首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

在R中创建具有多个事件的时间-事件kaplan meier图

在R中创建具有多个事件的时间-事件Kaplan-Meier图,可以通过使用survival包来实现。下面是一个完善且全面的答案:

时间-事件Kaplan-Meier图是一种用于分析生存数据的统计图表,它可以显示不同组别或条件下的生存曲线。生存曲线描述了在给定时间点上存活的个体比例。在创建具有多个事件的时间-事件Kaplan-Meier图时,我们需要考虑多个事件的发生。

以下是在R中创建具有多个事件的时间-事件Kaplan-Meier图的步骤:

  1. 安装和加载survival包:
代码语言:txt
复制
install.packages("survival")
library(survival)
  1. 准备数据: 假设我们有一个包含时间、事件和组别的数据集。时间是指个体发生事件的时间,事件是指个体是否发生了事件(1表示发生,0表示未发生),组别是指个体所属的不同组别。我们可以使用data.frame函数创建一个示例数据集:
代码语言:txt
复制
data <- data.frame(time = c(10, 15, 20, 25, 30, 35, 40),
                   event1 = c(1, 1, 1, 0, 1, 0, 1),
                   event2 = c(0, 1, 1, 0, 1, 1, 0),
                   group = c("A", "A", "B", "B", "A", "B", "A"))
  1. 创建Surv对象: 使用Surv函数创建一个Surv对象,该对象将时间和事件作为参数。对于具有多个事件的情况,我们可以使用Surv函数的event参数来指定事件的类型。在这个例子中,我们有两个事件,因此我们需要使用Surv函数两次来创建两个Surv对象:
代码语言:txt
复制
surv1 <- Surv(data$time, data$event1, type = "event")
surv2 <- Surv(data$time, data$event2, type = "event")
  1. 创建Kaplan-Meier估计: 使用survfit函数创建Kaplan-Meier估计。我们可以使用strata参数来指定分组变量,以便在同一图表中显示不同组别的生存曲线。在这个例子中,我们可以使用group变量作为分组变量:
代码语言:txt
复制
fit <- survfit(surv1 ~ group, data = data)
  1. 绘制Kaplan-Meier图: 使用plot函数绘制Kaplan-Meier图。我们可以使用fun参数来指定要绘制的生存曲线类型。在这个例子中,我们可以使用fun = "event"来绘制具有多个事件的生存曲线。另外,我们可以使用col参数来指定不同组别的颜色:
代码语言:txt
复制
plot(fit, fun = "event", col = c("blue", "red"))

完善且全面的答案中不提及云计算品牌商,因此不提供腾讯云相关产品和产品介绍链接地址。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言中生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例

可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier   建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。 默认  带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量...分析芯片数据 5.R语言生存分析数据分析可视化案例 6.r语言ggplot2误差棒快速指南 7.R 语言绘制功能富集泡泡 8.R语言如何找到患者数据具有差异指标?

1.7K10

R语言中生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例

可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即 S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier 现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier 建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。 ---- 01 02 03 04 默认 带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量...当对象事件发生时间设置中发生多个可能事件时 例子: 复发 因疾病死亡 因其他原因死亡 治疗反应 在任何给定研究,所有这些(或其中一些 以及其他)可能都是可能事件。 所以有什么问题?

1.2K10

【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享

温和假设下,包括参与者具有独立且相同分布事件时间,并且删失和事件时间是独立,这给出了一个一致估计量。上图给出了一个简单案例 Kaplan Meier 估计示例。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即 S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier 现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier 建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。 默认 带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量

1.3K30

R语言生存分析可视化分析

Kaplan-Meier生存评估 Kaplan-Meier(KM)方法是一种非参数方法,用于估计观察到生存时间生存概率(KaplanMeier,1958)。...功能survfit()[存活包]可以被用来计算Kaplan-Meier存活估计。...、 Kaplan-Meier生命表:生存曲线总结 如上所述,您可以使用函数summary()来获得生存曲线完整摘要: summary(fit) 在生存曲线已经与一个或多个变量拟合情况下,surv_summary...复杂生存曲线 本节,我们将使用多个因素组合计算生存曲线。...下面的显示了性别变量根据rx&adhere值生存曲线。 ? 概要 生存分析是一组数据分析统计方法,其中感兴趣结果变量是事件发生之前时间

1.1K30

【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

温和假设下,包括参与者具有独立且相同分布事件时间,并且删失和事件时间是独立,这给出了一个一致估计量。上图给出了一个简单案例 Kaplan Meier 估计示例。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量

34900

【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

温和假设下,包括参与者具有独立且相同分布事件时间,并且删失和事件时间是独立,这给出了一个一致估计量。上图给出了一个简单案例 Kaplan Meier 估计示例。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。 01 02 03 04 默认  带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量

67600

【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

温和假设下,包括参与者具有独立且相同分布事件时间,并且删失和事件时间是独立,这给出了一个一致估计量。上图给出了一个简单案例 Kaplan Meier 估计示例。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。 01 02 03 04 默认  带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量

43900

【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

温和假设下,包括参与者具有独立且相同分布事件时间,并且删失和事件时间是独立,这给出了一个一致估计量。上图给出了一个简单案例 Kaplan Meier 估计示例。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点和终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集 event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致 tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致 时间相关协变量

89100

【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

上图给出了一个简单案例 Kaplan Meier 估计示例。生存分析用于各种领域例如:用于患者生存时间分析癌症研究,“事件历史分析”社会学,工程中用于“故障时间分析”。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1创建生存对象Kaplan-Meier...:time,其中包含每个时间间隔起点和终点surv,其中包含每个对应生存概率 timeKaplan-Meier 现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier。...Kaplan-Meier 建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier。...tmerge 为每个患者不同协变量值创建一个具有多个时间间隔长数据集event 创建事件指示器,以与新创建时间间隔一致tdc 创建时间相关协变量指标,以与新创建时间间隔一致时间相关协变量

71500

手动和使用R示例

生存分析(也称为时间事件分析或持续时间分析)是统计学一个分支,旨在分析一个或多个事件发生预期时间,称为生存时间或持续时间。 在生存分析,我们关注某一特定事件,并希望分析事件发生时间。...危险函数 危险函数,或危险率,定义如下: 并具有以下特性: 正函数(不一定是递增或递减) 危险函数h(t)可以具有许多不同形状,因此是总结生存数据有用工具 癌症患者例子,h(t)测量了时间...survfit()函数~ 1表示我们没有分组情况下估计Kaplan-Meier。有关此后帖子更多信息,请参见后文。...最后,我们显示结果并绘制Kaplan-Meier: # results summary(km) ## Call: survfit(formula = Surv(time, event) ~ 1, data...我们展示了如何通过Kaplan-Meier估计器估计生存函数,以及如何通过对数秩检验测试两组之间生存情况。我们既手动说明了这些方法,也R中进行了说明。

12410

R」数据可视化12 : 生存曲线

制作生长曲线之前,我们需要首先了解几个相关术语 参考:R语言-Survival analysis(生存分析) Event(事件):指在随访过程中发生某个结果,如癌症研究,可能为复发(Relapse...不过,我们只关注生物领域使用,我们称为随访生命表,该表记录了参与者队列研究或临床试验预定随访期内经历,直到目标事件发生或研究结束为止。...: Nt=时间间隔t内没有发生目标事件但处于风险的人数(如本研究目标事件为死亡,而参与者都处于可能死亡风险之中) Dt=时间间隔t内死亡的人数 Ct=时间间隔t内删失的人数 Nt*=时间间隔...Kaplan-Meier是基于这样假设进行:删失与事件发生可能性无关,且研究早期和后期被招募参与者生存率是可比。这些前提很重要,比如在不同组比较时要保证删失可能性一致。...Kaplan-Meier与寿命法计算方式类似,主要区别是时间间隔,寿命法我们选择时间间隔相等,而在Kaplan-Meier方法我们使用观察到事件时间和删失时间

3K20

生存分析——KM生存曲线、hazard比例、PH假定检验、非比例风险模型(分层时变参数模型)(二)

2.4 其他生存时间相关概念 3 Kaplan-Meier 生存概率估计 3.1 寿命表( life table) 3.2 KaplanMeier 方法 3.3 KM组别差异指标一:位生存时间...2 生存分析几个核心概念 有参考: 生存分析简明教程 生存分析:寿命表,Kaplan-Meier,Cox回归,时依协变量 生存分析要解决核心问题就是各组样品数据一个或者多个变量作用下它们生存概率随着观测时间如何发展...3.2 KaplanMeier 方法 KaplanMeier 方法主要思路,基于刚才表格,我们也可以用数学公式来表示。...实际使用,我们可以使用不同方法从多个角度对数据去进行探究。...其中 t 是生存时间,x1, x2 到 xp 指的是具有预测效应多个变量, b1, b2 到 bp 则是每个变量对应 effect size 即效应量,可以理解为结果影响程度,后面会解释。

5.2K31

数据运营系列(一):生存分析与用户行为如何联系起来

生存分析 生存分析主要用于医学研究,比如医疗方案对病人寿命影响。后面用来探究所感兴趣事件发生时间统计方法。比如产品寿命分析、工程失败时间分析等等。...:事件标志(用户有购买行为该值为1,否则为0) duration:时间段(截止时间减去注册时间) (2)转化率随时间变化趋势: 通过Kaplan-Meier无参估计方法绘制出生存估计量曲线发现,50...3 生存函数性别上差异 3....Cox模型与Kaplan-Meier法比较: Kaplan-Meier法是非参数法,而Cox模型是半参数法,一般来说符合一定条件下,后者检验效应要大于前者。...Kaplan-Meier法一般处理单因素对研究生存结局影响,而Cox模型可以同时处理多个因素对生存结局影响。 Cox model形式:h0(t)和βk都是待估参数,Zk为协变量。 ?

1.6K21

R」一文掌握生存分析

资料 生存分析备查表 - 会使用到主要函数与包介绍 背景介绍 - 统计知识 背景 纵向研究,我们需要从一个时间点追踪样本或受试者(例如,进入研究,诊断,开始治疗),直到我们观察到一些结果事件(例如死亡...风险是特定时间点t瞬时事件发生(死亡)率。生存分析并不认为随着时间推移危害是不变。累积风险是直到时间t为止经历总风险。生存函数是个体时间t之前存在概率(或者,不发生感兴趣事件概率)。...曲线没有事件发生时间段内是水平,然后垂直下降,对应于每次发生事件时生存函数变化。截尾是一种生存分析特有的缺失数据问题。当我们研究结束时跟踪样本/主题并且事件从未发生时会发生这种情况。...)事件或截尾发生了,风险样本数(就是还没死),以及及时累积生存率等。...,让我们制作Kaplan-Meier

3.2K10

生存分析统计检验方法你用对了吗?

Kaplan-MeierKaplan-Meier法简称K-M法,又称乘积极限法(Product-limit Estimate)是生存分析方法中最常用一种,主要用于估计患者生存率和绘制生存曲线。...Kaplan-Meier曲线(生存曲线),以生存时间为横轴,生存率S (tk)为纵轴,绘制而成连续型阶梯形曲线,用以说明生存时间与生存率之间关系。...生存曲线一般是平滑而水平延伸,当某个时间点一旦有患者发生终点事件(如死亡),曲线就会垂直下降,下降幅度是该时间点上患者发生终点事件例数和上一个时间节点后随访患者样本量比。...3.Two Stage Hazard Rate Comparison R中使用TSHRC包进行统计检验,该检验方法同时可以计算Kaplan-MeierLog-Rank testp值。...TSHRC包twostage函数是计算p值方法。

2.5K30

【绘图】深度测评:生存分析还可以如此诱人!

在前面的教程【科研猫】生存分析正确姿势,我们以TCGA肿瘤病人和基因表达为例,给大家讲解了生存分析用R语言应该怎么去做,还出了一个特别专刊【科研猫·出品】TCGA超大批量生存分析教程,是给大家讲解了...今天,我们从抛开数据分析角度,从绘图,从高级可视化角度出发,教大家如何去绘制一个“美丽诱人”生存分析KM曲线(Kaplan-Meier curve)。...基本概念 正式开始之前,我们需要对生存分析几个概念再做一下解读和强调,免得有些同学搞不清楚基本概念: 生存时间(survival time) 指的是从开始事件到终点事件所经历事件跨度。...例如,肿瘤患者从发病到死亡所经历事件跨度,冠心病患者两次发作之间时间间隔等。注意:进行实验设计时,需要对起始事件、终点事件时间单位进行明确定义。...描述统计:常采用Kaplan-Meier法进行分析,并绘制生存曲线;对于频数表资料,则可以采用寿命表进行分析(属于非参数统计方法)。 2.

1.9K10

「Workshop」第三期:生存分析

t为止,感兴趣事件(T)没有发生概率: 风险函数:个体存活到某个时间点t,但是接下来一个小时间间隔后死亡概率除以这个时间间隔长度也就是瞬时死亡率: $$h(t)=\lim\limits_...Kaplan-Meier estimator 非参数法最常用是KM估计(Kaplan-Meier estimator) 条件概率: ?...对于这样区间有这些情况: 没有发生死亡或者删失,估计条件概率就是1 中有删失,估计条件概率也是1 中有死亡没有删失,估计条件概率就是 d是死亡个体数目,r是总个体数目...权重的确定可以把两组样本混合,然后计算Kaplan-Meier estimator得到: ?...这种检验也叫做Fleming-Harrington G(ρ) test,ρ=0时候就是log-rank test,这种方法给早期生存差异一个较大权重 R可以直接用survdiff()来计算不同组差异

2.5K40

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)目录

====================================== Cox比例风险模型(Cox,1972)本质上是一种回归模型,通常用于医学研究统计学,用于研究患者生存时间与一个或多个预测变量之间关联...介绍 在前一章(TCGA生存分析),我们描述了生存分析基本概念以及分析和总结生存数据方法,包括:1.危险和生存功能定义 2.为不同患者群构建Kaplan-Meier生存曲线用于比较两条或更多条生存曲线...他们根据调查一个因素来描述生存,但忽略了任何其他因素影响。 此外,Kaplan-Meier曲线和logrank检验仅在预测变量是分类时才有用(例如:治疗A与治疗B;男性与女性)。...此外,Cox回归模型扩展了生存分析方法,以同时评估几种风险因素对生存时间影响。 临床研究需求 临床研究,存在许多情况,其中几个已知量(称为协变量)可能影响患者预后。...换句话说,它允许我们检查特定因素如何影响特定时间点发生特定事件(例如,感染,死亡)发生率。该比率通常称为危险率。预测变量(或因子)通常在生存分析文献称为协变量。

3.5K20

最权威生存分析神器,你值得拥有!

数据库介绍 我们阅读文献或者做科研课题过程,生存分析往往是非常重要一环,能够显示我们目标基因对于患者生存预后影响,通常我们会使用一些R包去绘制生存曲线,对于一些对编程了解较少小伙伴们,小编要给大家推荐一个生存分析领域最经典权威工具...) Probe set options选项,有3个选择,可以让我们选择探针方式(输入一个基因名称后,会出现多个选项,这就是不同探针),如果想出现更好结果,可以选择best probe。...03 结果展示 由于小编在预设分析条件没有设置随访时长,首次绘图时候发现在150个月时候曲线发生了交叉,所以改变了一下随访时间,设置为120个月,p值确实更显著了一些!...小编总结 Kaplan-Meier Plotter可调整临床信息全面、可以分析癌症多个亚型生存曲线,数据使用自由度高、能自动选择最优分组策略、操作简便、出也相对美观。...不过Kaplan-Meier Plotter唯一缺点就是,涵盖癌症类型确实有点少,也期待它能在后续更新让数据量更加丰富起来!

2.6K10
领券