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批量运行多个R脚本

一个小技巧分享,假如有人写了很多绘图脚本,比如文献:《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular...里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。

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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!...具体运行过程 #对以下14个包进行批量运行: setwd("C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\KOR_HCC-main\\KOR_HCC-main\\code") fs=list.files

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CRI运行验证容器镜像签名

基于准入控制器的验证的一般使用流程如下: 这种架构的一个关键优势是简单性:集群的单个实例容器运行时节点上的任何镜像拉取之前验证签名,而镜像拉取是由kubelet发起的。...解决这个问题的一种方法是符合容器运行时接口(CRI)的容器运行时中直接进行策略评估。运行时直接连接到节点上的kubelet,并执行拉取镜像等任务。...另一个要考虑的特殊情况对于容器运行时的正确签名验证至关重要:kubelet仅在磁盘上不存在图像时才调用容器图像提取。...现在,所有操作都在容器运行时中进行,需要有人来维护和定义策略,以提供良好的用户体验。...我评估了纯Kubernetes实现更好的容器图像签名验证的其他可能途径,但是没有找到一个适合原生API的解决方案。这意味着我认为CRD是正确的方法,但用户仍然需要一个实际提供它的实例。

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运行AI大模型可以Docker容器运行吗?

运行AI大模型可以Docker容器运行吗? 摘要 AI技术飞速发展的今天,大模型成为了研究和开发的热点。而Docker作为一种轻量级的容器化技术,为AI模型的部署和运行提供了新的可能性。...本文将详细探讨AI大模型Docker容器运行的可行性、优势与挑战,并提供实际操作的步骤和示例。通过本文,无论是AI新手还是资深开发者,都能对Docker运行AI大模型有一个全面的了解。...容器运行AI大模型时,性能优化是关键。...QA环节 Q:Docker容器运行AI大模型,是否会有性能损失? A:理论上,Docker容器会引入极小的性能开销,但通过合理配置和优化,这种影响可以降到最低。...小结 将AI大模型部署Docker容器,不仅能够提升开发和部署的效率,还能在一定程度上优化资源的使用。然而,这一过程需要对Docker容器化技术和AI模型部署有深入的了解。

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批量运行多个R脚本并打印运行状态

曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...首先在「KOR_HCC-main/code」文件夹中新建一个R project,然后「KOR_HCC-main」文件夹下新建一个「results」目录。...实测我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题...,再用for in循环依次执行tryCatch,依次运行每一个脚本,如果运行过程中有warning,就会提示「warning @ 脚本名 @ warning的具体内容」,如果运行中有error,就会提示

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Centos8 脚本模式运行 Top

使用 Top 命令脚本模式的方法 Centos8 ,我们执行本文中的命令。下面命令按照 CPU 使用率对数据进行排序,并打印命令中指定的前 20 行。...top命令使用的选项解释如下: -b: 运行脚本模式 -c: 显示COMMAND列命令的完整路径 -n: 指定top结束之前应该产生的最大迭代数。...批处理模式下,使用 top 命令根据进程的使用的时间排列数据。它显示进程自启动以来消耗的 CPU 时间总量。...10 root 20 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.79 [ksoftirqd/0] 下面可以将top的输出结果保存到文件:...它将显示 CPU 和内存使用情况及其他信息,例如正在运行的程序。可以利用脚本模式的选项将top命令输出传输到其他应用程序或文件。

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1 分钟上手,容器运行 Visual Studio Code

这个插件允许我们容器运行 Visual Studio Code。 项目的根目录,您需要创建一个名为 .devcontainer 的文件夹。我们将在此处存储环境设置。...您的文件夹结构应如下: Dockerfile ,我们选择 Docker 镜像并在安装镜像后运行所需的任何命令(例如全局安装)。...appPort - 容器运行时应在本地提供的端口或端口数组。 extensions - 扩展 ID 的数组,这些 ID 指定创建容器时应在容器内部安装的扩展。...settings - 将默认 settings.json 值添加到特定于容器/机器的设置文件。 postCreateCommand - 创建容器后要运行的命令字符串或命令参数列表。...远程状态栏项目可以快速向您显示在哪个上下文中运行VS Code(本地或远程),单击该项目将弹出“Remote — Containers”命令。 选择容器重新打开。

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容器,Nginx容器灵活切换PHP版本!同时运行多个PHP容器

容器link原理 =========== 在前面一章,我们使用 --link来将php容器和nginx容器关联在一起,并在nginx容器的配置写下了如下代码,写下的php001就是我们–link设置的别名...需要同时运行的看下面的步骤↓↓↓ 运行需要的php版本容器 运行容器后查看容器的ip $ docker inspect php70 查找以下行 “IPAddress”: “172.17.0.2”, 如果要在...接着开启nginx容器,然后进入nginx容器nginx的配置文件里修改,(我已经挂载主机本地目录,详细看前一章节) {     try_files $uri =404;     fastcgi_pass...ip,进入nginx 修改配置 (因为两个容器不是同时运行,当70版本的容器结束,再开启72版本的容器 还是同一个ip 所以不需要修改配置) 假设ip更换了 则需要修改配置然后重启机器 同时运行多个PHP...容器 开启容器的时候需要使用不同的外网ip,因为php-fpm默认监听的是9000端口 所以运行的命令就成了这样子 $ docker run -p 9001:9000 --name php70 -v

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Java运行shell脚本

需求 忽然想写个东西,然后发现自己的linux端口开放问题以及端口占用问题很麻烦,因为我经常用8080端口,如果有一个图形化界面看某个端口被占用以及被什么占用就好了。...br.close(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } return result; } } 前提是:你的脚本有权限去运行...,即在linux上有权限去运行,否则不通; 如果不满足,如果不满足,下下策为执行脚本之前先执行以下赋予权限的命令 ,执行你的命令 ShellUtils.exceShell("chmod -R 777.../opt/project/firewalld_status.sh"); ShellUtils.exceShell("/opt/project/firewalld_status.sh"); (3)脚本项目里...(jar包里) (1)复制sh到操作系统的某个目录下(亲测,可用) 从jar包内复制文件到系统目录内_CBeann的博客-CSDN博客_java将jar包中文件复制到 (2)用方式二执行脚本

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Kubernetes利用 kubevirt 以容器方式运行虚拟机

容器技术为应用程序提供了隔离的运行空间,每个容器内都包含一个独享的完整用户环境空间, 容器内的变动不会影响其他容器运行环境。...因为容器之间共享同一个系统内核,当同一个库被多个容器使用时, 内存的使用效率会得到提升。基于物理主机操作系统内核的,那就意味着对于不同内核或者操作系统需求的应用是不可能部署在一起的。...容器与虚拟机当前看来并不是一个非此即彼的关系,至于采用那种方式去运行应用需要根据具体需求去决定。 在这里笔者并不讨论这个问题,且笔者仅是容器服务的入门玩家,内容若有不准确之处还望斧正。...Linux操作系统虚拟机本质上就是一个操作系统进程应该是可以运行容器内部的。...本文将详细介绍kubevirt项目如何实现和运行容器化的虚拟机。 2.

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docker停止运行容器(docker关闭容器)

shell>docker ps 退出原因 1、docker容器运行必须有一个前台进程, 如果没有前台进程执行,容器认为空闲,就会自行退出 2、容器运行的命令如果不是那些一直挂起的命令( 运行top...,tail、循环等),就是会自动退出 3、这个是 docker 的机制问题 解决方案 方案1: 网上有很多介绍,就是起一个死循环进程,让他不停的循环下去,前台永远有进程执行,那么容器就不会退出了,以...hello world; sleep 1; done" 缺点: 命令太冗长了,还占用一个终端 方案2: shell>docker run -dit centos /bin/bash 添加-it 参数交互运行...添加-d 参数后台运行 这样就能启动一个一直停留在后台运行的Centos了。...shell>docker ps 容器运行起来了 进入容器的方法: 使用exec,不要使用attach命令 attach命令就是使用现有终端,如果你要退出容器操作,那么bash结束,容器也就退出了

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让DNS运行容器

容器运行DNS 在这里主要使用的容器的镜像是基于bind的,在其中封装了图形界面,从而可以界面上直接进行配置相关的参数。 1、 使用Dokcerfile来编译自己的镜像 ?...5、 测试运行 ? 容器中进行测试修改: ? 可能出现的报错:(主要是查看日志,rndc是远程管理工具,用来进行加载,生成缓存文件,) ?...使用rndc的时候,如果出现无法连接,可能的原因是rndc未进行配置,也可能是设置了端口的限制;使用文件的时候,注意named的进程属主是named,从而要选择合适的目录来存放文件,否则权限不够;当显示无递归...DNS作为最基础的服务存在于系统之中,而再看DNS的发展历史,从一个小小的hosts文件,再到一个集中式下载的hosts文件,再到一个分布式存储,也可以看出来是慢慢的发展,追求高可用,追求高性能。...对于客户端来说,一般的配置文件就是/etc/resolve.conf,你可能是自己手动配置的,也可能是DHCP获取到的,也就是一个nameserver了,在这里就可以进行域名的解析,无论是递归的方式还是迭代的方式

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