汇总函数 summarise(),可以将数据框折叠成一行 ,多与group_by()结合使用
这里向您展示如何在R中使用glmnet包进行岭回归(使用L2正则化的线性回归),并使用模拟来演示其相对于普通最小二乘回归的优势。
刚开始接触R语言是因为单细胞数据分析的需要,那时完全是零基础,学习过程是边抄别人的代码,边理解这些代码的含义,遇到了比较多的坑,包括软件安装,环境配置,R包安装,代码换了参数就报错等。这种纯实战虽然可以快速“上手”,但是没有基础很难提升,而且很难写出自己的代码。
这里是林小编的新模块 ~ 一直想系统学习一下 R 语言关于机器学习的应用,主要从算法和 R 包的角度出发,并把自己的学习笔记分享出来,希望大家可以批评指正,一起交流,主要参考书是 《Machine Learning with R, tidyverse, and mlr[1]》,本书涉及两个非常重要的 R 包为 mlr 和 tidyverse,感兴趣的读者可以先行安装:
tibble 是一种简单数据框,它对传统数据框的功能进行了一些修改,其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。
许多 R 的新用户在金融、市场、商业分析等领域有丰富的行业经验,但是他们并没有太多的编程背景,所以日常工作中还是选择 Excel、PowerBI 这些传统的工具进行工作;tidyquant 的作者意识到了这些痛点,于是他在新版本中加入了好多 Excel 的特性,如果你是 Excel 的重度患者,又想体验 R 强大的数据处理和可视化功能,那么本文再合适不过了!
tibble 是一种简单数据框,相对于传统的data.frame做出了一些修改。tibble 包是tidyverse 的核心 R 包,其所提供的简单数据框更易于 在 tidyverse 中使用。
本章将教您如何使用ggplot2可视化您的数据。 R有几个用于制作图形的系统,但ggplot2是最优雅和最通用的系统之一。 ggplot2实现了图形语法,它是一个用于描述和构建图形的系统。如果您想在开始之前了解更多关于ggplot2理论基础的内容,我建议您阅读“The Layered Grammar of Graphics”,
最近,我同时使用R和Python进行了更多的项目。对我而言,使用最佳工具来完成工作变得越来越重要,而不受单一语言的束缚。Python在某些方面做得最好,R在某些方面做得最好,因此,如果我们在需要的时候可以同时使用这两种方法,那么我们就可以发挥出最好的性能。在最近的示例中,我想创建一个Shiny应用程序来生成参数化的Powerpoint文档,这个应用我是用R的tidyverse对我的数据进行编码处理,使用Python编写了Powerpoint编辑代码,因为这在python-pptx包中很容易。
本期介绍的是 《Machine Learning with R, tidyverse, and mlr》 一书的第四章——逻辑回归(logistic regression)。逻辑回归是基于概率分类的有监督学习算法,它依赖于直线方程,产生的模型非常容易解释和交流。在其最简单的形式中,逻辑回归被用来预测二分类问题,但算法的变体也可以处理多个类。
其实 ggplot2 并没有类似于 geom_pie() 这样的函数实现饼图的绘制,它是由 geom_bar() 柱状图经过 coord_polar() 极坐标弯曲从而得到的。 对于为什么 ggplot2 中没有专门用于饼图绘制的函,有人说:“柱状图的高度,对应于饼图的弧度,饼图并不推荐,因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度(柱状图)。” 关于饼状图被批评为可视化效果差,不推荐在 R 社区中使用的文章在网络也有不少,感兴趣的可以去搜一下。
这么久以来,这是我最喜欢的一个R脚本,解决了我一直以来函数编写的问题,以前都是使用eval(parse(text=“代码字符串”))来实现自定义函数的传递功能,另外R for data science,这本书贵不贵?,想买一本看看。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
大家在学习R语言的时候,大多参考《R语言实战》这本书,但这本书年代过于久远(中文第二版是2016年),主要着力点也是在R base上,R语言可视化的ggplot2包也只是简要介绍,而对于tidyverse包,《R语言实战》并未涉及,这也导致R语言的学习难度增加,今天我们给大家引入tidyverse包的学习。
本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数(单侧公式)不太熟悉,所以通过本文分享一下我的心得。
数组乱序算法常用于抽奖等生成临时数据操作。就拿年会抽奖来说,如果你的算法有任何瑕疵,造成了任何不公平,在年会现场 code review时,搞不好不能活着走出去。
数据科学主要以统计学、机器学习、数据可视化等,使用工具将原始数据转换为认识和知识(可视化或者模型),主要研究内容包括数据导入、数据转换、可视化、构建模型等。当前R语言和Python是两门最重要的数据科学工具,本系列主要介绍R和Python在数据导入、数据转换、可视化以及模型构建上的使用。整个系列会按照数据转换、可视化、数据导入、模型构建进行介绍。在数据转换和可视化模块中,R和Python有很多相近的语法代码。
由于R语言生态系统内容繁复并在不断发展,人们往往容易忽视一些切实有用的知识。这些技巧往往非常简单,但对于完成工作有很大的帮助。
R², RMSE, MAE 如果你像我一样,你可能会在你的回归问题中使用R平方(R平方)、均方根误差(RMSE)和均方根误差(MAE)评估指标,而不用考虑太多。? 尽管它们都是通用的度量标准,但在什
guide函数作为scale_类函数中的一个内函数,通常配合比例尺函数一起使用,但是由于取其内含有众多的参数,因此在比例尺中使用则会显得代码比较臃肿,因此小编比较推荐单独使用guides函数来进行图例自定义。
文章从模型评估的基本概念开始,分别介绍了常见的分类模型的评估指标和回归模型的评估指标以及这些指标的局限性。部分知识点举例加以阐述,以便加深理解。思维导图如下: 1 基本概念 模型评估用来评测模型的
R包的依赖处理非常奇怪,随着安装R包的数量变多,有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。
当前教程特别关注贝叶斯逻辑回归在二元结果和计数/比例结果场景中的使用,以及模型评估的相应方法。使用教育数据示例。 此外,本教程简要演示了贝叶斯 GLM 模型的多层次扩展。
摘要 Simple features是一种在计算机中编码矢量空间数据(点、线、面等)的标准化方法。sf包在R语言中引入了simple features对象,它基本具备和sp、rgeos、rgdal一样的矢量空间数据处理能力。本文主要描述此包的基本功能,其在R语言诸多扩展生态系统中的地位,以及在连接R语言与其他空间计算系统中的潜在价值。
3 这个公式的计算方法是先按照行求平均值得到一个向量a,按行求标准差得到一个向量b,最后是按照列来进行abs(x-a)/b
本教程为读者提供了使用 频率学派的广义线性模型(GLM)的基本介绍。具体来说,本教程重点介绍逻辑回归在二元结果和计数/比例结果情况下的使用,以及模型评估的方法。本教程使用教育数据例子进行模型的应用。此外,本教程还简要演示了用R对GLM模型进行的多层次扩展。最后,还讨论了GLM框架中的更多分布和链接函数。
就是昨天推文末尾的小测试: GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办
如果你是有打算从事有关数据分析或者数据挖掘的等数据科学领域的工作,或者和我一样目前就是从事相关领域的工作,那么「链式调用」对我们而言是一门必修课。
最近我们被客户要求撰写关于混合效应广义线性模型的研究报告,包括一些图形和统计输出。
本教程使用R介绍了具有非信息先验的贝叶斯 GLM(广义线性模型) ( 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据******** ) 。
前面几节学了基本作图和美学映射,虽然有现成的代码,但是对于初学者,可能还是会经常碰到一些报错,这些其实是正常的,即使很熟练了也一样会遇到报错,区别是能否快速找到并解决问题,下面列几个常见的报错类型。
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
我是R语言的忠实粉丝,并且靠它吃饭。特别提一下Tidyverse,它是一个功能强大、简洁易懂且文档齐全的数据科学平台。我在此向每一位初学者强烈推荐免费的在线电子书R for Data Science。
逻辑运算是数学运算的重要组成部分,但其更是计算机计算的底层设置。作为一门数据处理语言,逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算:TRUE/FALSE.
预后模型在纯生信分析中绝对有一席之地,本文简单的介绍下常见的预后模型构建的思路,详细的代码和使用场景见文中对应的推文链接
在真实场景中,模型很少能成功地预测所有的内容。我们知道应该使用测试集的数据来评估我们的模型。但是这到底是如何工作的呢?
导读:在真实场景中,模型很少能成功地预测所有的内容。我们知道应该使用测试集的数据来评估我们的模型。但是这到底是如何工作的呢?
这里介绍的方法与我们自学习外语的时候使用的方法是有共同之处的,例如我们要学习英语,可以使用以下三个关键的练习帮助我从笨拙地将中文单词翻译成英语,转变为直接用英语思考和回答(英语思维)。
很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构,再深入点就会学到循环与自定义函数。有些类似于先认识编程,再按照数据处理、可视化、统计分析等应用方向开始下一个学习的旅程。
1写在前面 当我们拿到表达矩阵后,需要对其进行质控(quality control, QC)去除质量较差的细胞,降低噪音,而后再进行数据分析。😘 2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(scater) library(SingleCellExperiment) library(AnnotationDbi) library(org.Hs.eg.db) library(EnsDb.Hsapiens.v86) 3示例数据 这里我们用一下之前介绍的coun
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step))、批次效应处理等内容。
我们知道,R语言学习,80%的时间都是在清洗数据,而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要,如何选择合适的列进行分析,你知道几种方法?
市场风险指的是由金融市场中资产的价格下跌或价格波动增加所导致的可能损失(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据)。
最近我们被客户要求撰写关于混合效应广义线性模型的研究报告,包括一些图形和统计输出。本教程为读者提供了使用频率学派的广义线性模型(GLM)的基本介绍。具体来说,本教程重点介绍逻辑回归在二元结果和计数/比例结果情况下的使用,以及模型评估的方法
作为同属于tidyverse 大家庭的一份子,stringr 也为R 的一般字符串处理,献上了一份自己的力量!
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