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数据实用组件Hudi--实现管理大型分析数据HDFS的存储

Hudi是HDFS的基础,对HDFS的管理和操作。支持Hadoop执行upserts/insert/delete操作。这里大家可能觉得比较抽象,那么它到底解决了哪些问题?...什么是Hudi Apache Hudi代表Hadoop Upserts anD Incrementals,管理大型分析数据HDFS的存储。Hudi的主要目的是高效减少摄取过程中的数据延迟。...由Uber开发并开源,HDFS的分析数据通过两种类型的表提供服务:读优化表(Read Optimized Table)和近实时表(Near-Real-Time Table)。...它可以像任何作业一样进一步水平扩展,并将数据直接存储HDFS。 Hudi的作用 上面还是比较抽象的话,接着我们来看下图,更形象的来了解Hudi ?...Hudi机制 存储机制 hudi维护了一个时间轴,记录了不同时刻对数据进行的所有操作。 hudi拥有2种存储优化。

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自己的数据训练TensorFlow更快的R-CNN对象检测模型

鉴于此检测RBC和血小板时,可能不希望裁剪图像的边缘,但是如果仅检测白细胞,则边缘显得不太重要。还想检查训练数据是否代表样本外图像。例如,能否期望白细胞通常集中新收集的数据中?...它在数据级别进行了序列化,这意味着为训练,验证和测试创建了一组记录。还需要创建一个label_map,它将标签名(RBC,WBC和血小板)映射为字典格式的数字。...还可以将数据导出为所需的任何格式。 训练模型 将训练更快的R-CNN神经网络。更快的R-CNN是一个两阶段的对象检测器:首先,它识别感兴趣的区域,然后将这些区域传递给卷积神经网络。...更快的R-CNN是TensorFlow对象检测API默认提供的许多模型架构之一,其中包括预先训练的权重。这意味着将能够启动COCO(上下文中的公共对象)训练的模型并将其适应用例。...TensorFlow甚至COCO数据提供了数十种预训练的模型架构。

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【SLAM】开源 | 基于雷达的语义SLAM,KITTI高速公路序列数据,性能超越纯几何的和最先进的方法!

大多数现实环境中,这个任务特别复杂,因为移动对象引起的动态会破坏映射步骤或偏离定位。本文中,我们提出了一种基于表面的制图方法的扩展,利用3D激光距离扫描集成语义信息来促进制图过程。...利用全卷积神经网络有效地提取语义信息,并在激光距离数据的球面投影上进行渲染。这个语义分割能够计算整个扫描帧具有点标号的结果,允许我们建立面元标号的语义地图。...我们对来自KITTI数据的具有挑战性的高速公路序列数据具有很少的静态结构和大量的移动汽车)的实验评估显示,与纯几何的、最先进的方法相比,我们的语义SLAM方法具有优势。

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生信爱好者周刊(第 46 期):你的苹果M系列芯片电脑跑生信顺利么?

目前生信软件M系列芯片的兼容性也日趋完善,想必有不少小伙伴已经入手尝试了,那么来分享一下你使用苹果M系列芯片电脑跑生信的感想吧!...从大型单细胞 mRNA-seq 数据集中提取高信息量的基因,构建用于细胞分类的最小基因。该方法可以降低计算和测序成本,为主动采样策略提供依据。...研究团队通过机器学习模型集成了多种分析方法,进行了SNV和INDEL的鉴定,并生成了一组全面的SV数据。...7、论文投稿前必须检查的25个细节 本文简述了论文投稿前需要检查的25个细节,为文章的顺利接受提供有力的投稿准备!...工具 8、ggmsa | 多序列比对和相关数据的可视化探索工具 ggmsa是Y叔团队开发的进行多序列比较结果可视化的R包,相关成果也发表Briefings in bioinformatics

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时间序列和时空数据大模型综述!

时间序列和时空数据本质都是时间数据,将这两个广泛且内在联系的数据类别的研究结合起来至关重要。尽管深度学习和自监督预训练方法时间序列和时空数据分析领域逐渐取得进展,但统计模型仍占主导地位。...本综述回顾了大型模型时间序列和时空数据挖掘中的应用,涵盖了数据类型、模型类别、模型范围和应用领域/任务四个关键方面。...时间序列数据。单变量时间序列x = {x1, x2, · · · , xT } ∈ R T是按时间顺序索引的T个数据点的序列,其中xt ∈ R是时间序列时间t的值。...多变量时间序列X = {x1, x2, · · · , xT } ∈ R T ×D是按时间顺序索引的T个数据点的序列,但具有D个维度,其中xt ∈ R D(1 ≤ t ≤ T)表示时间序列时间t沿D个通道的值...此外,LLM大量数据训练,但可能无法很好地推广到新数据。时间序列和时空数据可能突然变化或趋势,LLM训练期间未遇到类似模式,可能会产生不可靠的输出,强调鲁棒泛化的需求。

1.4K11

使用Seaborn和Pandas进行相关性检查

数据可以讲许多故事。作为一个很好的开始,可以检查变量之间的相关性。 研究数据以查看哪些变量具有相关性时,这是我首先执行的任务之一。这使我更好地了解我正在处理的数据。...如何衡量相关性 在数据科学中,我们可以使用r值,也称为皮尔逊相关系数。它测量两个数字序列(即列、列表、序列等)之间的相关程度。 r值是介于-1和1之间的数字。...当我们计算r值时,我们得到0.954491。当r值接近1时,我们可以得出年龄和体重有很强的正相关的结论。直觉应该看看。一个成长中的孩子,随着年龄的增长,体重开始增加。 年龄和乳牙 ?...如果这种关系显示出很强的相关性,我们需要检查数据以找出原因。 使用Python查找相关性 让我们看一个更大的数据,看看使用Python查找相关性有多容易。...ID和它出现的两个平台之间存在很强的正相关和负相关,因此数据顺序添加的,先添加Netflix,最后添加Prime Video。

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从零开始构建大语言模型(MEAP)

将模型基于 Transformer 架构实现,并使用大型训练数据来训练 LLM 的这一转变,从根本改变了 NLP,为理解和与人类语言交互提供了更有能力的工具。..."大型"语言模型中的"大"既指模型参数方面的规模,也指其所训练的庞大数据。这样的模型通常具有数百亿甚至数百亿个参数,这些参数是网络中的可调权重,训练过程中进行优化,以预测序列中的下一个词。...“预训练”中的“pre”一词指的是初始阶段,其中像 LLM 这样的模型大型、多样的数据上进行训练,以开发对语言的广泛理解。...由数十亿字组成的大型数据对于 LLMs 的预训练至关重要。本书中,我们将实现并训练 LLMs 以用于教育目的的小型数据,还将了解如何加载公开可用的模型权重。...使用定制数据进行微调的 LLMs 可以特定任务胜过通用 LLMs。

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GPT-4写代码不如ChatGPT,误用率高达62%!加州大学两位华人开源代码可靠性基准RobustAPI

现有的代码评估基准和数据主要专注于小任务,例如面试中的编程问题,可能不符合开发人员在工作中的实际需求。...收集数据后将问题转换为JSON格式,包含四个字段: 1. id,为样本分配的唯一标识符 2. api,用来提示大型语言模型问题相关API 3. question,包括问题的标题和描述 4. origin...然后检查器遍历AST,顺序记录所有的方法调用和控制结构,从而生成一个调用序列检查器将调用序列与API使用规则进行比较,判断每个方法调用的实例类型,并使用类型和方法作为键来检索相应的API使用规则。...最后,检查器计算调用序列和API使用规则之间的最长公共序列:如果调用序列与预期的API使用规则不匹配,则报告API误用。...一个与直觉相反的发现是,虽然OpenAI官方宣称GPT-4比GPT-3.5代码生成的性能提升达到40%,但实际GPT-4的代码误用率要更高。

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基于AIGC写作尝试:深入理解 Apache Arrow

尤其是针对大型数据的聚合查询,列式存储可以避免对无关字段的扫描。更好的并行处理性能: 对于一些计算密集型操作,如聚合操作,可以将数据字段分区,同时处理不同字段数据,从而提高并行处理性能。...R:Apache Arrow的R实现提供了一组函数和包,允许R程序使用Arrow数据结构与其他语言进行交互。...对于大规模数据的计算,Arrow与GPU的结合可以显著提高性能,并且提供了一种有效的方式来加快数据处理,同时也减少了CPU的负载。...总结本文讨论了现代数据生态系统中高性能数据交换格式的重要性。它解释说,传统的数据交换格式如CSV和JSON处理大型数据时存在性能和灵活性方面的限制。...本文的主要观点如下:传统的数据交换格式如CSV和JSON处理大型数据时性能和灵活性方面存在限制。Apache Arrow被引入作为一个开源项目,提供跨语言的内存数据开发平台。

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一文读懂比BitMap有更好性能的Roaring Bitmap

当S的基数相对于宇宙大小相对较大时,n(例如,64位处理器|S| > n/64 ),位图通常优于其他类似的数据结构,如数组、哈希或树。...数据原样获取的:在建立索引之前,我们没有对它们排序。 对于每个数据,都建立了位图索引。然后,我们从索引中选择200位图,使用类似于分层抽样的方法来控制属性基数的大范围。...两个数据(CENSUS1881和WIKILEAKS),Roaring bitmap比BitSet快,同时使用更少的内存(少40个)。...另外两个数据,BitSet的速度是Roaring bitmap的两倍多,但它也使用了三倍的内存。...WIKILEAKS的数据,Concise和WAH提供了比Roaring更好的压缩(大约30%)。这是由于存在一个长时间的运行(11···1填充词),Roaring bitmap不会压缩。

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MOMENT:CMU发布首个开源的时间序列基础大模型

为了应对这些挑战,MOMENT 研究者汇编了一个大型且多样的公共时间序列集合,称为时间序列堆栈(Time-series Pile),并系统地解决了时间序列特有的挑战,以解锁大规模多数据预训练。...),然后利用这些数据遮蔽时间序列预测任务预训练一个 Transformer 模型。...具体来说,研究者在所有91个时间序列数据运行分类实验,每个时间序列的长度不超过512个时间步长。对于异常检测,选择时间序列子集时,优先考虑了 UCR 异常归档中不同领域和数据源的覆盖情况。...然而,一些数据,MOMENT 实现了比 ARIMA 更低的 sMAPE。 分类。...无需任何针对数据的微调,MOMENT 可以学习不同数据类别的独特表示,并且在其表示训练的 SVM 的性能优于除四种专为时间序列分类模型构建的方法外的所有方法,并且这些方法每个单独的数据都进行了训练

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Python机器学习:适合新手的8个项目

其次,数据可能非常精细。您可以轻松获取每家公司天(甚至分钟)的时间序列数据,从而让您创造性地思考交易策略。 最后,金融市场通常具有较短的反馈周期。因此,您可以快速验证您对新数据的预测。...• 预测…… 隐含波动率和实际波动率之间的差值构建时间序列模型,甚至是循环神经网络。 • 统计套利…… 根据价格走势和其他因素找到相似的股票,并寻找价格出现分歧的时期。...它也是唯一一个真实电子邮件的大型公共数据库,这使得它更有价值。 事实数据科学家多年来一直使用这个数据进行教育和研究。 您可以尝试的初学者机器学习项目示例包括…… • 异常检测…......您可以通过使用时间戳和股票代码将其连接到时间序列数据来以许多有趣的方式扩展此数据 。 8、改善医疗保健 由于机器学习,另一个正在经历快速变化的行业是全球健康和医疗保健。...教程 • R:为疾病预测构建有意义的机器学习模型 • 医疗保健中的机器学习——微软研究院的精彩演讲 数据源 • 大型健康数据——大型健康相关数据的集合 • data.gov/health – 美国政府提供的与健康和医疗保健相关的数据

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ViT:拉开Trasnformer图像领域正式挑战CNN的序幕 | ICLR 2021

论文直接将纯Trasnformer应用于图像识别,是Trasnformer图像领域正式挑战CNN的开山之作。这种简单的可扩展结构大型数据的预训练相结合时,效果出奇的好。...通常的用法是先在大型文本语料库上进行预训练,然后较小的特定任务数据fine-tuning。得益于Transformers的计算效率和可扩展性,训练超过100B参数的模型成为了可能。...在数据量不足的情况下,训练难以很好地泛化。但如果模型更大的数据(14M-300M图像)训练时,情况则发生了反转,大规模训练要好于归纳偏置。...Fine-Tuning and Higher Resolution  通常,ViT需要先在大型数据预训练,然后(较小的)下游任务fine-tuning。...分类性能对比,不同模型、不同预训练数据不同分类训练的表现。  将VTAB任务拆分与SOTA模型进行对比,其中VIVI是ImageNet和Youtube数据训练的ResNet类模型。

41010

scRepertoire||单细胞免疫组库分析:R语言应用(一)

scRepertoire 包和处理过的数据都是开源的,可以GitHub获得,那里提供了关于这个包功能的详细教程。...https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html scRepertoire是R v3.5.1中构建和测试的(我4.0.2的R也安装运行了...(C)使用combineSeurat函数,将单个细胞克隆类型的数量分组,然后可以UMAP投影叠加显示。 (D) combineSeurat计算克隆型的频率,可用于检查亚群组成,如箱线图所示。...更多关于数据的信息可以预印1和预印2中找到(preprint 1(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/478628v1.abstract) and preprint...需要注意的是,克隆型基本是利用两个位点的基因组合或nt/aa CDR3序列来命名的。scRepertoire实现中,clonotype调用没有CDR3序列中包含小的变化。

4.5K11

Unsupervised clustering reveals new prostate cancer subtypes摘要介绍方法

方法:我们使用了四个前列腺癌数据。癌症基因组图谱(TCGA)RNA-Seq数据用于训练分类器。基于分类器的三个亚型被测试是否具有临床数据存在显着差异。其他三组分类器分类并验证。...癌症基因组图谱(TCGA)是一个大型项目。它包含基因组特征 数据,高水平测序数据和相应的临床数据,包括所有常见肿瘤和几种罕见肿瘤的数据。...验证数据(GEO系列) 表达谱以及GSE46691的临床数据,GSE70768和GSE70769通过R下载GEOquery包。对于每个数据,表达式从探针组到基因和中位数注释了谱以所有样本为中心。...首先,我们将临床数据与前列腺的三种亚型相匹配腺癌检查是否会有差异Gleason评分,T分期或预后。其次,顺序为了探索分子异质性,我们选择了一些流行的生物标志物或突变检查他们的表达不同亚型的变异。...基于PCS分类器2.2.4节中生成,我们对每个验证数据进行了分类并分析了给定的亚组和临床数据的关系。一些临床信息系列中不一致。

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如何在 Keras 中从零开始开发一个神经机器翻译系统?

虽然我们有一个良好的数据来进行建模,但是我们会稍微简化这个问题,以极大地减少模型所需的模型的大小,并将所需的训练时间转换成适合模型的时间。 你可以更完整的数据开发一个模型作为扩展。...这部分包含了加载和准备好清洗好的文本数据给模型,然后在这些数据定义和训练该模型。 让我们开始加载数据,以便于准备数据。...同样地,max_length() 函数会找一列单词中最长的序列。 ? 我们可以调用这些函数结合数据来准备标记生成器,词汇大小和最大的长度,英文和德文短语。 ? 现在我们准备开始训练数据。...我们批大小(batch size)大小为 64 的情况下在所有样本数据完成 30 次训练迭代 我们使用检查点来确保每次测试集中,模型技能提高时,模型都被保存到文件中。 ?...我们可以将所有这些结合在一起,并在训练和测试数据评估加载的模型。 下面提供了完整的代码展示。 ?

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用于大数据的嵌入式分析和统计

对于符合层级结构的超大型数据,Python提供了PyTables,它以HDF5 库为基础。...用于统计计算的R项目 R是做统计的语言。可以这么说,Python让做统计变成了程序员的活,而R让写程序变成了统计人员的任务。这门语言的中心是有效操作表示统计数据的对象。...这些对象通常是向量、列表,和表示行和列组织的数据数据帧。R有常用的流程控制结构,甚至用到了面向对象编程的思想(尽管它的面向对象实现跟我们更传统的面向对象语言中的概念有很大差别)。...数据一直变大,所以你必须进行调研,看你正在考虑的工具能否胜任你的数据处理工作。你没必要在主存中处理所有数据。比如说,R有一个 大内存 库,让我们用共享内存和内存映射文件处理超大数据。...实际R和NumPy/SciPy 真正的实力并不在于它们掌握了统计算法,而是在于它们知道如何有效地处理它们提供的数据结构。并且这基本是程序员的工作,不是统计学家的。

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使用PYTHON中KERAS的LSTM递归神经网络进行时间序列预测|附代码数据

它可用于创建大型循环网络,进而可用于解决机器学习中的序列问题并获得最新结果。LSTM网络不是神经元,而是具有通过层连接的存储块。...由于数据的准备方式,我们必须移动预测,以使它们x轴与原始数据对齐。准备好之后,将数据绘制成图表,以蓝色显示原始数据,以绿色显示训练数据的预测,以红色显示看不见的测试数据的预测。...Epoch 100/1000s - loss: 0.0020Train Score: 22.93 RMSETest Score: 47.53 RMSE我们可以看到,该模型训练数据的平均误差约为23...乘客(以千计),测试数据的平均误差为52乘客(以千计)。...PyTorch机器学习神经网络分类预测银行客户流失模型PYTHON用LSTM长短期记忆神经网络的参数优化方法预测时间序列洗发水销售数据Python用Keras神经网络序列模型回归拟合预测、准确度检查和结果可视化

2.1K20

16S流程知多少

这样,任何研究人员都可以轻松地笔记本电脑分析hiSeq扩增子数据。...LotuS[1]面向需要简单流程的科学家和生物信息学家,该流程可以简化为以非常快的速度创建OTU和分类单元丰度表的核心功能(例如,笔记本电脑处理8GB 16S miSeq运行大约需要30分钟)。...OTU 的最先进的嵌合体检查和去噪,同时保留了高质量的全长读物,用于分类学分类和系统发育重建。 更多:与其他流程相比,您可以从序列中检索多达19%的读数。...LOTUS自发布以来的发展 highmem模式,适用于小型数据,速度快100%,适用于大型数据,速度快1000% 从集群直接映射到OTU成员资格 减少sdm IO和更可靠的格式转换 使用概率过滤器进行更严格的质量过滤...我们的测试表明,该数据OTU分配中更经常达到物种水平。 怎么样,有没有兴趣试试这个流程呀?阅读原文是这个流程的官网。

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