3.3 在 R 中设置坐标参考系统 地球的形状可以用一个扁椭球形的模型来近似，它在赤道上隆起，在两极扁平，目前世界上有很多不同的参考椭球体来使用，最常用的是全球定位系统（GPS）所使用的世界大地测量系统...WGS84 的 EPSG 代码为 4326。 在 R 语言中，CRS 是用 proj4 字符串指定的，这些字符串指定了投影、椭球体和基准点的属性。...一个 shapefile 是由一系列相关的文件组成，这些文件有不同的拓展名，并存储在同一个目录中。...我们可以使用 rgdal 包中的 readOGR() 函数，或者 sf 包中的 st_read() 函数来读取 shapefile 文件。...例子：用 readOGR() 读取存储在 sf 包中的北卡罗来纳州的 shapefile，如下所示： # name of the shapefile of North Carolina of the sf
/static/tools/atlas/ 3、导入工具 rgdal sf 个人使用下来的感受是阿里云的json文件使用起来会更加方便一点。...1.2 数据文件的读取 rgdal库的readOGR（dsn, layer，stringsAsFactors，encoding=NULL……）函数 读入数据转换为sp数据模型 sf库的st_read(dsn..., layer, stringsAsFactors)函数 读入数据转换为sf数据模型 dsn：读入的文件名 layer：读入的层数（如果是多层地图的话） stringsAsFactors：是否将读入文件中的字符串数据转换为因子数据...1、从阿里地图下载省级地图，加载并实现地图可视化，在绘图前先做一些准备工作： library("ggplot2") library("rgdal") library("sf") library("sp"...(list = ls()) gc() setwd("D:/空间可视化与地理基础")#指定读取文件的路径 某省级地图的地图实现 #rgdal包读入： gansu_map <- readOGR("甘肃省.
在批量导入素材之前，我们可以先看下R语言目前提供的各种导入接口在I/O性能上相比有何异同。...") library("sf") library("maptools") 使用maptools包中的readShapePoly函数进行导入（已快被遗弃了，推荐使用sf和rgdal包） system.time...shp文件单项导入的情况下，纯粹从时间上来看： sf > maptools > rgdal > geojsonio 这里值得一提的是，geojsonio包是封装的rgdal服务，性能上自然略逊rgdal...sf模型的性能由此可见一斑。 当然，以上sf包、rgdal包和sf包都是兼容性很好地包，可以支持非常广泛的数据源，以下分别是在json标准下的两种素材上进行测试。...，实现了基于simple features的所有特性，如果你了解一点儿Postgis的话，你会发现作者把大部分空间运算的函数名称设计的和Postgis中的函数一模一样，这就意味着你无论是只了解过sf包函数
[toc] 在R中根据shapefile进行点的抠取 当我们有一个图层文件时候，然后再放些采样点在该图层上，发现，某些采样点落在地图的外面，如下图所示。...如果用Arcgis操作，很容易把外围的点抹去，保留图层内的点，那么如果在R里面，实现该操作呢。 image.png 本篇文章，主要介绍在R中实现根据shp文件进行地图点的抠取。...数据准备 首先我们利用广西，云南为案例，随机生成一些散在的点。...读取，则不用转换），记住这里需要设置地图的投影格式为"+proj=longlat +ellps=WGS84" # point data set.seed(124) df_point=tibble(x=rnorm...#### 根据shp文件进行抠图 library(rgdal) spg = df_point # 1)point change to SpatialPixelsDataFrame coordinates
1R语言地图数据分类 R语言使用ggplot2作图，所支持的地图数据对象主要包括两类 sp： SpatialPolygonDataFrame sf: Simple feature list column...这两株数据对象都可以通过读取shp数据获得 SP数据特点 SP空间数据对象是一个dataframe(数据描述层)和polygons(几何映射层)两个对象的组合 SP将地理数据分割为两大块：描述层和映射层...，可以使用rgdal包的readOGR（)函数读取数据。...，这些行列中包括了描述层和几何多边形的边界点信息。...() dataProjected <- readOGR(p) #读取shp文件 data1<-dataProjected@data #提取data数据，该数据为数据框类型，data1包2列括SP_id
Redis未授权访问漏洞介绍 Redis在默认情况下，会绑定在0.0.0.0:6379。...如果在没有设置密码的情况下，会导致任意用户在访问目标服务器时，在未授权的情况下访问Redis以及读取数据。...攻击者在未授权的情况下可以利用Redis 自身提供的config、set命令来进行文件的读写和创建，这样一来攻击者就可以利用此命令将自己的ssh 公钥成功的写入到目标服务器中(目标服务器的/root/..../releases/redis-3.2.11.tar.gz 使用如上命令进行下载redis源码压缩包 下载完成后，解压压缩包 tar -zxvf 文件名 解压完成后进入文件夹，输入make并执行即可 编译完成后...在靶机中新开一个终端执行 sudo mkdir /root/.ssh,创建ssh公钥的存放目录 在kali攻击机中生成公钥和私钥，密码设置为空 ?
虽然说我们安装了Seurat的V5版本，但是初次使用的时候加载就报错了，如下所示： The sp package is now running under evolution status 2...win-library/4.3’中删除程序包 (因为没有指定‘lib’) > install.packages('Matrix') 将程序包安装入‘C:/Users/jimmy/AppData/Local...4.zip' Content type 'application/zip' length 4562987 bytes (4.4 MB) downloaded 4.4 MB 接下来我们就读取10X文件的...Seurat的V5版本和之前Seurat的V4版本读取方式并没有本质上区别，都是： sce.all=CreateSeuratObject(counts = Read10X( 'GSE202642/'...这么多人学了这么久的R代码就之后照抄我的案例代码吗，不会活学活用吗？ 而且，这个bug根本就并不会影响整个Seurat数据分析流程啊， 降维聚类分群仍然是ok的。
apt-get 命令并不直接操作 deb 安装包文件，而是从 /etc/apt/sources.list 配置文件中定义的软件镜像源里下载软件包并安装，使用时也只需指定软件的名称（或者也可以附加上版本号...[Y/n] $ sudo dpkg -i fping_4.2-1_amd64.deb (正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 252654 个文件和目录。)...该命令每行输出中的第一列 ii 表示软件包的安装和配置状态，其格式如下： 期望状态|当前状态|错误 其中期望状态有以下几种 u：即 unknown，软件包未安装且用户未请求安装 i：即 install...$ sudo dpkg -r vim (正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 252653 个文件和目录。).../bin/rview (rview) 需要注意的是，-r 选项只会移除指定的软件包而不对其配置文件产生影响，可以使用 -P 选项在删除软件包的同时清理配置文件。
apt-get 命令并不直接操作 deb 安装包文件，而是从 /etc/apt/sources.list 配置文件中定义的软件镜像源里下载软件包并安装，使用时也只需指定软件的名称（或者也可以附加上版本号...需要下载 34.4 $ sudo dpkg -i fping_4.2-1_amd64.deb (正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 252654 个文件和目录。)...该命令每行输出中的第一列 ii 表示软件包的安装和配置状态，其格式如下： 期望状态|当前状态|错误 其中期望状态有以下几种 u：即 unknown，软件包未安装且用户未请求安装 i：即 install...not-installed，软件包未安装 i：即 installed，软件包已安装并完成配置 c：即 config-files，软件包已经被卸载，但是其配置文件未清理 u：即 unpacked，软件包已经被解压缩...$ sudo dpkg -r vim (正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 252653 个文件和目录。)
背景 今天给大家介绍下，R处理NASA下载的降雨量数据 在进行环境数据分析时候，经常需要用到降雨量的信息，而NASA提供了每年，每个月甚至每天的降雨量数据。...这里需要强调的一点就是，降雨数据主要在NASA网站主要包括TRMM与GPM项目 下载的数据是HDF5格式，如何在R读取HDF与tc文件，戳here。...TRAMM与GRM下载的HDF5格式在R中，会出现坐标与我们常用坐标系不一致的情况， 主要投影坐标系不同。 所以这篇文章，这要介绍raster如何转换成常规的4236坐标系。...Raster文件，找到储存在HDF5文件中的precipitation位置。...缺点，在制图过程中，也需要很长时间才能出图。
基于Python的jieba和wordcloud库实现华丽词云制作 效果展示： 准备工作： 安装jieba库和wordcloud库 jieba和wordcloud是两个在自然语言处理和数据可视化领域非常常用的...修改源： 如果安装卡在最后阶段，安装不了，可使用这个修改源 pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 将上面的代码中的..." 的图片作为词云形状 mask = imread("chinamap.jpg") # 定义排除词语的集合，但是当前代码中未使用到该集合 excludes = {} # 打开文案文件 "文案.txt..."，并读取其中的内容 f = open("文案.txt", "r", encoding="utf-8") t = f.read() f.close() # 使用jieba分词将文本内容分词 ls =...然后通过imread函数读取了一个图片文件作为词云的形状。接着定义了一个空集合excludes，但在当前代码中并未使用到。然后打开了一个名为"文案.txt"的文本文件，并读取其中的内容。
当然，另一个R包：SpatialExperiment 也在不断地完善中。 ?...可用来实现一个SpatialPolygonExperiment类，包含精确的细胞亚群几何形状以及基因和文库元数据（metadata ）。...我们曾经在空间信息在空间转录组中的运用和应用空间统计学分析空间表达数据看到过如果没有专门的空间数据格式，如何自己调用（地理的）空间分析R包先做对象转换再做分析的过程。...目前我们看到的主要R包是SpatialCellExperiment和SpatialExperiment，完善程度可能还没有singlecellexperiment那么高，但是至少我们看到了人们在切片上挖掘信息的努力...空间分析常用的R包： sp spatstat spdep fields spatclus geoR rgdal 大量的空间数据分析工具正在开发中，每一个工具都是一个新的视角。
需要下载 154 kB 的归档。 解压缩后会消耗 381 kB 的额外空间。...(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 129713 个文件和目录。) 正准备解包 .../make_4.1-9.1ubuntu1_amd64.deb ......解压缩后会消耗 2,164 kB 的额外空间。...(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 129729 个文件和目录。) 正准备解包 .../yasm_1.3.0-2build1_amd64.deb ......, 在该 compile-ffmpeg.sh 脚本中 , 配置如下 : FF_ACT_ARCHS_32="armv5 armv7a x86" FF_ACT_ARCHS_64="armv5 armv7a
形状中不足的部分通过在前面添加1来填充。 输出阵列的形状是输入阵列形状的每个维度的最大值。...常见的IO功能有： load（）和save（）函数是读取和写入文件数组数据的两个主要函数。默认情况下，数组以未压缩的原始二进制格式保存在扩展名为的文件中。npy。...savez（）函数用于将多个数组写入文件。默认情况下，数组以未压缩的原始二进制格式保存在扩展名为.npz的文件中。...npz在文件路径的末尾，将自动添加扩展名。 Args：对于要保存的数组，可以使用关键字参数来命名数组。...第一个轴等效于基础数组，第二个轴是基础数组中的数组。轴的数量，秩，是阵列的维数。 在许多情况下，可以声明axis。
虽然从数据存储格式上来讲我们分为shp素材、json素材，但是由于在R语言中使用ggplot2作图，所支持的数据集对象大致又可分为两类，它们都可以由shp、json数据文件转化而来。...这两种格式的数据集所描述的信息差不多是一致的。第一种格式（sp）是R语言绘图比较传统的数据格式，它将地理信息数据分割为两大块：描述层和映射层。...然后如果是第一种sp格式的话，在制作ggplot2地图过程中，我们需要分离描述层和几何映射层，并为两者指定连接的id（主键）,如果算上你要将自己的业务数据和描述层数据合并这一动作的话，那么总共我们需要合并两次数据...接下来通过案例演示来解释以上原理： 通常我们制作一个数据地图的方式如下： shapefile文件导入： setwd("D:/R/rstudy/CHN_adm") china_map<-readShapePoly...("CHN_adm1.shp") Warning message: use rgdal::readOGR or sf::st_read 当我使用sp包导入shp数据集时，R提示以上warning，也就意味着这种传统的方式在不久的将来就会被遗弃
前面宏基因组与R语言的笔记还未结束，又开始新坑啦，都是要继续的啦！ 1、跑分 直接是代码了。...在这里插入图片描述 2、安装和加载包的简便快捷方法 # 更新R Windows， 其他系统需要下载或者系统命令更新 installr::updateR() # 批量安装 pkgs <- c('ggplot2...,chracter.only=True) # 安装R包依赖项 # Debian系 sudo apt-cache r-cran-* sudo apt install r-cran-rgdal # Windows...installr::install.rtools() # 更新R update.packages(ask=FALSE) # 可以将以下放在Rprofile文件的.Last函数，方便使用： utils:...:update.packages(ask=FALSE) 3、R的启动参数 这些启动参数可以添加到R启动命令中, 可以加快R的加载。
进入GUI后记得在Software & Updates （软件和更新）中关闭系统的自动更新，否则会把你的驱动也一起更新了： 2.4 后续管理 查看显卡型号： nvidia-smi -L 查看显卡驱动版本...(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 202943 个文件和目录。)...(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 202959 个文件和目录。) 准备解压 .../libcudnn8_8.9.4.25-1+cuda12.2_amd64.deb ......(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 202976 个文件和目录。) 准备解压 .../libcudnn8-dev_8.9.4.25-1+cuda12.2_amd64.deb ......(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 203075 个文件和目录。) 准备解压 .../libraw20_0.20.2-2ubuntu2.22.04.1_amd64.deb ...
zipfile里有两个非常常用的class, 分别是ZipFile和ZipInfo, 在绝大多数的情况下，我们只需要使用这两个class就可以了。...ZipFile是主要的类，用来创建和读取zip文件。 ZipInfo是存储的zip文件的每个文件的信息的。...ZipFile.extractall([path[, members[, pwd]]]) 解压zip文档中的所有文件到当前目录。...ZipFile()： import zipfile file_path = "D:/test.zip" file_path2 = "xxx" # 这里的第二个参数用r表示是读取zip文件，w或a是创建一个...ZipInfo.file_size 获取未压缩的文件大小。
zipfile里有两个非常常用的class, 分别是ZipFile和ZipInfo, 在绝大多数的情况下，我们只需要使用这两个class就可以了。...zip文档或覆盖一个已经存在的zip文档 import zipfile f = zipfile.ZipFile(filename, 'r') # 这里的第二个参数用r表示是读取zip文件，w或a是创建一个...print(f_name) #上面的代码是读取一个zip压缩包里所有文件的名字。 ‘a’表示将数据附加到一个现存的zip文档中。...ZipInfo.file_size： 获取未压缩的文件大小。...]) #这样就读取出z.namelist()中的第一个文件，并且输出到屏幕，当然也可以把它存储到文件。
当然，另一个R包：SpatialExperiment 也在不断地完善中。...可用来实现一个SpatialPolygonExperiment类，包含精确的细胞亚群几何形状以及基因和文库元数据（metadata ）。...我们曾经在空间信息在空间转录组中的运用和应用空间统计学分析空间表达数据看到过如果没有专门的空间数据格式，如何自己调用（地理的）空间分析R包先做对象转换再做分析的过程。...目前我们看到的主要R包是SpatialCellExperiment和SpatialExperiment，完善程度可能还没有singlecellexperiment那么高，但是至少我们看到了人们在切片上挖掘信息的努力...空间分析常用的R包： sp spatstat spdep fields spatclus geoR rgdal 大量的空间数据分析工具正在开发中，每一个工具都是一个新的视角。
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