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论文精读系列:rotated-binary-neural-network(RBNN)

DNN(deep neural networks)在计算机视觉任务中取得了很好的效果,比如图像分类、目标检测、实例分割等。不过,大量的参数和计算的复杂度带来的高存储和高计算性能的限制,使得DNN很难应用在一些低性能的设备上。为了解决这个问题,提出了很多压缩技术:network pruning,low-rank decomposition,efficient architecture design,network quantization。其中,network quantization将全精度(full-precision)网络中的权重和激活值转换成低精度的表达。其中一个极端的情况就是 binary neural network(BNN 二值神经网络),它将权重和激活值的数值限制在两个取值:+1和-1。如此,相比全精度的网络,BNN的大小可以缩小32倍(全精度网络中一个双精度数值用32bit表示,BNN中一个数值用1bit表示),并且使用乘法和加分的卷积运算可以使用更高效的 XNOR 和 bitcount 运算代替。

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1. c6--环结构补氢

PDB(Protein Data Bank)是一种最常用于存储蛋白质结构的文件。而我们在研究蛋白质构象时,往往更多的是考虑其骨架,因此在很多pdb文件中直接去掉了氢原子。但是在我们构建蛋白质力场时,又需要用到这些氢原子。因此这个流程就变成了,在预测蛋白质构象时,不考虑氢原子,然后在力场构建的步骤去添加氢原子。由于氢原子的位置相对其连接的重原子来说,是相对比较固定的,而且最低能量位置也比较容易找到。因此常见的策略是,先在大致合理的位置补充上氢原子,再通过能量优化算法去优化氢原子的位置,使其处于一个更加合理的最终位置。而我们得到了这个氢原子的最终位置和重原子的位置之后,就可以对该蛋白质进行分子动力学的演化。本文主要介绍上述提到的,为蛋白质分子在大致合理的位置添加氢原子的算法。

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