在摘要统计表中生成NA的R包_在R中传递摘要dplyr包的参数_在R中生成NA的函数 - 腾讯云开发者社区

在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...(values=colors, na.translate=FALSE)+ #scale_color_discrete(na.translate=FALSE)...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python

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R中如何利用余弦算法实现文章的自动摘要

自动摘要自动摘要，就是利用计算机自动地从原始文献中提取摘要。例如百度经验中的经验摘要，简短的描述了该经验的主要解决问题。...自动摘要的算法原理余弦相似度（Cosine Similarity） ? 算法步骤：获取到需要摘要的文章对该文章进行词频统计对该文章进行分句根据中文的标点符号，一般我们采用。，？...进行分句计算分句与文章之间的余弦相似度代码实现： library(tm) library(tmcn) library(Rwordseg) docs <- Corpus( DirSource(...<- unlist(strsplit(x, split, ...)) } return(x[nchar(x)>3]) } mainSegs <- data.frame( name=c(NA...), seg1=c(NA), seg2=c(NA), seg3=c(NA) ); for(i in 1:length(docs)) { #分句 segs <- unlist(

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在 R 中估计 GARCH 参数存在问题（基于 rugarch 包）

一年前我写了一篇文章，关于在 R 中估计 GARCH(1, 1) 模型参数时遇到的问题。我记录了参数估计的行为（重点是 β ），以及使用 fGarch 计算这些估计值时发现的病态行为。...RMetrics 套件包（包括 fGarch）由 ETH Zürich 的 Diethelm Würtz 教授维护。他在 2016 年的车祸中丧生。 Dr....我将探讨包支持的不同优化程序。我不会像我在第一篇文章中那样画图，这些图只是为了表明存在的问题及其严重性。相反，我将考察由不同优化程序生成的估计器的特性。...这利用了包含 numDeriv 的包，它执行数值微分。 ? ? 现在让我们进行优化计算选择的交叉射击（gauntlet），看看哪个算法产生的估计在模型 1 生成的数据上达到最大的对数似然。...从这里开始，我们不应再仅仅关注两个序列，而是在两个模型生成的许多模拟序列中研究这些方法的表现。

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ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version

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微软的UniLM AI在摘要和语言生成领域登顶NO.1

然而，像谷歌BERT这样的模型在设计上是双向的，并不适合通过大量修改来生成自然语言的任务。...微软的研究人员声称，Unilm在抽象摘要、生成式问题回答和语言生成数据集的抽样领域取得了最优秀的成绩，在普遍的基准上可以与BERT相媲美，性能堪称前所未有，达到了最先进的地步。...研究人员使用来自英语维基百科和开放源代码图书语料库的文章进行了预训练，这些文章的词汇量合计为28,996个，研究人员报告称，UniLM在语言任务中的表现令人印象深刻，在Glue基准和两个问答数据集上取得了与...Bert相当的结果，并且在五个自然语言生成数据集上超越了先前的最新模型——Gigaword（摘要）、Squad（问题生成）、Coqa（生成性问题回答）和Dstc7（对话响应生成）。...微软团队表示，在未来的工作中，他们将通过 “网络规模”的文本语料库训练更大的模型，来挑战目前方法的极限。此外，他们还希望可以研究扩展UniLM以支持跨语言任务。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...is.na.numeric_version is.na.POSIXlt is.numeric_version is.numeric.Date is.numeric.difftime is.numeric.POSIXt...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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【R语言在最优化中的应用】用goalprog包求解线性目标规划

可以证明，在模型2有解的情况下，可以将其化为只含有目标约束的目标规划问题，方法是给所有的绝对约束赋予足够高级别的优先因子，从这个角度来看，线性规划为目标规划的特殊情况，而目标规划则为线性规划的自然推广。...用goalprog包求解目标规划 R中，goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题，核心函数为llgp()，用法如下： llgp(coefficients...) 中的矩阵 A。...例某工厂生产两种产品，受到原材料供应和设备工时的限制，在单位利润等有关数据已知的条件下，要求制定一个获利最大的生产计划，具体数据见表在决策时，按重要程度的先后顺序，要考虑如下意见： 1.原材料严重短缺...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。

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Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)

这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...BiocInstaller 安装我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。

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【R语言在最优化中的应用】lpSolve包解决指派问题和指派问题

lpSolve 包和运输问题运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。

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如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31

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在vscode中配置R的开发环境

并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...整体看起来效果还是非常不错的，开发者在整体上还是保留了Rstudio和visual studio中对于View()这个函数的配置，还在此基础上添加了search功能，此外对Rshiny可视化的支持也非常棒...▶ pip install radian 四在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...的配置 Path中添加R的执行文件的路径，当然也可以选择radian.exe的路径（该路径存在于python的scripts文件夹中）。...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例

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iptables 在 Android 抓包中的妙用

本文介绍一种在 Andorid 中实现单应用、全局、优雅的抓包方法。本文于去年端午节编写，由于种种原因，当时藏拙并未发布。现删除一些敏感信息后分享出来，希望对各位有所帮助。...背景昨天在测试一个 Android APK 的时候发现使用 WiFi 的 HTTP 代理无法抓到包，在代理的日志中没有发现任何 SSL Alert，因此可以判断不是证书问题；另外 APP 本身仍可以正常收发数据...在日常中设置 iptables 规则的时候主要考虑的是数据包的时序，而这和 chain 的关系更大一些。...上面提到的这些常见 chain，不管在哪个表中，其含义都是类似的: INPUT: 表示数据包从远端发送到本地； OUTPUT: 表示数据包在本地生成，并准备发送到远端； PREROUTING: 接收到数据包的第一时间...总结本文主要介绍了 iptables 规则的配置方法，并且实现了一种在 Android 中全局 HTTP(S) 抓包的方案，同时借助 owner 拓展实现应用维度的进一步过滤，从而避免手机中其他应用的干扰

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疑难杂症-R中的Rwordseg包安装

一、通过install.packages安装步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。

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在文章页中显示摘要的方法可用做文章页描述

刚刚在论坛里有人“问怎么样把添加文章时的所填的“文章摘要”的内容变为该文章的描述（即description） ”，以下是解决方法： 1、在根目录include/model/log_model.php(大概在...124行)找到 'template' => $row['template'], 在后面加入 'excerpt' => $row['excerpt'], 2、然后在echo_log.php中你需要调用的地方加入...> 另一种方法实现文章页描述调用摘要的方法：1不变，找到根目录include/controller中的（大概86行） $site_description = extractHtmlData($log_content..., 90); 把其中的log_content改为excerpt即可，其中的90为字符数，如果不需要截取和清除格式，请直接把上的代码改为 $site_description = $excerpt;

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常见概率分布及在R中的应用

概率函数为f(k;r,p)=choose(k+r-1,r-1)*p^r*(1-p)^k, 当r=1时这个特例分布是几何分布 rnbinom(n,size,prob,mu) 其中n是需要产生的随机数个数，...size是概率函数中的r，即连续成功的次数，prob是单词成功的概率，mu未知.....生成16位数的随机数：as.character(runif(1,1000000000000000,9999999999999999)) dunif(x,min,max)=1,恒定等于1/(max-min...mean+3sd)几乎是在肯定的。...Gamma分布中的参数α，称为形状参数（shape parameter），即上式中的s，β称为尺度参数（scale parameter）上式中的a E(x)=s*a, Var(x)=s*a^2.

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【R语言】因子在临床分组中的应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor）今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表...☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub

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在Debian中打造属于自己的deb包

在Debian中打造属于自己的deb包作者：normalnotebook 问题：如果你要在Debian系统中发布一款软件或者一个包，该如何做呢？如果你的项目中有各种二进制包，该如何维护呢？...并且在命令终端中输入eclipse中可以运行Eclipse程序，而且还要象其他的软件包一样，可以方便的进行安装（install ）和卸载（remove）。...Installed-Size: 14062 Maintainer: xxxxxx Description:Develop tools md5sums是基于md5sum命令生成的文件...2) 在/usr/bin目录建立一个指向/opt/eclipse/eclipse的链接 3) 在/usr/bin目录下新建一个脚本，在脚本中运行该程序综合考虑，第一种方案不可行。...其实这样做的目的就是简化劳动，同一个项目组的人在做重复的工作，比如安装eclipse，要在/usr/bin下建立文件，又要在/usr/lib/menu中建立文件，还要拷贝一些eclipse文件，不知道在拷贝的过程中是否会遗漏一些文件等等

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R语言 shiny包中的交互调用函数renderUI

本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名）体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...，在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算；然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）

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【R语言在最优化中的应用】用Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划

由于约束条件的放宽，非线性规划问题可以更接近于现实生活中的种种问题，同时，求解难度也提高了很多。...用矩阵和向量来表示非线性函数的数学模型如下： (4) 模型 (4) 中，z = f(x) 为目标函数，三个约束条件中，第一个为定义域约束，第二个为线性约束 (A为系数矩阵)，第三个为非线性约束。...用 Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划对于无约束或者约束条件相对简单的非线性优化问题，stats 包中的 optim()、optimize()、constrOptim()、nlm()、nlminb...鉴于该包为默认安装包，大多数人比较熟悉，下面着重探讨专门解决非线性优化的 Rdonlp2 包的用法。 R中，Rdonlp2包是一个非常强大的包，可以方便快速地解决光滑的非线性规划问题。...name字符变量，如果不是默认值，则会在程序运行时在工作目录生成两个以 name 为主文件名，后缀分别为 pro、mes 的文件，其中 name.pro 文件为优化问题运行结果，name.mes文件为警告及其它信息

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