第二个函数,不断重复这一过程,直到六个函数全部画好。...+误差图为实例,展示ggplot2非常灵活的图层。

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    R语言可视化——ggplot绘制中心密度辐射图

    今天这篇算是之前ggplot2图表系列的增补。...因为在ggplot2中一直没有看到好的关于密度辐射图(或者称它为热力辐射图,就是那种PowerMap中可以通过颜色色度探查区域指标分布密度的图表类型)的合适解决方案,最近在看github官网上ggmap...的介绍帖,看到作者在ggmap函数中嵌套了geom_polygon图层并并使用fill=..level..参数和stat="density_2d"来来制作类似的热度辐射图。...rstudy的文件包(我在刘万祥老师的公众号里发现的,现在应该也还可以获取),如果手上没有数据可以添加魔方学院的QQ群,在群共享里查找R语言资料。...(共享文件比较多,可能需要找一阵子) 另一个是之前在讲解REmap热度辐射图时用过的城市价值指标数据集,推送后会共享在魔方学院的QQ群里。

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    R绘图-ggplot2(1)

    #不同的几何对象,要求的属性会有些不同,这些属性也可以在几何对象映射时提供,比如上一图,也可以用以下语法来画: p <- ggplot(small) p+geom_point(aes(x=carat,...aes(x=price, fill=cut)) #可以将其分开,side-by-side地画直方图。...而柱状图是分类数据,按类别计数。我们可以用前面直方图的参数来画side-by-side的柱状图,填充颜色或者按比例画图,它们是高度一致的。...箱式图 #数据量比较大的时候,用直方图和密度函数图是表示数据分布的好方法,而在数据量较少的时候,比如很多的生物实验,很多时候大家都是使用柱状图+errorbar的形式来表示,不过这种方法的信息量非常低,...ggplot(small)+geom_boxplot(aes(x=cut, y=price,fill=color)) #geom_boxplot将数据映射到箱式图上,上面的代码,我们应该很熟悉了,按切工

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    R语言绘图之ggplot2包「建议收藏」

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 6月份一直在忙期末考试,今天来迅速的学习下ggplot2包的简单绘图。...R的基础包里面也有很多画图函数,例如plot();barplot();qqplot(); 但是还有大名鼎鼎的ggplot2包,用这个包的函数画出的图比较漂亮,而且使用灵活。...以下用的数据是一份毕业生数据,来自王斌会主编的《数据分析与R语言建模》的练习数据,一共48个样本点,9个属性 一、数据 在ggplot2中,接受的数据集必须是以data.frame格式的。..., 默认情况下为离散变量, 按默认的颜色标度标记为桃红色 比较以下三种方法 ggplot(UG,aes(score,income),colour=sex)+geom_point() ggplot(UG,...六、统计变换 统计变换对原始数据进行某种计算,然后在图上表示出来。

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    数据可视化

    那么,我们应该如何在图上找到我国呢,嗯,不如把人口数据也填进来。 下面是包含人口数据的气泡图,气泡的大小都和样本中人口的数目成正比。...… 通过对前几个样例的观察,我们发现一个规律,人均GDP较高的国家预期寿命普遍也比较高,下面我们就可以利用ggplot2提供的平滑曲线来展示这个趋势。...此外我们同样观察到两个特殊的点,图一中1962年的数据点(连线上的第三个点),和图二中1992年的数据点。1962前后年的中国,我们都知道发生了什么。那么,1992年前后的世界,又发生了什么呢?...,欧洲国家比例较多,而非洲国家大部分都在寿命比较短的几个区域里。...(非酋的生活不轻松啊……) 亚洲国家的寿命预期分布比较平均。 大洋洲国家,全都分布在lifeExp>60的区域里。

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    你的城市能否在资本游戏中逆袭?5年投融资数据告诉你答案

    ,以求更好地表征城市对外来产业资本的吸引力,更精准的体现城市在区域层面的吸引力和控制力),做了一个有关全国城市发展机会的小小的研究。...从这张图上,我们可以识别出三个亮点密集的区域:长三角城市群、珠三角城市群、北京-天津城市群,这三个城市群与成都-重庆西部城市群构成了一个钻石形状。...江湖人称“北上广”三兄弟的广州,在对外投资的控制力上已经与另两位兄弟渐行渐远了; 在以上前10名中(接下来上榜的是天津、南京、宁波、苏州、成都),有5名都是长三角区域的城市,可以看到长三角地区资本的活跃程度...细心的读者会发现,在以上这两个榜单中,鲜见东北城市的名字。这似乎印证了一句坊间笑谈:投资不过山海关。 在全国城市体系的比较中,资本到底冷落了哪些省份与城市?...文中使用的数据由启信宝提供。 ▍据侠门派 本文数据侠为城市数据团,他们关注生活在城市中的个人,致力于用市民的生活轨迹,数字化地描绘城市生活、揭示城市问题。

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