个人理解,向量是有方向的,由大于等于2个元素构成的数据类型。也就是说,向量的所有元素必须属于同种模式(mode),或数据类型(见1.2),比如数值型,字符型等。其类型可以用typeof()查看。 标量只含有一个元素,在R中没有0维度或标量类型。单独的数字或字符串本质是一元向量。
笔者寄语:apply族功能强大,实用,可以代替很多循环语句,R语言中不要轻易使用循环语句。
在前面两篇文章R语言入门系列之一与R语言入门系列之二中,我分别介绍了R语言中的对象与结构、数据的输入输出及可视化。基于前面的基础,今天我介绍一下R语言中基础的程序结构,来帮助我们完成更复杂的数据处理任务。此外,如果你有大批量数据处理、可视化任务,需要着重学习R脚本在命令行的调用方式以及命令行参数的使用方法。
数据清洗从来都不是一件简单的事情! 使用httr包结合浏览器抓包工具进行网页数据抓取虽然非常方便,但是获取的数据后期处理工作量却非常庞大的。 因为大部分json数据包返回之后都会被转换为R语言中的非结构化数据类型——list。 也就是说,对于list数据结构的处理熟练程度,将会决定着你在数据清洗中所花费的时间与精力。 list数据结构本身即可简单也可复杂,当list中存在递归结构时,其处理难度就大大增加了。(不幸的是大部分json数据包都是递归结构的) 对于list数据结构的处理,你可以通过手动构造循环来处
R语言中,<- 与 = 这两个赋值运算符最主要的区别在于两者的作用域不同。大家可以从下面的例子感受一下。
Python作为多线程的编程语言在并行方面相对于R语言有很大的优势,然而作为占据统计分析一席之地的R语言自然不能没有并行计算的助力。那么我们来看下在R语言中有哪些并行的包:隐式并行:OpenBLAS,Intel MKL,NVIDIA cuBLAS等;显性并行:parallel(主打lapply应用)、foreach(主打for循环)、SupR、还有利用GPU的办法(gpuR)。所谓显式并行也就是基于并行的编程语言编译的程序;隐式并行是基于串行程序编译的并行计算。当然,在R语言核心功能中也是带有了相关的并行的计算基础包parallel。今天就给大家介绍下这个基础并行包的具体应用。
之前我们已经说过一些拼图的知识了:[[88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案]] [[89-R可视化21-利用aplot拼图实现类似热图注释柱效果]] [[119-R可视化37-利用循环实现ggplot批量作图并拼图]]
apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是初学者玩不转的一类核心函数。很多R语言新手,写了很多的for循环代码,也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚,最后把R代码写的跟C似得。
例如,下面的代码使用 lapply 函数对列表中的每个字符串执行 toupper 函数,将其转换为大写:
在单细胞分析中,我们读取多个单细胞数据集时通常会用到lapply()函数,循环读取多个数据集
数据操作是机器学习生命周期中最关键的步骤之一。它需要转换所提供的数据,以便用于建立预测模型。
使用关键字function,并在其后跟随函数参数列表和函数主体。其基本形式如下: function(param1, ...., paramN) expr
apply函数只能用于处理矩阵类型的数据,也就是说所有的数据必须是同一类型。因此要使用apply函数的话,需要将数据类型转换成矩阵类型。
apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是使用者玩不转一类核心函数。
在我之前转载的文章《apply,lapply,sapply用法探索》中已经对R中apply家族函数进行了比较详细地说明,这篇文章基于我在data campus中对lapply、sapply、vapply几个函数的学习,以更为简单的实例来了解这几个以列表对输入的迭代函数。
RCurl工具包的作者是由Duncan Temple Lang现任加州大学 U.C. Davis分校副教授。他曾致力于借助统计整合进行信息技术的探索。使用者通过RCurl可以轻易访问网页,进行相关数据的抓取以及下载,为数据分析提供原始素材。近年RCurl在数据分析业界中使用也越来越流行。
第一部分:字符串 1 检测字符串长度 x = "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." length(x) [1] 1 2 字符串拆分 str_split(x," ") [[1]] "The" "birch" "canoe" "slid" "on" "the" "smooth" "planks
apply {base} 通过对数组或者矩阵的一个维度使用函数生成值得列表或者数组、向量。 apply(X, MARGIN, FUN, ...) X 阵列,包括矩阵 MARGIN 1表示矩阵行,2表示
然后拿每个向量去判断其是否在处方中,对应一个处方长度的逻辑值向量。统计其中的T,即是每个中药的频数。
这篇教程憋了很久,其实算是3个月前leaflet在线地图系列的进阶篇,但是因为当时对于leaflet地图的数据源结构理解有限,技能勉强操控shp数据源,对于json数据源所知甚少,一直拖了这么久才更新。 随着近期在json数据结构的理解不断加深,对于list结构和向量化运算的掌握也多有提高,这才能熟练的在leaflet系统中操控json数据。 本篇主要分为两大部分: 如何自如的操纵json数据来打造leaflet所能识别的数据源和style属性; 如何操控leaflet控制台版面中的地图图层和数据图层。 想
R中的一切皆对象,R表达式也是R对象。这意味着我们可以从语法上解析R表达式,或者部分地执行R表达式,来观察R是如何解释它们的。这对于了解R的工作机制或者调试R代码十分有用。
作为中国古典文学的瑰宝,《红楼梦》具有极高的文学价值和丰富的主题内涵(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据)。
#split根据因子或因子列表将 向量或其他对象分组 #通常与lapply一起使用 #split(参数):split(向量/列表/数据框,因子/因子列表) > x <- c(rnorm(5),runif(5),rnorm(5,1)) > x [1] 0.61008707 0.81746169 -1.09859969 -1.78134612 -1.94262725 0.99760581 [7] 0.37793960 0.05258653 0.38525197 0.46051864 -0.
题目 人类基因组外显子区域长度 学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛 题目数据来源为:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_huma
使用方法非常简单, 就是 makeCluster 函数定义好需要并行计算的线程数量,然后之前的apply家族循环就区别在函数名字前面加上par的签字,比如 lapply就替换成为了 parLapply 函数。
本文介绍了基于R语言的SparkR和基于Python的Spark-Python两个大数据平台的交互方式。主要内容包括:1.基于R语言的SparkR,支持R语言的所有统计函数和绘图功能;2.基于Python的Spark-Python,支持Python的多种数据处理和机器学习库;3.通过SparkR和Spark-Python交互,实现大数据的交互式分析。
在这里继续使用“ls”命令的是关于列表命令的第二篇文章。 第一张请看 : 10个Linux基础面试问题和答案(1) 关于“ls”命令的面试问题 - 第一部分 这篇文章以很好的方式提供给我们,让我们通过
终于开始攻克并行这一块了,有点小兴奋,来看看网络上R语言并行办法有哪些:
用R进行文本分析初探——以《红楼梦》为例 一.写在前面的话~ 刚吃饭的时候同学问我,你为什么要用R做文本分析,你不是应该用R建模么,在我和她解释了一会儿后,她嘱咐我好好写这篇博文,嗯为了娟儿同学,细细说一会儿文本分析。 文本数据挖掘(Text Mining)是指从文本数据中抽取有价值的信息和知识的计算机处理技术。顾名思义,文本数据挖掘是从文本中进行数据挖掘(Data Mining)。从这个意义上讲,文本数据挖掘是数据挖掘的一个分支。 文本分析是指对文本的表示及其特征项的选取;文本分析是文本挖掘、信息
一.写在前面的话~ 刚吃饭的时候同学问我,你为什么要用R做文本分析,你不是应该用R建模么,在我和她解释了一会儿后,她嘱咐我好好写这篇博文,嗯为了娟儿同学,细细说一会儿文本分析。 文本数据挖掘(Text Mining)是指从文本数据中抽取有价值的信息和知识的计算机处理技术。顾名思义,文本数据挖掘是从文本中进行数据挖掘(Data Mining)。从这个意义上讲,文本数据挖掘是数据挖掘的一个分支。 文本分析是指对文本的表示及其特征项的选取;文本分析是文本挖掘、信息检索的一个基本问题,它把从文本中抽取出的特征词
这个函数的使用格式为:apply(X,MARGIN, FUN, ...)。它应用的数据类型是数组或矩阵,返回值类型由FUN函数结果的长度确定。
MARGIN表示矩阵的行与列,MARGIN=1表示矩阵行,MARGIN=2表示矩阵列。
其实简单的R 拼图,我喜欢patchwork 的加减乘除。但这种4x4 布局的图片,对象又多,一个个创建不现实;代码写起来,也非常不优雅。
在R中更易于处理的数据形式是data.frame,list并不是太好处理,常用操作就是对它进行循环迭代。
引子: 我们常常会遇到这样的问题,数据量很大,并不需要依顺序来依次处理。合理分块处理,并最终整合起来是一个不错的选择。这也就是所谓的Split-Apply-Combine Strategy策略。这在速度上会有比做一个loop有优势,因为它可以并行处理数据。 什么时候我们需要使用到化整为零的策略呢?有以下三种情况: 数据需要分组处理 数据需要按照每行或者每列来处理 数据需要分级处理,和分组很类似,但是分级时需要考虑分级之间的关系。 化整为零策略有点类似于由Google推广的map-reduce策略。当然ma
#lapply函数 #可以循环处理列表中的每一个元素 #lapply(参数):lapply(列表,函数/函数名,其他参数) #总是返回一个列表 #sapply:简化结果 #结果列表元素长度均为1,返
在我前面的文章:clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析,有介绍在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子的:
旭日图是饼图的一种扩展,每一层都展示一组分类的比例。sunburstR可绘制交互式旭日图
方法1:使用正则表达式,格式为 import re,re.match(r"^...$", s) ,其中 ^ 表示匹配 s 的开始,$ 表示匹配 s 的结尾,... 就是自己写的表达式。匹配成功会返回一个对象,则为 True,否则为 False。
我简单看了看页面(https://bis.zju.edu.cn/binfo/textbook/)上面的对应的各个章节的ppt路径,很清晰:
这是《高效R语言编程》的学习笔记,前面的笔记在这里:https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/115349366 https://www.jianshu.com/p/71392ef45d01 很多R语言用户并不认为自己是程序员,我也是:),精通专业知识,理解R语言的标准数据结构,但是缺乏正规编程训练,你是这样的吗?
前面介绍了 : 一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM ,是一个Python软件,也是读取gtf文件,根据id来自动计算每个基因的长度后进行相对应的公式的转换:
install.packages("devtools");
一、玩转字符串 stringr包 图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 2.字符串拆分 str_sp
这部分内容摘自百度百科。超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了从有限N个物件(其中包含M个指定种类的物件)中抽出n个物件,成功抽出该指定种类的物件的次数(不放回)。超几何分布中的参数是N,n,M,上述超几何分布记作X~H(N,n,M)
大型数据集通常是高度结构化的,结构使得我们可以按不同的方式分组,有时候我们需要关注单个组的数据片断,有时需要聚合不同组内的信息,并相互比较。
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
【画图】与SARS-CoV-2病毒结合ACE2基因表达正相关的LncRNA有哪些?
Python中的赋值语句没有创建副本对于对象来说,它们只是将名称绑定到对象。对于不可变的对象来说,通常是没有什么区别的。但是,为了处理可变对象或可变对象的集合,我们可能需要一种方法来创建这些对象的“真实副本“。
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