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python通用读取vcf文件可以直接复制粘贴使用

因此写了这个通用读vcf,直接复制粘贴这部分代码就可以方便用这个进行vcf文件读取,过滤,写出等操作。...使用说明 首先复制代码,后面就可以直接用了 import sys import os import subprocess class Record(object): ''' One...注意VCF是个迭代器可以用next和for循环来读入每一行信息 record = gatk.record #这里record存储是该Record地址 查看该record属性,包括line...,这里vcf一般是在后面用样本名表示列) record.CHROM record.line record.ID #其他属性同理 INFO读取 这是vcfINFO原始表示 CONTQ=28;...这是record存储形式 record.GT [{'GT': '0/1', 'OBQRC': '41.80', 'SB': '12,9,1,1', 'DP': '23', 'OBF': '0.500

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linux 安装了一个命令行,是否所有用户都可以使用这个命令,比如 docker?

分享一个 linux 技能飞书话题群一个问题。 ---- 问: linux系统里,普通用户目录是 /home 下,root用户目录在 /root,因此全部用户共享目录。...(比如说ohmyzsh之类之前自己服务器上,每次都需要安装两遍,一次只有当前那个用户生效,这是为什么呢?.../bin /usr/local/bin /usr/sbin 可以看出来有全局目录,有用户目录(比如前两个路径) 如果你将该命令安装或者软链接到了全局目录,那确实是所有用户都会共享这个命令。...哦对,PATH 该路径列表可自定义,而每一个用户都可以有独立 PATH 环境变量。...所以,要看一个命令是所有用户共享还是仅对当前用户有效,具体要看该命令是怎么装可以看看 which command 进一步排查。

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没想到吧,PHP 外部也可以调用私有方法!

一般来说, Class 外部是无法调用私有方法,这也是 Private 字面的意思,但是一些很特殊很特殊情况下,如果需要调用,是否可以呢?其实可以使用反射来实现。...reflection->getClosure($object); } return call_user_func_array($callback, $args); } 简单解释一下,首先还是简单判断该方法是否存在...,接着获取对象方法放射,然后判断一下是不是公共方法,如果是公共就正常调用,不是则获取其闭包,最后使用回调方式来调用。...这个函数可以让你调用对象私有或者受保护方法,建议一些特殊情况下才使用。为了方便大家调用,新版 WPJAM Basic 也会集成该函数。----

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关于使用MethodHandle子类调用祖父重写方法探究

关于使用MethodHandle子类调用祖父重写方法探究 注:这个例子原本出现在周志明先生《深入理解Java虚拟机》--虚拟机字节码执行引擎章节,介于有读者朋友有疑问,这里基于Java代码层面解释一下...普通方法调用,这个this参数是虚拟机自动处理,表示是当前实例对象,我们方法可以直接使用。...觉得使用bindTo绑定方法接收者要比invoke方法传递更加友好,也更加符合程序员大众理解,invoke可以只专注方法显式入参。 然后再来说bindTo(this)this。...基于这个事实,我们这时可以直接在GrandFatherthinking方法调用Son独有的方法,使用反射或者直接类型强制转换为Son就行了。...这就要回到findSpecial方法第四个class类型参数,即本例使用Father.class。

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【C++】构造函数分类 ② ( 不同内存创建实例对象 | 栈内存创建实例对象 | new 关键字创建对象 )

一、不同内存创建实例对象 1、栈内存创建实例对象 在上一篇博客 【C++】构造函数分类 ① ( 构造函数分类简介 | 无参构造函数 | 有参构造函数 | 拷贝构造函数 | 代码示例 - 三种类型构造函数定义与调用...栈内存 变量 Student s1 ; 这些都是 栈内存 创建 实例对象 情况 ; // 调用无参构造函数 Student s1; // 打印 Student s1 实例对象值..., 栈内存只占 4 字节指针变量大小 ; Student* s2; C++ 语言中 , 可以使用 new 关键字 , 调用有参构造函数 , 创建 实例对象 ; 在下面的 C++ 代码 ,...声明并定义了 MyClass , 该类定义了一个有参构造函数 , 接受两个整数作为 构造函数参数 ; main 函数 , 使用 使用 new 关键字 来调用 有参构造函数 创建 MyClass...0; } 使用 new 关键字 为 新创建 实例对象 堆内存中分配内存 , 该对象使用完毕后 , 要使用 delete 关键字释放 堆内存空间 , delete obj , 避免出现内存泄漏情况

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【Jetpack】使用 Room Migration 升级数据库 ( 修改 Entity 实体 - 更改数据模型 | 创建 Migration 迁移 | 修改数据库版本 | 代码示例 )

2、Migration 迁移工具使用步骤 Room 中使用 Migration 迁移工具 升级数据库步骤 : 更新数据模型 : 如果要 更改数据库结构 , 更新 Entity 实体 , 修改实体就是修改数据库表结构...; 2、创建 Migration 迁移 然后 , RoomDatabase , 定义 final 静态 Migration , 如果是 Kotlin , 则定义 伴生对象 companion...” 表添加一个名为 “sex” 整数类型列 , 该列不允许为空 , 并且默认值为 1 ; 可以使用类似的 ALTER TABLE 语句来修改表结构,添加、修改或删除列等操作 ; alter table...修改 Entity 实体 , 即更改数据模型 , 创建 Migration 迁移 并 修改数据库版本 , 此时运行 , 手机应用已经创建了 版本 1 数据库 , 该数据库基础上 , 运行... RoomDatabase , 定义 final 静态 Migration , 如果是 Kotlin , 则定义 伴生对象 companion object ; 这里使用 匿名内部类

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简单JavaScript继承

所有看过研究最推崇是base2和Prototype这两个库实现。 想要提取这些技术精华,以一个简单、可复用方式进行展示,以便使这些特性更容易不依赖其他内容而被理解。...此外想要使其可以被简单、高效使用。这里展示了一个可以使用完成后结果来实现实例。..._super()调用 Person原始 init()和 dance()方法 本例代码使很愉快:它使得“概念作为一种结构,保持继承简单,并且允许调用方法。...保留父级方法 当你正在实例化时候,创建一个并且继承方法,我们保留了访问被覆盖方法能力,最后在这个特别的实现使用了一个新临时方法( ....合并过程我们做了简单检查:子类属性是否是一个函数、类属性是否是一个函数、子类函数是否包含了 super引用。 注意,我们创建了一个匿名闭包(返回了一个构造函数),将会封装并执行子类函数。

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5.1 和子类

5.1 和子类   子类比拥有的功能更加丰富。   本例,Manager类比Employee封装了更多数据,拥有更多功能。   ...通过扩展定义子类时候,仅需要指出子类和不同之处,因此,会将通用方法放在,而将具有特殊用途方法放在子类,这种将通用功能放在方法,面向对象程序设计十分普遍。   ...所以进行类型转换时候,先查看一下是否成功进行地转换,这个过程只需要使用instanceof运算符即可实现。   ...只有使用Manager特有的方法时候才需要进行类型转换,例如setBonus方法,如果鉴于某种原因,发现需要通过Employee对象调用setBonus方法,那么就应该检查一下设计是否合理,...学生和雇员都有姓名属性,因此可以将getName方法放置继承关系较高层次通用。   现在,再增加一个getDescription方法,它可以返回对一个人简短描述。

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python Class() and

、父;子类、派生 多态性(Polymorphism)        允许一个接口被多个通用动作使用特性,具体使用哪个动作与应用场景相关。        ...实例化时可以使用__init__和__del__两个特殊方法 本身是一个对象,被实例化出来实例也是一种对象。也就是所谓对象与实例对象。     ....变量名         局部变量:方法内部创建变量,可直接使用         变量(也称为静态变量):定义变量;只有通过指定变量名与名进行引用             名.变量名...python几乎所有属性获取都可以使用“object.attribute”格式;不过,此表达式会在python启动搜索--搜索连续树        class语句会产生一个对象,对class...重载操作符        1、操作符重载使得能拦截标准python操作。        2、可以重载所有的python表达式操作符。

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设计模式 - 模板方法模式

模板方法 模板方法模式是一种行为设计模式, 它在定义了一个算法框架, 允许子类不修改结构情况下重写算法特定步骤。...模板方法模式利用C++多态特征,定义一套结构流程,其中通用部分在父实现,子类继承父实现差异性接口。...undefined 模板方法将整个算法转换为一系列独立步骤, 以便子类能对其进行扩展, 同时还可让中所定义结构保持完整。 当多个算法除一些细微不同之外几乎完全一样时, 可使用该模式。...但其后果就是, 只要算法发生变化, 你就可能需要修改所有。undefined将算法转换为模板方法时, 可将相似的实现步骤提取到以去除重复代码。子类间各不同代码可继续保留在子类。...本例程为了方便没有将基独立出来,实际应用应将此放在独立头文件,方便引用。

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通过泛型获得子类Class类型 以及Type体系

1、背景介绍 实现SSH框架,DAO层向数据库持久化过程,因为大部分保存对象方法都会调用到sava();所有索性就把save delete update select 方法进行封装到父,这时候就遇到了个问题...this.child= (Class) p[0]; } } 子类调用父方法时,如果父方法需要知道具体子类Class类型 则可以直接使用...Child来使用;   此处原理就是子类继承父时候 带有泛型 然后子类创建时候,会调用父构造函数,构造函数存在this指是子类,然后通过获得父,再获得父泛型 ;通过泛型找到子类类型...具体说明和API大家可以去看文档,这里记录一个实际应用,当然各种框架应用比比皆是。   ...方法: public class UserDao extends BaseDao{} 使用BaseDao是基于DBUtils,它需要实体Class对象才能进行通用查询方法,例如User

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C++设计模式 - 模板方法模式

模板方法 ❝模板方法模式是一种行为设计模式, 它在定义了一个算法框架, 允许子类不修改结构情况下重写算法特定步骤。...❞ 模板方法模式利用C++多态特征,定义一套结构流程,其中通用部分在父实现,子类继承父实现差异性接口。...模板方法将整个算法转换为一系列独立步骤, 以便子类能对其进行扩展, 同时还可让中所定义结构保持完整。 当多个算法除一些细微不同之外几乎完全一样时, 可使用该模式。...但其后果就是, 只要算法发生变化, 你就可能需要修改所有将算法转换为模板方法时, 可将相似的实现步骤提取到以去除重复代码。子类间各不同代码可继续保留在子类。...本例程为了方便没有将基独立出来,实际应用应将此放在独立头文件,方便引用。 最后 用心感悟,认真记录,写好每一篇文章,分享每一框干货。

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使用TensorFlow训练图像分类模型指南

01  数据集和目标本示例,我们将使用MNIST数据集从0到9数字图像。其形态如下图所示:我们训练该模型目的是为了将图像分类到其各自标签下,即:它们在上图中各自对应数字处。...在此,为每个隐藏层都保留了128个神经元。当然,你也可以用64和32个神经元进行测试。就本例而言,像MINST这样简单数据集,并不建议使用较高数值。...您可以尝试不同学习率(learning rate),例如0.01、0.05和0.1。本例将其保持为0.01。...接着,使用Dense() 方法,添加两个隐藏密集层,并从之前已定义“params”字典中提取各项参数。我们可以将“relu”(Rectified Linear Unit)作为这些层激活函数。...接着,通过将优化器 (即:adamax)、损失函数、以及各项指标(由于所有都同等重要、且均匀分布,因此选择了准确性)作为参数,来编译模型。

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《Java从入门到失业》第五章:继承与多态(5.1-5.7):继承

我们可以更高一层抽象一个枪里面编写这些重复属性和方法,然后其余枪都继承自枪,它们只需要编写各自独有的属性和方法即可,使用继承优化后图设计如下: ?...不过Java,我们一般习惯用和子类方式来称呼。...事实上,Java,有一个顶级java.lang.Object,任何没有明确使用extends关键字,都是继承自Object。       ...由一个公共派生出来所有集合称为继承层次,继承层次,从某个到其祖先路径称为该类继承链。下图演示了Object本示例部分继承层次: ?       ...实际工作运用,笔者并不推荐大量使用向下转型操作,因为大部分向下转型都是因为设计问题而导致,这个话题在这就不展开讨论了,等大家经验丰富后,自然会体会到。

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Java基础:继承

Manager 没有显式地定义 getName 和 getHireDay 等方法,但属于 Manager 对象却可以使用它们,这是因为 Manager 自动地继承了 Employee 这些方法...因此设计时候,应该将通用方法放到,而将具有特色用途方法放在子类,这种将通用功能放到做法,面向对象程序设计十分普遍。...Object是所有,Java会自动导出构造器插入对基构造器调用(调用实例构造器)。 4. 继承分类 根据继承特性可以分为纯继承与扩展。...向上转型是从一个较专用类型向较通用类型转换。 导出是基一个集。它可能比基含有更多方法,但它必须至少具备基所有的方法。 6....一个最清晰判断方法:是否需要从新向基进行向上转型。如果必须向上转型,则继承是必须,如果不需要,则应当好好考虑。是否需要继承,只要记得自问一下“真的需要向上转型吗?”

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支持向量机 – Support Vector Machine | SVM

支持向量机可能是最流行和最受关注机器学习算法之一。 平面是分割输入变量空间线。SVM,选择平面以最佳地将输入变量空间中点与它们(0级或1级)分开。...二维,您可以将其视为一条线,并假设我们所有输入点都可以被这条线完全分开。SVM学习算法找到导致平面最好地分离系数。 ? 支持向量机 平面与最近数据点之间距离称为边距。...可以将两个分开最佳或最佳平面是具有最大边距线。只有这些点与定义平面和分类器构造有关。这些点称为支持向量。它们支持或定义平面。实际上,优化算法用于找到使裕度最大化系数值。...但是,最好平面是什么样?对于 SVM 来说,它是最大化两个类别边距那种方式,换句话说:平面(本例是一条线)对每个类别最近元素距离最远。 ?...机器学习,支持向量机(SVM,还支持矢量网络)是与相关学习算法有关监督学习模型,可以分析数据,识别模式,用于分类和回归分析。

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SpringBoot 项目鉴权 4 种方式

实现 其使用步骤如下: 使用 @Aspect 声明一下切面 WhitelistAspect; 切面内添加一个切点 whitelistPointcut(),为了实现此切点灵活可装配能力,这里不使用...切面使用 spring AOP 注解 @Before 声明一个通知方法 checkWhitelist() Controller 方法被执行之前校验白名单。...扩展 本例使用了 注解 来声明切点,并且实现了通过注解参数来声明要校验白名单,如果之后还需要添加其他白名单的话,如通过 UID 来校验,则可以为此注解添加 uid() 等方法,实现自定义校验。...实现其 preHandle() 方法; preHandle 方法内通过注解和参数判断是否需要拦截请求,拦截请求时接口返回 false; 自定义 WebMvcConfigurerAdapter 内注册此拦截器...,于是在网上查找是否还有其他方式可以实现此功能,发现常见还有 Filter。

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