生信技能树-数据挖掘课程笔记 数据类型 数值型 (numeric) 1.1 2 30 字符型 (character) "a" "bb" "ccc" 逻辑型 (logical) TRUE T FLASE F NA 变量赋值 string = "hello,world" string <- "hello,word" 比较运算 比较运算的返回值是逻辑值TURE 、FALSE > 大于 < 小于 >=小于等于 >=大于等于 == 等于 !=不等于 注意区分赋值= 与逻辑值判断的等于== 逻辑值关系 &有一者
作者：ANKIT CHOUDHARY 翻译：张媛 术语校对：冯羽 文字校对：谭佳瑶 本文共3933字，建议阅读9分钟。 本文带大家了解因子分解机算法并解析其优势所在，教你在python中实现。 介绍 我仍然记得第一次遇到点击率预测问题时的情形，在那之前，我一直在学习数据科学，对自己取得的进展很满意，在机器学习黑客马拉松活动中也开始建立了自信，并决定好好迎接不同的挑战。 为了做得更好，我购买了一台内存16GB，i7处理器的机器，但是当我看到数据集的时候却感到非常不安，解压缩之后的数据大概有50GB - 我
在进行数据处理和分析时，我们经常会使用Python的NumPy库来处理数组和矩阵。然而，在将NumPy数组转换为JSON格式时，有时会遇到一个常见的错误：Object of type 'ndarray' is not JSON serializable。这个错误意味着NumPy数组不能直接被转换为JSON格式。
功能区：提供三个选项卡（主页，绘图，应用程序），各自有不同的工具可供使用；快速访问工具栏：包含一些常用按钮；当前文件夹工具栏：用于实现当前文件夹的操作。一定要先建立文件再将其设为工作文件夹。
在微生物组学数据分析之前，我们常常需要根据数据量纲的不同以及分析方法的需要对数据进行各种预处理，也即数据标准化。数据标准化的目的是使数据的总体符合某种要求，例如使数据总体符合正态分布以方便参数检验、使数据范围相同以方便比较分析、使数据分布均匀以方便作图展示等。我们必须知道不同标准化方法的内涵，从而在实际研究中可以选择正确的数据标准化方法。
数组是编程中的基本数据结构，使我们能够有效地存储和操作值的集合。Python作为一种通用编程语言，提供了许多用于处理数组和矩阵的工具和库。特别是，在处理表格数据或执行需要二维结构的操作时，将 1−D 数组转换为 2−D 数组的能力是一项基本技能。
•一、DataFrame•二、指定字段转换为DataFrame •2.1 CYPHER语句 •2.2 Python转换代码•三、将一个图转换为DataFrame •3.1 CYPHER语句 •3.2 Python转换代码
在进行数据处理和交互时，经常会遇到将数据转换为JSON格式的需求。然而，有时候在尝试将某些数据类型转换为JSON时，可能会遇到TypeError: Object of type 'float32' is not JSON serializable的错误。本文将介绍这个错误的原因以及如何解决它。
数据集所需的特定数据准备工作取决于数据的具体情况，比如变量类型，以及数据建模算法对数据的期望或要求。
# 人工智能:预测,分类 # 人工智能: # 自动的工作 # 机器学习(包含深度学习) # 以前的限制因素:计算能力,数据,算法发展 # 用途: # 图像识别 # 识别图片中不同的地方(医学CT) 不用人工识别 # 图片艺术化(可以替代ps) # 无人驾驶 # 人脸识别 # 自然语言处理 # 语音识别 # 自动写报告 # 传统预测 # 性能评估 # NLP # 推荐系统 # 机器学
在python中，“np”一般是指“numpy”库，是第三方库“numpy”的别名。方法：利用命令“import numpy as np”将numpy库取别名为“np”。
二维码（QR code）是一种用于快速读取和存储信息的矩阵式二维码符号。它是由日本Denso公司于1994年9月研制的一种条码技术，具有高效、可靠、灵活和广泛等特点。
这篇文章将会详细介绍格拉姆角场 （Gramian Angular Field），并通过代码示例展示“如何将时间序列数据转换为图像”。
传统的机器学习 (ML) 技术在生成用于组学分析的预测模型方面取得了部分成功，但在处理数据内的潜在关系以实现更准确的预测方面存在局限性。2024年2月，《Journal of Human Genetics》发表综述文章，探讨了通过应用深度学习 (DL)，特别是卷积神经网络 (CNN)，预测建模发生的革命性转变。
本文介绍在C++语言中，矩阵库Armadillo的mat、vec格式数据与计算机视觉库OpenCV的Mat格式数据相互转换的方法。
文章导读：宏基因组研究日益广泛，但其定量分析一直面临很多困难。这篇文章系统的总结了宏基因组流程中影响定量分析的各个方面，尤其是数据的组合性以及样品微生物负荷的变化。这篇文章的亮点在于将对定量分析的干扰细化到不同生态场景的微生物群落，甚至是不同类群，帮助我们深入了解宏基因组数据结构，正确认识下游分析中数量关系的可靠性，避免在研究中做出错误的研究结论（而这些错误结论在以往研究中可能并不罕见）。
前不久对于Python输入二维数组有些不解，今日成功尝试，记以备忘。这里以输入1-9,3*3矩阵为例
PyTorch 最近已经出现在我的圈子里，尽管对Keras和TensorFlow感到满意，但我还是不得不尝试一下。令人惊讶的是，我发现它非常令人耳目一新，非常讨人喜欢，尤其是PyTorch 提供了一个Pythonic API、一个更为固执己见的编程模式和一组很好的内置实用程序函数。我特别喜欢的一项功能是能够轻松地创建一个自定义的Dataset对象，然后可以与内置的DataLoader一起在训练模型时提供数据。
摘要： 本文主要讲述了如何在python中用七步就能完成中数据准备。 上图为CRISP-DM模型中的数据准备 下面七个步骤涵盖了数据准备的概念，个别任务以及从Python生态系统中处理整个任务过程的不同方法。 维基百科将数据清洗定义为： 它是从记录集、表或者数据库检测和更正（或删除）损坏或不正确的记录的过程。指的是识别数据的不完整、不正确、不准确或不相关的部分，然后替换、修改或删除它们。数据清洗（data cleaning）可以与数据整理（data wrangling）的工具交互执行，也
通过数据预处理使得数据适应模型的需求。sklearn中进行数据预处理的模块包括如下两种：
进制转换
今天上 GitHub 看到 Hadley Fork 了我的仓库，这是什么鬼？难道他对生信有了兴趣？？
判别分析包括可用于分类和降维的方法。线性判别分析（LDA）特别受欢迎，因为它既是分类器又是降维技术。二次判别分析（QDA）是LDA的变体，允许数据的非线性分离。最后，正则化判别分析（RDA）是LDA和QDA之间的折衷。
本文介绍了如何使用Tensorflow实现Word2Vec的Skip-Gram模型进行训练，并使用NCE Loss进行优化。同时，还介绍了如何使用Cosine Similarity计算文本相似度，并调用sklearn的TSNE模块进行降维。
这是2018年度业余主要学习和研究的方向的笔记：大数据测试 整个学习笔记以短文为主，记录一些关键信息和思考 预计每周一篇短文进行记录，可能是理论、概念、技术、工具等等 学习资料以IBM开发者社区、华为开发者社区以及搜索到的相关资料为主 我的公众号：开源优测 大数据测试学习笔记之Python工具集 简介 在本次笔记中主要汇总Python关于大数据处理的一些基础性工具，个人掌握这些工具是从事大数据处理和大数据测必备技能 主要工具有以下（包括但不限于）： numpy pandas SciPy Scikit-L
前言：特征工程是机器学习的重点，他直接影响着模型的好坏。 数据收集 在进行机器学习之前，收集数据的过程中，我们主要按照以下规则找出我们所需 要的数据： 业务的实现需要哪些数据？ 基于对业务规则的理解，尽可能多的找出对因变量有影响的所有自变量数据。 数据可用性评估 在获取数据的过程中，首先需要考虑的是这个数据获取的成本； 获取得到的数据，在使用之前，需要考虑一下这个数据是否覆盖了所有情况以及这个数 据的可信度情况。 数据源 用户行为日志数据：记录的用户在系统上所有操作所留下来的日志行为数据 业务数据： 商
本期内容为python的常用内置函数~ 参考书籍：《Python数据分析、挖掘与可视化》
Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr, forcats，ggplot2 等包。https://github.com/tidyverse/
✴️前言：我们从GEO数据库下载得到表达矩阵，在进行各种分析之前，首先要做的就是对数据进行标准化。
如果您是机器学习的新手，您可能会对这两者感到困惑——Label 编码器和 One-Hot 编码器。这两个编码器是 Python 中 SciKit Learn 库的一部分，它们用于将分类数据或文本数据转换为数字，我们的预测模型可以更好地理解这些数字。今天，本文[1]通过一个简单的例子来了解一下两者的区别。
如果您是机器学习的新手，您可能会对这两者感到困惑——Label 编码器和 One-Hot 编码器。这两个编码器是 Python 中 SciKit Learn 库的一部分，它们用于将分类数据或文本数据转换为数字，我们的预测模型可以更好地理解这些数字。今天，本文通过一个简单的例子来了解一下两者的区别。
在当今数字化的时代，机器学习已经成为了解决许多复杂问题的关键工具。从智能助手到自动驾驶汽车，机器学习的应用无处不在。然而，对于初学者来说，了解机器学习的世界可能有些令人望而却步。本文旨在为那些想要探索机器学习领域的新手提供一些入门须知。
还是先来介绍一下我的背景：昨天突然接到了这样的活，需要用python解析Excel中多个sheet文件的内容，并最终展示成格式化的json。一想，这个我拿手啊，记得shigen之前有一篇这样的文章：如何在终端查看excel内容，岂不是可以直接派上场了。然而事实是我大意了，我没有考虑到excel中存在的部分单元格是函数计算出来的情况。为了更好的说明问题，我先来模拟一个表格看看：
为什么要进行数据降维？直观地好处是维度降低了，便于计算和可视化，其深层次的意义在于有效信息的提取综合及无用信息的摈弃，并且数据降维保留了原始数据的信息，我们就可以用降维的数据进行机器学习模型的训练和预测，但将有效提高训练和预测的时间与效率。
向量化技巧对于数据科学家来说是相当熟知的，并且常用于编程中，以加速整体数据转换，其中简单的数学变化通过可迭代对象（例如列表）执行。未受到重视的是，把有一定规模的代码模块，如条件循环，进行矢量化，也能带来一些好处。
今天给大家介绍南太平洋大学Wafaa Wardah等人在Journal of theoretical biology上发表的文章“Predictingprotein-peptide binding sites with a Deep Convolutional Neural Network”。蛋白质-多肽结合位点的预测在疾病预防和药物研发领域都具有举足轻重的地位，然而现有的预测方法在实际预测时并没有表现出非常好的效果，特别是在敏感度方面甚至还没有达到50%。作者在文章中提出了一种使用CNN框架处理“可视化”蛋白质特征数据来预测蛋白质-多肽结合位点的方法，作者创新性地引入“滑动窗口法”将初始蛋白质特征数据转换为可以“可视化”的矩阵信息，然后将其输入CNN框架进行训练，最后经过一个全连接网络输出预测结果，并且在CNN框架中还嵌入了贝叶斯优化的方法来处理超参数，使模型在测试集上取得了极好的效果。
如果处理测量数据时需要将数据从一个长度测量单位转换为另一个长度测量单位，使用Excel公式可以很容易做到。
ETL（Extract, Transform, Load）是一种广泛应用于数据处理和数据仓库建设的方法论，它主要用于从各种不同的数据源中提取数据，经过一系列的处理和转换，最终将数据导入到目标系统中。本文将介绍如何使用Python进行ETL数据处理的实战案例。
文档处理 朴素贝叶斯算法常用于文档的分类问题上，但计算机是不能直接理解文档内容的，怎么把文档内容转换为计算机可以计算的数字，这是自然语言处理（NLP）中很重要的内容。 TF-IDF方法 今天我们简单讲解TF-IDF方法，将文本数据转换为数字。TF-IDF是一个统计方法，用来评估单个单词在文档中的重要程度。 TF表示词频，对一个文档而言，词频就是词在文档出现的次数除以文档的词语总数。例如：一篇文档有1000个字，“我”字出现25次，那就是0.025；“Python”出现5次就是0.005。 IDF表示一个
PCA 算法也叫主成分分析（principal components analysis），主要是用于数据降维的。 为什么要进行数据降维？因为实际情况中我们的训练数据会存在特征过多或者是特征累赘的问题，比如： 一个关于汽车的样本数据，一个特征是”km/h的最大速度特征“，另一个是”英里每小时“的最大速度特征，很显然这两个特征具有很强的相关性 拿到一个样本，特征非常多，样本缺很少，这样的数据用回归去你和将非常困难，很容易导致过度拟合 PCA算法就是用来解决这种问题的，其核心思想就是将 n 维特征映射到 k 维上
数据方差相同的时候，一次判别就可以，如左图所示;但如果方差差别较大，就是一个二次问题了，像右图那样。
数据挖掘是从大量数据中发现有用信息和模式的过程。在当今数字化时代，数据不断产生和积累，数据挖掘成为了获取有价值洞察力的重要手段之一。Python作为一种功能强大的编程语言，在数据挖掘领域拥有广泛的应用。本文将介绍Python数据分析中的高级技术点，帮助您更深入地了解数据挖掘的过程和方法。
在写代码的时候，有的时候不知道什么时候用何种格式，字符串跟对象转换的时候，到底是用dump还是load.dumps或者loads, 每次都是蒙的，要么就去查，一点效率都没有。
主成分分析(PCA)是一种降维算法，通常用于高维数据降维减少计算量以及数据的降维可视化。在本文中，我将从机器学习的角度来探讨主成分分析的基本思想。本次只涉及简单的PCA，不包括PCA的变体，如概率PCA和内核PCA。
"读取图像数组"通常指的是从图像文件中读取像素数据，并将其存储为数组。在图像处理和计算机视觉中，这是一种常见的操作，它使得图像可以被程序处理和分析。
原文链接：http://www.chenjianqu.com/show-44.html
ETL（Extract, Transform, Load）是一种广泛应用于数据处理和数据仓库建设的方法论，它主要用于从各种不同的数据源中提取数据，经过一系列的处理和转换，最终将数据导入到目标系统中。本文将介绍如何使用Python进行ETL数据处理的实战案例，包括从多个数据源中提取数据、进行数据转换和数据加载的完整流程。
json.load()和json.loads()都是Python标准库json模块中用于处理JSON数据的方法，二者的作用都是将JSON数据转换为Python数据类型，它们之间的区别如下：
为了实现time库的加法运算，有必要将我们输入的日期数据转换为time库可识别的日期数据。
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