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如何让Seurat_v4和Seurat_v5R中共存及Seurat_v4换为Seurat_v5对象

基于我之前已经用V4写过60多篇笔记推文了,也方便大家以后可以继续使用这个代码,所以在此介绍如何安装V5和如何将Seurat_v4对象转换为Seurat_v5对象。...初试Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 #查看R包的路径...seurat_v5 getwd() dir.create("~/seurat_v5") #https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5.html ####seurat_v5...setRepositories(ind = 1:3, addURLs = c('https://satijalab.r-universe.dev', 'https://bnprks.r-universe.dev...pc-linux-gnu-library/4.3", "/usr/local/lib/R/library" )) 如何将Seurat_v4对象转换为Seurat_v5对象 #确认一下所用的Seurat

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Linux的管道命令

//选取界面:cut,grep cut -d '分隔字符' -f fields cut -c 字符范围 //用于排列整齐的信息 cut -d ':' -f 3,5 //以:作为分隔 列出第3和第...:sort,wc,uniq sort -f:忽略大小写 -b:忽略空格 -r:反向输出 -M:以月份名字排序 -u:相同的数据只显示一 //uniq -i:忽略代销写字符的不同 -c:进行计数 /.../wc -l:仅列出行 -w:仅列出多少字 -m:列出多少字符 双向重定向 tee用于将数据流处理的过程中将某段信息保存下来 //例子: last|tee last.list|cut -d " " -f...1 字符转换命令:tr,col,join,paste,expand tr: -d:删除信息当中字符串 -s:替换重复的字符 //例子: last | tr '[a-z]' '[A-Z]' //将小写字符换为大写...last | tr -d ':' //删除冒号 col: -x:将tab转换成对等的空格键 -b:文字内有反斜杠(/),保留反斜杠最后接的字符

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【生信技能树培训笔记】R语言基础(20230112更新)

(二)项目中新建脚本方式:Rstudio菜单栏,File→NewFile→RScript保存:R脚本保存的文件后缀为.R保存的默认位置为当前的工作目录(working directory)Tips:脚本中点击...[1] FALSE FALSE FALSE TRUE> table(x) #重复值统计x1 3 5 #第一返回向量中的取值(去重后的向量元素)2 1 1 #第二返回每个元素的重复次数> sort...> m[2,3]c 8 #取出指定的连续的。...重点与Tips:数据框按照逻辑值取子集,TRUE对应的/留下,FALSE对应的/丢掉。用于取子集的逻辑值向量,与原集对应即可,不必一定由原集生成。...","r2","r3","r4")> #只修改某一/的名> colnames(df1)[2] df1 gene CHANGE score p.valuer1 gene1

3.9K51

python置矩阵代码_python 矩阵

用python怎么实现矩阵的置 只能用循环自己写算法吗 自带函数有可以算的吗 或者网上的算法可以用的 python矩阵置怎么做?...T python 字符串如何变成矩阵进行矩阵置 如输入一串“w,t,w;t,u,u;t,u,u”将其变成矩阵进行置操作 需CSS布局HTML小编今天和大家分享: 你需要置一个二维数组,将行列互换...print [[r[col] for r in arr] for col in rang 用python输入一个矩阵字符串srcStr,输出这个矩阵要CSS布局HTML小编今天和大家分享:输入将以“用半角逗号隔开列...df_T.to_excel(‘要 matlab里如何实现N的矩阵变换成一N的矩阵 就是说A=1 2 3 4 如何使用函数将A变成 B=1 2 3 4 5 有两种方法可以实现: 置矩阵: B...= A’; 通用方法:reshape()函数 示例如下: 说明:reshape(A,m,n) 表示将矩阵A变换为mn的矩阵,通常用于矩阵形状的改变,例如下面代码将原来的14矩阵转换为22矩阵

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R语言 数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

,check.names=F指定不转化特殊字符#注意:数据框不允许重复名#rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) #再次重复:数据框不允许重复的列名,因此报错...) df1修改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #修改所有名colnames(df1)[2] <- "CHANGE" #列出所有名后取出下标为...生成的数据框名和列名为[1,]等colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名或名均可以此实现#取子集方法同数据框t(m) #,数据框置后为矩阵as.data.frame...c<(),第三是中括号内必须标明#再次注意%in%不会发生循环补齐,因其不是等位运算# 练习3-2# 1.统计内置数据iris最后一有哪几个取值,每个取值重复了多少次table(iris[,ncol...(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5,前4,并转换为矩阵,赋值给a。

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详解数据库自然连接

首先来看自然连接的定义: 自然连接:是一种特殊的等值连接,它要求两个关系进行比较的分量必须是相同的属性组,并且结果集中将重复属性去掉。...b d g 首先要对两个关系中相同属性组的分量进行比较,即比较R.A,R.C和S.A,S.C。...显然R中只有第一和第二满足条件,因此进行连接得到结果: A B C D a b c d b a d g 再来看一道2008年软件设计师考试的题目: 若关系R、S如下所示,则R与S自然连接后的属性数和元组个数分别为...() R: A B C D a b c d a c d c a d g f a b g f S: C D c d g f 分析,首先进行比较,容易得出R中有三个元组(即三,1、...3、4)符合条件,所以元组个数为3,再然后去掉重复,显然仍然剩下A、B、C、D四个

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个人永久性免费-Excel催化剂功能第16波-N多使用场景的多维表一维表

很可惜,一般主流Excel插件都仅限于将二维表转换为一维表的功能实现,另外多种多维一维的需求都未见有实现的功能。此次Excel催化剂将多维表转换一维表的功能发挥得淋漓尽致。...目前穷我之力有限度的调查插件市场功能的情况下,大胆推测Excel催化剂此多维一维功能将是Excel插件中全球范围内实现最彻底,最通用及使用体验最好的功能!...视频演示 https://v.qq.com/x/page/u0634srt7gk.html 多维一维场景 本人日常工作中,所接触到的大概有以下几类的多维一维的数据场景 类型一:一表头,多次重复相同的数据...类型二:一表头,多次重复相同的数据(相同因有多个不同类型的数据按间隔式排列) 此类型和类型一类似,只是相同类型的间隔排列了,也未见有相关插件对其开发。...单元是指最底层标题对应的上一层标题的数据项数量,如上一层是季度,为3数据,同样表头中,也类型算其间隔或重复数(假设其上方还有一作了区分不同数据的组合定义) 转换输出 同样一贯的Excel

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常用Bash命令整理之文本处理

# 它将移除文件中重复并显示单一 uniq example.txt # 可以统计重复出现的次数 uniq -c example.txt # 使用 -d 选项,只显示文件中有重复并只显示一次...uniq -d example.txt # 使用 -D 选项,显示文件中所有重复 uniq -D example.txt # 使用 -u 选项,只显示文件中不重复 uniq -u example.txt...uniq -s 3 example.txt # 使用 -f 选项,避免 uniq 命令比较第一的内容,只比较后面的字符是否重复 uniq -f 1 example.txt 3.tr - 替换或删除字符...选项,可以递归搜索指定目录下的所有文件 grep -r blinkfox /etc/ # 使用 -w 选项,只匹配包含指定单词的 grep -w blinkfox /etc/ # 使用 -c 选项...# 使用 -v 选项,可以输出除匹配指定模式的以外的其他所有 grep -v blinkfox /etc/passwd # 使用 --color 选项,输出中将匹配的字符串以彩色的形式标出 grep

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如何在 Python 中将作为的一维数组转换为二维数组?

特别是,处理表格数据或执行需要二维结构的操作时,将 1−D 数组转换为 2−D 数组的能力是一项基本技能。 本文中,我们将探讨使用 Python 将 1−D 数组转换为 2−D 数组的的过程。...2−D 数组 二维数组,也称为二维数组或矩阵,通过组织中的元素来扩展一维数组的概念。它可以可视化为网格或表格,其中每个元素都由其索引唯一标识。...为了将这些 3−D 数组转换为 1−D 数组的,我们使用 np.vstack() 函数,该函数垂直堆叠数组。...为了确保 1−D 数组堆叠为,我们使用 .T 属性来置生成的 2−D 数组。这会将交换,从而有效地将堆叠数组转换为 2−D 数组的。...总之,这本综合指南为您提供了 Python 中将 1−D 数组转换为 2-D 数组的各种技术的深刻理解。

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R语言专题6-表达矩阵画箱线图

专题6-表达矩阵画箱线图GEO的芯片数据处理可能要用到这些这边放到第六个专题详细写一下先生成一个随机的矩阵set.seed(10086) # 为了我的结果能在你的电脑重复,设置了种子exp = matrix...(rnorm(18),ncol = 6) ;exp # 通过18个随机数,生成36的矩阵## [,1] [,2] [,3] [,4]...library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)现在开始处理数据,将其转化为一个R语言看得懂的数据框顺便复习下之前讲过的管道符号dat = t(exp) %>% #...置 as.data.frame() %>% # 转换为数据框 rownames_to_column() %>% # 名转换为列名 mutate(group = rep(c("control"...,"treat"),each = 3)) #新增一grouppdat = dat %>% pivot_longer(cols = 2:4, # 提取关键信息所在(这边是‘gene’)

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生信入门马拉松之R语言基础-数据框、函数(Day 3)

## [1] -9.790635 -2.826137 -22.182617 Tips: 取交集table()会去重复;%in%取子集不会去重复_ 有重复值时,取交集和%in%运行结果不一样!!!!...按坐标取子集 按名字取子集 df1$score# $取子集 ## [1] 5 3 -2 -4 df1[2,2]#取df1第二第二的元素,单取一是数据框。...6 9 思考一下数据转化代码和输出结果的区别 m矩阵转变数据框后查看m的数据类型 t(m)#给矩阵置,变为变为 ## [,1] [,2] [,3] ## a 1 2 3...## 3 3 6 9 is.data.frame(m) ## [1] FALSE m矩阵转变数据框后赋值给aa后查看aa的数据类型 t(m)#给矩阵置,变为变为 ## [,1] [,2...,每个取值重复几次 #方法1 col(iris) #获得iris最后一是第五信息 table(iris[,5]) ## ## setosa versicolor virginica

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R语言的常用函数速查

逻辑型向量character;字符型向量 list:列表 data.frame:数据框c:连接为向量或列表 length:求长度 subset:求子集seq,from:to,sequence:等差序列rep:重复...数组 array:建立数组 matrix:生成矩阵data.matrix:把数据框转换为数值型矩阵lower.tri:矩阵的下三角部分 mat.or.vec:生成矩阵或向量t:矩阵置 cbind:把合并为矩阵...rbind:把合并为矩阵diag:矩阵对角元素向量或生成对角矩阵aperm:数组置 nrow, ncol:计算数组的行数和数dim:对象的维向量 dimnames:对象的维名row/colnames...sweep:计算数组的概括统计量aggregate:计算数据子集的概括统计量 scale:矩阵标准化matplot:对矩阵各绘图 cor:相关阵或协差阵Contrast:对照矩阵 row:矩阵的下标集...col:求下标集 4.

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Notepad++实用功能分享(正则行尾行首替换常用方法、文本比对功能等)

很多时候需要给多行文本的前后加字符或者文本,一添加是太麻烦了。notepad++提供了一键替换的功能。..." 在行首插入分号’,查找目标(Find what)输入^,然后换为(replace with)输入需要替换的分号’。...行尾插入"$" 在行首插入分号’,查找目标(Find what)输入$,然后换为(replace with)输入需要替换的分号’。...首空格和空行去除:“^\s+” -> “” 行尾空格和空行去除: “\s+$” -> “” 增加行:“\r\n” -> “\r\n\r\n” 缩减:“\r\n\r\n” -> “\r\n” 多行...xxx)” -> “\r\n” ABCD快速互换:“(AB)\t(CD)” ->“$2\t$1” 常用插件 文本比对 打开notepad++拖动要比对的文件到右侧,选择 Move to other

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