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空间信息在空间转录组中的运用

桑基图在单细胞数据探索中的应用 热图在单细胞数据分析中的应用 定量免疫浸润在单细胞研究中的应用 Network在单细胞转录组数据分析中的应用 你到底想要什么样的umap/tsne图?...空间分析目前已成为生命科学中发展最为迅速的领域之一,高通量测序的空间技术更是如火如荼,究其原因主要有三点: 生命科学家越来越认识到空间结构在基础医学以及临床应用中的重要性 我们所能测到的图谱(atlas...这虽然很像在生物体内的地理学,但是到目前为止,这个地理学还没有一个坐标系,如经纬度。但是,获得细胞的位置这一事实,对生物信息的丰富至少提供了以下可能: 可以在传统的细胞分析中明确地纳入空间信息。...如特征选择的PCA空间,我们需要思考纳入几个维度;可视化的时候我们会用TSNE/UMAP二维空间;在分细胞亚群的时候用到的聚类(clustering)是在降维空间内计算细胞间的距离(distance);...最简单是按照细胞之间距离在传统的模型中加入一个距离权重,把空间信息加入到推断的过程中。

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用户命名空间: 现支持在 Alpha 中运行有状态 Pod

在Kubernetes 1.28中解除了这个限制,经过了1.27版本的一些设计更改。 这个功能的美妙之处在于: 采用非常简单(只需在Pod规范中设置一个bool)。 对大多数应用程序不需要任何更改。...演示: Rodrigo创建了一个演示,利用了CVE 2022-0492,并展示了在没有用户命名空间的情况下如何发生漏洞利用。他还展示了在容器使用此功能的Pod中无法使用此漏洞利用的情况。...这是因为该功能依赖于一个名为idmap mounts的内核功能,并且在Linux 6.3中合并了使用idmap mounts与tmpfs的支持。...请注意,containerd 1.7添加了对用户命名空间的实验性支持,正如在Kubernetes 1.25和1.26中实现的那样。...展望Kubernetes 1.29,计划与SIG Auth合作,将用户命名空间集成到Pod安全标准(PSS)和Pod安全准入中。目前的计划是在使用用户命名空间时放宽PSS策略中的检查。

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    查询服务器CPU、内存、磁盘、网络IO、队列、数据库占用空间等等信息

    5.查询文件服务器中数据库空间占用大小命令:df -h /home/ems/3rdparty/mysql/data[root@unm5800 ~]# df -h /home/ems/3rdparty/mysql...在 Linux 系统中,dm- 表示逻辑卷(Logical Volume)或软件 RAID(Redundant Array of Independent Disks)。...Device Mapper 是 Linux 内核提供的一个模块,用于进行逻辑卷管理、软件 RAID、加密存储等操作。这些逻辑卷或软件 RAID 经过设备映射后,可以在操作系统中当作普通块设备使用。...在 vmstat -d 命令的输出中,sec 表示系统每秒钟处理的输入和输出操作的数量。这包括从磁盘读取的数据量、向磁盘写入的数据量以及其他可能的输入/输出操作(如网络数据传输等)。...Double.parseDouble(networkTxRate))); break; } } } } //查询文件服务器中数据库空间占用大小

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    Vulkan 在 FFmpeg 中的支持

    后来又仔细看了下 FFmpeg 的 Changelog ,原来早在 4.3 版本就已经开始支持 Vulkan 了。...而且还支持在 Linux 平台上通过 Vulkan 使用 AMD 的高级媒体框架(AMF)库,可以用 GPU 来进行 H.264/HEVC 的编码。...它是 AMD 公司出品的,为开发人员提供对 GPU 的访问以进行多媒体处理,通过 AMF 可以进行视频编解码、转码、色彩空间转换等功能。...所以 FFmpeg 5.0 中引入了 Vulkan 新滤镜应该也不是什么大新闻了,毕竟在 4.3 版本就已经有了支持,只是多了几个滤镜,按照开发人员的话来说,就是多了几个 shader 嘛 接下来就看看这几个新增的...大概的流程:Vulkan 作为 FFmpeg 中的一个滤镜,那么它肯定要接收代表解码后的 AVFrame 数据,通过将 AVFrame 数据转换为它渲染链结构的输入,经过渲染后,将渲染结果转换为 AVFrame

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    HDFS中的内存存储支持(七)概述

    文章目录 前言 历史文章 1.1 HDFS中的内存存储支持 1.1.1 介绍 1.1.2 配置内存存储支持 1.1.2.1 设置能够使用的内存空间 1.1.2.2DataNode设置基于内存的存储 1.1.3...(六)概述 [hadoop3.x]HDFS中的内存存储支持(七)概述 1.1 HDFS中的内存存储支持 1.1.1 介绍 l HDFS支持写入由DataNode管理的堆外内存 l DataNode异步地将内存中数据刷新到磁盘...1.1.2.1 设置能够使用的内存空间 确定用于存储在内存中的副本内存量 l 在指定DataNode的hdfs-site.xml设置dfs.datanode.max.locked.memory l DataNode...34359738368 在设置此值时,请记住,还需要内存中的空间来处理其他事情,例如数据节点和应用程序JVM堆以及操作系统页缓存。...但是,许多对性能要求很高的应用运行时都禁用内存磁盘交换 l HDFS当前支持tmpfs分区,而对ramfs的支持正在开发中 1.1.4 挂载RAM磁盘 l 使用Linux中的mount命令来挂载内存磁盘

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    HDFS中的内存存储支持(七)概述

    1.1 HDFS中的内存存储支持 1.1.1 介绍 l HDFS支持写入由DataNode管理的堆外内存 l DataNode异步地将内存中数据刷新到磁盘,从而减少代价较高的磁盘IO操作,这种写入称之为懒持久写入...l 比较适用于,当应用程序需要往HDFS中以低延迟的方式写入相对较低数据量(从几GB到十几GB(取决于可用内存)的数据量时 l 内存存储适用于在集群内运行,且运行的客户端与HDFS DataNode处于同一节点的应用程序...1.1.2.1 设置能够使用的内存空间 确定用于存储在内存中的副本内存量 l 在指定DataNode的hdfs-site.xml设置dfs.datanode.max.locked.memory l DataNode... 34359738368 在设置此值时,请记住,还需要内存中的空间来处理其他事情,例如数据节点和应用程序JVM堆以及操作系统页缓存...但是,许多对性能要求很高的应用运行时都禁用内存磁盘交换 l HDFS当前支持tmpfs分区,而对ramfs的支持正在开发中 1.1.4 挂载RAM磁盘 l 使用Linux中的mount命令来挂载内存磁盘

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    WordPress 显示数据库查询次数、查询时间及内存占用的代码

    如果对进行过WordPress 性能优化,需要一个直观简单的查看方式的话,那么就可以使用下面所提及的代码,通过这段代码,可以在直观或者在html 源代码查看数据库查询次数、查询时间及内存占用。...代码本质上只有一段,但因不同添加方式可以变形为以下几种: 一、在页面前台显示数据库查询次数、查询时间 将下面的代码丢入主题的footer.php 的 seconds 二、在html 源代码下显示数据库查询次数、查询时间 如果只是给自己看的,最好是在html 源代码下显示,很简单。就是将它变为html 注释,上面的代码修改为: 输出内存占用,但是单位是B(字节),不知道如何实现自动转化。下面的代码可能会好一些。...四、通过自定义函数在html 源代码下显示 需要在主题的functions.php 文件下加入以下代码定义函数并自动显示: function performance( $visible = false

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    Oracle查询表空间或数据库的增长量

    查看数据库历史增长情况 此处是通过计算数据库所有表空间的历史增长情况来计算数据库历史情况。...统计数据库的规模一般会从两个维度考虑,一个是真实的数据库对象所占的空间,另一个是物理磁盘需要占多少空间。...前者是逻辑对象的数据规模,后者是磁盘上实际的数据文件大小。逻辑对象是存在物理文件中的,文件提前分好了空间,文件内容会等待逻辑对象填满。...比如提前分好了一个32GB的表空间,数据没存满前,文件大小不会变,但对象所占的空间是在增长的。...,比如经历过数据迁移、resetlog 导致归档日志不再连接,此时 v$datafile 中记录的数据文件创建时间已经被重置,之前的历史记录会丢失。

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    分布式内存网格中的聚合查询

    近年来,我们看到越来越多的应用程序不再构建在关系型数据库上,而是建立在分布式环境上。发生这种情况是因为它们需要可扩展性和高可用性,而且还需要能够提供高吞吐量和低延迟,这是传统都关系型数据库无法实现的。...现在,分布式环境和内存数据网格比几年前更先进,但比关系型数据库更复杂。 由于分布式数据网格以分布式方式存储数据,创建分布式数据库,因此有一些操作不太直观,例如连接查询和聚合查询。...假设我们想要将一个员工对象和它的部门对象一起取出。 “在数据库中,这可以通过简单的查询轻松完成。...但是,对于分布式内存数据网格,我们甚至不知道员工对象和它的部门对象是否在同一个节点上(除非我们将它们路由到一起,这并不总是最佳实践)。...在SQLit中就像下面这样简单: Select avg(salary) from employees group by department_id 我们可以试着使其更加复杂,例如,查询每个部门的平均工资

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    GBase 数据库在分布式查询中的优化与实现

    本文将详细探讨 GBase 数据库在分布式查询场景中的优化技术与实现方式,并结合示例代码说明其应用。二、GBase 数据库在分布式查询中的架构优势1....分布式架构简介GBase 数据库支持分布式存储与计算,通过将数据分片存储在不同节点,提升查询效率和存储能力。• GBase8a:以分析型查询为核心,支持大规模并行处理(MPP)。...• 通过调整索引或查询语句优化代价最高的步骤。四、GBase 分布式查询的技术实现以下示例展示了 GBase 分布式查询在 Python 中的实现方式。1....order_date BETWEEN '2024-01-01' AND '2024-12-31'GROUP BY customer_idORDER BY total_sales DESC;六、总结GBase 数据库在分布式查询中的优势...通过合理的分区设计、索引优化和执行计划分析,用户可以显著提升查询性能。在实际应用中,结合代码实现和配置调优,可以充分发挥 GBase 数据库的潜能,为业务需求提供强有力的支持。

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    Rafy 中的 Linq 查询支持(根据聚合子条件查询聚合父)

    为了提高开发者的易用性,Rafy 领域实体框架在很早开始就已经支持使用 Linq 语法来查询实体了。但是只支持了一些简单的、常用的条件查询,支持的力度很有限。...接下来,本文将说明 Rafy 框架原来支持的 Linq 语法,以及最新加入的聚合查询支持及用法。...支持两个属性条件间的连接条件:&&、||。 支持引用查询。即间接使用引用实体的属性来进行查询,在生成 Sql 语句时,将会生成 INNER JOIN 语句,连接上这些被使用的引用实体对应的表。...要实现这种场景的查询,我们可以在仓库的数据层,使用下面的 Linq 语法: public BookList LinqGetIfChildrenExists(string chapterName) {...[Name] ASC 刚开始支持 Linq 查询的时候,就已经把聚合查询的单元测试给写了。鉴于比较复杂,所以一直没有实现。这周总算完成了这部分代码,心中一块石头落了地。

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    数据库中的多表查询总结

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 数据库在单个表里操作其实很简答,但是涉及在多张表里寻找数据的时候,难度会大大增加,这里解释一些多表联合查询常用的操作。...一、join操作 在数据库的查询中,多表连接查询是一大难点,也是多表查询里的重点。...连接主要有以下四种情况: INNER JOIN(内连接):如果表中有至少一个匹配,则返回行 【在语法中可以省略INNER关键字】 LEFT JOIN(左连接):从左表返回所有的行,如果右表中没有匹配,对应的列返回...:SQL数据库查询练习题及答案(四十五道题)。...通过给出的数据表,我完全可以写出这样一个关系式: 因为给出的条件是张旭老师的名字,那么我就要从Teacher表中查找Tno,然后再通过Tno在Course表中找Cno,最后在通过Cno在Score表中找到条件符合的成绩

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    在企业级数据库GaussDB中如何查询表的创建时间?

    一、 背景描述 在项目交付中,经常有人会问“如何在数据库中查询表的创建时间?” ,那么究竟如何在GaussDB(DWS)中查找对象的创建时间呢?...二、 操作演练 方法1:视图查询方法 DBA_OBJECTS视图存储了数据库中所有数据库对象的相关信息, GaussDB(DWS)支持通过DBA_OBJECTS视图进行查询,字段和详细说明如下: 注意...GaussDB A数据库对象包括DATABASE、USER、schema、TABLE等。通过修改该配置参数的值,可以只审计需要的数据库对象的操作。...取值范围:整型,0~524287 Ø 0代表关闭数据库对象的CREATE、DROP、ALTER操作审计功能。 Ø 非0代表只审计某类或者某些数据库对象的CREATE、DROP、ALTER操作。...如果对应的二进制位取值为0,表示不审计对应的数据库对象的CREATE、DROP、ALTER操作;取值为1,表示审计对应的数据库对象的CREATE、DROP、ALTER操作。

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    spotBinning 在空间数据中的应用

    我们知道,空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数,这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览,不仅是在可视化方面,在数据集大了之后,这种分箱的操作可以减少维度。...今天我们就来看看spotBinning 在空间数据中的应用,主角是:同属于Seurat生态的schex ,起初,schex 拟解决单细胞转录组图谱(tsne/umap)中细胞重叠的问题。...Spatial_snn_res.0.8", type="counts", feature="Cck", action="mean")+theme_bw() 本文提出的问题其实是在空间数据中如何重采样...在单细胞转录组中重采样的话,随机抽取就可以了,但是在空间中如果随机抽取的话,势必把好不容易得到的空间信息采的稀烂。...,不信请看: Binning 在空间数据中的应用: ---- References [1] High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue

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    在Navicat中如何新建数据库和表并做查询

    上一篇文章,小编给大家分享了在Navicat中如何远程连接数据库,没有来得及上车的小伙伴可以戳这篇文章:在Ubuntu14.04中配置mysql远程连接教程。...2、在IP地址为192.168.255.131数据库上右键,然后点击“新建数据库”,如下图所示。 ? 3、之后弹出“新建数据库”对话框,在“常规”选项卡中需要设置数据库名、字符集和排序规则。 ?...12、在Navicat的选项卡中点击“查询”,然后点击“新建查询”,之后弹出查询窗口,如下图所示。当前并未输入任何的SQL语句。 ?...13、在查询窗口中输入SQL语句进行搜索,如下图所示,试图查询article表中的数据。SQL语句写完之后,点击“运行”选项卡,之后查询到的结果将会在同一个窗口下进行显示,如下图所示。 ?...14、当然了,右键点击article,可以看到关于表格的操作还有许多,在此就不赘述了。 ? 关于Navicat中的建库、建表和简单查询的教程已经完成,希望对大家的学习有帮助。 --- End ---

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    使用链接服务器在异构数据库中查询数据

    在SQL Server中运行该脚本可能要等上10秒、20秒或者1分钟、5分钟才可能查询出结果。但是如果将脚本在Oracle服务器上直接运行,则1秒钟不到就查询出结果了。...对于代码16.18中的查询,SQL Server会将Oracle数据库中的ORDERS表全部读取到SQL Server数据库中,一边读取一边查找ORDERCODE = '20080808008'的数据,...SQL Server为了解决这个问题,提供了OPENQUERY函数用于将查询语句直接送到链接服务器中,由链接服务器的数据库引擎负责查询,而不是由SQL Server将全部数据读取到本地来查询。...query'在链接服务器中执行的查询字符串。该字符串的最大长度为8KB。...''') 这样条件查询将会在Oracle数据库中运行,Oracle将查询的结果返回给SQL Server,然后SQL Server再将结果返回给用户。

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    在Navicat中如何新建数据库和表并做查询

    上一篇文章,小编给大家分享了在Navicat中如何远程连接数据库,没有来得及上车的小伙伴可以戳这篇文章:在Ubuntu14.04中配置mysql远程连接教程。...2、在IP地址为192.168.255.131数据库上右键,然后点击“新建数据库”,如下图所示。 3、之后弹出“新建数据库”对话框,在“常规”选项卡中需要设置数据库名、字符集和排序规则。...12、在Navicat的选项卡中点击“查询”,然后点击“新建查询”,之后弹出查询窗口,如下图所示。当前并未输入任何的SQL语句。...13、在查询窗口中输入SQL语句进行搜索,如下图所示,试图查询article表中的数据。SQL语句写完之后,点击“运行”选项卡,之后查询到的结果将会在同一个窗口下进行显示,如下图所示。...14、当然了,右键点击article,可以看到关于表格的操作还有许多,在此就不赘述了。 关于Navicat中的建库、建表和简单查询的教程已经完成,希望对大家的学习有帮助。

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