在R中按组和按行计算差异_在R中按组级别筛选行_在R中按组计算平均年龄 - 腾讯云开发者社区

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在 Linux 中如何按名称和 Grep 内容查找文件？

Linux find命令可用于搜索文件和目录并对其执行后续操作。...在 Linux 中按名称和 Grep 内容查找文件 find按名称及其内容对文件使用grep这些命令，如下所示： $ find -type f -name '' -exec

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卡方检验x2什么意思_卡方检验和方差分析

）式中TRC是表示第R行C列格子的理论数，nR为理论数同行的合计数，nC为与理论数同列的合计数，n为总例数。...四、行×列表的卡方检验（x2test for R×C table）适用于两个组以上的率或百分比差别的显著性检验。...其检验步骤与上述相同，简单计算公式如下：式中n为总例数；A为各观察值；nR和nC为与各A值相应的行和列合计的总数。...当理论数太小可采取下列方法处理：①增加样本含量以增大理论数；②删去上述理论数太小的行和列；③将太小理论数所在行或列与性质相近的邻行邻列中的实际数合并，使重新计算的理论数增大。...例如表20-16是28份咽喉涂抹标本，每份按同样条件分别接种在甲、乙两种白喉杆菌培养基中，观察白喉杆菌生长情况，试比较两种培养基的效果。

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R语言单、双因素方差分析及结果可视化的简单小例子

(1234) PlantGrowth %>% sample_n_by(group, size = 1) 函数sample_n_by()加载和检查数据，按组显示随机的一行显示分组变量的levels levels...1、3 统计按组计算均值与标准差 PlantGrowth %>% group_by(group) %>% get_summary_stats(weight, type = "mean_sd"...1.6计算 res.aov % anova_test(weight ~ group) res.aov p<0.05,表明各组之间有显著性差异 1.7多重比较 pwc...group_by(gender) %>% anova_test(score ~ education_level, error = model3) 受教育程度”对工作满意度的简单主效应在男性和女性中均有统计学意义...group_by(gender) %>% emmeans_test(score ~ education_level, p.adjust.method = "bonferroni") pwc1 各组男性和女性的工作满意度得分均有显著性差异

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245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

样本聚类按分数（左）拆分，EC样本按生物学重复分组。分离株按其在大多数野生型EC样品中存在（稳定定植菌）或在大多数野生型EC样品中的不存在（零星或非定植菌）进行分组。...列表示按治疗后反应分组分为R分组和NR分组的患者，并将它们按照多样性进行了排序；行表示细菌OTU，根据其相对于R与NR的富集和/或消减，分为三组，然后按每组内的平均丰度进行排序。...集合1（在R中富集），集合2（未富集）和集合3（在NR中富集）。（B）在目水平的（A）中描述的每个集合内的OTU的分类组成。...图片元素解读图A左上方展示了作者通过影像学评估对病人分为治疗后有效组(responder, R) 和治疗后无效组(noresponder, nr)，用以表示样本的差异。...KO与WT组中差异ASV热图。行分为两个簇，分别为KO组中显著富集或消减的ASV。列分为两个簇，正好与样本分组对应，表示样本可以非常好的聚类，组间差异明显。

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Linux shell 程序设计3——命令行程序

r file1：按ascii码值减少的顺序 sort -n file1：按字符串比较 sort -k 2 file1：按字符串比较每行的第二个字段 sort -nk 2 file1：按数值比较每行的第二个字段...2个及其以后的字符 cut -d: -f3,4 passwd：从文件passwd中抽出每一行的第3个和第4个字段，-d：表明:为分割符 10、paste：把两个文件按行合并，默认以Tab分割 paste...-e 'wadfadfdf' filename ：表示在filename 中查找wadfadfdf行并显示其后的200行 13、 tee：从标准输入读取数据，显示在标准输出上，并将内容写在指定的文件中...按ctrl+D组合键，输入的数据就存储在filename中。...开启一个子shell去执行该组命令 E、{ 命令1；命令2；... } 在现行的shell中执行该组命令，{右和}左有至少一个空格 18、script:：记录命令执行内容。

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从一封情书来谈matlab高效编程

恰巧小编头几天在搜索有关矢量化与循环计算效率的内容时，看到这么一个问题：同样的矩阵，按整行取值计算和按整列取值计算所花费的时间是不一样的。...接下来通过一个实例来看看按行计算和按列计算到底有什么差异，不同配置的电脑运行的时间会不尽相同，但两者差异肯定是明显的。...(注：以下示例程序只是为了说明按行计算和按列计算的耗时差异，并不是该程序的最优写法) clc;clear; % 定义矩阵行数 C = 10000; % 令行数等于列数，方便比较 R = C; % 定义自变量...上图是在小编电脑上运行的耗时结果，从上图不难看出，按行计算耗时大约是按列计算耗时的5倍。...因此，建议大家在日常存储数据时同类数据优先采用按列存储，计算过程中优先采用按列计算，虽不能大幅提升效率，但还是比不优化强嘛。

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2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记

win才要有几行返回的是加号光标定位到左下角窗口，按一下ESC键，重新运行这一行。...e并且h的逻辑值的话，是不是需要多个函数计算？...分别写两个str_sectect，& 富集分析结果的内容中，GeneRatio数值的分母，仍旧没理解。“能够对应到数据库中的差异基因总数”是否可以理解为，这个数据库总的差异基因总数固定为468？...老师我对比了别人的和我的 readme.txt 的文件，是我的这个文件有问题，但我不知道是什么意思你的文件是在windows中处理过再上传到服务器的，行末的换行符编码格式已经变了想问下加载完r包后如何退出啊...最后的两行里fastqc和multiqc是调用程序，不过最开始讲使用绝对路径的时候没有使用。

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【V课堂】R语言十八讲(十二)—-方差分析

另外,我们在回归分析之前还讲到了假设检验,T检验,如果你不记得了,可以去看看第九讲.我们知道T检验是检验两个总体是否有显著差异,那么,如果总体变成了3个甚至是四个,我们该怎么检验这四个总体是否有显著差异了...,那么,根据上表,我们做组别差异分析,要么是将字段y按字段x分组,要么按字段Z分组,或者按字段ｘ和字段ｚ分组．我们先来讲讲简单的，１．单因素方差分析：如果ｙ按字段ｘ分组，我们可以得到下表字段Y\因子...上面是部分数据,接着用R实现: ? ? 方差分析给出了,一个答案,就是组别之间有没有显著差异,但是这里有三组到底是哪两组有显著差异,还是都有显著差异了?...此时我们需要两两比较,三组总共要进行3次两两比较,当组数多了之后,根据排列组合知识我们知道其两两比较的次数会变得很大,这时R有一个函数能帮我们解决这件事: R实现: ? ?...R实现:部分数据和代码 ? ? 检验:这时除了要多检验一个假设,回归斜率想同.由下图可以看见斜率基本相同.

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unix命令大全详解-完整版_command方式：

a 在光标位置后开始加字，结束时按ESC键。 A 在光标所在行的最后面开始加字，结束时按ESC键。 o 在光标下加一空白行并开始加字，结束时按ESC键。...修改光标文件的字符 R 从光标位置开始修改，结束时按ESC键 new 更改n组字符，结束时按ESC键 ncc 从光标所在位置开始更改n行，结束时按ESC键重排各行长度 i 并按Enter将该行由光标所在处断开...:r filename 将指定文件的内容读入光标所在行下。 nY 将光标所在位置开始的n行数据暂存 p 复制暂存数据在光标的下一行 P 复制暂存数据在光标的上一行其他命令 ....dc 桌面计算器 dd 转换和复制文件 delta SCCS实用程序 deroff 去掉排版格式 devnm 标识设备名 df 显示可用磁盘空间 diff 显示两个文件的差异 diff3 显示三个文件的差异...计算表达式值 factor 因式分解 false 返回FALSE fgrep 在文件中查找指定模式 file 确定文件类型 find 查找符号条件的文件 fmt 安排简单的文本格式 fold 折行 for

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R语言中的apply函数族

前言 apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数，通过使用apply函数，我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。...但是，由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的，所以apply函数族一直是初学者玩不转的一类核心函数。...apply函数可以对矩阵、数据框、数组(二维、多维)，按行或列进行循环计算，对子元素进行迭代，并把子元素以参数传递的形式给自定义的FUN函数中，并返回计算结果。...MARGIN：表示对行(1)或者是对列(2)应用函数。 FUN: 可是R自带函数，如mean，sum等。也可以是自己编写的函数。 ... ：FUN中的额外参数。...，但如果传入的数据集是一个向量或矩阵对象，那么直接使用lapply就不能达到想要的效果了，lapply会分别循环矩阵中的每个值，而不是按行或按列进行分组计算。

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有两个磁盘文件A.txt和B.txt，各存放一行字符，要求把这两个文件中的信息合并（按字母顺序排列），并输出到一个新文件C中。

题目：有两个磁盘文件A.txt和B.txt，各存放一行字符，要求把这两个文件中的信息合并（按字母顺序排列），并输出到一个新文件C中。...代码： fp1, fp2 = open('A.txt', 'r'), open('B.txt', 'r') fp1_str, fp2_str = fp1.read(), fp2.read() fp1.close

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如何试用 R 语言绘制散点图

R语言绘制基因表达基因的“对称散点图转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。...的确，火山图是使用频率最多的，在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值，识别和判断差异表达基因概况。...treat）和对照组（control），图中的点代表各基因在两组中的平均表达值（已经作了log转换）。...treat组和control组相比，上调基因以红色表示，下调基因以绿色表示。图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。在该图中，我们可以很轻松地观察差异基因整体分布状态和数量比较的信息。...这样可以很方便地看出，在两组中的表达值差异越大的基因，p值越小，二者趋势是一致的，重在描述了差异倍数和p值的关系。

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R语言nlme、nlmer、lme4用（非）线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

最大的比例差异是3.1%（在比例参数中）。...对于该图，最好是按组指定参数重新进行拟合，而不是按基线+对比度进行拟合。...诊断图 ##放弃条件模式/样本-R估计值 diagplot1 %+% dp2 也许这暗示了两个实验组中更大的差异？...似然分析计算一个( sigma^2_R ) 似然函数的代码并不难，但运行起来有点麻烦：它很慢，而且计算在置信度下限附近的几个点上出现了非正-无限矩阵；我运行了另一组值，试图充分覆盖这个区域。...我们可以尝试在xmid和scale参数中加入随机效应。在组间或作为X的函数的方差（无论是残差还是个体间的方差）中可能有额外的模式。

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scRNA-seq marker identification(一)

识别在特定群集之间差异表达的标记我们的聚类分析产生了以下群集： ? 我们在聚类分析中有以下问题：群集7和20的细胞类型是什么？与相同细胞类型相对应的群集是否有生物学意义的差异？...针对每种情况计算基因水平的p值，然后使用MetaDE R软件包中的meta分析方法进行跨组组合。在开始标记鉴定之前，我们将明确设置默认测定，我们希望使用原始计数，而不是集成数据。...DefaultAssay(seurat_integrated) <- "RNA" 注意：虽然此函数的默认设置是从“RNA”插槽获取数据，但我们建议您运行上面的代码行，以绝对确保万一活动插槽在您的分析中的上游某处发生更改...请注意，为每个组（在我们的 Case,Ctrl和Stim）计算相同的统计信息集，最后两列对应于这两个组中的组合p值。...在查看输出时，我们建议寻找在 pct.1 和 pct.2 之间表达差异较大且logFC较大的标记。例如，如果 pct.1 =0.90和 pct.2 =0.80，则可能没有那么令人兴奋的标记。

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R语言入门之非参数假设检验

前言在往期内容中，我已经和大家讲解了t检验和方差分析（ANOVA）在R语言中如何实现，这里需要注意：使用t检验和方差分析时，需要样本服从正态分布，并且方差齐性，或者经过变量变换后服从正态分布和方差齐性...<- iris[which(iris$Species=='versicolor'),] #提取versicolor类的鸢尾花 mydata <- rbind(setosa,versicolor) #按行合并数据集...其实，一般差异比较明显的数据，使用参数检验和非参数检验的结果不会有很大的变化，但是对于一些边际值，我们在进行统计检验和做出结论时需要非常非常慎重！...从结果可以看出，臭氧浓度在不同月份间存在着差异（p-value < 0.05）。...，有兴趣的朋友可以将数据制成表格，在R中进行计算，我在这里就不演示了。

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GEO数据库中芯片数据分析思路

箱线图中位数线相对平齐，标准化后非常齐，因为样本绝大多数是没有差异的。如果有的样本中位数和别的不一样，就是异常样本，要删除异常样本，或者标准化。...# Group(实验分组)和ids(探针注释)rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata")library(stringr)# 标准流程代码是二分组，...##参考水平的用处：差异分析时自动作为对照组。...#方法1 BioconductorR包(最常用)gpl_number ## [1] "GPL6244"#在该网站找到芯片平台编号对应的物种和探针的注释信息R包##http://www.bio-info-trainee.com...file = "pca_plot.Rdata")# 2.top 1000 sd 热图---- cg=names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000))##apply，对exp按行求标准差

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GEO

', getGPL = F)#getGEO有从GEO中下载数据到工作目录下，并将数据读取到R中。...(pd),colnames(exp));p#判断两个数据的行名和列名是否一致if(!...，处理组在后 Group = factor(Group,levels = c("control","RA"))# 如果不加level，那么将按因子名字的首字母排序Group六、探针注释的获取捷径library...用标准差大的基因进行画图，聚类和分组的差别可能会大一些，但若选择表达差异大的基因，聚类和分组会更一致。...cor(t(exp[g,])) # t(exp[g,])是转置，行变成列，然后cor()计算列与列之间的相关性pheatmap(M)library(paletteer)#配色R包my_color = rev

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这 21 个 VSCode 快捷键，能让你的代码飞起来

作者/小智/ https://juejin.im/post/5d34fdfff265da1b897b0c8d 注意：若你在使用 Mac 时出现快捷键无效的情况，有可能是因为版本差异导致。...在windows任务管理器中看到过这一点，在VsCode 中按Ctrl + Alt + Delete可以打开该任务管理器。...它允许你在重新加载编辑器时将窗口放在前面，同时具有与关闭和重新打开窗口相同的效果。...Windows: Ctrl + Alt + R Mac: Control + Option + R 10、将选项卡交换到不同的组在我开发的过程中，我习惯在错误的选项卡组中使用选项卡。...幸运的是，VsCode 有一种方法可以通过按Ctrl + Alt +右箭头（Mac：Control + Option +右箭头）将标签移动到右侧的组，或者按Ctrl + Alt + 左箭头将标签转移到单独的标签组

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Linux学习笔记 Day 2~3

编辑模式 2.1 插入模式：按i即可进入编辑，在光标前开始插入，esc退出 2.2 替换模式： 3....命令行模式定位移动： j：下 K：上 l：右 h：左 ^：行首 0：行尾 H：页首 M：页中 L：页尾 gg：篇首 GG：篇尾 w：跳到下一单词（按特殊字符匹配） b：...zt：将本行提屏首 zb：将本行提屏尾 zz：将本行提中间按v进入可视模式，然后jklh选中某段或某行，然后zf创建折行，zc折叠，zo打开。 %跳到对应括号位置。...重做上次操作 r：按一下，再输，可更换当前字符 R：进入替换模式 dw：删除下一个字符 d0：当前光标前面的全部删除 d^：删除到本行首 dd：删一行 D/d$：删除光标本行后面 cw和...，输入79次上次的操作 V：按行选定 v：按字选定 ctrl+v：按列选 xp：交换当前两个字符位置 s：删除当前光标位置字符开始插入 S：删除当前行开始插入 o：当前行下新建空行开始插入

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按组计算每列最大最小值并横向填入格中

在 Linux 中如何按名称和 Grep 内容查找文件？

卡方检验x2什么意思_卡方检验和方差分析

R语言单、双因素方差分析及结果可视化的简单小例子

245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

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从一封情书来谈matlab高效编程

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【V课堂】R语言十八讲(十二)—-方差分析

unix命令大全详解-完整版_command方式：

R语言中的apply函数族

有两个磁盘文件A.txt和B.txt，各存放一行字符，要求把这两个文件中的信息合并（按字母顺序排列），并输出到一个新文件C中。

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