由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格，所以先插这个课，「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。...本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO（世界卫生组织）的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。.../ 这个非常简单，我的思路是直接获取网页中的所有 标签的 href 属性，然后过滤出链接中含 .pdf 的，最后再用一个循环下载所有的 PDF 文件即可。...包，因此在使用这个包之前你需要在电脑上安装 Java 和在 R 里面安装 rJava 包。...因为电脑系统的关系，我不好演示，大家可以自己研究下，不难的。我这里提供几个 tips，Java 安装之后可能还需要进行环境变量的配置。
❝本节来复现「nature communications」中的一张论文图，「进行单向方差分析并做数据可视化」。由于作者为提供原始数据，因此结果会有所不同。...数据代码已经整合上传到2023VIP交流群，加群的观众老爷可自行下载，有需要的朋友可关注文末介绍加入VIP交流群 ❞ 论文 论文原图 加载R包 library(tidyverse) library(...❞ df_pvalue % mutate(`name`=str_replace_all(`name`, "CAR T","")) %>% mutate(name=str_trim...direction = "horizontal", nrow=3, byrow=TRUE)) ❝本节内容介绍到此结束，过程仅供参考；有学习个性化数据可视化的朋友...，欢迎到小编的「淘宝店铺」 「R语言数据分析指南」购买「2023年度会员文档」同步更新中「售价149元」，内容主要包括各种「高分论文的图表分析复现以及一些个性化图表的绘制」均包含数据+代码；按照往年数据小编年产出约在
的介绍安装相关的R包，需要注意的是VISION要安装v2.1.0版本。...然后使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ，为节省资源，每种细胞类型随机抽取30%的数据。...中 ，可以通过如下方式得到每个基因的代谢通路的活性分数。...如截图所示细胞barcode的"-1"变为了".1"，通过str_replace_all简单处理后添加至meta中，以备后面可能的相关分析。...为使图形更好看，我们先手动对数据进行标准化。
stringr2 sunqi 2020/8/13 概述 str_detect:用来匹配字符中的字母，返回布尔值 str_count()：匹配字符，返回匹配的个数 正文 rm(list=ls()) library...(x, "[sn]", "-") ## [1] "-u-qi" "wa-glo-g" "li-i" # 拆分字符串 x <- "i like apple and banana" # 返回为一个个单词..."1234", "B246", "217C", "2357f", "21WD4") ) str_match_all(x, "\\d") ## [[1]] ## [,1] # 求tibble中每个单元格中数字的和...library(tidyverse) data %>% # 匹配字符中的所有数字，返回列表 mutate(num = str_match_all(x, "\\d")) %>% # 将返回的列表还原为数据框...，R语言对于内存的需求也越来越大，好像SAS是基于硬盘数据运算的。
作为同属于tidyverse 大家庭的一份子，stringr 也为R 的一般字符串处理，献上了一份自己的力量！...（长度为1 的字符串类型的向量）。...（其实R 也提供了nchar 的方法） 拆分与组合 拆分 需要注意的是，提取拆分后的元素需要使用 [[]] 双括号选择。...string 中字符在字符串中的位置。...> sum(str_detect(x2,"h")) [1] 4 > mean(str_detect(x2,"h")) [1] 0.5 提取匹配字符 将向量中符合要求的元素提取为一个新的向量。
❝本节来介绍一个修改文本颜色的绘图案例，在实际数据分析的过程中某些情况下我们需要为轴文本和图例文本来添加不同的颜色，但是由于在ggplot2中无默认的参数来实现这一功能，在此小编使用另一种巧妙的方法来实现这一需求...「2024更新的绘图内容同时包含数据+代码+markdown注释文档+文档清单」 library(tidyverse) library(readxl) # devtools::install_github...，指定第3个工作表 # 对数据进行预处理，包括更改Cluster列的值和调整summit列的数值范围 dff % mutate(Cluster = str_replace_all(Cluster..."C6", "C7", "C8", "C9", "C10", "C11", "C12"))) # 为不同的...plot.margin = margin(b = 5, t = 5, r = 5, l = 5), # 设置图表的边距 legend.text = element_markdown
生存分析作为转录组文章中的VIP，太常见了，那么如何批量得到所有候选基因的单因素结果以及可视化结果呢？...一 载入R包，数据 仍然使用之前处理过的TCGA的SKCM数据，此外需要读入生存数据和临床数据 library(tidyverse) library(openxlsx) library("survival...二 批量单因素分生存分析 1，使用循环的方式进行分析 首先处理表达数据，注意基因名字的处理，tidyverse包非常值的狠狠学 module_exp <- as.data.frame(data.mat...upper = round(sample[,"upper_95"],2),#95%置信区间 boxsize = 0.8,##大小 graph.pos=4,#图在表中的列位置...graphwidth = unit(0.4,"npc"),#图在表中的宽度比例 fn.ci_norm="fpDrawDiamondCI",#box类型选择钻石
R语言的综合应用tidyverse：集成化R包转换-可视化-模型1 字符串"stringr"str_length()str_split()str_sub()1.1 检测字符串长度str.length()...，是否存在该字符（输出值为T或F）1.5 字符的替换str_replace(x2,"o","A")只会对第一次出现的"o"替换成"A"#改进：str_replace_all(x2,"o","A")对所有的...*3 可保存多个变量*4 可保存任意数据结构if(2){code1}else{code2}2：若逻辑值为TRUE，则执行code1，反之执行code2多个条件仍适用if(){code1}else if(...(X,MARGIN,FUNCTION,...)apply(test,2,mean)#1 X代表数据框/矩阵名#2 MARGIN以数值作代表，1为行，2为列#*3 FUNCTION为函数#如何取出30个随机数中最大的...0.365#输出为列表，包含四个向量5 两个数据框的连接5.1 交集inner_join()取交集5.2 全连接full_join()#保留全部主要信息5.3 左连接left_join()#保留左表主要信息
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节通过一个案例来介绍如何绘制多边形热图，整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。...「数据代码已经整合上传到2023VIP交流群」，加群的观众老爷可自行下载，有需要的朋友可关注文末介绍加入VIP交流群。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(camcorder) library(RColorBrewer) 导入数据 scurvy <- read_csv('scurvy.csv...clean_format <- function(column) { column %>% str_to_sentence() %>% str_remove("_d6") %>% str_replace_all...("_", " ") } 数据清洗 scurvy_long % # 将指定列中的字符串解析为数字 mutate(across(gum_rot_d6:fit_for_duty_d6
简介 我之前预告过的 R 语言新书，起名为《R语言编程—基于tidyverse》，本书的目的是为了在国内推广 R 语言和 R 语言最新技术。本书非常适合新手 R 语言入门，老手 R 知识汰旧换新。...R语言这些优质的特性，使得它始终在数据统计分析领域的 SAS、Stata、SPSS、Python、Matlab 等同类软件中占据领先地位。...同样是讲 R 基本语法，本书不同之处在于，用tidyverse中更一致、更好用的相应包加以代替：用tibble代替data.frame、用forcats包处理因子，用stringr讲字符串 （及正则表达式...另外，tidyverse 的这些数据操作，实际上已经在语法层面涵盖了日常Excel数据操作、SQL数据库操作，活用tidyverse上述数据操作语法已经可以胜任这些工作。.../连续变量离散化）、基于PCA的特征降维； (3) 探索变量间的关系，包括分类变量之间、分类变量与连续变量、连续变量之间的关系。
R-Purrr的使用，加速数据处理 Tidyverse中包含一个purrr程序包，之前在看数据处理分析时候，一直看到别人的code中，涵盖purrr，map函数，但是一直不知道这个是干什么的，现在发现purrr...apply（）函数是一组超级有用的base-R函数，可用于vector或list的条目迭代执行操作，而无需编写for循环。...尽管基本R Apply函数从根本上没有什么错，但不同的Apply函数的语法在某种程度上是不一致的，并且它们返回的对象的预期类型通常是模棱两可的，有的返回vector有的返回list。...的方式一致，每个映射函数的第一个参数始终是要映射的数据对象，第二个参数始终是要迭代地应用于输入对象的每个元素的函数。...但是，您需要确保在每次迭代中都返回一个具有一致列名的数据框。 map_df将自动绑定每次迭代的行。
” 本期“大猫的R语言公众号”由“村长”供稿。村长，数据科学、指弹吉他及录音工程爱好者，浙大金融学博士在读，在data.table包和MongoDB的使用上有较多经验。...问 题：从一段json清晰代码说起 笔者某一日在R语言中文社区某一群里面发现了水友提出的一个问题，处理一个比较奇葩的数据清洗问题，先来看数据结构： ?...这是一个类json格式嵌套的数据，其中存在两个变量，第一个变量是cusnum作为序号，第二个是一个类json的嵌套变量，里面以类jsno格式嵌套了很多变量。 需要将这个数据集转换成如下格式： ?...：图一为大佬代码的运行时间，图二为笔者代码运行时间 ?...其实这一期这么扯淡的讲这么多事情，只是为了说明一点，data.table真的有很好的性能，尤其在处理海量数据方面（在分组特别多的时候，相比dplyr和pandas有2x~10x的提升，来自官方文档）。
使用readr进行数据导入 本文将介绍如何使用readr包将平面文件加载到 R 中，readr 也是 tidyverse 的核心 R包之一。...： 参数 作用 file 读取的文件路径，路径名需要用反斜杠表示 col_names 如果为TRUE，输入的第一行将被用作列名，并且不会包含在数据帧中。...如果为FALSE，将自动生成列名:X1, X2, X3等。如果col_names是一个字符向量，这些值将被用作列的名称，并且输入的第一行将被读入输出数据帧的第一行。...缺少(NA)列名将产生一个警告，并被填充为哑名X1, X2等。重复的列名将生成警告，并使用数字后缀使其惟一。 col_types 设置类变量的类型 locale 区域设置控制的默认值因地方而异。...默认的区域设置是以美国为中心的(如R)，但您可以使用locale()创建自己的区域设置，控制默认时区、编码、十进制标记、大标记和日/月名称等内容。 na 字符串的字符向量，解释为缺少的值。
风格：代码遵循单一、一致的风格（例如，r 的 tidyverse 风格指南，python 代码的 pep 8） 通用性：解决一个不止一次发生的问题，并预测数据的变化。...这里有两个示例函数，一个在 python 中，一个在 r 中，它们做了相同的事情（或多或少）。...非格式化或不明确的名称，例如 data2 不会告诉你数据中的内容或者它与 data1 的区别。df 告诉你某个东西是一个数据帧……但是如果你有多个数据帧，你怎么知道它是哪一个？...当你还在想怎么写代码的时候，我建议你返回去，把变量名取得更好。 注释 注释是代码中解释的文本。在 python 和 r 中，可以通过以 # 开头来表示该行是注释。...预测数据的变化 我所说的「数据的变化」是指数据中的差异，这些差异会把事情分解开来。例如，你可能编写了一个函数，假设你的数据帧有一个名为 latitude 的列。
Learning with R, tidyverse, and mlr[1]》，本书涉及两个非常重要的 R 包为 mlr 和 tidyverse，感兴趣的读者可以先行安装： install.packages...tidyverse 是一个 “专为数据科学设计的 R 包集合”，创建的目的是让 R 中的数据科学任务更简单、更人性化、更可复制。 本期将先从常用的 k 近邻算法 出发！...即给定一个训练数据集，对新输入的样本，在训练数据集中找到与该样本最邻近的 k 个实例， 这 k 个实例中的多数属于哪个类，则新输入的样本也属于哪个类。 2....应用举例 本文将先介绍 mlr 包中 KNN 算法的使用方法，以 mclust 包中的 diabetes 数据集为例。...任务包括数据以及想要对数据做什么。在本例中，数据是 diabetesTib，我们想用变量 class 作为目标变量对数据进行分类。 定义 learner。
tibble 是一种简单数据框，它对传统数据框的功能进行了一些修改，其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。 多数情况下，我们会交替使用 tibble 和数据框这两个术语。...install.packages('tidyverse') 创建 tibble 因为 tibble 是 tidyverse 的标准功能之一，所以 tidyverse 中几乎所有函数都可以创建 tibble...tidyverse 中许多函数都可以创建 tibble，因为 tibble 是 tidyverse 的标准功能之一。 可以通过 tibble() 函数使用一个向量来创建新 tibble。...tibble() 会自动重复长度为 1 的输 入，并可以使用刚刚创建的新变量，如下所示： library(tidyverse) tibble( x = 1:5, y = 1, z = x ^ 2...可以在 tibble 中使用在 R 中无效的变量名称（即不符合语法的名称）作为列名称。例如， 列名称可以不以字母开头，也可以包含特殊字符（如空格）。
加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) 导入数据 df <- read_tsv("data.txt") 数据可视化 df %>% ggplot(aes(case_control...%>% 运算符将一系列修改图表的函数串联在一起。...❞ df %>% ggplot(aes(case_control,logCPM)) ❝使用 df 数据帧创建了一个新的 ggplot 对象，并将 x 轴和 y 轴变量分别设置为 case_control...函数 aes() 指定数据帧中哪些列应用于图表美学。...fill 和 color 美学设置为 case_control，这意味着点的填充和颜色将基于该列的值。参数 pch 指定点的形状，width 指定点的宽度，size 指定点的大小。
背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...，类似于 Excel 中的数据透视功能 pivot。...数据的整理是一个从数据框的统计结构（变量与观察值）到形式结构（列与行）的映射。...稀疏矩阵与稠密矩阵 在矩阵中，若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目，并且非 0元素分布没有规律时，则称该矩阵为稀疏矩阵；与之相反，若非 0 元素数目占大多数时，则称该矩阵为稠密矩阵
这种入门的学习路径属于base R first，学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构，再深入点就会学到循环与自定义函数。...(处理因子问题) tidyverse的安装也很简单，在R中输入以下命令： #安装包 install.packages("tidyverse") #使用前，记得载入包 library(tidyverse...数据整理 tibble格式 R中的对多变量数据的标准保存形式是 dataframe，而tibble是dataframe的进化版，它有如下优点： 1....管道函数 %>% 在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，它的功能和Linux上的管道符“|”类似，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读！...x %>% f(y) means that x is‘piped’ into the function f(x,y) 以R中自带的iris（鸢尾花数据集）为例： ?
我们知道，R语言学习，80%的时间都是在清洗数据，而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要，如何选择合适的列进行分析，你知道几种方法？ 如何优雅高效的选择合适的列，让我们一起来看一下吧。 1....数据描述 数据来源是我编写的R包learnasreml中的fm数据集。...而且，后面如果想要根据列的特征进行提取时（比如以h开头的列，比如属性为数字或者因子的列等等），就不能实现了。 这就要用到tidyverse的函数了，select，rename，都是一等一的良将。...5.2 放到环境变量中 「推荐的方法：」 r$> select = dplyr::select r$> a3 = a2 %>% select(ID,F1,y1,y2,y3) 推荐在载入包时，将下面代码放在开头...library(tidyverse) select = dplyr::select 6. 提取h开头的列 这里，用starts_with，会匹配开头为h的列。
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