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R语言基础-数据清洗函数pivot_longer

names_to：一个字符向量，指定要根据存储在 cols 指定的数据的列名中的信息创建一个或多个新列。如果长度为 0，或者如果提供了 NULL，则不会创建任何列。...您还可以利用两个额外的字符值：NA 将丢弃列名的相应组件。“.value”表示列名的相应组件定义了包含单元格值的输出列的名称，完全覆盖 values_to。...如果列重复，默认值“check_unique”会出错。使用“minimal”允许在输出中重复，或“unique”通过添加数字后缀来消除重复。...values_to：一个字符串，指定要从存储在单元格值中的数据创建的列的名称。...values_drop_na：如果为 TRUE，将删除 value_to 列中仅包含 NA 的行。这有效地将显式缺失值转换为隐式缺失值，并且通常仅应在数据中的缺失值由其结构创建时使用。

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《利用Python进行数据分析·第2版》第7章 数据清洗和准备7.1 处理缺失数据7.2 数据转换7.3 字符串操作7.4 总结

中，我们采用了R语言中的惯用法，即将缺失值表示为NA，它表示不可用not available。...、Series或DataFrame列中的值来实现转换工作。...casefold 将字符转换为小写，并将任何特定区域的变量字符组合转换成一个通用的可比较形式。 正则表达式 正则表达式提供了一种灵活的在文本中搜索或匹配（通常比前者复杂）字符串模式的方式。...正则表达式，常称作regex，是根据正则表达式语言编写的字符串。Python内置的re模块负责对字符串应用正则表达式。我将通过一些例子说明其使用方法。...： In [159]: print(regex.match(text)) None 相关的，sub方法可以将匹配到的模式替换为指定字符串，并返回所得到的新字符串： In [160]: print(regex.sub

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生信学习小组Day6笔记—Chocolate Ice

安装与加载R包镜像设置目的：加快加载速度方法：应用R的配置文件：Rprofile说起来这个，就必须提到Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是....Renviron，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的） -----...-微信公众号：生信星球首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件；然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置...”)：安装Biocductor的包加载R包library(包)或者require(包)Rstudio中包只需要安装一次，但每次启动都需要重新加载R包dplyr包的五个基础函数以R自带的iris数据框为例...left_join(test2, test1, by = 'x') # 全保留test2，合并test1能匹配上的数据# NA与的区别：前者为数字型NA，后者为字符型NA全连full_joinfull_join

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R语言入门系列之一

a,b,c,sep=" ")将a、b、c粘贴为一个字符串，空格分割tolower()转换为小写，toupper()转换为大写substring()substring(a,1,3)返回字符对象a中第1到第...3个字符strsplit()strsplit(x, split=" ", fixed=FALSE, perl=FALSE) 根据split将字符串对象x分割，默认split为正则表达式， fixed...()对向量元素排序，decreasing=TRUE则为降序，na.last=TRUE将缺失值排在最后，返回值为元素排名sort()对对象元素排序（不限于向量），返回排序后的对象union()union(...=m, ncol=n) #使用向量生成m行n列的矩阵 matrix(NA, nrow=m, ncol=n) #生成一个m行n列的空矩阵 as.matrix(x) #将对象转换为矩阵 is.matrix(...由于因子的存在，数据分组信息等都可以转换为一个变量，从而使得数据框可以存储远多于矩阵的数据。 1.4列表 列表（list）是R中最复杂的一种数据类型。

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Python中字段抽取、字段拆分、记录抽取

1、字段抽取 字段抽取是根据已知列数据的开始和结束位置，抽取出新的列 字段截取函数：slice(start,stop) 注意：和数据结构的访问方式一样，开始位置是大于等于，结束位置是小于。...from pandas import read_csv df = read_csv( 'D:\\PDA\\4.6\\data.csv' ) #默认将电话号码按照数值型来处理了，需要先转换为字符型...，拆分已有字符串 字符分割函数：split(sep,n,expand=False) #类似于excel中的分列功能 参数说明 ① sep   用于分割的字符串 ② n       分割为多少列（不分割n...，不匹配空值。...(1)比较运算 (2)范围运算 between(left,right) (3)空值匹配 pandas.isnull(column) (4)字符匹配 (5)逻辑运算 与(&),或(|),取反(not) import

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R语言︱词典型情感分析文本操作技巧汇总（打标签、词典与数据匹配等）

nchar(sentence) < 2] #`nchar`函数对字符计数，英文叹号为R语言里的“非”函数 代码解读：在进行二级清洗的过程中，需要先转化为向量形式，as.vector； 字符数过小的文本也需要清洗...去除原理就是导入停用词列表，是一列chr[1:n]的格式； 先与情感词典匹配，在停用词库去掉情感词典中的单词，以免删除了很多情感词，构造新的停用词； 再与源序列匹配，在原序列中去掉停用词。...is.na(表1$label),] #非NA值的行赋值 代码解读：表1为图1中的数据表，表2是id+label； join之后，在表1中加入匹配到的表2的label； 并且通过[!...DF值，并且在源数据重复的情况下，还是能够顺利匹配上。...is.na(testterm$weight), ] head(testterm) 代码解读：join，以term进行左关联合并，在A表中，会多出来weigh的一列，但是会出现（1,NA,2，3，NA）

3.6K20

Pandas 2.2 中文官方教程和指南（三）

这些方法通常与单个元素的内置字符串方法具有匹配的名称，但是在每个值的列上逐个应用（记得逐元素计算吗？）。 创建一个新列Surname，其中包含乘客的姓氏，通过提取逗号前的部分。...在“性别”列中，将“male”的值替换为“M”，将“female”的值替换为“F”。...在 R 中，您可能希望获取data.frame的行，其中一列的值小于另一列的值： df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df, a...在 R 中，您可能希望获取data.frame的行，其中一列的值小于另一列的值： df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df, a...在 R 中，您可能希望获取 data.frame 的行，其中一个列的值小于另一个列的值： df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df,

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如何用Pandas处理文本数据？

； ③ string类型在缺失值存储或运算时，类型会广播为pd.NA，而不是浮点型np.nan 其余全部内容在当前版本下完全一致，但迎合Pandas的发展模式，我们仍然全部用string来操作字符串。...> 7 CABA 8 dog 9 cat dtype: string 第一个值写r开头的正则表达式，后一个写替换的字符串 s.str.replace(r'^[AB]','***')...但现在由于string类型的初步引入，用法上出现了一些问题，这些issue有望在以后的版本中修复。...（a）str.replace赋值参数不得为pd.NA 这听上去非常不合理，例如对满足某些正则条件的字符串替换为缺失值，直接更改为缺失值在当下版本就会报错 #pd.Series(['A','B'],dtype...（c）将（b）中的ID列结果拆分为原列表相应的5列，并使用equals检验是否一致。

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R（二）近期记录

计算各列的NA数量 这个可以用apply或者sapply快速实现 > df <- data.frame(col1=c(1, NA, 2), col2=c(2, 3, NA), col3=c(NA, NA..." "character" 不是预想中的数值型，而是字符型。...其实apply是将每一行当作一个向量来处理的。因为第三列是字符型，所以当一行中只要有一个值是字符型，其他数值型的值都会被自动转换为字符型。...上面说了那么多，关键就是apply是把一行或者一列当作向量来处理的；R中的向量要求值类型一致。 我看到不少人，包括我自己，都曾经因为不知道这一点而吃亏。...<=pattern) 表示前面匹配，比如 (?<=a )\d+ 表示前面匹配了a和空格的数字。 最后 近期使用R语言的一些收获罗列于此，希望能对大家有所助益。

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day6-白雪

，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的）就是在运行Rstudio的时候...，先读一下.Rprofile中的代码用file.edit('~/.Rprofile') #编辑.Rprofile之后在脚本编辑区输入设置镜像的代码保存，重启Rstudio即可安装 （必须要联网）R包的安装命令...，经过前一步加工的产品才能进入后一步进一步加工，其作用是将前一步的结果直接传参给下一步的函数，从而省略了中间的赋值步骤，可以大量减少内存中的对象，节省内存。...引用自微信公众号生信星球图片count统计某列的unique值计算数据对象（vector、dataframe）的unique独特值： unique函数 从vector向量、dataframe 中 删除重复项...') #将test1和test2根据X合并成一个，没有的内容直接显示NA x z y1 b A 22 e B 53 f C 64 x D NA5 a

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R语言 常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

6、grep（）找出所数据框中元素所在的列值（仅数据框中） 7、assign（）通过变量名的字符串来赋值 8、 split（）根据因子变量拆分数据框/向量 9、unique（）返回 x 但是省去重复的数值...这一函数在去除数据框中缺失值时很有用。...(x) [1] TRUE TRUE FALSE TRUE > x[complete.cases(x),] [1] 1 2 4 6、grep（）找出所数据框中元素所在的列值（仅数据框中） > x <...、字符串处理函数 character：字符型向量 nchar：字符数 substr：取子串 format，format C：把对象用格式转换为字符串 paste，strsplit：连接或拆分 charmatch...，pmatch：字符串匹配 grep，sub，gsub：模式匹配与替换 16、因子 factor：因子 codes：因子的编码 levels：因子的各水平的名字 nlevels：因子的水平个数 cut

2.3K21

R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

数据选取与简单操作： which 返回一个向量中指定元素的索引 which.max 返回最大元素的索引 which.min 返回最小元素的索引 sample 随机在向量中抽取元素 subset 根据条件选取元素...sort 升序排列元素 rev 反转所有元素 order 获取排序后的索引 table 返回频数表 cut 将数据分割为几部分 split 按照指定条件分割数据 rbind 行合并 cbind 列合并...，空缺的补值为NA id R M 1 1 9 7 2 2 7 2 3 4 9 4 3 3 > merge(ink1,ink2...2、dplyr包 dplyr包的数据合并， 一般用left_join(x,y,by="name") 以x为主，y中匹配到的都放进来， 但，y中没有的则不放过来。...四、不等长合并 1、plyr包 rbind.fill函数可以很好将数据进行合并，并且补齐没有匹配到的缺失值为NA。

13.1K12

Python数据分析的数据导入和导出

例如，kw={'allow_comments': True}表示允许在JSON文件中包含注释。 返回值： Python对象：将JSON数据解析后得到的Python对象。...解析后的Python对象的类型将根据JSON文件中的数据类型进行推断。...match：可以是一个字符串或正则表达式，用于匹配解析出的表格的名称。 flavor：指定解析器的名称。...converters：一个字典，用于指定不同列的数据类型转换函数。 na_values：一个列表或字符串，用于指定需要识别为缺失值的特殊字符串。...：在数据中代表缺失值的字符串，默认为空字符串 float_format：浮点数格式，指定数据中浮点数的输出格式，默认为None（即按照默认格式输出） columns：指定保存的列，默认为None，表示保存所有列

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Python 数据分析（PYDA）第三版（三）

类型推断和数据转换 包括用户定义的值转换和自定义缺失值标记列表。 日期和时间解析 包括一种组合能力，包括将分布在多个列中的日期和时间信息组合成结果中的单个列。 迭代 支持迭代处理非常大文件的块。...pandas 中，我们采用了 R 编程语言中使用的惯例，将缺失数据称为 NA，代表不可用。..., lstrip 修剪空格，包括右侧、左侧或两侧的换行符 split 使用传递的分隔符将字符串拆分为子字符串列表 lower 将字母字符转换为小写 upper 将字母字符转换为大写 casefold 将字符转换为小写...，并将任何区域特定的可变字符组合转换为一个通用的可比较形式 ljust, rjust 分别左对齐或右对齐；用空格（或其他填充字符）填充字符串的对侧，以返回具有最小宽度的字符串 正则表达式 正则表达式提供了一种灵活的方式来在文本中搜索或匹配...虽然 findall 返回字符串中的所有匹配项，但 search 只返回第一个匹配项。更严格地说，match 仅 在字符串开头匹配。

20000

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（二）

差异分析 将基因计数导入 R/RStudio 工作流程完成后，您现在可以使用基因计数表作为 DESeq2 的输入，使用 R 语言进行统计分析。 7.1....# 导入元数据文件 # 使行名称与 countdata 中的 sampleID 相匹配 metadata <- read.delim("example/metadata.txt", row.names...注释基因symbol 经过比对和总结，我们只有带注释的基因符号。要获得有关基因的更多信息，我们可以使用带注释的数据库将基因符号转换为完整的基因名称和 entrez ID 以进行进一步分析。...PCA # 将所有样本转换为 rlog ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE) # 按列变量绘制 PCA plotPCA(ddsMat_rlog, intgroup...单基因图 # 将所有样本转换为 rlog ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE) # 获得最高表达的基因 top_gene <- rownames(results

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R&Python Data Science系列:数据处理(5)--字符串函数基于R(一)

0 前言 数据根据结构可以分为结构化数据、非结构化数据和半结构化数据，前面介绍的数据处理函数针对于结构化数据，而字符串通常包含非结构化或者半结构化数据，这一部分介绍一下R和Python中的字符串函数。...4 字符串函数--基于R R语言中自带的字符串函数操作起来非常难用，而且函数名字经常记不住，因此这里介绍stringr包，提供了大部分字符串处理函数（如果发现很难使用stringr包中函数实现，可以考虑使用...按照函数功能可分为：字符串拼接函数、字符串计算函数、字符串匹配函数和字符串转换函数，如图： ? ? 下面会按照字符串其他函数、R语言中正则表达式以及使用正则表达式的字符串函数进行介绍。...word()函数 从句子中根据位置提取单词。...str_replace_na()函数 将NA转换成字符串NA，不然字符串之间操作缺失值会传染。

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