在NGS的数据分析中，去除PCR重复序列是一个常见的分析步骤，无论是WES/WGS的snp calling，还是chip_seq, ATAC_seq，都需要对原始的bam文件进行过滤，去除其中的PCR重复序列...在samtools中也提供了去除PCR重复的命令markdup, 该命令对输入的bam文件有以下两点要求 必须是经过samtools fixmate命令处理之后的文件 必须是按照比对上染色体坐标位置排序之后的文件...另外，由于fixmate命令要求输入的bam文件为按照read name,即序列名称排序之后的文件，所以在使用markdup命令时，需要以下4步转换过程 # 第一步，按照read name排序bam文件...input.bam # 第二步，运行markdup命令 sambamba markdup positionsort.bam markdup.bam 除了这三种方法之外，还有很多的工具可以去除PCR重复序列...，只不过这3种方法最为常见，其中sambamba的操作速度最快，推荐使用。
我想在MySQL数据库中提取重复记录。...我试图避免做第一个，然后在代码中用第二个查询查找重复项。...---- #1楼 参考：https://stackoom.com/question/3aCG/在MySQL中查找重复记录 ---- #2楼 Another solution would be to...在这种情况下，您真正要做的就是获取原始列表表，从中创建两个p后端表-p 1和p 2 ，然后在address列上执行联接（第3行）。...第四行确保同一条记录不会在您的结果集中多次出现（“重复重复”）。
在本文中将介绍rdfind命令工具在linux中查找和删除重复的文件，使用之前请先在测试环境跑通并对测试环境进行严格的测试，测试通过之后再在生产环境进行操作，以免造成重要文件的丢失，数据是无价的。...Rdfind来自冗余数据查找，用于在多个目录或者多个文件中查找重复的文件，它使用校对和并根据文件查找重复项不仅包含名称。 Rdfind使用算法对文件进行分类,并检测那些是重复文件，那些是文件副本。...ds Image]# drfind /Image/ [root@ds Image]# Rdfind 命令将扫描 /Image 目录，并将结果存储到当前工作目录下一个名为 results.txt 的文件中。...你可以在 results.txt 文件中看到可能是重复文件的名字。 通过检查 results.txt 文件，你可以很容易的找到那些重复文件。如果愿意你可以手动的删除它们。...使用硬链接代替所有重复文件，运行： [root@ds Image]# rdfind -makehardlinks true /Image [root@ds Image]# 使用符号链接/软链接代替所有重复文件
接下来，本文将介绍在 TypeScript 项目开发过程中，如何参考 DRY 原则尽量减少重复代码。...那么如何避免出现例子中的重复代码呢？...recentFiles: State['recentFiles']; }; 在上面代码中，我们通过成员访问的语法来提取对象中属性的类型，从而避免重复定义接口中相关属性的类型。...: T[P]; }; 在以上代码中，首先通过 keyof T 拿到 T 的所有属性名，然后使用 in 进行遍历，将值赋给 P，最后通过 T[P] 取得相应的属性类型。中间的 ?...： type Options = typeof INIT_OPTIONS; 此外，在使用可辨识联合（代数数据类型或标签联合类型）的过程中，也可能出现重复代码。
有些时候我们需要设计到字典转换成JSON序列化到文件，或者从文件中读取JSON。简单备忘一下。 Dict转JSON写入文件 1 2 3 4 5 #!
序列比对是生物信息学分析中的常见任务，包含局部比对和全局比对两大算法，局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。...在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。...在biopython中，为不同格式，不同软件提供了统一的接口，方便我们的使用 1....读取多序列比对结果 通过Bio.AlignIO模块来对多序列比对结果进行读写，其中的parse方法用于从文件句柄中读取多序列比对的内容，用法如下 >>> from Bio import AlignIO...运行多序列比对程序 为了简化调用，在Bio.Applicaitons模块中，提供了各种应有的调用接口。
时间序列数据是一种在一段时间内收集的数据类型，它通常用于金融、经济学和气象学等领域，经常通过分析来了解随着时间的推移的趋势和模式 Pandas是Python中一个强大且流行的数据操作库，特别适合处理时间序列数据...它提供了一系列工具和函数可以轻松加载、操作和分析时间序列数据。...在本文中，我们介绍时间序列数据的索引和切片、重新采样和滚动窗口计算以及其他有用的常见操作，这些都是使用Pandas操作时间序列数据的关键技术。...数据类型 Python 在Python中，没有专门用于表示日期的内置数据类型。一般情况下都会使用datetime模块提供的datetime对象进行日期时间的操作。...', '2022-01-10') 常见数据操作 下面就是对时间序列数据集中的值执行操作。
List中有两个一样的元素，想把两个都去除，用remove和removeall都不行，list中是对象，distinct好像也不太好使，还请各位帮忙解答一下。...> public static class EnumerableExtensions { /// /// 按指定字段排除重复项
题目 给定一个目录信息列表，包括目录路径，以及该目录中的所有包含内容的文件，您需要找到文件系统中的所有重复文件组的路径。 一组重复的文件至少包括二个具有完全相同内容的文件。...输入列表中的单个目录信息字符串的格式如下： "root/d1/d2/......该输出是重复文件路径组的列表。 对于每个组，它包含具有相同内容的文件的所有文件路径。...您可以假设目录名、文件名和文件内容只有字母和数字，并且文件内容的长度在 [1，50] 的范围内。 给定的文件数量在 [1，20000] 个范围内。...如何确保您发现的重复文件不是误报？
参考链接： C++程序查找三个数字中最大的数字 本人在学习潭浩强的C++程度设计一书时，看到如下一道练习题： 编写程序，在被调函数中删去一维数组中所有 相同的数，使之只剩一个，数组中的数已按由 小到大的顺序排列...，被调函数返回删除后数组 中数据的个数。...思路： 一、从数组后面开始，去掉所有重复的； PS：本人的做法是将重复的置为0。 二、将散乱分布的非零元素整理到一起，同时统计数据个数； 三、打印数组，并return 数据个数。
关于我 作者博客|文章首发 golang对json序列化和反序列化的操作实在是难受，所以说用习惯了高级语言特性，再转到这些偏原生的写法上就会很难受。 不多BB，开始记录。...但是如果是在实际项目中使用，且伴随着高并发，大容量等场景，我还是推荐使用json-iterator。...https://github.com/json-iterator/go 效率对比 ns 纳秒 op 操作 ns/op allocation bytes allocation times std decode...= nil { fmt.Printf("unmarshal err=%v\n", err) } 结构体数组 俩种方式，一种直接反序列化成 结构体数组，另一种反序列化为 slice，内容为map[string...map,不需要make，因为make操作被封装到Unmarshal函数 err := json.Unmarshal([]byte(str), &slice) if err !
文件操作 引用打开的工作簿 使用索引号（从 1 开始） Workbooks(1) 使用工作簿名称 Workbooks("1.xlsx") 创建一个 EXCEL 工作簿对象 Dim wd As Excel.Application...As String file = Dir("E:\MyPictures\Pic\logo.gif") If file "" Then MsgBox "文件存在" Endif 格式操作....AutoFilter End With 获取或者设置单元格背景色 MyWorkSheet.Cells(i, j).Interior.ColorIndex 让某表格选中的单元格变成指定颜色 在...thisworkbook 中添加如下代码段： Private Sub Workbook_SheetSelectionChange(ByVal Sh As Object, ByVal Target As...ActiveSheet.UsedRange.Interior.ColorIndex = 0 Target.Interior.ColorIndex = 6 End If End Sub 在单元格里回车
在SQL中连接和复杂操作 在SQL的世界中，我们可以将数据操作比作是在组织一场盛大的宴会。你作为宴会的组织者，需要根据来宾们的特点和需求，将他们安排在合适的位置上。...连接操作就像是在为来宾们安排座位，根据他们在不同的表中是否有对应的记录，来决定他们能否坐在一起。 内连接（INNER JOIN）：内连接就像是将只有在两个表中都有对应记录的来宾安排在一起。...在SQL中，我们可以使用INNER JOIN关键字来实现这种操作。...左连接（LEFT JOIN）：左连接就像是将左表中的所有来宾都安排上座位，无论右表中是否有对应的来宾。在SQL中，我们可以使用LEFT JOIN关键字来实现这种操作。...右连接（RIGHT JOIN）：右连接就像是将右表中的所有来宾都安排上座位，无论左表中是否有对应的来宾。在SQL中，我们可以使用RIGHT JOIN关键字来实现这种操作。
在 Linux 系统上管理日志文件可能非常容易，也可能非常痛苦。这完全取决于你所认为的日志管理是什么。...在这篇文章中，我们将看看日志轮换是如何工作的，以及一些最相关的日志文件。 自动日志轮换 日志文件是经常轮转的。当前的日志会获得稍微不同的文件名，并建立一个新的日志文件。以系统日志文件为例。...syslog.7.gz 文件将被从系统中删除，syslog.6.gz 将被重命名为 syslog.7.gz。...从头到尾读取日志文件几乎不是一个好的选择，但是当你想了解你的系统运行的情况或者需要跟踪一个问题时，知道如何从日志文件中获取信息会是有很大的好处。这也表明你对每个文件中存储的信息有一个大致的了解了。
差分是一个广泛用于时间序列的数据变换。在本教程中，你将发现如何使用Python将差分操作应用于时间序列数据。 完成本教程后，你将学到： 关于差分运算，包括延迟差分的配置和差分序列。...对于有周期性成分的时间序列，延迟可能是周期性的周期(宽度)。 差分序列 执行差分操作后，如非线性趋势的情况下，时间结构可能仍然存在。 因此，差分过程可以一直重复，直到所有时间依赖性被消除。...另一个改进是能够指定执行差分操作的时间顺序或次数。 以下示例将手动difference（）函数应用于洗发水销售数据集。...就像前一节中手动定义的差分函数一样，它需要一个参数来指定间隔或延迟，在本例中称为周期（periods）。 下面的例子演示了如何在Pandas Series对象上使用内置的差分函数。...使用Pandas函数的好处需要的代码较少，并且它保留差分序列中时间和日期的信息。 ? 总结 在本教程中，你已经学会了在python中如何将差分操作应用于时间序列数据。
PHP 序列化方法 我们知道数据库只能存储数字，文本和日期这些类型的数据，那么将数组和对象直接存储到数据库最好的方法是序列化，PHP 提供了 serialize() 函数将数组或者对象转成序列化字符串：...:{i:0;s:5:"apple";i:1;s:6:"banana";i:2;s:6:"orange";} 但是 PHP 默认的 serialize() 和 unserialize() 函数有个问题，在序列化的时候...，不会判断是否已经序列化过了，或者在序列化数组恢复成数组的时候，也不会判断这是不是序列化数组。...但是: maybe_serialize() 在进行序列化的时候，如果要序列化的数组或对象已经被序列化过了，就不会再次进行序列化，直接返回已经序列化的字符串。...) ) { if ( is_serialized_string( $data ) ) { // do something } } 另外，很重要一点，但是 WordPress 已经把很多数据库的操作透明化了
2021 03/25基因日签 Alu家族具有许多广泛分布的 散在重复序列成员 .壹....关键概念 哺乳动物基因组中重复DNA的绝大部分是由组织形式上像转座子、来源于RNA聚合酶Ⅲ转录物的单一家族的重复序列所构成。...在人类基因组中，存在大量的长约300bp的中度重复序列，它广泛分布在非重复DNA序列之间，至少一半退火的双链体DNA能被限制性内切核酸酶Alu Ⅰ切割，切割位置在序列的170bp附近。...在人类基因组中约存在100万个成员（相当于每3kbDNA就有一个），其单个成员广泛分布；在小鼠中，与Alu序列相关的序列称为B1家族（约有35万个）；在中国仓鼠中，它被称为Alu样家族（Alu-equivalent...family）；它也存在于其他哺乳动物中。
2023-10-14：用go语言，给定 pushed 和 popped 两个序列，每个序列中的 值都不重复， 只有当它们可能是在最初空栈上进行的推入 push 和弹出 pop 操作序列的结果时， 返回...3.在入栈后，检查栈顶元素是否与popped[j]相等。若相等，则表示栈顶元素需要出栈，因此将栈顶元素出栈，同时j自增1。 4.重复步骤2和步骤3，直到遍历完pushed数组。...在每次遍历中，判断栈顶元素是否需要出栈的时间复杂度为O(1)。因此，总的时间复杂度为O(n)。 空间复杂度分析：仅使用了常数级别的额外空间，因此额外空间复杂度为O(1)。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
腾讯会议
云直播
对象存储
