如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...比如第一行第一列数据，代表M1样本中GBP4的表达量，直接使用pheatmap(data)，便可以得到一张热图。 ? ? 这样，一张热图就出来啦~ ?...使用color颜色更改颜色变化尺之后的热图会更好看啦。我们可以参考文章中的绘图颜色，这样会让我们的热图更富有视觉效果。 ?...在科研做图过程中，有时候我们并不需要对基因或者样本进行聚类，那么如何调整热图中的聚类树呢，在pheatmap函数中，cluster_row参数可以控制基因的聚类，cluster_col可以控制样本的聚类
热图是一个以颜色变化来显示数据的可视化矩阵，Toussaint Loua在1873年就曾使用过热图来绘制对巴黎各区的社会学统计。我们就拿这张简单朴素的热图来讲一下热图怎么看。...相关性 计算两个矩阵的相关性，可以得到两两的相关性，这时，用热图的颜色来表示相关性可以看出哪些配对相关性较高。 在单细胞中的应用 表达量 ?...热图很好地将对象（X，一般是我们的细胞）与它的属性（Y，一般是我们的基因）联系起来。 ? scanpy主题 在monocle2 中我们还看到一种热图将基因的表达情况与细胞发育轨迹结合到一起。...WGCNA主题 ComplexHeatmap在单细胞数据可视化中的应用 人们针对单细胞发展了相应的数据结构如seurat的S4类，monocle的CDS，SingleCellExperiment的sce...那么一张热图往往也不能完全的说明问题，于是我们希望能够灵活地操纵热图来讲更多的故事。于是，我们发现ComplexHeatmap这个R包真的是热图神器。 ?
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...metacoder后的结果，其对代码做了简化；下面来通过一个案例来介绍「metacoder」包 ❞ 载入metacoder包 library(metacoder) 解析分类数据 obj <- parse_tax_data...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图
欢迎关注R语言数据分析指南 加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...read.table(file ='heatmap.txt',row.names=1) %>% dplyr::select(1:24) # 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤...gsg <- goodSamplesGenes(datExpr0,minFraction = 1/2) #基因的缺失数据比例阈值 datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples..., gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20) moduleTraitCor <- cor(MEs2,design...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图
今天公众号后台有人留言作图，示例图如下 ?...image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...假设我们手上有这个一个转录本ID和基因名字之间的对应关系，第一列是转录本ID，第二列是基因名字 然后我们手上还有一个这样的bed文件，里面是对应的5个基因的CDs区域在基因组上的坐标信息。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列
今天的推文没有详细介绍代码，代码的介绍会以视频形式放到B站，欢迎大家关注我的B站 小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式...画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007.csv") head(dfa) pivot_longer(dfa, !...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...今天推文的示例数据和代码可以在后台留言20211007获取
vis_dat最初受到csv-fingerprint的启发，通过使用vis_dat将数据框中的变量类显示为带有vis_dat的绘图，并使用vis_miss简要查看丢失的数据模式，vis_dat将帮助你可视化数据框并...visdat 的六大特点如下： vis_dat()将数据框可视化，显示列的类别，并显示缺少的数据。 vis_miss()只显示缺失的数据，并允许对缺失进行聚类并重新排列列。...vis_compare()将相同维度的两个数据帧之间的差异可视化 vis_expect()将数据中某些条件成立的位置可视化 vis_cor()在一个漂亮的热图中对变量的相关性可视化 vis_guess(...)将数据中各个类的earch值可视化 你可以在“using visdat”小节中查看更多关于visdat的信息。...上面的图告诉我们，R读取这个数据集时是数值和整数值，并在Ozone和Solar.R中显示一些缺失的数据。类在图例中表示，缺失的数据用灰色表示，列/变量名列在x轴上。
igraph 包在图与网络分析中的应用 igraph 包是一个非常强大的包，它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向图及有向图(图的顶点和边允许百万以上），并解决了经典图论问题，如最小生成树、最大网络流量、...source 和target 分别代表网络中要求最大流的起始点和终点，capacity 为边的权重。...该图中任意两顶点之间的最短路程(考虑方向)。 ? 解：这三个问题是图论中的典型问题。首先，应该在R中构造该图，然后分别调用相关命令即可。...需要说明的是，第6，11 行结果表示这是R软件打开的第35，36 个tk 图形设备，与本题的具体内容无关。...而LINGO 则需要针对每个问题输入不同模型、约束条件等，远远不如R效率高，至于绘图功能，LINGO 还需要很大的改进。 求红包
pheatmap是简单常用的热图绘制包，可以快速、简单、可定制的绘制漂亮热图。具体见R语言学习-热图简化和免费高颜值可定制在线绘图工具 ImageGP。...现在要解决的一个问题是图出来了，想看下转换后用于绘图的表格，也就是获取聚类后的矩阵和聚类标准化后的矩阵。...提取聚类后的原始矩阵 # 查看绘图数据的结构 # 直接查看会很大，这里只展示其前2层 # str: structure str(a, max.level = 2) # Rstudio中 # View(...这可以自己先对数据scale标准化处理，再排序。...-0.45 1.38 -0.09 -1.01 ## gene_5 1.69 0.39 -0.96 -0.10 -1.03 0.01 其他的图也都类似了
这是一个非常简单，功能却非常强大的包 介绍 （1）visdat的目的是 vis_dat通过将数据框中的变量类显示为绘图，并使用vis_miss简要查看缺失的数据，帮助数据框的可视化。...（2）visdat有6个功能函数： vis_dat（）可视化一个数据框，显示列的类别，并显示缺少的数据。 vis_miss（）只显示缺失的数据，并允许对缺失进行聚类并重新排列。...vis_compare（）可视化相同维度的两个数据帧之间的差异 vis_expect（）可视化数据中满足某些条件成立的数据 vis_cor（）在一个漂亮的热图中可视化变量的相关性 vis_guess...上图告诉我们：R将此数据集读取为数值型或者整数型，并在Ozone和Solar.R中存在一些缺失的数据。缺少的数据由灰色表示。...（6）vis_guess（）函数 用来猜测数据框中每个单元格是什么类型的数据。
什么是桑基图 桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。...这个非常著名的图是Charles Minard在1869年所作的拿破仑东征俄国的信息图。Charles Minard是信息图表的之父，他是信息图领域的创始者。...，会发现在撤退过程中他们路过了一条叫Studienska的河，军队人数在河两岸出现了剧减，原来那个时候天气寒冷，军队长促情况下淌水过河，于是在这条寒冷的河中冻死了很多人。...桑基图怎么看 线条的走向 粗细的变化 节点间的比较 绘制属于自己的桑基图 在单细胞数据分析中有一个关键的步骤FindClusters（分群，以启发样本中可能有的细胞类型数量），但是这个目前用的方法是非监督聚类...image clustertree 在聚类分析中，由于它的启发性本质，经常需要比较不同分群的结果。
值得注意的是，开发一个 R 包就可以发表一篇不错的文章了。 什么是热图？热图是矩阵中的数值以颜色来显示的图形化表示。热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。.../ 注意：（1）#后面一行的代码都不被执行，因此可以用来做标注；（2）在数据整理过程中，如果你好奇数据整理后究竟发生了什么变化，只需要键入相应的数据框或矩阵名，比如“nba”或“nba_matrix”，...就可以查看变化；（3）热图绘制时一般输入的是矩阵，而 R 默认的输入格式是数据框，因此需要转化。...矩阵和数据框的差异请参照R语言的相关教程。 对于一个热图而言，有三个参数至关重要：1. 用来绘图的矩阵是必须的；2. 热图最令人称赞的就是它绚丽的颜色了，因此颜色参数不可或缺；3....图 1. heatmap 绘制热图 我们发现，在绘图的同时也绘制了系统树图，对于 NBA 这一数据，系统树图是没有太大意义的，而且颜色其实并不是我们平时所见的红色和黄色。
、更友好的运维生态 、 大家好,我是石臻臻,这是 「kafka专栏」 连载中的第「10」篇文章… 首发: 一图全解Kafka在zookeeper中的数据结构 一图知全貌 /cluster...; 后面其他的Broker启动的时候会去获取该数据, 如果发现数据跟自己的配置不一致; 则抛出异常,加入的不是同一个集群; 数据示例：{"version":"1","id":"0"} /controller_epoch.../，这是一个序列号持久节点 这个节点在kafka中承担的作用是: 当某个Broker上的LogDir出现异常时(比如磁盘损坏,文件读写失败,等等异常): 向zk中谢增一个子节点/log_dir_event_notification...主要是用了节点的dataVersion信息来当全局序列号 在kafka中的作用: 自动生成BrokerId 主要是用来自动生成brokerId; 一个集群如果特别大,配置brokerId的时候不能重复...值的时候都是用 set方法,set的时候会返回version数据,并不是get；每次set这个节点数据,版本信息就会自增;所以就实现了全局自增ID了； /brokers/ids/{id} 临时数据节点
R统计和作图 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言...- 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 -...分析，简单全面的最新教程 一文看懂PCA主成分分析 富集分析DotPlot，可以服 基因共表达聚类分析和可视化 R中1010个热图绘制方法 还在用PCA降维？...R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况 一分钟绘制磷脂双分子层：AI零基础入门和基本图形绘制 AI科研绘图（二）：模式图的基本画法 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？...R语言可视化学习笔记之ggridges包 利用ComplexHeatmap绘制热图(一) ggplot2学习笔记之图形排列 R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换 不写代码，用下高颜值在线绘图
在可视化图数据领域，尤其是在图形渲染性能等领域积累了较丰富的经验。...本文将系统性分享 NebulaGraph Explorer 在 3D 图数据展示上的一些应用。...二维力导图目前业界常用的图数据展示都采用 2D 力导图的逻辑，如下图所示： 图片 这种二维化的可视化模式，在图形语义上对物理世界数据进行了降维，通过点、边形状来描述实体和关系，符合人脑的习惯性直觉，简化了图数据的理解成本...图片 图数据 3D 可视化图数据的 3D 可视化在逻辑上和 2D 比较像，我们一般依然是采用 2D 的 Fruchterman 力导图逻辑，也依然需要尽量避免交叉遮挡，但维度升了一维，逻辑复杂的也上升不少...时序及 GIS 领域的图布局映射图数据坐标到渲染中增加边的相关交互行为 原文链接：https://www.nebula-graph.com.cn/posts/dag-controller
Graphpad，经典绘图工具初学初探 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 -...R中的实现 一文看懂PCA主成分分析 富集分析DotPlot，可以服 基因共表达聚类分析和可视化 R中1010个热图绘制方法 还在用PCA降维？...利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况 一分钟绘制磷脂双分子层：AI零基础入门和基本图形绘制 AI科研绘图（二）：模式图的基本画法 你知道R中的赋值符号箭头...12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data...、存储导出 9绘图需要的数据整理技术 创建属于自己的调色板 28个实用绘图包，总有几个适合你 热图绘制 R做线性回归 绘图相关系数矩阵corrplot 相关矩阵可视化ggcorrplot 绘制交互式图形
R语言 - 基础概念和矩阵操作 热图绘制 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图...(当然，更简单的我不告诉你：点一下Demo就好) 数据导入： 目前imageGP只能通过Ctrl C+V的形式粘贴数据，并且要特别注意导入的数据是长表格还是宽表格（这在教程中也有解释）； 每一图的文件数据必须是由制表符...线图；GO富集泡泡图；热图；箱线图；散点图；柱状图；火山图；曼哈顿图；直方图；韦恩图；密度图；PCA；PCoA；CPCoA； Add extra elements（添加其他元素） 在原图上加上一些注释线...为了满足期刊投稿要求，因此目前网站设置的统一字体是“Arial”格式，提供PDF格式下载。 ? 上图报错是因为热图绘制过程中，数据矩阵和注释矩阵信息未匹配。...参数中的variable输入的是列的名字，对大小写敏感 (现在采用了下拉框形式，没有烦扰了)。 ?
背景介绍 circos图对于一些数据量较大，不方便使用常用柱状图或者箱型图表示的数据能够进行漂亮的可视化，尤其常用于基因组可视化，并且可以进行基因组不同位置关系的展示，小编今天介绍的R包RCircos，...就是在R语言中最常用的circos图绘制工具，可以通过十分简单的代码绘制美观的图形！...R包安装 BiocManager::install("RCircos") library(Rcircos) 可视化介绍 01 输入数据格式 RCircos以数据框的形式获取输入数据，该数据框可以是从read.table...数据框的前三列，除了链接图的输入外，必须是按染色体名称、染色体起始位置和染色体结束位置的顺序排列的基因组位置信息。...语言绘制Circos图的工具中，RCircos是非常简单的一种，内部提供基因组数据，我们可以初始化图形以后，根据不同的需要，制作对应的数据格式，向初始化的基因组内部添加丰富的内容！
大数据文摘翻译作品 翻译：孙沁 校对：康欣 欢迎个人转发朋友圈；其他机构或自媒体转载，务必后台留言，申请授权 对于试图分类和整理大数据科技，特别是 Hadoop的那些企业，这是一个振奋人心的全新信息图。...2 企业中的Hadoop 使用Hadoop管理数据，2014年，每4家企业就有1家；2012年，每10家公司才有1家。 前5大应用行业：计算机制造业、商用服务、金融、零售和批发、教育和政府部门。...高德纳咨询公司（Gartner）表示： “对Apache Hadoop使用对增长，正在促进着结构化数据的增长，引领企业去理解如何再利用数据，赋予数据新的用途，并从数据中获得至关重要的深入理解 。”...4 完整信息图 ?...毕业后希望在Pharmaceutical/ Biotechnological/ Healthcare Industries/ Hospital工作，也想尝试医疗健康方向的咨询工作(Life Science
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