【练习二】 现有一份半虚拟的数据集,第一列包含了新型冠状病毒的一些新闻标题,请解决以下问题:
这个功能很简单也很常用,但是不加注意还是容易写错,比如只对每一行的前两个元素求和:
这里使用的正则表达式以 [ns] 开头,这个集合将匹配字符 n 或 s。[ 和 ] 不匹配任何字符,它们只负责定义一个字符集合。接下来,正则表达式里的普通字符 a 匹配字符 a ,. 匹配一个任意字符,\\. 匹配 . 字符本身,普通字符 xls 匹配字符串 xls。从结果上看,这个模式只匹配了 3 个文件名,与预期一致。
my 也是静态文本,它在原始文本里找到了两个匹配结果,出现位置分别是第 8 个字符开始和第 37 个字符开始。
stringr构建在stringi之上,stringr专注于最重要且最常用的字符串操作函数,而stringi提供了涵盖几乎所有可以想象的内容的全面集合。 如果发现stringr缺少所需的功能,请尝试查看stringi。
当涉及到处理PDF中的信息时,数据科学家们常常需要面临一项挑战。有些人可能会采用一种可怕的方法,即手动复制和粘贴所需的数据。这种方法不仅效率低下,而且对于长期工作来说是最慢和最低效的方式之一。此外,有些PDF文件可能不容易进行这种手动操作。
这一部分,将R语言stringr包中的使用正则表达式的字符串函数简单介绍一下,会用到正则表达式的相关内容,有关正则表达式的知识可以回顾R&Python Data Science系列:数据处理(6)--字符串函数基于R(二)
在之前R语言基础教程——第3章:数据结构——向量中我们介绍过向量的加减乘除运算,在这里介绍一下>,<运算。
对于DNA数据和蛋白质数据的分析和可视化一般大家都不会考虑R语言,但是还是有学者开发了在R语言的DNA和蛋白质数据的分析和可视化。那就是R包seqinr。这个包包含的函数数量也是我见过的最多的了,当然啦,人外有人,天外有天,更多的我还没见过。今天我们就来介绍下这个庞大的R包。
何为框架,就相当于一个封装了很多功能的结构体,它帮我们把主要的结构给搭建好了,我们只需往骨架里添加内容就行。scrapy框架是一个为了爬取网站数据,提取数据的框架,我们熟知爬虫总共有四大部分,请求、响应、解析、存储,scrapy框架都已经搭建好了。scrapy是基于twisted框架开发而来,twisted是一个流行的事件驱动的python网络框架,scrapy使用了一种非阻塞的代码实现并发的,结构如下:
在1.0之前,只有一种形式来存储text数据,那就是object。在1.0之后,添加了一个新的数据类型叫做StringDtype 。今天将会给大家讲解Pandas中text中的那些事。
在处理地图数据时候,经常会碰到shp与raster两种格式。通常r中应用较多的为raster栅格数据。shp文件太大,读取也不方便。逐渐被GeoJSON替代,用sf去处理与读取。 R在读取shp时候,处理,或者画图都会碰到,反应迟钝问题。所以,我们有时候会根据需要,将shp文件转成raster,不仅可视化快,还可方便数据处理与提取。shp文件转成raster主要解决以下问题:
本文介绍基于R语言中的UBL包,读取.csv格式的Excel表格文件,实现SMOTE算法与SMOGN算法,对机器学习、深度学习回归中,训练数据集不平衡的情况加以解决的具体方法。
Thereare a number of operators that can be used to extract subsets of R objects.
plot绘图:当需要绘制 plot(iris[ ,1],col=iris[ ,5]) ;plot(iris[ ,2],col=iris[ ,5]) ; plot(iris[ ,3],col=iris[ ,5]) ; plot(iris[ ,4],col=iris[ ,5])时,可以自定义函数方便快捷的完成。
R中的统计分析通过使用许多内置函数来执行的,这些函数大部分是R基础包的一部分,并且它们将R向量与参数一起作为输入,并在执行计算后给出结果。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
发现自己的R语言的基础还是相对弱很多的,通过对前面的肺癌单细胞文章代码的学习,也在巩固自己的R基础。今天是需要对昨天test的icitools的R包进行自己的数据分析。
大部分统计方法都假定处理的是完整向量、矩阵、数据框,但是在大多数情况下,在处理真实数据之前 不得不消除缺失值数据:(1)删除含有缺失值的实例;(2)用合理的值替代缺失值。缺失值的处理主要用VIM和mice函数
逻辑回归是一种拟合回归曲线的方法,y=f(x),当y是一个分类变量时。这个模型的典型用途是在给定一组预测因素x的情况下预测y,预测因素可以是连续的、分类的或混合的。
[ 导读 ]无论数据分析的目的是什么,将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。utils包是R语言的基础包之一。这个包最重要的任务其实并不是进行数据导入,而是为编程和开发R包提供非常实用的工具函数。使用utils包来进行数据导入和初步的数据探索也许仅仅只是利用了utils包不到1%的功能,但这1%却足以让你在学习R语言时事半功倍。
文本的主要两个类型是string和object。如果不特殊指定类型为string,文本类型一般为object。
在上一部分里,我们为大家介绍了R的会话管理和作图系统。链接:R语言系列第二期:①R变量、脚本、作图等模块介绍
对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析,我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里,我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以及每种方法的一些优缺点。
R是一种语法非常简单的表达式语言(expression language),大小写敏感。可以在R环境下使用的命名字符集依赖于R所运行的系统和国家(系统的locale 设置)、允许数字、字母、“.”和“_”
「原理:」检查性别差异。先验信息,女性的受试者的F值必须小于0.2,男性的受试者的F值必须大于0.8。这个F值是基于X染色体近交(纯合子)估计。不符合这些要求的受试者被PLINK标记为“PROBLEM”。
函数var()应用在多组数据上,得到的计算结果是一个协方差阵,其每个元素是各个向量之间的协方差。使用指令cor(group)也得到相同结果。
由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格,所以先插这个课,「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO(世界卫生组织)的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。
导读:无论数据分析的目的是什么,将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。
一、以下为stringr包的字符串处理函数: 1. 字符串的大小写转换 str_to_upper(string, locale = “”) str_to_lower(string, locale =
本文使用的数据集记录了 1236 名新生婴儿的体重(查看文末了解数据获取方式),以及他们母亲的其他协变量
本研究的目的是测量吸烟对新生儿体重的影响。研究人员需要通过控制其他协变量(例如母亲的体重和身高)来隔离其影响。这可以通过使用多元回归模型来完成,例如,通过考虑权重 Y_i 可以建模为
本文使用的数据集记录了 1236 名新生婴儿的体重(查看文末了解数据获取方式),以及他们母亲的其他协变量(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据)。
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由于时间较紧,且人手不够,不能采用分类方法,主要是没有时间人工分类一部分生成训练集……所以只能用聚类方法,聚类最简单的方法无外乎:K-means与层次聚类。 尝试过使用K-means方法,但结果并不好,所以最终采用的是层次聚类,也幸亏结果还不错……⊙﹏⊙ ---- 分词(Rwordseg包): 分词采用的是Rwordseg包,具体安装和一些细节请参考作者首页 http://jliblog.com/app/rwordseg。请仔细阅读该页提供的使用说明pdf文档,真是有很大帮助。 安装: P.S. 由于我是6
博客原文:https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者:Suzan Baert
根据上面的生存分析的介绍可以大概的了解了生存分析的概念和原理以及KM曲线的绘制。但是生存分析中COX回归的结果不容易直接输出,本文简单的介绍一种自定义函数,批量并且规则的输出结果的方式。
学习数据分析,掌握一些灵巧的分析工具可以使得数据清洗效率事半功倍,比如在处理非结构化的文本数据时,如果能够了解一下简单的正则表达式,那么你可以免去大量的冗余代码,效率那叫一个高。 正则表达式是一套微型的袖珍语言,非常强大,依靠一些特定的字母和符号作为匹配模式,灵活组合,可以匹配出任何我们需要的的文本信息。 而且它不依赖任何软件平台,没有属于自己的GUI,就像是流动的水一样,可以支持绝大多数主流编程语言。 今天这一篇只给大家简单介绍正则表达式基础,涉及到一些常用的字符及符合含义,以及其在R语言和Python
统计上,分位数亦称分位点,是指将一个随机变量的概率分布范围分为几个等份的数值点,常用的有中位数(即二分位数)、四分位数、百分位数等。
在进行文章的撰写时,总是少不了一些表格的绘制,当然最标准的表格就是三线表了。我一般用word绘制三线表,但是R语言也可以且比较省时间。
本版块打算分享一些数据分析过程中用到的数据清洗,统计分析,建立简单模型等。
本文用爬虫采集了汽车销售数据(查看文末了解数据获取方式),后来对其进行了扩展,创建这个数据集,其中包括境内的所有二手车辆或者经销商车辆条目数据(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据)。
今天的内容建议参考【孟德尔随机化】文献复现(三),比较一下代码的异同以便进一步思考~
在劳动经济学领域,收入和工资的研究为从性别歧视到高等教育等问题提供了见解。在本文中,我们将分析横断面工资数据,以期在实践中使用贝叶斯方法,如BIC和贝叶斯模型来构建工资的预测模型。
到这步以后,其实就可以很好地与上上周的推文➡TwoSampleMR:孟德尔随机化一站式分析衔接起来啦,大家试试看吧
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。
本文目的 (1)绘制生存分析图 (2)临床参数相关分析 加载所必须的包 # =============================================================
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