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【R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据例。...关于这套临床数据下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper...duplicated(clin$case_submitter_id) #提取非重复样本临床信息 clin=clin[index,] 可以得到如下临床信息表 前面给大家讲过☞肿瘤TNM分期,我们知道组织病理分期分成...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾...参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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Postgresql 理解cache postgres意义 与 share buffer 到底设置多大性能最好

POSTGRESQL 数据库CACHE 要接受什么,数据,以及索引,这些信息已8KB块存储磁盘上,需要处理时候,需要将他们读入4KB存储单元CACHE 。...PG 通过postmaster 每一个数据库数据访问分配一个基于他下面的子进程,并且这些进程访问 share buffer后,基于LRU算法会让这些数据持续缓冲,当这些数据一定时间不再需要后...我们做一个实验,看看数据在内存中和不再内存查询差别(以下实验传统SATA磁盘系统) 我们灌入5000万数据到PG数据库。通过语句我们可以查出表在内存数据块数量。...通过pg_prewarm 将数据加载进缓存。 可以看到这次查询时间仅仅需要2秒钟 执行计划也没有什么不同。此时这就能证明,数据buffer 和不再buffer巨大区别....pgbench -i --unlogged-tables -s 500 -U postgres -p 5432 -d pgbench 之前写一篇与这个有关文字 PostgreSQL 自己 DB buffer

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解决laravelleftjoin带条件查询没有返回右表NULL问题

问题描述:使用laravel左联接查询时候遇到一个问题,查询带了右表一个筛选条件,导致结果没有返回右表记录。...- leftJoin('class as c','c.user_id','=','u.user_id') - where('c.status','=',2) - get(); 解决方案: 1.mysql...角度上说,直接加where条件是不行,会导致返回结果不返回class空记录,正确是写法应该是 select u.user_id,c.class from users u left join class...里这个mysql表达式写法是怎样,我查阅了多个手册。。。...以上这篇解决laravelleftjoin带条件查询没有返回右表NULL问题就是小编分享给大家全部内容了,希望能给大家一个参考。

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一日一技:Python别人函数设定默认参数

使用一些科学计算库时,我们会发现他们动不动就十几二十个参数。这些参数太多了,以至于有一些参数我们甚至根本不会修改,但是又不得不添加上去。...if f: s = s ** 2 if not g: return s else: return s / 2 calc(1, 2, 3, 4) 调用时候...现在问题来了,你调用是别人已经定义好函数,假设它有7个参数,但是你只需要修改第3,4个参数。而第一个参数始终固定是1,第二个参数始终是2,此时有没有什么简单写法呢?...这样就实现了,虽然和直接调用 calc(1,2,3,4)效果一样,但是我们在后面写代码时候都只需要传入两个参数,大大简化代码。...例如: simple_calc = partial(calc, 1, f='test', g=True) 此时就指定了第1个参数1,名为f参数test,名为g参数True。

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​以边中心时变功能脑网络及其自闭症应用

研究第二部分结果表明,CN和ASD,大脑区域集体共同波动峰值振幅大小(估计边时间序列平方根(RSS)是相似的。然而,相对于CN, ASDRSS信号波谷到波谷持续时间更长。...然而,大脑尺度功能组织秒级较短时间尺度上变化。为了捕捉这些变化,许多研究使用动态或时变FC (tvFC)较短时间间隔内估计FC。大多数情况下,tvFC是使用滑动窗口方法估计。...他们还可能将伪迹引入时变FC估计,例如,通过混叠效应。也许最严重是,滑动窗口方法使得不可能将FC更改精确地定位到特定时刻。窗口本质意味着FC间隔内接收来自所有点贡献。...该方法将FC分解其精确帧贡献,每个时间点生成节点对之间共波动幅度估计值,从而避免了滑动窗口需要。...接下来,我们确定了RSS信号波谷,并定义了两种峰值振幅(两个波谷之间最高峰值)和波谷到波谷持续时间。RSS信号波谷(这里指局部极小值)定义波谷值低于其两个直接相邻波谷值时间点。

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进阶数据库系列(二十三):PostgreSQL 性能优化

但在大多数现代设备,通常需要增大此参数值才能获得最佳性能。 建议设置值机器总内存大小25%,但是也可以根据实际情况尝试设置更低和更高值。实际值取决于机器具体配置和工作数据量大小。...在生产环境,将shared_buffers设置较大值通常可以提供非常好性能,但应当时刻注意找到平衡点。...一个索引代价估计,更高数值会使得索引扫描更可能被使用,更低数值会使得顺序扫描更可能被使用。...如果有多个用户尝试执行排序操作,则系统将为所有用户分配大小work_mem *总排序操作数空间。全局设置此参数可能会导致内存使用率过高,因此强烈建议会话级别修改此参数值。默认值4MB。...因为有部分优化选项默认SQL测试语句中没有体现出它优势,如果到实际测试,提升应该不止30%。

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Adv Drug Deliver Rev|AI和ML药物递送应用:以传染病治疗

(4) 通过移动或临床可用设备嵌入计算软件,它可以护理点运行,成为抗感染药物递送方法临床决策实用工具。...某种距离度量下,对一个测试样本预测会考虑到其最近k个训练样本点类型。例如,其最近k个训练样本,A类占多数,B类占少数,则待预测样本点类型就有很大概率被预测A类。...AI预测耐药性主要研究 大多数研究,人工智能算法被用于确定每种病原体对抗生素耐药性分类(即敏感、中间或耐药)。...与传统药代动力学建模不同,AI可以通过处理许多观测数据和发现数据模式来估计未知值,从而可以不知道药物体内代谢规则情况下估计药物药代动力学参数。...不同AI模型抗菌药物递送任务上表现对比 特征提取方法因输入数据类型而异。对基因组而言,将病原体基因组数据组装并分裂k-mers,作为机器学习模型训练输入特征。

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Genome Biology | VIPER:单细胞RNA测序精确基因表达恢复进行保留变异插补

本文开发了一种方法,VIPER,单细胞RNA测序研究插补零值,以促进在单细胞水平上准确转录组测量实现。...但是,由于RNA转录组数量较少以及基因表达随机性,scRNA-seq数据中有很高概率将非零值判断零,这被称为“dropout”事件。...(2%,5%,或10%) 非零值,并将这些值遮盖零,以生成一个新基因表达矩阵。...然后依次每个细胞群计算批量RNA测序表达值与从插补scRNA-seq数据获得平均基因表达值之间相关性 (图5 A和B)。...scRNA-seq数据定量插补基因表达 3.4 准确插补有助于可复现差异性表达分析 本实验将重点放在从Cell Type数据检测不同细胞亚群之间差异表达基因。

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Postgres15-新特性-利用pg_walinspect对WAL事件进行debug

第一印象是 wal 记录数量很多:仅针对几个 SQL 操作就生成了 100 条记录。如果wal_level设置logical,记录数会增加(如果设置minimal则记录数当然会减少)。...一般统计 可以使用pg_get_wal_stats函数查看LSN间隔一般统计信息: postgres=# select * from pg_get_wal_stats('0/157BA88', '0...此外,由于Btree索引占用WAL大小最大,但没有SQL语句示例定义任何btree索引,因此这些活动可能与pg_class索引有关。...有关每个含义更多详细信息,请参见:Postgres 源代码rmgrlist.h和rmgrdesc文件头文件。...注意:执行一些相关 SQL 语句时,尽可能了解包括事务块(BEGIN…COMMIT/ROLLBACK)是有帮助

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PageObject(PO)设计模式 UI 自动化实践总结(以 QQ 邮箱登陆例)

同样行为不同结果可以建模不同方法 这个就比较好理解了,拿最简答登录场景来说: 同样行为: 无论输入账号密码正确与否,都是按照输入账号密码,点击登录这样行为去操作 不同结果:账号密码错误和正确得到登录响应一定是不同...建模不同方法:对于登录页来说,就可以根据登录信息正确与否建模出正确登录、账号错误登录、密码错误登录等方法了 不要在方法内加断言 对一个测试用例执行结果进行判断一定是测试用例里,方法只是提供给我们业务上需要操作...1.3 PO做法和优点 1.3.1 PO做法总结 以页面单位独立建模 隐藏实现细节 本质是面向接口编程 1.3.2 基于POM用例组织结构 page :完成对页面的封装 driver :完成对...不如动手,下面以QQ邮箱登录例,演示PO模式UI自动化应用 2.1 登录场景预设 登录页面提供login功能——LoginPage类+login方法 登录页面内有多少元素并不关心,隐藏内部细节...,由于这里并未演示登录后操作,所以类无具体方法实现,仅作为loginSuccess后返回对象 package poshow.page; public class MainPage extends

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【DB笔试面试453】Oracle,如何让日期显示“年-月-日 时:分:秒”格式?

题目部分 Oracle,如何让日期显示“年-月-日 时:分:秒”格式?...答案部分 Oracle日期默认显示以下格式: SYS@PROD1> select sysdate from dual; SYSDATE --------- 22-DEC-17 阅读不方便,此时可以通过设置...NLS_DATE_FORMAT来让日期显示更人性化,可以有如下几种方式: ① 会话级别运行命令:“ALTER SESSION SET NLS_DATE_FORMAT='YYYY-MM-DD HH24:...MI:SS';”,只会话级别起作用。...About Me:小麦苗 ● 本文作者:小麦苗,只专注于数据库技术,更注重技术运用 ● 作者博客地址:http://blog.itpub.net/26736162/abstract/1/ ● 本系列题目来源于作者学习笔记

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PageObject(PO)设计模式 UI 自动化实践总结(以 QQ 邮箱登陆例)

UI 自动化测试过程,面对复杂业务场景,经常会遇到这样挑战: 简单录制/回放速度快,但无法适应复杂场景; 编写自动化测试脚本比较灵活,但工作量大且可维护性差; 以往封装技术(PageObject...)可以适应各种 UI 场景,但结构松散,无法多项目中迁移; 因此,测试团队通常还需要一种定制测试框架,用以弥补现有框架缺点。...由于测试框架基于 PageObject 设计模式,主要方向 PO 改进,数据驱动,异常处理等,比如: 测试数据数据驱动:将数据存储到外部 yaml 文件,利用 yaml 工具进行数据读取; 数据步骤数据驱动...,比如下面代码 goto_search_page 封装了点击搜索并跳转到 Search 页: Search 模块可以搜索一支股票,还可以获取股票价格,比如下图: 封装代码如下: 最后对上述代码建立测试...PageObject(PO)设计模式 UI 自动化实践总结(以 QQ 邮箱登陆例)

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实现杂记(27):解决onCreate()过程获取Viewwidth和Height04种方法

来确定别的view布局,但是onCreate()获取viewwidth和height会得到0.view.getWidth()和view.getHeight()0根本原因是控件还没有完成绘制,你必须等待系统将绘制完...viewLayout发生变化时候被调用(比如某个View被设置Invisible),所以得到你想要宽高后,记得移除onGlobleLayoutListener: SDK Lvl < 16...setContentView()被调用后,事件队列中会包含一个要求重新layoutmessage,所以任何你post到队列东西都会在Layout发生变化后执行。...2、语法很简单 3、重写ViewonLayout方法 这个方法只某些场景实用,比如当你所要执行东西应该作为他内在逻辑被内聚、模块化view,否者这个解决方案就显得十分冗长和笨重。...onLayout方法会调用很多次,所以要考虑好在这个方法要做什么,或者第一次执行后禁用掉你代码。

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POSTGRESQL COPY 命令导入数据,你还另一个更快方案!

实际上copy 命令格式主要由三个部分组成 1 标识copy命令 2 message size 标定 3 数据包(数据流) 实际上COPY 命令数据传入是以数据流方式进入到数据库...这个工具主要特点是跨过了 shared buffers, 跨过 shared buffers 情况下将数据导入到数据库。同时新版本还具有了 ETL 部分功能。...,固话操作 3 可以加入一些options 将操作灵活化 下面的命令意思,导入CSV文件,并且间隔符号是 竖线,同时将原表数据先清空后,不跳过buffer 情况下导入数据。...pg_bulkload -i /home/postgres/bulk.txt -O tb_asher -l /home/postgres/t_output.log -P /home/postgres...我们尝试通过pg_blukload 加载数据,通过下图可以看到,并未走日志,也证实了通过pg_blukload 默认数据是不会加载到 shared_buffer 事实 所以基于数据仓库,或大量数据导入情况下通过

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