ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装 如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl <- "http://...BiocInstaller 安装 我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装 不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。 我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
分析shell脚本，学习方法，这个其实是在lnmp环境下再安装apache,实现lnmpa环境。 #!... SAVEDSTTY=`stty -g` #echo input characters stty -echo stty cbreak #把指定的输入文件拷贝到指定的输出文件中...，并且在拷贝的过程中可以进行格式转换 #if =输入文件，bs = bytes 同时设置读/写缓冲区的字节数(等于设置obs和ibs),count = blocks 只拷贝输入的blocks...conf/extra/httpd-vhosts.conf mkdir -p /usr/local/apache/conf/vhost #向/usr/local/apache/conf/httpd.conf中末尾追加内容...conf/nginx.conf /root/lnmpbackup/ cp conf/nginx_a.conf /usr/local/nginx/conf/nginx.conf #添加apache自动启动脚本
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...1.Linux已安装Apache2服务并正常运行 2.R已安装完成并正常使用 2.Package的安装 ---- R的Package安装主要分为在线安装和离线安装两种方式，如下： 1.在线安装 在R的控制台输入...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。
shell脚本中 '$' 与不同的符号搭配其表示的意义也会不同 特殊标志符 含义 $0 当前脚本的文件名 $n 传递给脚本或函数的参数。n 是一个数字，表示第几个参数。...例如，第一个参数是$1，第二个参数是$2 $# 传递给脚本或函数的参数个数 $* 传递给脚本或函数的所有参数 $@ 传递给脚本或函数的所有参数 $?...上个命令的退出状态 $$ 当前Shell进程ID $() 与 `(反引号) 一样用来命令替换使用 ${} 引用变量划分出边界 注释：$* 和 $@ 都表示传递给函数或脚本的所有参数，不被双引号(" "...)包含时，都以"$1" "$2" … "$n" 的形式输出所有参数。...但是当它们被双引号(" ")包含时，"$*" 会将所有的参数作为一个整体，以"$1 $2 … $n"的形式输出所有参数；"$@" 会将各个参数分开，以"$1" "$2" … "$n" 的形式输出所有参数
2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。...5、如何实现快速下载 如果官网速度慢，请使用镜像网站 图片 图片 官方网站CRAN网站的镜像使用方法1，Bioconductor网站的镜像使用方法2，方法2也适用CRAN 三、安装R包会遇到问题
一年前我写了一篇文章，关于在 R 中估计 GARCH(1, 1) 模型参数时遇到的问题。我记录了参数估计的行为（重点是 β ），以及使用 fGarch 计算这些估计值时发现的病态行为。...我在 R 社区呼吁帮助，包括通过 R Finance 邮件列表发送我的博客文章。 反馈没有让我感到失望。...RMetrics 套件包（包括 fGarch）由 ETH Zürich 的 Diethelm Würtz 教授维护。他在 2016 年的车祸中丧生。 Dr....我将探讨包支持的不同优化程序。我不会像我在第一篇文章中那样画图，这些图只是为了表明存在的问题及其严重性。相反，我将考察由不同优化程序生成的估计器的特性。...正如 Vivek Rao 在 R-SIG-Finance 邮件列表中所说，“最佳”估计是最大化似然函数（或等效地，对数似然函数）的估计，在上一篇文章中我忽略了检查对数似然函数值。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
文章目录 一、闭包中调用 Groovy 脚本中的方法 二、owner 与 delegate 区别 三、闭包中调用 Groovy 对象中的方法 一、闭包中调用 Groovy 脚本中的方法 ---- 在 Groovy...脚本中 , 在 Closure 闭包中 , 可以直接调用 Groovy 脚本中定义的方法 ; def fun() { println "fun" } def closure = {...fun() } closure() 执行上述 Groovy 脚本结果如下 : fun 二、owner 与 delegate 区别 ---- 在 Closure 闭包中 , 其 owner 就是创建闭包时所在的环境..., 这是无法改变的 ; 但是 Closure 闭包对象的 delegate 成员是可以修改的 ; 三、闭包中调用 Groovy 对象中的方法 ---- 在闭包中 , 可以直接调用 Groovy 脚本中定义的方法...; 但是如果想要在闭包中 , 调用实例对象的方法 , 就必须设置闭包的 delegate 成员 ; 如下代码中 , 想要在闭包中 , 调用 Test 对象的 fun 方法 , 在执行闭包之前 , 必须将
第1步：安装Stow 在这个例子中，我们使用的是CentOS，因此我们需要扩展的EPEL库。...此位置只是步骤2中选定的目录，其中包名称作为单独的文件夹添加。这会导致文件安装到给定位置，如下所示： ? 现在我们将包中所需的所有文件放在stow目录的文件夹中。...现在输入： stow hello 该软件包现已安装在您的系统上。这是“hello”命令的截图： ? 第5步：删除包 关于装载最酷的部分是从系统中移除包装是多么容易。无需保留源包或任何东西。...就系统而言，包已被完全删除！记住文件实际上并没有消失是件好事。他们仍然在“hello”目录中。您可以使用stow命令再次轻松地安装软件包。...总结 以上所述是小编给大家介绍的在Linux中如何轻松删除源安装的软件包，希望对大家有所帮助，如果大家有任何疑问请给我留言，小编会及时回复大家的。
第1步：安装Stow 在这个例子中，我们使用的是CentOS，因此我们需要扩展的EPEL库。...此位置只是步骤2中选定的目录，其中包名称作为单独的文件夹添加。这会导致文件安装到给定位置，如下所示： ? 现在我们将包中所需的所有文件放在stow目录的文件夹中。...现在输入： stow hello 该软件包现已安装在您的系统上。这是“hello”命令的截图： ? 第5步：删除包 关于装载最酷的部分是从系统中移除包装是多么容易。无需保留源包或任何东西。...就系统而言，包已被完全删除！记住文件实际上并没有消失是件好事。他们仍然在“hello”目录中。您可以使用stow命令再次轻松地安装软件包。...总结 以上所述是小编给大家介绍的在Linux中怎么轻松删除源安装的软件包，希望对大家有所帮助，如果大家有任何疑问请给我留言，小编会及时回复大家的。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...1、pycharm中万能提示键 1、在 import 中导入包时，下方出现红色波浪线，表明当前python中存在该 2、将鼠标停留在红色波浪线上，按Alt + Enter 3、选择 Install...package numpy 4、查看已经安装的包，File—>Settings—>Project Interpreter 2、在Project Interpreter中管理包 1、包的升级和删除...2.包的安装 3.安装指定的包和指定的版本 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/145690.html原文链接：https://javaforall.cn
一：用途说明 trap命令是shell内建的命令，它用在脚本中指定信号如何处理。 ...比如，按Ctrl+C会使脚本终止执行，实际上系统发送了SIGINT信号给脚本进程，SIGINT信号的默认处理方式就是退出程序。...6：trap "commands" EXIT 脚本退出时执行commands指定的命令。...7：trap "commands" DEBUG 在脚本执行时打印调试信息，比如打印将要执行的命令及参数列表。 ...9：trap "commands" RETURN 当从shell函数返回、或者使用source命令执行另一个脚本文件时，执行commands指定的命令。
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
安装R语言的包的方法： 1....自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...手动安装（离线安装） Windows: 下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” 选择package.zip...文件 Linux上安装R包（离线安装）: 下载package.tar.gz文件 在Shell终端（注意不是R）输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意：需要sudo...查看全部安装的R包： .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包： library("XML") help(package="XML")
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages() install.packages()是从镜像安装包，在括号中输入包的名称字符串就可以完成包的安装。...通过github安装 一些开发者没有将包上传至镜像，而是在github上开发并分发，此时就需要从github安装相应包。这里提供两种方法。...library(githubinstall) githubinstall('AnomalyDetection') 此函数只需包名，不需要仓库名，运行后，会根据在github搜索的结果，询问是否为你想安装的包...但实际操作中，经常会遇到要安装一个包要先安装很多包的情形，因此本地安装方法有时可操作性较差，因此不在这里详细介绍。
并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...三 安装radian visual studio code这两个extension由于不存在R console的配置优化，在这里需要借助python中的R interactive窗口——radian，用...▶ pip install radian 四 在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...2 在文件中找到Rprofile.site文件，编辑脚本，插入以下这段代码 ▶ source(file.path(if (.Platform$OS.type == "windows") file.path...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例
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