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color pathway 使用指南 : 通路图中标记基因

对于通路分析结果的可视化而言,最常用的展现方式就是通路中高亮显示富集到的基因。kegg 提供了Color Pathway 在线服务,可以方便的完成这一任务。 这个工具使用比较简单,分为4步: Select KEGG pathway map 输入框中输入想要标记的pathway ID ; Enter data中输入需要标记的基因和对应的信息,或者通过选择文件按钮 ,上传对应的文件; Option中选择和上一步输入的文件格式相匹配的操作; 点击Exec按钮,提交任务; 从上面的截图可以看出,这个工具提供了3种标记方式 ,下面我们以hsa05200这条通路为例,看下实际用法 总结 通过color pathway, 我们可以有多种方式通路图中标记我们的基因,可以直接指定颜色,也可以将表达量等数值信息映射到图中。 对于每种输入格式,必须要有#开头的注释行。 color pathway 一次只可以标记1张通路图,不适合大规模的标记

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    单细胞组学-scATAC建库原理及应用

    单细胞标记 单细胞ATAC组学与普通ATAC组学主要的区别是在建库的时候对每个细胞进行标记建库,随后进行文库构建,进行后续分析时可以获得单个细胞的染色质可及性水平。 因此进行单细胞标记时会给每个细胞带上一种磁珠(barcode),给每种细胞进行定性及定量。 应用 scATAC植物上的应用(Marand AP et al, 2021) 研究人员通过对玉米的6个不同的组织(包括腋芽、雄蕊,雌蕊花序、幼苗、胚根尖、胚后冠根)进行单细胞染色质可及性分析,获得了玉米的大部分组织的染色质图谱 发育轨迹的构建表明,多能 Isl1+ CPC 分离成不同的发育分支之前通过吸引子状态,而 Nkx2-5 的扩展表达使 CPC 进入单向心肌细胞命运。 此外,研究人员表明CPC 命运转变与明显依赖于 Isl1 和 Nkx2-5 的不同开放染色质状态相关。该数据提供了单细胞分辨率下心脏祖细胞命运决定过程中的转录和表观遗传调控模型。

    84360

    百度map android sdk3.5实现定位 并跳转的指定坐标,加入标记

    发现百度地图api有了较大变化 定位和3.0版本号差点儿相同 可是设置地图中心和加入maker标记有较大变化 设置地图中心点 // 定义地图状态zoom表示缩放级别3-18 MapStatus mMapStatus 以便描写叙述地图状态将要发生的变化 MapStatusUpdate mMapStatusUpdate = MapStatusUpdateFactory .newMapStatus(mMapStatus ); // 改变地图状态 // 开启定位图层 mMapView.getMap().setMapStatus(mMapStatusUpdate); 加入maker标记 // 定义Maker坐标点 MapStatusUpdate mMapStatusUpdate = MapStatusUpdateFactory .newMapStatus(mMapStatus); // 改变地图状态 / 用于地图上加入Marker OverlayOptions option = new MarkerOptions().position(cenpt).icon( bitmap); // 地图上加入

    15010

    小程序Map组件点聚合功能详细接入步骤和ios、Android真机环境

    首先当然是小程序刚更新没多久的组件map的点聚合功能了,有了点聚合还不够,如何合理的定义地图中心点也非常重要! 最后一个就是标记点markers的callout气泡窗口属性了。 当我们点击标记点的时候就会自动弹出弹窗显示该标记点的一些详细信息 开始接入 点聚合功能 1、wxml中创建地图容器 <map enable-3D id="mapId" class=" 地<em>图中心</em>点的确定 如何在地图有限的空间内十分合理的布局所有的<em>标记</em>点就关系到地<em>图中心</em>点的确定问题了 MapContext.includePoints(Object object)缩放视野展示所有经纬度,这个 希望官方尽快更新一下吧 最终的ios和Android真机环境的界面聚合簇的显示还是会存在一点点小的差异,<em>在</em>效果<em>图中</em>我已经贴出来了 希望我的开发过程可以给大家一些参考,欢迎沟通交流15651712186

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    论文简述 | 融合关键点和标记的基于图优化的可视化SLAM

    提出的扩展卡尔曼滤波器(EKF)的单目摄像机视觉SLAM, 其主要思想是利用状态向量存储摄像机姿态和地标的三维坐标[1]. 0.165米,标记检测采用ArUco库,通过AruCo库可以得到标记中心相对于摄像机的旋转和平移.标记的四个角点的空间坐标可以如图2所示计算,便于我们的测试 ? 图2: ArUco标记, 边长2s. 标记中心的旋转和平移可以通过ArUco库获得 该算法是用g2o语言用C++开发的.实验是一台配备英特尔i57200U处理器和12GB内存的笔记本电脑上进行的. 原始SLAM系统的cost函数只有重投影误差,因此快速运动或低纹理环境中定位精度较差.利用比自然标志更稳定的人工标志,姿态图中构造标志的代价函数和添加标志顶点,使得这些具有关键点重投影误差的顶点可以一起优化 并且通过将目标顶点添加到姿态图中来构造对象的成本函数.这种方法可以帮助进一步提高系统的定位精度,因为对象比关键点更稳定,并且不需要在环境中手动实现放置标记.

    38030

    ICLR 2017 | GCN:基于图卷积网络的半监督分类

    类似地,基于空间域的图卷积将中心节点的表示与相邻节点的表示进行卷积,得到中心节点的更新表示。 引言 考虑图中对节点进行分类:图中只有少数节点被标记,我们的任务是预测未标记节点的标签,这种问题就是图的半监督分类。 这种假设会限制模型的表达能力,因为图中的边不一定需要编码节点相似性,也可能是其它信息。 2. GCN 传统的图卷积: 图片 可以发现,节点的状态向量通过每一层图卷积进行传播时,都乘上了邻接矩阵 图片 ,也就是说节点在更新自己状态向量的同时考虑了邻接节点的信息,但并没有考虑到自身的信息, 可以发现,本文传统图卷积的基础上做了两点创新: 1. 图片 。每个节点强行加上自环,这样节点的状态向量向前传播过程中就能考虑到自身的特征信息。 2.

    10020

    百迈客新品-植物空间转录组的机遇与挑战

    然而植物空间转录组上研究报道并不多,瑞典斯德哥尔摩皇家理工学院Stefania团队Nature Plant(2017)[1] 、Nature Protocols(2018)[2]连续报道了拟南芥花序 经过蔗糖保护的组织可以通过液氮或者异戊烷冷冻包埋,经过处理的包埋块可以进行切片或者超低温保存,后续切片可完整保存植物组织最原始的状态。 和S9表达的基因)和 ATA27 (At1g75940,已知的S11和S12表达的基因)的精确的空间定位可视化,组织区域特异性基因和通路的显著差异,发现雄蕊丝发育通路S11(雄蕊丝伸长的位置)和茎中富集 其中花粉外壁形成途径S10和S11发生改变,在这个阶段,外壁是花粉壁的主要组成部分之一,绒毡层产生并沉积在花粉前细胞上。 我们一直秉承”生物科技创新,服务社会,造福人民”的企业使命,致力于打造“生物科技创新中心”的发展愿景,让生物科技更快,更好的提高人类生活质量。

    45010

    java基于ssm空气质量检测系统源码网站空气质量监测源码

    简介Java基于ssm的空气质量检测系统,检测设备检测一定范围内的企业空气指数,如果有污染则地图显示红色标记。 :个人信息修改,密码修改管理员:1.查询污染提醒(那些监测点变红):查询监测点管理中状态是红色的污染源数据列表(今天);2.污染源查询:将查询出的污染源情况导出(word,excel,txt等)(今天) ;3.污染源管理:管理各个污染源数据,增删查改(历史的);4.监测点管理 :地图上设置监测点的坐标等,勾画监测点。 增删查改;5.企业信息管理 :审核企业录入的企业信息,增删查改;6.个人中心: 维护个人信息、登录、密码修改;企业1.企业中心:企业信息维护修改、登录、密码修改细节:地图选择固定区域,比如重庆巴南区, 监测点分布:监测点视图中显示监测点以及周围的企业,鼠标碰触能显示相关监测点或企业信息.部分截图图片图片图片

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    Golang 语言微服务的服务发现组件 Consul 的系统架构介绍

    03 Consul 系统架构 Consul 官方为我们提供了一张 Consul 系统架构图,在这张图中,我们可以看到包含两个数据中心,分别标记为 DATACENTER 1 和 DATACENTER 每个数据中心中都包含一个 Consul 集群,DATACENTER 1 中的集群由 6 个部署并运行 Agent 的节点组成,其中三个是以 Server 模式运行的,另外三个是以 Client 模式运行的 需要注意的是,每个 Consul 数据中心中的集群,官方建议 Server 模式运行的节点控制 3 至 5 个,因为 3 至 5 个 Server 节点发生故障时,就可以提供一致性和可用性,并且 Server Server 负责基于 Raft 协议选举 Leader,维护集群状态,响应 RPC 查询,与其他 DATACENTER 交换 WAN Gossip,将查询请求转发给 Leader 或远程 DATACENTER Client 是无状态的,负责将所有查询请求转发给 Server,而且 Client 不需要与其他 DATACENTER 交换 WAN Gossip,只需参与 LAN Gossip,资源开销很小,只消耗少量网络带宽

    32020

    google maps api_js调用谷歌浏览器接口

    () 返回类型布尔值 假如地图已经被setCenter()初始化,则返回true. 2.得到地图的数据信息方法: getCenter() 返回类型GLatLng 返回地图中心点的地图坐标 addMapType()该方法必须在构造地图实例之后初始化地图状态时立即执行.地图刚刚构造的时候调用地图其他的方法都将会产生错误. panTo(center) 设置地图的中心点到指定的坐标,假如该点已经在当前的视口之中,则地图中心会滑动到该位置. panBy(distance) 地图滑动指定的像素距离. 12.draggingEnabled() Boolean 假如当前答应用户图中拖拽标记,则返回 true。 假如 unbounded 标记为 true,则表示数字以原始输入状态使用,否则纬度将在 -90 度到 +90 度之间,而经度 -180 度和 +180 度之间周而复始。

    17410

    使用R语言进行异常检测

    在下图中,异常值用红色标记为”+” ? ? ? 类似的,我们也可以将x或y为异常值的数据标记为异常值。下图,异常值用’x’标记为蓝色。 ? 在上图中,x和y轴分别代表第一和第二个主成份,箭头表示了变量,5个异常值用它们的行号标记出来了。 我们也可以如下使用pairsPlot显示异常值,这里的异常值用”+”标记为红色。 ? 使用k-means算法,数据被分成k组,通过把它们分配到最近的聚类中心。然后,我们能够计算每个对象到聚类中心的距离(或相似性),并且选择最大的距离作为异常值。 如下是一个基于k-means算法iris数据上实现在异常检测。 ? ? 在上图中,聚类中心标记为星号,异常值标记为’+’ 对时间序列进行异常检测 本部分讲述一个对时间序列数据进行异常检测的例子。 在上图中,异常值用红色标记为’x’ 讨论 LOF算法擅长检测局部异常值,但是它只对数值数据有效。Rlof包依赖multicore包,Windows环境下失效。

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    识别最优的数据驱动特征选择方法以提高分类任务的可重复性

    通过提取“中心”graph节点,研究者识别出了最可靠并且可重复的FS方法用于目标大脑状态分类任务,同时识别出这些大脑状态的最具识别性的特征。 此外,包括为HCP(Human Connectome Project)项目收集的结构和功能磁共振成像(MRI)数据在内的多中心医学数据的不断增加,对于设计能够不同中心数据中生成可重复的生物标记的特征选择方法提出了前所未有的挑战 识别最具有可重复性的FS方法 图论中,可以使用中心性度量来确定图中节点的重要性。节点中心度的概念旨在量化图中节点的重要性。有趣的是,社会网络分析领域之外,这个概念还没有被广泛探索。 节点中心度是度量图中节点相关性的有力工具。为了解决这一问题,研究者将所谓的图中心性引入到最可重复的FS方法的识别过程中。 这也意味着,在生成的加权图中具有最高节点中心度的节点代表着最具有可重复性的FS方法。 因此,为了识别最具有可重复性的FS方法,算法识别在图S中具有最高的中心度的节点v: ?

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    Illumio六部曲 | 让安全策略更简单

    另一个难题是:真正强制执行安全策略之前,您需要一种方法来测试和建模这些策略。因为我们经常看到客户长期陷入这种状态:他们提交新的安全策略后,只能祈祷这些策略不会破坏他们的应用程序。 图5-应用程序分组(全局视图) 图中可见,我有一个CA(美国加州,California)数据中心图中左上角最大的圆圈),其中包含9个分组和48个工作负载。 另外,我云上还有不同的实例,比如AWS和Azure(图中另外两个圆圈)。这是一个高层级的视图。 图12-跨数据中心混合部署的应用程序 图中还可以看到,两个数据中心的数据库层之间存在活跃通信(即图中两个蓝色大圆圈之间的4条红线)。 虽然这看起来不错,但还不够好。 图19-策略状态的调整 图中可见,有三种策略状态:1)构建(build)模式;2)测试(test)模式;3)强制(enforce)模式。下面将分别介绍。 首先,要从构建(build)模式开始。

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    投稿 | 机器如何理解语言—中文分词技术

    以二元模型为例,图中求解短语“结合成分子”时,分词序列为“结合/成分/子”、“结合/成/分子”的概率分别为: ? 图中,可以通过动态归划的算法算出最后最优的分词序列。 n元语法的分词方法是基于统计的分词算法,它比简单的机械分词算法精度更高,但算法基于现有的词典,因此很难进行新词发现处理。 隐马尔可夫模型中,系统通常在多个状态之间转换,因此状态变量yi的取值范围通常是有N个可能取值的离散空间。 ? 图2:隐马尔可夫模型图解 图中的箭头表示了变量间的依赖关系。 其中tk(yi - 1, yi, x, i)是定义观测序列的两个相邻标记位置上的转移特征函数,用于刻画相邻标记变量之间的相关关系以及观测序列对它们的影响,(yi, x, i)是定义观测序列的标记位置 江永青,浙江大学软件工程专业硕士,曾在盛大创新院负责搜索引擎的索引和检索模块,盛大文学数据中心负责大数据分布式系统、搜索引擎架构、搜索行为分析。

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    达观数据告诉你机器如何理解语言 -中文分词技术

    以二元模型为例,图中求解短语“结合成分子”时,分词序列为“结合/成分/子”、“结合/成/分子”的概率分别为: ? 图中,可以通过动态归划的算法算出最后最优的分词序列。 n元语法的分词方法是基于统计的分词算法,它比简单的机械分词算法精度更高,但算法基于现有的词典,因此很难进行新词发现处理。 隐马尔可夫模型中,系统通常在多个状态之间转换,因此状态变量yi的取值范围通常是有N个可能取值的离散空间。 ? 图2:隐马尔可夫模型图解 图中的箭头表示了变量间的依赖关系。 其中tk(yi - 1, yi, x, i)是定义观测序列的两个相邻标记位置上的转移特征函数,用于刻画相邻标记变量之间的相关关系以及观测序列对它们的影响,(yi, x, i)是定义观测序列的标记位置 江永青,浙江大学软件工程专业硕士,曾在盛大创新院负责搜索引擎的索引和检索模块,盛大文学数据中心负责大数据分布式系统、搜索引擎架构、搜索行为分析。

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    自动驾驶综述|定位、感知、规划常见算法汇总

    映射器模块接收离线地图和状态作为输入,并生成在线地图作为输出。该在线地图通常是离线地图中的信息和使用传感器数据和当前状态在线计算的占用网格地图的合并。 LFL中,地图半自动计算,提供道路标记特征(水平道路信号)的全局几何表示。通过检测从摄像机图像的鸟瞰图中提取的道路标记特征并将其与存储图中的水平道路信号相关联,将当前摄像机图像与地图匹配。 从1到16的代码表示单元格到车道中心的相对距离,以及单元格中存在的车道标记类型(断开、实心或无)。 IARA的RDDF路径包含间距为0.5米的航路点,并通过奖励靠近车道中心的单元格的算法自动从道路网格地图中提取。 DNN将LIDAR缓解栅格地图分割为道路栅格地图,将非零代码(从1到16)分配给属于车道的地图单元,这些单元表示到车道中心的相对距离和单元中车道标记的类型。

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    使用nanoLinux中编辑文件

    与基本的文本编辑相比,nano提供许多额外的特性,例如:交互式的查找和替换,定位到指定的行列,自动缩进,特性切换,国际化支持,以及文件名标记完成。本教程中,我们将介绍一些帮助您入门的基本知识。 在此示例中,我们将使用sudo权限打开系统的hosts文件: sudo nano /etc/hosts 使用上面的示例打开系统主机文件,结果类似于以下内容: 默认视图中,nano将在顶部标题栏的中心显示正在编辑的文件 底部,快捷方式列表显示常用命令,其中^代表CTRL键。要保存,按住CTRL并按O(对于Write * O * ut); 按CTRL + X退出。 请注意,某些命令会在位于底部的快捷方式列表正上方引发状态栏。例如,保存文件和运行搜索(CTRL + W)时会出现状态栏。

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