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《从0到1学习Spark》--DataFrame和Dataset探秘

RDD中午发表是结构化数据,对RDD进行查询也不可行。使用RDD很容易但有时候处理元组会把代码弄乱。...DataFrame用于创建数据和列,它就像是关系数据库管理系统一张表,DataFrame是一种常见数据分析抽象。...就像上图这样,DataFrame和Dataset进行了缓存,缓存,他们以更加高效列式自动存储数据,这种格式比java、Python对象明显更为紧凑,并进行了优化。...实践 pyspark shell或spark-shell,会自动创建一个名为spark预配置SparkSession。...2、从RDD创建DataFrame 3、从Hive创建DataFrame DataFrame转换为RDD非常简单,只需要使用.rdd方法 ? 常用方法示例 ?

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生信教程:使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

本次实践[1],我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写代码来执行 ABBA BABA 分析。我们将分析来自几个 Heliconius 蝴蝶种群基因组数据。...unzip master.zip 全基因组等位基因频率 为了根据群体基因组数据计算这些值,我们需要首先确定每个群体基因组每个多态性位点衍生等位基因频率。...jackknife 脚本 get_block_indices 函数将执行此操作,并返回与每个块对应“索引”(即频率)。它要求我们指定要分析每个位点块大小以及染色体和位置。...执行此操作第一步是识别频率与 21 条 Heliconius 染色体每一条相对应。 我们首先使用 unique 函数识别数据集中存在所有染色体名称。...然后我们需要识别表中代表每条染色体。为此,我们使用 lapply 函数,该函数多次应用一个简单函数以创建 R 列表格式组合输出。

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35代码搞定事件研究法(下)

注意 I,本代码主要使用data.table包完成,关于data.table相应知识会在涉及时候进行讲解。以后课堂,我们会重点介绍data.table这个包。...do_car() 要求我们提供n, r, rm, date 四个参数,但是向量 ns 只能提供 n 这一个参数值,因此我们需要用pryr包partial() 函数剩下几个变量补充完整(感谢pryr...我们例子,我们只计算T日前后各一日收益,因而ars一共有三个元素。...测试,大猫设置一个极端条件:模拟2500个股票(差不多是A股股票数),每个股票拥有1000个交易日记录(差不多有4年时间),平均50个交易日出现一个事件(模拟盈利公告这类事件出现频率)。...语句“car :=” 表示原数据集中新建一个名为 car 变量,vapply(ars, sum)含义是超额收益率向量ars元素相加,double(1)指定输出必须是一个标量(因为对于每个事件日

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R语言入门之频率表和列联表

创建频率表和列联表 R语言提供许多方法来创建频率表和列联表,在这里我们主要介绍三种常用函数,它们虽有各自特点,但大同小异,大家在学习能细细体会出来。 1....margin.table(mytable, 1) # 对每一数据求和 ? margin.table(mytable, 2) # 对每一列数据求和 ?...prop.table(mytable) # 计算每格数据占总数比例 ? prop.table(mytable, 1) # 以行为单位,计算其中每个变量占比,每行求和为1 ‍‍ ?...prop.table(mytable, 2) # 以列为单位,计算其中每个变量占比,每列求和为1 ?...# 使用ftable()函数简洁输出3维表格 summary(mytable) # 独立性检验(列联表的卡方检验) 加入一个变量出现在公式左侧,那么它就是一个计算频数向量 # 例如 DF <-

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R语言笔记完整版

,从井号(#)开始到句子收尾之间语句就是是注释。 R是动态类型、强类型语言。.../data.RData")——原本计算机内存(工作空间)活动数据转存到硬盘。 load("....prop.table(table(, ),)——比较两个data_var所占百分比,填1位按百分计算,2为列计算...(0,550,2))——prob=T表示是 频率直方图,直角坐标系,用 横轴每个小区间对应一个组组距,纵轴表示频率与组距比值,直方图面积之和为1;prob位FALSE表示 频数直方图;ylim...decompose(,type)——时间序列分解成长期趋势和周期性变化,是设置频率(周期长度)时间序列数据,type="additive"为累加形式:长期趋势

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Flink SQLJoin操作

(即所有通过其连接条件组合),加上外部表连接条件与其他表任何行都不匹配每一一个副本。...这种连接强大之处在于,当无法将表具体化为 Flink 动态表,它允许 Flink 直接针对外部系统工作。 以下处理时时态表联接示例显示应与表 LatestRates 联接仅追加表订单。...我们示例,查询使用处理时间概念,因此执行操作,新附加订单将始终与最新版本 LatestRates 连接。 结果对于处理时间是不确定。...与常规连接相比,尽管构建端发生了变化,但之前时态表结果不会受到影响。 与区间连接相比,临时表连接没有定义记录连接时间窗口,即旧不存储状态。...它还可以防止将来更新连接客户行时更新连接结果。 查找连接还需要一个强制相等连接谓词,在上面的示例为 o.customer_id = c.id。 数组扩张 为给定数组每个元素返回一个新

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R语言第一章数据处理基础②一代码完成数据透视表目录

目录 R语言第一章数据处理基础①读取EXEL表格数据 R语言第一章数据处理基础②一代码完成数据透视表 rpivotTable:R数据透视表 安装 # devtools::install_github...(c("ramnathv/htmlwidgets", "smartinsightsfromdata/rpivotTable")) 数据透视表应出现在RStudioViewer。...如果仅选择数据,则数据透视表将打开,和列上没有任何内容(但您可以随时拖放行或列任何变量) rows and cols允许用户创建报告,即指示哪个属性将在行和列上。...这里选项很多:计数,计数唯一值,列表唯一值,总和,整数和,平均值,总和,80%上限,80%下限,总和为总分数,总和为行数,总和为列分数,计为总分数,计算分数,计为列分数 renderers决定用于显示图形渲染类型...例如,要显示具有眼睛和头发颜色组合频率表格: library(rpivotTable) data(HairEyeColor) rpivotTable(data = HairEyeColor, rows

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R语言︱情感分析—基于监督算法R语言实现(二)

构建随机森林模型需要将每一个词汇作为一个变量或者维度,这样矩阵会变得异常稀疏,但我们先不讲究这些,企业内做数据挖掘建模,第一目标不是追求模型统计上完美性,而是测试集和训练集上稳定性和准确性。...aggregate相当于每个文档词去重一下,不是ID去重,不同文档也可能存在相同词。...所有文档每个词次数就是计数一下即可,在这用table函数。 图2 现在有每个词文档频率,该如何匹配到原来数据集中呢?...,用去重id来计算length,就是代码total, 每个词文档数,就是每个词在所有文档数量,用table来计数,公式很多要素都跟DF值一样。...可参考博客:给R变个形 图4 4.2 训练集- 随机森林模型 随机森林模型不需要id项,通过row.namesid这一列放在R默认序号列,如图4第一列。

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左手用R右手Python系列10——统计描述与列联分析

数据统计描述与列联表分析是数据分析人员需要掌握基础核心技能,R语言与Python作为优秀数据分析工具,在数值型数据描述,类别型变量交叉分析方面,提供诸多备选方法。...除此之外,doBy包summaryBy函数和psych包describeBy函数也提供更为个性化描述性统计量输出。...【crosstab】规则几乎与Excel透视表理念很像,可以作为所有的数值型、类别型变量表述统计、频率统计和交叉列联表统计使用。...,其理念大致与Excel透视表理念一致,只要把握好关于、列、度量值和聚合函数设定规则即可。...事实上,crosstab似乎同时也能兼容透视表完整功能,但是奇怪是透视表提供数据框名称参数,指定参数无需声明数据框名称,而且行列字段都可指定列表对象(二维以上,指定多个 字段),但是交叉表则没有给出数据框名称向量

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笔记 | GWAS 操作流程2-4:哈温平衡检验

❝哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则 哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则是群体遗传中最重要原理,它解释繁殖如何影响群体基因和基因型频率。...(德国医生)两位学者姓来命名,他们于同一年(1908年)各自发现这一法则。他们提出在一个不发生突变、迁移和选择无限大随机交配群体,基因频率和基因型频率将逐代保持不变。...MN这对基因在群体达此状态,就是达到了遗传平衡。如果没有达到这个状态,就是一个遗传不平衡群体。但随着群体随机交配,将会保持这个基因频率和基因型分布比例,而较易达到遗传平衡状态。...应用Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度检验方法,计算得到基因频率代入,计算基因型平衡频率,再乘以总人数,求得预期值(e)。观察数(O)与预期值(e)作比较,进行χ2检验。...❞ 「两个目的:」 计算所有位点哈温检测结果 删除SNP不符合哈温平衡位点 1.

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qiime2+lefsen个解决方案

qiime2 有自带差异分析工具(composition ancom),可是,大家已经习惯了一直用 lefse,于是, qiime2 结果导出进行 lefse 分析,某种程度上就是一个“刚需...希望 qiime2 官方或者 lefse 官方做一个 q2-lefse 之前,我们解决方案有哪几个呢?这里分享下我找到几个,欢迎补充。...--p-level 6 --i-taxonomy taxonomy.qza 计算折叠表相对频率(您得到不是计数,而是相对丰度) qiime feature-table relative-frequency...这意味着,根据您是否有类或子类,您必须在文件顶部添加 2-3 。第 1 需要是您类,第 2 需要是您子类,第 3 行将是您全部 “;”,整个分类必须更改为 “|”。...Rstudio打开EasyAmpliconformat2lefse.Rmd,另存至result目录并Knit生成输入文件和可重复计算网页; 这三种方法,相比手动处理,还是多了些方便,减少了出错可能

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linux cpufreq framework(5)_ARM big Little driver

3)当bL switching处于enable状态,该driver变成一个特殊cpufreq driver,调整频率时候,可以根据情况,切换corecluster。...kernel后,cpufreq core就会调用该回调函数,一般init函数初始化CPU core有关frequency table,并依据该table填充相应cpufreq policy变量....verify()可用于校验某个频率是否有效。 .target_index()可将CPU core设置为某一个频率本文场景,可以修改频率是进行cluster切换,后面会详细介绍。...26~33,为每个处于online状态CPU core(此处已经是虚拟core,该core是一个big/Little对,同一刻只有一个core开启),初始化用于cluster switch线程...3)当经由cpufreq framework进行频率调整时候,根据当前“状态”,以及要调整目的频率计算是否需要切换cluster(也即disable当前正在运行物理core,enable另外一个物理

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pandas系列7-透视表和交叉表

根据一个或者多个键对数据进行聚合 根据和列上分组键将数据分配到各个矩形区域中 一文看懂pandas透视表 Pivot_table 特点 灵活性高,可以随意定制你分析计算要求 脉络清晰易于理解数据...,想替换成0,fill_value=0; dropna=True:是跳过整行都是空缺值 margins : 是否添加所有或列小计/总计,margins=True; margins_name :...当margins设置为True,设置总计名称,默认是“ALL”。...关于pivot_table函数结果说明: df是需要进行透视表数据框 values是生成透视表数据 index是透视表层次化索引,多个属性使用列表形式 columns是生成透视表列属性...Crosstab 一种用于计算分组频率特殊透视表。

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文本情感分析:特征提取(TFIDF指标)&随机森林模型实现

构建随机森林模型需要将每一个词汇作为一个变量或者维度,这样矩阵会变得异常稀疏,但我们先不讲究这些,企业内做数据挖掘建模,第一目标不是追求模型统计上完美性,而是测试集和训练集上稳定性和准确性。...aggregate相当于每个文档词去重一下,不是ID去重,不同文档也可能存在相同词。...所有文档每个词次数就是计数一下即可,在这用table函数。 图2 现在有每个词文档频率,该如何匹配到原来数据集中呢?...,用去重id来计算length,就是代码total, 每个词文档数,就是每个词在所有文档数量,用table来计数,公式很多要素都跟DF值一样。...图4 4.2 训练集- 随机森林模型 随机森林模型不需要id项,通过row.namesid这一列放在R默认序号列,如图4第一列。

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R语言系列第三期:③R语言表格及其图形展示

分类数据通常以表格形式来描述。这一部分就来为大家介绍如何用你数据创建一个表格及计算相关频率。 A. 生成表格 一个双向表格可以作为一个矩阵对象输入。...,则R计算相应另一个,从而使得矩阵数值与输入值数目相匹配。...这一类表格不完全等同于矩阵,R里有一个“table”类能更好地描述它。...另外如果条形图里参数不是一个向量,而是一个矩阵,那么它默认创建一个“堆积条形图”,每列根据表不同贡献被分割。...统计描述过后我们就需要做出统计推断了,之后内容就是关于各种统计检验和模型介绍,敬请期待。 参考资料: 1. 《R语言统计入门(第二版)》人民邮电出版社  Peter Dalgaard著 2.

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【STM32F407开发板用户手册】第14章 STM32F407电源,复位和时钟系统

14.3 硬件复位 所有数字计算机系统都是由某种形式震荡时钟电路驱动。这种电路被称为系统“脉搏”,是系统正确运行关键。...当系统由可靠电源供电,一旦通电,电源迅速地达到额定输出电压,一旦断电,电源迅速地下降到0V,并且接通时候,电压不会降低。这时能够可靠地使用基于一个电容和一个电阻低成本硬件复位。...3.3V电源通过R84给C53充电,当C53电压升到CPU高电平门槛电压,CPU退出复位状态转入运行状态。  ...设计电路,需要选择适当R值和C值,以保证NRST低电平持续时间满足CPU复位最小脉宽要求。   当按下S4轻触开关,C53两端被短路接地,可实现手动复位CPU。...#endif 43. } 第12:使能FPU单元。 第16 – 31:复位RCC相关寄存器。 第69 – 73:设置中断向量表位置。

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【STM32F429开发板用户手册】第14章 STM32F429电源,复位和时钟系统

14.3 硬件复位 所有数字计算机系统都是由某种形式震荡时钟电路驱动。这种电路被称为系统“脉搏”,是系统正确运行关键。...当系统由可靠电源供电,一旦通电,电源迅速地达到额定输出电压,一旦断电,电源迅速地下降到0V,并且接通时候,电压不会降低。这时能够可靠地使用基于一个电容和一个电阻低成本硬件复位。...3.3V电源通过R173给C114充电,当C114电压升到CPU高电平门槛电压,CPU退出复位状态转入运行状态。  ...设计电路,需要选择适当R值和C值,以保证NRST低电平持续时间满足CPU复位最小脉宽要求。   当按下S4轻触开关,C114两端被短路接地,可实现手动复位CPU。...#endif 43. } 第12:使能FPU单元。 第16 – 31:复位RCC相关寄存器。 第69 – 73:设置中断向量表位置。

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几秒钟内将数千个类似的电子表格文本单元分组

定义这些术语: 文件术语矩阵 文档术语矩阵本质上是Bag of Words(BOW)概念延伸,喜欢这个概念,因为它听起来就像是一个蒙面男子会在芝麻街偷窃东西。 BOW涉及计算字符串单词频率。...TF-IDF 为了计算TF-IDF分数,将术语单个文档中出现次数(术语频率或TF)乘以术语对整个语料库重要性(逆文档频率或IDF) - 单词出现文档越多在这个词,人们认为这个词区分文件方面的价值就越低...重要是,对于文档术语矩阵每个单词,如果用TF-IDF分数替换单词计数,可以检查字符串相似性更有效地权衡单词。 N元 最后将解决这个问题: Burger King是两个字。...第10从legal_name数据集列中提取唯一值,并将它们放在一维NumPy数组第14,编写了用于构建5个字符N-Grams函数。使用正则表达式过滤掉一些字符。...是时候它带回家。 第三步:构建一个哈希表,将发现转换为电子表格“组”列 现在要构建一个Python字典,其中包含legal_name列每个唯一字符串键。

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手把手 | 用R分析宋词三百首 自己动手写个“机器诗人”

其实做法很简单,大概就是分这么几步: 文本拆分成一个一个单词; 单词按照出现频率、次数进行排序 用可视化结果展示出来 下面的部分我会讨论一下具体操作,不感兴趣观众请往后翻到结果部分。...詞文 3106121 詞牌 3101024 又 751014 去 553124 月 54 看来宋词三百首,出现最多词语是『作者』,『词文』,『词牌』,总共出现310...这是因为每首诗词开始,文档中都会介绍这首诗词作者、词文和词牌,从而干扰我们文本分析。...嗯,硕大一个『词文』出现很多次,看来我们可视化时候要把它去掉。...应是天仙狂醉,乱白云揉碎。 R 中文分词包『结巴R功能,有一项可以用来分辨词语词性。我将范例进行分词后,再用这项功能分析一下各部分词性。 > cipai <- "画堂晨起,来报雪花坠。

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