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TCGA数据库在线使用

最近做培训时整理的一部分TCGA相关数据库使用总结。在线数据库更新改版都比较快,使用时需要参照最新的线上数据教程。...不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似,输入一个或多个关注的目的基因,查看基因的功能注释,基因在哪些样品中存在突变,突变位点的分布,共表达网络,生存分析等。...本文包括了TCGA本站中数据的浏览、下载,尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示),然后是cBioPortal,TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台,再是FIREBROWSE...,比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。...TCGA网站主要提供的是数据的浏览和下载功能,可以根据项目、个体、数据类型、肿瘤类型等筛选需要的数据,使用TCGA提供的工具下载,进一步分析。 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

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MySQLMySQL数据库的初阶使用

ls /var/lib/mysql中的内容是上一个mysql数据库中所残留的数据,MySQL服务在卸载的时候,默认不会将数据删除掉,这些数据我们可以不用管,他们并不影响我们后续MySQL服务的安装和使用...服务器是数据库的管理者,负责存储,管理,维护数据库中的数据,同时MySQL支持多种客户端的连接方式,除了我们现在所使用的命令行式的客户端连接方式外,还支持图形化界面workbench,以及语言级别的API...数据库的重命名MySQL是不支持的,并且这是非常合理的,因为数据库的名字是量级很重的,一旦数据库的名字发生改变,则上层所有使用数据库的代码都需要做出调整,代价特别大,所以一般在项目前期讨论协商的时候,一定要确定好数据库的命名等工作...如果备份一个数据库时,没有带上-B参数, 在恢复数据库时,需要先创建空数据库,然后使用数据 库,再使用source来还原。...所以在MySQL中,数据类型本身也是一种约束,约束使用者进行合法数据的插入,通过这样的约束就可以保证数据库里面数据的可预期性和完整性。 3.

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MySQLMySQL数据库的进阶使用

一、MySQL基本查询 1.对表内容进行Create(增加) 1.1 insert语句的使用 1. 之前我们所学的都是DDL语句,接下来所学的才是真正的DML语句。...,因为索引只能提升部分数据的查询,查询的数据一旦涉及到索引中没有包含的列字段,则此时就无法使用B+索引结构来优化查询的速度,数据库系统只能遍历整个表的所有行来进行查找,这会大大降低查询速度。...除此之外,实际公司使用MySQL数据库,存储的数据最少也几百万条记录打底,一旦全列查询,则查询结果会疯狂刷屏到显示器上,看也没法看,而且还有可能导致mysqld服务卡死,所以平常我们自己敲一些简单的数据库...对未知表进行查询时,最好进行分页显示,这样可以避免表中数据过大时,导致查询全表数据致使数据库卡死。...4.其他函数 下面是MySQL中一些常见的其他函数,可以自己看一下使用案例。

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MySQL数据库基础练习系列9、在线投票系统

MySQL数据库基础练习系列目标 很多学生或者说是初学者在学习完成数据库的基础增删改查后就自认为在数据库这里就很熟悉了,但是不接触项目根本部知道需求,我这里准备了50个项目的基本需求来让大家来熟练各类项目的列信息...数据库环境 MySQL版本:5.7.31-log 数据库字符集,所有数据库通用字符集与排序规则,支持中文数据。...字符集:utf8 排序规则:utf8_general_ci 使用工具:Navicat Premium 15,可以在下面的连接中下载 https://download.csdn.net/download.../feng8403000/89403778 项目名称与项目简介 在线投票系统是一个用于在线进行各种投票活动的平台。...数据库建表的三范式(3NF,Third Normal Form)是关系型数据库设计的基本原则,用于确保数据库结构的逻辑性和减少数据冗余。

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Mysql-使用sqldbx连接Mysql数据库

浏览量 2 假设你已经在服务器上安装好了MySQL数据库了,这里以腾讯云服务器进行远程连接的操作。 下载sqldbx,这里可以去官方网站进行下载,个人可以免费使用。...打开服务器上的数据库端口,MySQL默认端口为3306。...下载完成之后,启动连接,输入对应的参数,提示odbc驱动相关错误,这里需要去下载mysql odbc的驱动程序进行安装,下载地址: https://dev.mysql.com/downloads/connector.../odbc/ 下载安装成功之后,我们这里使用root账户进行远程连接,发现提示拒绝连接的错误,此时,我们需要登录到服务器对root账户进行授权处理,让它能够进行远程登录,使用mysql -uroot -...p登录到数据库,然后执行下面的语句。

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在线生成MySQL数据库配置文件my.ini

最近在折腾的过程中大部分过车都非常顺利,除了MySQLMySQL安装包中虽然附带了配置文件编辑器,但变量极其之多,不便于下手。...而且在网络搜索MySQL优化或者MySQL配置能够得到非常多的结果,过于繁杂和专业化,并不适合上手。...在自行调教了良久之后发现了一个能够在线生成MySQL配置文件的网站,献给和reizhi一样的新手。...该网站通过一个7步调查生成一个适合你的服务器的MySQL配置文件,其过程中不涉及到过于技术化的细节。多数问题为单选,主要涵盖用途、硬件配置、数据库规模、安全性等等。...网址:https://tools.percona.com/wizard,使用后需要注册才能查看配置文件。所有生成过的配置文件也都会自动保存。

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使用Navicat连接MySQL数据库

1.需求:在Windows操作系统上连接MySQL数据库 方法一:用Navicat自带的SSH进行连接 1.首先我们在Navicat中新建连接 常规(general)——只填写(数据库的登录用户名和密码...(这样就``ok啦) 方法二:使用IP地址远程连接mysql数据库 1.首先打开Navicat新建连接,这次我们在常规页面直接填写我们远程主机的IP地址| 用户名、密码及端口(3306)这些都不变(数据库的用户名...、密码) 接下来,我们需要在mysql里面执行以下语句(开放mysql远程权限) GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'myuser'@'%' IDENTIFIED BY 'mypassword...,重启mysql服务: (systemctl restart mysql)或者 (systemctl stop mysql)--(systemctl start mysql) 至此,我们就可以通过两种方法在...Windows上操作mysql啦。

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使用Xtrabackup备份MySQL数据库

---- 下面演示使用Xtrabackup对CentOS7系统上的MySQL数据库进行备份 先提前下载CentOS7版本的Xtrabackup RPM安装包 https://www.percona.com.../installMySQL.sh 安装MySQL ? 3、安装完成后,导入测试数据库脚本test.sql ? ? 4、使用常用mysql数据库命令查看 ? 5、表中插入几条测试数据 ?...7、接下来使用xtrabackup进行一次数据库的全量备份 创建数据库备份文件存放目录并使用xtrabackup的命令innobackupex进行全量备份 mkdir /backup innobackupex...8、下面模拟数据库损坏,并使用xtrabackup进行恢复 假设删掉数据库的数据目录 rm -rf /usr/local/mysql/data/ ?...chown -R mysql.mysql /usr/local/mysql/data/ 修改属主属组为mysql.mysql 重启mysqld服务后登录数据库验证数据库是否完全还原回来 ?

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使用 pymysql 操作MySQL数据库

安装PyMySQL PyMySQL是一个Python编写的MySQL驱动程序,让我们可以用Python语言操作MySQL数据库。 首先,使用pip安装PyMySQL。...pip install PyMySQL 使用PyMySQL 简单使用 如果有JDBC等其他语言的数据库学习经验的话,使用PyMySQL非常简单。下面是一个完整的MySQL增删查(没有改)的例子。...防止SQL注入 在上面的例子中直接拼接字符串,这不是好办法,因为可能存在SQL注入攻击,更好的解决办法是使用类库提供的函数来传参。所以上面的代码也需要稍作修改。 首先,将带参数的SQL语句改写。...不过好像这些SQL数据库的实现还不太一样,PyMySQL的参数占位符使用%s这样的C格式化符,而Python自带的sqlite3模块的占位符好像是?。因此在使用其他数据库的时候还是仔细阅读文档吧。

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MySQL数据库的高级使用

: alter table 语句,多个修改字段之间使用逗号分隔 PyMySQL的使用 1、思考 如何实现将100000条数据插入到MySQL数据库 答案: 如果使用之前学习的MySQL客户端来完成这个操作...,那么这个工作量无疑是巨大的,我们可以通过使用程序代码的方式去连接MySQL数据库,然后对MySQL数据库进行增删改查的方式,实现10000条数据的插入,像这样使用代码的方式操作数据库就称为数据库编程。...2、Python程序操作MySQL数据库 安装pymysql第三方包: sudo pip3 install pymysql 说明: 安装命令使用 sudo pip3 install 第三方包名 卸载命令使用...3、事务的使用使用事务之前,先要确保表的存储引擎是 InnoDB 类型, 只有这个类型才可以使用事务,MySQL数据库中表的存储引擎默认是 InnoDB 类型。...查看MySQL数据库支持的表的存储引擎: -- 查看MySQL数据库支持的表的存储引擎 show engines; 说明: 常用的表的存储引擎是Inno DB和MyISAM InnoDB是支持事务的

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MySQL数据库的基本使用

; 查看数据库排名:https://db-engines.com/en/ranking 关系型数据库的主要产品: Oracle:在以前的大型项目中使用,银行,电信等项目 mysql:web时代使用最广泛的关系型数据库...ms sql server:在微软的项目中使用 sqlite:轻量级数据库,主要应用在移动平台 Python中常用的数据库mysql,关系型数据库,一般用来做网站, redis一般用来做缓存, MongoDB...作为网站数据库 MySQL使用标准的SQL数据语言形式 Mysql是可以定制的,采用了GPL协议,你可以修改源码来开发自己的Mysql系统 在线DDL更改功能 复制全局事务标识 复制无崩溃从机 复制多线程从机...开源 免费 不要钱 使用范围广,跨平台支持性好,提供了多种语言调用的 API; 是学习数据库开发的首选; MySQL安装 服务器端安装 安装服务器端:在终端中输入如下命令,回车后,然后按照提示输入 sudo...表示普通日志,默认为/var/log/mysql/mysql.log log_error表示错误日志,默认为/var/log/mysql/error.log 客户端安装 客户端为开发人员与dba使用

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mysql数据库报错1146_数据库错误代码1146 – 本地与在线

我是这个站点的新手 – 请温和请:P localhost上的mySQL数据库适用于插入语句,但只要将数据库连接更改为服务器连接它给了我错误:错误代码1146:1146没有任何错误描述。...数据库错误代码1146 – 本地与在线 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::...“Error code ” . mysql_errno() . “: ” . mysql_error() . “ \n”; $errors++; } else { $DBName = “nokeekwe...;} mysql_close($DBConnect); } 很多谢谢 2012-06-15 webGirl +1 请提供一些代码参考,以便更好地理解 – +0 提供您的数据库逻辑。...这将是非常有用 – +0 首先,请删除mysql_ *并使用mysqli或PDO代替mysql_ *不再被维护,第二次尝试在mysql_connect和mysql_delect_db之前删除@并且还将’

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