首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

谈谈那些R处理结果中非常小的p值

这周转录组专辑将讨论,使用R语言进行分析,结果出现p值非常小的情况。这个问题来自上上周推文的留言区,而我们将从此入手进行探索,且并不局限在差异表达分析得到的p值。...edgeR火山图 limma火山图 可以发现不同的工具对p值有着不同的控制程度,在DESeq2\edgeR中我们甚至可以发现p值为0的情况,那么p值小到什么程度会变成0呢,跳出p值,这么小的数在R中计算有意义吗...Q:对于R中的一些测试,p值计算有一个下限2.22E-16,我不知道为什么是这个数字,它是否有有充分的理由,或者只是随意的。许多其他统计数据包的精度仅为0.0001,因此这是一个更高的精度水平。...这些因素包括具体的计算方式、假设的违背程度、审稿人和期刊的偏好等。由于不同人对结果的偏好和重视程度不同,所以无法提供一个确定的用来报道的截断点。 在具体操作中,有几种常见的方法可以处理非常小的p值。...事实上,我们也可以看到一些报道所用的p值非常小 所以如果你真的对在文章中使用非常小的p值很介意,可以从以下几个方面入手 使用其他对p值更严格的分析方法,如差异表达分析中使用limma 或者使用多重检验校正后的

3.3K30

MySQL中null值的一个小坑

01、MySQL中null值的一个小坑 今天在测试null值的时候,发现了一个小问题,记录在这里,不知道大家以前遇到过没。...事情发展是这样的,在过滤一个表中的数值的时候,需要把age=2的列给剔除掉,然后查看剩余的列信息,这个操作看起来比较简单,我用一个表模拟一下过程: CREATE TABLE `test` ( `id...null值的时候,使用反向匹配age!...其实这个问题,在之前的4月29号的文章中有说到过,就是在一条数据记录里面,null值字段和一般的字段是不在一起存储的,null值字段是存储在null值列表里面的。...所以造成了检索时候不匹配的现象,这个还是比较重要的一个点,希望对大家有用。 声明一下,测试环境是5.7.16版本的MySQL。

89120
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    如何使用机器学习在一个非常小的数据集上做出预测

    贝叶斯定理在 Udacity 的机器学习入门课程的第 2 课中介绍:- ? 因为我想从课程中得到一些东西,所以我在互联网上进行了搜索,寻找一个适合使用朴素贝叶斯估计器的数据集。...在我的搜索过程中,我找到了一个网球数据集,它非常小,甚至不需要格式化为 csv 文件。 我决定使用 sklearn 的 GaussianNB 模型,因为这是我正在学习的课程中使用的估算器。...在概率论中,高斯分布是实值随机变量的一种连续概率分布。高斯分布在统计学中很重要,常用于自然科学和社会科学来表示分布未知的实值随机变量。...我定义了列的名称并创建了一个df,其中列用我给它们的名称标识:- ? 我决定映射这些值,因为如果创建了字典并为列中的简单类别分配了一个数字,则更容易识别单元格中的值:- ?...由于网球数据集非常小,增加数据可能会提高使用此模型实现的准确度:- ?

    1.3K20

    在DWR中实现直接获取一个JAVA类的返回值

    在DWR中实现直接获取一个JAVA类的返回值     DWR是Ajax的一个开源框架,可以很方便是实现调用远程Java类。但是,DWR只能采用回调函数的方法,在回调函数中获取返回值,然后进行处理。...那么,到底有没有办法直接获取一个方法的放回值呢?...我们假设在DWR中配置了Test在DWR中所对应的类未JTest,那么我们要调用getString方法,可以这样写: function Test() {     //调用Java类Test的getString...,然后在回调函数中处理,上面那段话执行后会显示test,也就是java方法的返回值。...现在,让我们打开DWR的engine.js文件,搜索一个asyn,马上,就发现了一个setAsync方法,原来,DWR是这个方法设置成属性封装起来了。这样,我们就可以实现获取返回值的功能了。

    3.2K20

    (数据科学学习手札58)在R中处理有缺失值数据的高级方法

    一、简介   在实际工作中,遇到数据中带有缺失值是非常常见的现象,简单粗暴的做法如直接删除包含缺失值的记录、删除缺失值比例过大的变量、用0填充缺失值等,但这些做法会很大程度上影响原始数据的分布或者浪费来之不易的数据信息...,因此怎样妥当地处理缺失值是一个持续活跃的领域,贡献出众多巧妙的方法,在不浪费信息和不破坏原始数据分布上试图寻得一个平衡点,在R中用于处理缺失值的包有很多,本文将对最为广泛被使用的mice和VIM包中常用的功能进行介绍...,以展现处理缺失值时的主要路径; 二、相关函数介绍 2.1  缺失值预览部分   在进行缺失值处理之前,首先应该对手头数据进行一个基础的预览:   1、matrixplot   效果类似matplotlib...,具体用法下文示例中会详细说明 maxit: 整数,用于控制每个数据框迭代插补的迭代次数,默认为5 seed: 随机数种子,控制随机数水平     在对缺失值插补过程中,非常重要的是为不同的变量选择对应的方法...p值都远远小于0.05,至少在0.05显著性水平下每个参数都具有统计学意义;   4、对5个合成出的数据框在缺失值位置进行融合,这里需要用到新的函数complete,其主要有下面三个参数: data:

    3.1K40

    面试算法:在循环排序数组中快速查找第k小的值d

    ,假定数组所有元素都不相同,请你给出一个复杂度为O(lgn)的算法,查找出第k小的元素。...解答这道题的关键是要找到数组中的最小值,由于最小值不一定在开头,如果它在数组中间的话,那么它一定具备这样的性质,假设第i个元素是最小值,那么有A[i-1]>A[i] A[n-1],那么我们可以确定最小值在m的右边,于是在m 和 end之间做折半查找。...这种查找方法使得我们能够在lg(n)时间内查找到最小值。 当找到最小值后,我们就很容易查找第k小的元素,如果k比最小值之后的元素个数小的,那么我们可以在从最小值开始的数组部分查找第k小的元素。...如果k比最小值之后的元素都要大,假设从最小值开始到最后一个元素,个数是t,那么我们只要在最小值前面的数组获取第k - t小的元素就可以了,具体实现如下: public class BinarySearchInCyclicallySortedArray

    3.2K10

    R语言计算两组数据变量之间的相关系数和P值的简单小例子~应用于lncRNA的trans-act

    这里相当于是计算两个数据集中的变量之间的相关性,之前发现correlation这个R包里的函数correlation()可以做 但是这里遇到了一个问题 ? 关掉这个报错界面以后就会提示 ?...-data.frame(Var4=rnorm(10), Var5=rnorm(10), Var6=rnorm(10)) 计算相关系数和P值...但是mRNA的表达量有上万个,用这个函数计算的时候是非常慢的 找到了另外一个函数是Hmisc这个包中的rcorr()函数 这个速度快很多,但是他不能计算两个数据集之间变量的相关性, 这样的话可以先计算,...= pmat[ut] ) } source("flattenCorrMatrix.R") flattenCorrMatrix(res.cor$r,res.cor$P) ?...,这个结果里也有显著性检验的p值 但是这个如果数量量比较大的话速度也很慢

    6K20

    C++在使用Qt中SLOT宏须要注意的一个小细节

    非常有一种比較经典的使用方法,就是Template Method模式,基类定义一个非虚的算法框架,里面详细定义一些纯虚的函数片段,由子类来进行实现,从而实现了控制整体框架,但能够给客户自由定制的灵活性。...但在使用Qt的SLOT的时候,会出现一个问题须要注意,就是在connect的时候,你给当前的子类对象child设置了SLOT宏,但这个宏也在基类中实现过,举个样例 Class Base : public...的myConnect中,this指针表示你在当前Base类中,这个时候非常自然的去调用Base::say(),一開始可能这样写为了自己主动连接和断除比較方便,可是假设你写了继承子类,你非常自然的去覆写了...say这个函数,而且认为既然不是虚函数,没什么须要操心的,你可能会去用Child去连接别的对象,心理还在想着Base中say的实现方法(由于我记得我当初链接信号的时候写是在Base中写的,而且我如今没实用指针和引用...,Child的say方法应该非常安全),但你会发现,最后触发的确实自己的slot,所以这点须要注意,比較微妙的一个小细节,尽管不是什么问题,但确实须要我们注意。

    1K20

    . | AI在小分子药物发现中的应用:一个即将到来的浪潮?

    尽管取得了这些进展,但AI在药物发现中的应用依然处在早期阶段,它的影响力和潜力还存在许多开放问题。...该文章主要聚焦于小分子的药物发现,它的AI方法相对成熟。 2 在小分子药物发现中的影响 管线增长 该文章将分析聚焦于24家“AI原生”的药物发现公司,AI是他们公司发现策略的核心。...然而,有多少AI支持的临床前项目到达了临床试验阶段以及AI驱动的资产在临床试验中的成功率,仍有待观察。...AI药物发现公司的管线组成 该文章进一步分析25家AI原生药物发现公司在治疗领域和靶点类别中的完整管线。...3 总结和展望 药物发现是一个多维、多步骤的探索和优化问题。AI可以用强大的新工具来解决复杂问题,有潜力在大幅改善这一过程中发挥重要作用。

    43610

    2022-10-05:在一个 n x n 的整数矩阵 grid 中, 每一个方格的值 grid 表示位置 (i, j) 的平台高度。 当开始下雨时,

    2022-10-05:在一个 n x n 的整数矩阵 grid 中,每一个方格的值 gridi 表示位置 (i, j) 的平台高度。当开始下雨时,在时间为 t 时,水池中的水位为 t 。...你可以从一个平台游向四周相邻的任意一个平台,但是前提是此时水位必须同时淹没这两个平台。假定你可以瞬间移动无限距离,也就是默认在方格内部游动是不耗时的。当然,在你游泳的时候你必须待在坐标方格里面。...你从坐标方格的左上平台 (0,0) 出发。返回 你到达坐标方格的右下平台 (n-1, n-1) 所需的最少时间 。..., &mut visited, r - 1, c, v); add(grid, &mut heap, &mut visited, r + 1, c, v); add(grid..., &mut heap, &mut visited, r, c - 1, v); add(grid, &mut heap, &mut visited, r, c + 1, v); }

    1K10

    Python中线性回归的完整指南

    因此假设线性关系,如果特征X可以解释(预测)目标,则比例高并且R 2值将接近1.如果相反,则R 2值接近0。 多元线性回归理论 在现实生活中,永远不会有一个功能来预测目标。...p是预测变量的数量 评估预测变量的相关性 以前在简单线性回归中,通过查找其p值来评估特征的相关性。 在多元线性回归的情况下,使用另一个度量:F统计量。 ? F统计公式。...有了大量的预测因子,即使它们没有统计学意义,也总会有大约5%的预测因子偶然会有非常小的p值。因此使用F统计量来避免将不重要的预测因子视为重要的预测因子。...R²和p值 看两个系数,得到一个非常低的p值(虽然它可能不完全是0)。这意味着这些系数与目标(销售额)之间存在很强的相关性。 然后看看R²值,有0.612。...R²,p值和F统计量 R²远高于简单线性回归,其值为0.897! 此外F统计量为570.3。这远远大于1,并且由于数据集相当小(仅200个数据点),它表明广告支出与销售之间存在很强的关系。

    4.6K20

    分布式 ID 生成器 一个唯一 ID 在一个分布式系统中是非常重要的一个业务属性,其中包括一些如订单 ID,消息 ID ,会话 ID,他们都有一些共有的特性:...

    分布式 ID 生成器 一个唯一 ID 在一个分布式系统中是非常重要的一个业务属性,其中包括一些如订单 ID,消息 ID ,会话 ID,他们都有一些共有的特性: 全局唯一。 趋势递增。...通常有以下几种方案: 基于数据库 可以利用 MySQL 中的自增属性 auto_increment 来生成全局唯一 ID,也能保证趋势递增。...本地 UUID 生成 还可以采用 UUID 的方式生成唯一 ID,由于是在本地生成没有了网络之类的消耗,所有效率非常高。 但也有以下几个问题: 生成的 ID 是无序性的,不能做到趋势递增。...采用本地时间 这种做法非常简单,可以利用本地的毫秒数加上一些业务 ID 来生成唯一ID,这样可以做到趋势递增,并且是在本地生成效率也很高。...但有一个致命的缺点:当并发量足够高的时候唯一性就不能保证了。 Twitter 雪花算法 可以基于 Twitter 的 Snowflake 算法来实现。

    1.3K20

    Python的缩进规则「建议收藏」

    Python中的每一条语句都有一个缩进级别,并且缩进级别会使用栈的数据结构进行存储。在开始读取文件之前,0(表示缩进级别为0,无缩进)会被首先压入栈中。...然后从文件开头到末尾,依次读取每行逻辑代码,每行逻辑代码的缩进级别都会和栈顶值进行比较,如果相等,那么什么都不会发生;如果比栈顶值大的话,那么该行逻辑代码的缩进级别就会被压入栈中,同时会生成一个缩进标记...(INDENT TOKEN);如果比栈顶值小的话,那么栈中所有比该行逻辑代码缩进级别大的值都会从栈中移除,并且还会生成一个扩展标记(DEDENT TOKEN)。...] + x)# 8 return r# 9 上面的#0行,缩进0个字符,由于文件读取之前0已经被压入栈中了,所以栈中的数据不会发生改变。...修改这个错误,只需要将最后一行的空格去掉就可以。 结尾给大家推荐一个非常好的学习教程,希望对你学习Python有帮助!

    80810

    设线性表中每个元素有两个数据项k1和k2,现对线性表按一下规则进行排序:先看数据项k1,k1值小的元素在前,大的在后;在k1值相同的情况下,再看k2,k2值小的在前,大的在后。满足这种要求的

    题目: 设线性表中每个元素有两个数据项k1和k2,现对线性表按一下规则进行排序:先看数据项k1,k1值小的元素在前,大的在后;在k1值相同的情况下,再看k2,k2值小的在前,大的在后。...(不知道有没有人有这种想法,反正我第一次做时就是这么想的。但是这种排序方法要多一个对k1分组的时间,时间复杂度增大了)。 另外特别注意“在k1值相同的情况下,再看k2”这句话。...接着讨论要用的算法,题中没有给什么特殊的要求,所以我们要满足的只是“数据项k1,k1值小的元素在前,大的在后;在k1值相同的情况下,再看k2,k2值小的在前,大的在后”。...如果k1的排序是不稳定的,那会产生一个问题。...,可能k2不满足“在k1值相同的情况下,再看k2,k2值小的在前,大的在后”。

    12610
    领券