首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

在超级计算机上并行运行模型的问题- do.call无法识别parLapply/clusterApply中的模型列表

在超级计算机上并行运行模型的问题- do.call无法识别parLapply/clusterApply中的模型列表。

在超级计算机上并行运行模型时,常常会使用parLapply或clusterApply等函数来实现并行计算。然而,有时候在使用do.call函数时会遇到无法识别parLapply/clusterApply中的模型列表的问题。

这个问题通常是由于模型列表在并行计算过程中无法正确传递导致的。为了解决这个问题,可以尝试以下几种方法:

  1. 使用foreach包:可以使用foreach包中的foreach函数来代替parLapply/clusterApply函数。foreach函数在并行计算时能够正确处理模型列表,并且可以与do.call函数配合使用。
  2. 使用clusterApplyLB函数:如果使用的是snow包进行并行计算,可以尝试使用clusterApplyLB函数来代替clusterApply函数。clusterApplyLB函数在并行计算时能够正确处理模型列表,并且可以与do.call函数配合使用。
  3. 使用其他并行计算框架:除了parLapply/clusterApply函数外,还有其他一些并行计算框架可以使用,例如future包、multicore包等。这些框架在并行计算时可能能够更好地处理模型列表的传递问题。

总结起来,解决在超级计算机上并行运行模型时do.call无法识别parLapply/clusterApply中的模型列表的问题,可以尝试使用foreach包中的foreach函数、clusterApplyLB函数或其他并行计算框架来替代parLapply/clusterApply函数。这些方法能够正确处理模型列表,并且可以与do.call函数配合使用。

腾讯云相关产品和产品介绍链接地址:

  • 腾讯云弹性计算Elastic Compute Cloud(ECC):https://cloud.tencent.com/product/cvm
  • 腾讯云容器服务Tencent Kubernetes Engine(TKE):https://cloud.tencent.com/product/tke
  • 腾讯云函数计算Serverless Cloud Function(SCF):https://cloud.tencent.com/product/scf
  • 腾讯云人工智能AI Lab:https://cloud.tencent.com/product/ai-lab
  • 腾讯云物联网IoT Hub:https://cloud.tencent.com/product/iothub
  • 腾讯云移动开发Mobile Development Kit(MDK):https://cloud.tencent.com/product/mdk
  • 腾讯云对象存储COS:https://cloud.tencent.com/product/cos
  • 腾讯云区块链Blockchain Service(BCS):https://cloud.tencent.com/product/bcs
  • 腾讯云元宇宙Tencent Cloud Metaverse(TCM):https://cloud.tencent.com/product/tcm
页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R︱并行计算以及提高运算效率方式(parallel包、clusterExport函数、SupR包简介)

值得庆幸是,现有R并行计算框架,如parallel (snow,multicores),Rmpi和foreach等采用是映射式并行模型(Mapping),使用方法简单清晰,极大地简化了编程复杂度...循环)、SupR、还有利用GPU办法(gpuR) 同时并行时对内存消耗极大,超级容易爆发内存问题,而且R内存问题一直都是R很难解决问题,这边笔者也把看到一些方式列出来。...lapply使用时候也会出现这样问题,如果出现问题,那么就白跑了,而且也不可能给你停顿下来。那么如何让lapply运行跳过报错办法呢?...如果现在内存上限不够用,可以通过memory.limit(newLimit)更改到一个新上限。注意,32位R,封顶上限为4G,无法一个程序上使用超过4G (数位上限)。...,无法连接到核心,即使本来连接上时候。

8.3K10

R语言实现并行计算

Python作为多线程编程语言并行方面相对于R语言有很大优势,然而作为占据统计分析一席之地R语言自然不能没有并行计算助力。...所谓显式并行也就是基于并行编程语言编译程序;隐式并行是基于串行程序编译并行计算。当然,R语言核心功能也是带有了相关并行计算基础包parallel。...5. clusterCall() 并行环境,一次运行过程各节点值。clusterMap便可以直接运行所用值,并以列表形式展示所有结果。...7. clusterApply() 类似parLapply 系列,可以直接运行得到所有结果,输出列表格式。clusterApplyLB()便是对其优化,具体优化模式我们就不赘述了。...实例 stopCluster(cl) 以上便是parallel包全部功能函数,其实并行真正解决是重复性工作情况,P值计算应用比较广泛。

2.9K31

IMvigor210CoreBiologies包安装指北

下面是第9期学员随机投稿 2018年Nature上公开了一份尿路上皮癌(BLCA)免疫治疗队列数据,而这份数据就储存在IMvigor210CoreBiologies包。...但是安装该包过程,笔者遇到了一点小问题,今天根据笔者自己安装过程遇到问题,写下这一份安装小教程。...(http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/) 本地安装过程,笔者又出现了依赖包问题。...根据官网介绍我们需要DESeq2作为依赖包。但是!!!实际安装过程,真正需要是DESeq包。...# 第二步,接着和第一步一样,Rstudio,复制下面代码,并运行: Sys.which("make") # 完成后,Rtools便自动配置完成路径,傻瓜式操作。

3.9K30

如果在使用CIBERSORT时出现报错

CIBERSORT是主流计算免疫浸润两种主流方法之一(另一种是ssGSEA)。...进行CIBERSORT分析时候,关键一步是根据内置22种免疫细胞基因表达特征数据结合自己表达矩阵文件计算每一个样本免疫细胞浸润情况。...返回代码 22 对应错误是 EINVAL,即无效参数。这个问题通常与系统资源、R 并行处理配置或运行环境有关。可能原因有如下几点1....RStudio 环境限制:RStudio 对并行处理有一些限制,可能导致无法创建新线程。4. 无效参数:传递给 pthread_create() 参数无效。...多个核心上并行运行exp_files <- list("exp.txt") # 如果有多个文件,可以将它们放在这个列表TME.results_list <- parLapply(cl, exp_files

10510

深度学习训练时间从几小时缩减到数分钟,微软与CSCS超算新突破

【新智元导读】微软和瑞士国家计算中心(CSCS)科学家们取得了重大突破,将超级计算机上深度学习训练时间缩减到数分钟。...训练时间缩短,再加上超级计算机技术引入,或能够解决现在在图像、视频和语音识别,自然语言处理等方面问题瓶颈。考虑到深度学习能够提供复杂性,这样研究还可能扩展到其它多个领域。...训练时间缩短,再加上超级计算机技术引入,或能够解决现在在图像、视频和语音识别,自然语言处理等方面问题瓶颈。考虑到深度学习能够提供复杂性,这样研究还可能扩展到其它多个领域。...根据该团队研究员解释,深度学习算法方面和传统运行在大规模并行超级计算机上应用是类似的,通过使用 Cray XC Aries 网络以及高性能 MPI 库来优化节点间通信,每个训练任务可以使用更多计算资源...瑞士超级计算中心主任 Thomas Schulthess 表示,这项突破意味着研究人员能够利用现有的超级计算机解决那些以前被认为不可行深度学习问题,以前一般认为那些问题需要几个月时间来训练模型

68960

XNOR.ai要简化数学,让人工智能从云端走进普通设备

从本质上来看,XNOR.ai是一种计算机原生数学,帮助计算机视觉和语音识别等人工智能模型更简单地运行。这将给整个行业带来变革。...但如果任务是高画质设置下玩游戏,那么你会希望视频每帧能实时显示。在这种情况下,远程传送数据将不切实际。 Farhadi及其团队希望让这种更复杂的人工智能模型变为可能。...这代表了计算机视觉最新成果。 然而,这样成果仍是通过超级计算机和并行GPU去完成,用到了大量计算资源。...这款原型应用运行在普通智能手机上,花了10秒钟时间才完成这些识别。 Farhadi表示:“你可以让这个应用在手机运行几个小时,而我们还没有针对电池耗电进行优化。”...手机需要从事超级计算任务,但手机性能只足以运行一款游戏,并且只能使用CPU单一核心。 随后,Farhadi展示了运行在树莓派Zero上实时对象识别技术。

703100

机器学习模拟1亿原子:中美团队获2020「超算诺贝尔奖」戈登贝尔奖

基于物理模型计算、机器学习和高性能 GPU 并行集群共同助力下,研究人员已将超大系统分子动力学模拟带进了一个全新时代。 ?...北京大学发来祝贺写到:在这项工作里,该研究团队物理建模、机器学习与高性能计算交叉学科领域取得突破,基于深度学习分子动力学模拟通过机器学习和大规模并行方法,将精确物理建模带入了更大尺度材料模拟...因此,我们做出了以下算法方面的创新: (1)通过引入一种新相邻列表数据分布,避免了计算嵌入矩阵时出现分支,从而增加了 DeePMD 计算粒度; (2)相邻列表新数据结构元素被压缩为 64...由于戈登贝尔奖表彰高性能计算方面的成就,决赛选手必须证明他们提出算法可以在世界上最强大超级计算机上高效运行。...于是,获奖团队开发了一份高度优化代码(GPU Deep MD-Kit)并在美国能源部橡树岭国家实验室 Summit 超级计算机上顺利运行双精度下实现了 91 PFLOPS 速度,在混合单 /

70210

把大模型装进手机,小米、OPPO、vivo 卷起来了!

生成式模型在这个场景确实取得了突破性效果,比如传统方法和第一代模型无法达到效果。目前,我们这个版本还存在许多问题,其中一个众所周知问题就是生成问题,即如何确保生成内容符合用户意愿。...尽管语言大模型云端表现更好,但要在手机上,尤其是拍照系统实时运行模型,这是一个相当高要求。 这里重点介绍我们解决两个问题。首先,我们需要开发一个适合拍照系统模型。...我们还引入了 AIGC 技术来处理细节,比如眉毛和发丝等细节表现力。我们能够端侧模型完成人脸识别等任务。当然,我们也面临一些挑战,包括面部肌理和发丝等细节处理上体验问题。...vivo 对图形渲染整个流程及关键模块进行了全新设计,推出了虚拟显卡解决方案,创新实现了超级渲染树、并行渲染、异构渲染,解决了丢帧、掉帧、帧同步问题,保障了系统显示始终高效且流畅。...同时,也探索如何提高存算之间带宽,以及如何在图推理方面进行并行计算。总的来说,虽然大家都在努力优化,但根本问题解决需要一定周期。 袁东:我想谈谈关于大模型在手机上应用。

8510

资源 | 一文盘点10大移动端机器学习框架

尽管我们已经可以在台式计算机和性能优良笔记本上运行神经网络,但是智能手机和平板电脑原始处理能力太低,无法本地运行算法。...这就是为什么本文列表分为两部分:针对计算更强大机器学习框架和针对移动端优化性能框架。 计算机机器学习框架 该列表包含运行在适当硬件上一般框架,可以处理海量数据集。...MXNet MXNet 是该列表第一个 Apache 项目;它是一个有前景、活跃框架,可应用于移动端,即你可以在任何安卓或 iOS 设备上训练数据、运行计算集(computed set),该框架也可在...该精简版允许选择任意给定项目所需模型和工具,无需添加额外 bloat。其主要特征是移动端部署,允许开发者在手机上实时运行不同神经网络计算。...苹果 Core ML 随着机器学习和移动应用流行,苹果发布了 Core ML 库,允许移动应用开发者强大计算机上训练模型,然后将其保存在手机上,并运行模型优化版本。

85540

美空军尝试打造人工智能超级计算系统

《科技媒体》网站(www.hpcwire.com)发布消息称,美国空军正在尝试打造人工智能超级计算系统。...IBM和美国空军研究实验室(AFRL)当日宣布,他们正在合作研发行业首款基于64块芯片阵列IBM真北神经突触系统(TrueNorth Neurosynaptic System)类脑超级计算系统。...IBM研究人员认为,与使用常规芯片系统相比,基于真北芯片类脑神经网络设计模式识别和集成感觉处理方面的效率要高得多。美国空军研究实验室正在调研该系统嵌入式、移动式、自动化设置应用。...该系统巨大规模将实现“数据并行性”和“模型并行性”,其中“数据并行性”意味着多个数据源能够同一神经网络并行运行,而“模型并行性”是指独立神经网络能够形成同一数据上并行运行集合。...对于CIFAR-100数据集,真北实现了近乎最高精度,同时以大于1500帧/秒速度运行,功耗为200mW(效率高于每瓦7000帧/秒)——所需速度和能量相对于传统计算机上运行同样神经网络进行推理都要低了很多个数量级

76480

美空军尝试打造人工智能超级计算系统

《科技媒体》网站(www.hpcwire.com)发布消息称,美国空军正在尝试打造人工智能超级计算系统。...IBM和美国空军研究实验室(AFRL)当日宣布,他们正在合作研发行业首款基于64块芯片阵列IBM真北神经突触系统(TrueNorth Neurosynaptic System)类脑超级计算系统。...IBM研究人员认为,与使用常规芯片系统相比,基于真北芯片类脑神经网络设计模式识别和集成感觉处理方面的效率要高得多。美国空军研究实验室正在调研该系统嵌入式、移动式、自动化设置应用。...该系统巨大规模将实现“数据并行性”和“模型并行性”,其中“数据并行性”意味着多个数据源能够同一神经网络并行运行,而“模型并行性”是指独立神经网络能够形成同一数据上并行运行集合。...对于CIFAR-100数据集,真北实现了近乎最高精度,同时以大于1500帧/秒速度运行,功耗为200mW(效率高于每瓦7000帧/秒)——所需速度和能量相对于传统计算机上运行同样神经网络进行推理都要低了很多个数量级

69580

每个程序员都应该知道 40 个算法(四)

将会有一个无法并行顺序部分。 让我们看一个具体例子。假设我们想要读取存储计算机上大量文件,并使用这些文件数据训练机器学习模型。 整个过程称为 P。...如果任务太多,那么将会产生太多开销。这也是一个被称为任务粒度挑战。 负载平衡 并行计算,调度程序负责选择执行任务资源。没有实现最佳负载平衡情况下,资源无法充分利用。...对于大规模算法,我们需要找到多个并行运行执行引擎来解决复杂问题: 有三种策略可以拥有多个执行引擎: 向内寻找:利用计算机上已有的资源。使用 GPU 数百个核心来运行大规模算法。...集群计算 集群计算是实现大规模算法并行处理一种方式。集群计算,我们有多个通过高速网络连接节点。大规模算法被提交为作业。每个作业被分成各种任务,并且每个任务单独节点上运行。...每个节点上并行化需要较少数据计算密集型任务 GPU 上进行。 总结 本章,我们研究了并行算法设计以及大规模算法设计问题。我们研究了使用并行计算和 GPU 来实现大规模算法。

6000

英特尔院士概述深度学习愿景与优化,Caffe for Xeon Phi成亮点

Pradeep解释说,“训练模型是重中之重”。自从80年代以来,数据科学家就一直使用机器学习来创建模型,以解决复杂模式识别问题。...这些革新使得深度神经网络这样监督式学习方法可以图像或语音识别任务得到有用预测,并且准确性非常好,时常与人工操作相当甚至更好。他说,“它影响将无处不在”。...他说,“训练惊人之处在于,它可能会创建一个模型,这个模型简洁得足以存储并运行在一部手机上,从而使手持计算设备执行超出它计算能力识别任务”。...在手机(或嵌入式系统)上运行云端或者超级计算训练深度学习模型能力意味着每个人都能够使用深度学习。...为了清楚说明此影响,Pradeep指出,“沃森”计算自然语言处理,我们web页面上看到图像识别以及其他深度学习问题影响都无处不在。

52650

骑车不戴头盔识别检测系统

骑车不戴头盔识别检测系统通过GPU深度学习技术,骑车不戴头盔识别检测系统对行驶马路上骑电动摩托车等未戴头盔行为进行抓拍,骑车不戴头盔识别检测系统不经过人为干预自动对上述违规行为进行自动抓拍识别。...骑车不戴头盔识别检测系统技术上采用 Tesnorflow+TensorRT推理组合,精度高速度快更实用。深度学习应用到实际问题中,一个非常棘手问题是训练模型计算量太大。...当allow_soft_placement为True时候,如果运算无法GPU上运行,TF会自动将其放在CPU 上运行。常用并行化深度学习模型方法有两种:同步模式和异步模式。...同步模式解决了异步模式存在参数更新问题,然而同步模式效率却低于异步模式。通过多GPU并行方式固然可以达到很好训练效果,但是一台机器上毕竟GPU个数是有限。...如果需要记忆不提升深度学习模型训练效果,就需要将TensorFlow分布式运行在多台计算机上。TensorFlow集群通过一系列任务(tasks)来执行TF计算图中运算。

87650

微软、英伟达联手推出语言模型 MT-NLP,5300亿参数,现存最大

然而,要充分发挥这些超级计算潜力,需要在数千个 GPU 之间实现并行性,在内存和计算上都高效且可扩展。...然而,现有的并行策略(例如数据、pipeline 或 tensor-slicing)在内存和计算效率方面存在以下权衡,无法用于训练这种规模模型: 数据并行实现了良好计算效率,但它复制了模型状态并且无法利用聚合分布式内存...硬件系统 模型训练是基于英伟达 DGX SuperPOD Selene 超级计算机上以混合精度完成,该超级计算机由 560 个 DGX A100 服务器提供支持,这些服务器以完整胖树配置与 HDR...研究者们使用 min-hash LSH 文档级别使用模糊重复数据删除过程来计算稀疏文档图和其中连接组件以识别重复文档。...阅读理解任务 RACE-h 和 BoolQ 模型根据给定段落生成问题答案。

24210

The Brain vs Deep Learning(完结)

,这个测量是高性能LINPACK(HPL)基准测试每秒浮点运算(FLOPS),它测量系统一秒钟内可以进行多少次计算,比如在数百或数千台计算机上进行分布式密集矩阵操作。...有一个超级计算TOP500列表,就是基于该基准历史列表,用于新超级计算机系统性能主要参考点。...高性能计算社区每个人都知道这一点,但它在这方面的业务例程根深蒂固,当你设计一个新超级计算机系统时,你基本上必须证明你系统将能够TOP 500,以获得该超级计算资金。...它是如此之高,对于一些超级计算机设计,深度学习TOP 500运行速度比台式计算机上运行还慢。为什么会这样?...因为并行深度学习涉及海量参数同步,需要大量网络带宽:如果你网络带宽太慢,那么某些时候深度学习越慢,你需要添加到系统计算机越多。因此,通常相当快非常大系统对于深度学习可能非常慢。

28720

研究人员报告“分布式深度学习”取得突破

赖斯大学和亚马逊计算机科学家采用了利用压缩传感功能方法,表明他们可以节省训练计算机进行产品搜索和类似“ 极端分类问题 ” 所需时间和计算资源。 ?...“极端分类问题”是可能产生许多结果参数,因此有许多参数。...用于极端分类深度学习模型是如此之大,以至于通常必须在有效超级计算机上进行训练,超级计算机是一套链接图形处理单元(GPU),其中参数分布并并行运行,通常需要几天。...与具有类似参数模型相比,分布式方法对模型进行训练所需时间和内存更少。 Medini说:分布式深度学习最重要功能是它不需要并行处理器之间通信。思想实验,这就是分离,独立世界代表。...原则上,您可以一个GPU上训练32个每个,这是使用非独立方法永远无法做到。”

42310

用R和Keras深度学习例子

Windows和Linux并行执行R代码 R并行计算一般概念可以  Package'Parallel '  手册,doParallel和foreach 入门,以及doMC和foreach入门中找到...,存储每个时期减少处理文件列表,以及每个后续时期开始时使用完整列表副本。...在这个实现,您不必担心无意中混合文件 - 每个批次都是通过随机抽样获得。 如上所示, x_y_batch 是16个列表列表,每个列表是两个数组列表。...我们模型,有很多参数: # Total params: 34,540,737 # Trainable params: 34,527,041 # Non-trainable params: 13,696...由于内存不足,您可以批量预测数千个观测值,然后将其保存在一个文件。 结论 本文中,研究表明,使用R用户,也可以跟上时尚趋势,并成功训练深度神经网络。甚至Windows操作系统也无法阻止它!

4.3K00

当下流行分布式文件系统大阅兵

lustre是开放源代码集群文件系统,采取GPL许可协议,目前集群计算机里,计算机与磁盘间数据交换提升无法跟上微处理器和内存增长速度,从而也拖累了应用程序性能,一种新兴集群文件系统软件提高了...I/O速度,可能降低企业购买存储设备成本并改变企业购买存储方式,集群文件系统已经大学、实验室和超级计算机研究中心里使用,而且即将进入通用商业计算市场。...它显著提高了输入输出(I/O)速度,目前已经高校、国家实验室和超级计算研究中心产生了一定影响,未来几年中,它很有可能进入普通商业计算机领域。   ...OpenAFS是围绕一组叫做cell文件服务器组织,每个服务器标识通常是隐藏在文件系统,从AFS客户机登陆用户将分辨不出他们在那个服务器上运行,因为从用户角度上看,他们想在有识别的Unix文件系统语义单个系统上运行...它是一个十分安全基于kerbero系统,它使用访问控制列表(ACL)以便可以进行细粒度访问,这不是基于通常Linux和Unix安全模型。开发协议IBM Public,运行在linux下。

2.3K70
领券