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「R」R Docker 教程

第二课：在 Docker 中启动 RStudio 学习目标 在 Docker 中启动 RStudio 将磁盘与 Docker 镜像链接 载入容器 安装 首先参考 install Docker[4] 进行安装...如果您在 linux 机器上，那么您可以使用普通的旧终端提示符。 在 Mac上，你也可以选择终端并配置 Docker。特别是如果你得到错误不能连接到Docker守护进程。...在堆栈中运行带有RStudio的容器时，Rocker 需要你设置密码[6]。出于安全考虑，我们建议你将 yourpassword 更改为您自己独特的字符串。...这一次当我们启动容器时使用 -v 标记指定我们项目的根目录，如下所示（你的目录可能有所不同），:左边是你本地计算机的路径，右边是容器里的路径，一般以 /home/rstudio/ 开始（这个镜像已经默认创建了用户名...软件首选检查镜像是否存在于你的计算机上。

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Jelys Note之生信入门class1

【对象/变量列表】&history【历史命令】右下角4.文件、图片、帮助、包2.在控制台console与系统进行交流使用语言：代码----括号前面的字母、单词是函数；函数后面通常带括号，括号里放数值比如...【已经建立的New project【working directory工作目录】】中·未来保存文件都可存在工作目录中·下次再使用project时，自己电脑文件夹中双击project【无需新建，可一直使用...】【运行时其他文件a时，a文件必须出现在工作目录中】· （）内可用tap键，可直接看工作目录中所有文件图片三、课堂内容之：Rstudio反馈是什么意思1.直接输出结果2.error报错【做错了，要去改】...>号的地方出现+，代表命令不完整【解决方式：能补全时可补全/不能补全时在console中按esc键终止】8.出现提示信息，可忽略！！没有error就可忽略！！9.需要去看看提示信息，需要回答！...12.true必须大写13.unexpected代码错误的关键词，代码写错了。” ？“在哪错误就在那里【中文括号与英文括号不一样】14.error报错时，看报错内容，按照报错内容修改。读懂报错！

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「R」Shiny：工作流（二）调试

这是最简单的情况，因为你将获得一个错误追踪，使你可以准确确定错误的出处。一旦发现问题，就需要系统地测试假设，直到发现期望值与实际情况之间存在差异。交互式调试器是解决该问题的强大工具。...你没有收到任何错误，但是值不正确。在这里，通常最好将其转换为第一个问题，方法是在出现错误值时使用 stop() 引发错误。 所有值都是正确的，但是在你期望的时候它们不会更新。...当出现这些情况时，这很令人沮丧，但是你可以将它们变成练习调试技能的机会。 在下一部分中，我们将介绍另一种重要的技术，以最小的可重现性为例。如果你陷入困境并需要别人的帮助，创建一个最小的示例至关重要。...但是，在调试自己的代码时，创建最少的示例也是一项极为重要的技能。通常，我们有很多可以正常运行的代码，还有很少量的会引起问题的代码。...此功能可以在发生错误之后以交互方式运行以查看导致错误的调用顺序。我们无法在 Shiny 中使用此功能，因为我们无法在应用运行时以交互方式运行代码，而是 Shiny 会自动为我们打印调用堆栈。

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更现代的R代码编辑器----本地VSCode-R搭建

此外，RStudio的性能问题可能会影响大型数据分析项目。当处理大型数据集时，RStudio可能会变得缓慢，特别是在使用RMarkdown等功能时。...在这种情况下，使用其他工具和方法可能更加有效和高效。 最后，RStudio的可扩展性不如其他IDE。...首先，VSCode提供了与其他编程语言的无缝集成，使您可以在同一编辑器中编写和调试多种编程语言。这意味着您可以在一个环境中同时使用R和其他编程语言，而无需切换到不同的编辑器。...图片 使用 which radian 获取路径并填入 Rterm: Mac , 同时建议在 ~/.zshrc 中 alias r="radian" ....# shiny 服务器未响应, 忘掉Rstudio，来用VSCode愉快地进行R远程开发 使用 VSCode 愉快地进行远程 R 开发

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一篇文章教你如何用R进行数据挖掘

在R中，大多数数据处理任务可以从两方面进行，使用R包和基本功能。在本教程中，我们将介绍最方便的和强大的R包。特别的，一般不太建议直接在R软件的中直接安装加载包，因为这样可能会影响你的计算速度。...na.rm = TRUE告诉R计算时忽略缺失值，只是计算选定的列中剩余值的均值(得分)。删除在数据中的行和NA，您可以使用na.omit ?...数据的导入和基本探索 1）在使用R语言时一个重要设置是定义工作目录，即设置当前运行路径（这样你的全部数据和程序都将保存在该目录下） ?...在初步的数据探索中，我们看到有错误的水平变量需要纠正。 ? 使用上面的命令，我们指定的名称“others”为其他未命名的变量，简要划分了Item_Fat_Content的等级。...注：mutate函数，是对已有列进行数据运算并添加为新列。 商品所属类型的相关计算 通过对商品所属类型的计算，我们可以从其中发现人们的消费趋势。

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可重复的生信分析系列一:Docker的介绍

参数 -t指定在启动容器时要运行伪终端。--rm参数指定在退出时自动删除容器。...对容器中数据所做的任何更改，都会同步到本地文件的数据中。 这里可以看到，咱们在容器里创建的 data/hello.txt，同样可以在本地路径 /tmp/中找到。...用户名为 rstudio，密码为 password。选项 “-p”是端口， “-e”是环境变量；默认情况下，RStudio服务器使用端口8787，因为我已将此端口映射到本地计算机上的端口8888。...添加了将在其它研讨会中使用的其他R软件包。另外还可以使用COPY（尽管已注释掉）将本地计算机中的数据复制到Docker镜像中的文件夹中。...Dockerfile用于在带有Dockerfile的文件夹中使用以下命令构建镜像: docker build -t davetang/rstudio .

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如果在使用CIBERSORT时出现报错

在进行CIBERSORT分析的时候，关键的一步是根据内置的22种免疫细胞基因表达特征数据结合自己的表达矩阵文件计算每一个样本中的免疫细胞浸润情况。...这个错误 ERROR; return code from pthread_create() is 22 表示在调用 pthread_create() 函数时，线程创建失败。...返回代码 22 对应的错误是 EINVAL，即无效参数。这个问题通常与系统资源、R 的并行处理配置或运行环境有关。可能的原因有如下几点1....RStudio 环境的限制：RStudio 对并行处理有一些限制，可能导致无法创建新线程。4. 无效参数：传递给 pthread_create() 的参数无效。...parLapply 在多个核心上并行运行exp_files <- list("exp.txt") # 如果有多个文件，可以将它们放在这个列表中TME.results_list <- parLapply

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Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢

实际情况是，每次都会发现一些很有意思的小问题，主要是计算机相关设置问题。...之所以有乱码其实是因为Rstudio开发者及其公司都是欧美人，英文为主，对中文的友好度没那么强，我一直在思考，会不会泰文和印度语那边的学生使用Rstudio会更麻烦，有机会去泰国一定要去他们网吧试试看这个...在弹出的编码中，选择UTF-8编码。 点击OK，然后再点击OK，保存设置。...R绘图失败 主要是因为不少人的Windows电脑用户名是中文，所以使用Rstudio会出现奇奇怪怪的错误。.../wp-content/uploads/2019/02/heatmap.jpg", destfile = "heatmap.jpg") 发现无法直接下载内容，证明R在连接网络时出现了问题

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野生码农的逆袭之路：在跨界中找到自我

至今，我金融的世界观有一半来源于他的思想，激励着同样从乡下来的我在金融的道路上默默努力，也谨记着他相信趋势和历史，不依赖技术和模型的箴言。...对于数据民工的我来说，通常在轻量编程中，会使用 MacVim，如果是重量级编程就会切换到 Atom 上，如果需要重构就得挪到Rstudio上了。...Rstudio 对于数据民工的意义，就相当于Python之于iPython Notebook那样深刻，当然以后可能是 Zeppelin。...在投入现代编辑器 Atom 的生态之前，我还曾经用过 Sublime Text 和 Brackets，至今，他们也依然存在着一丝闪光点。...END 人生有很多可能性，也许大多数情况下，我们都会失败。但是，只要坚持，逆袭的可能性还是有的。关键在于这个过程中如何更加清晰地认识自己。

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手把手教你配置在线版 Rstudio（图文详解）

Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装的 server 版，也就是使用服务器的硬件配置，用自己的工作电脑登录浏览器就可以使用，避免以上问题。...： 2 使用在线版Rstudio 现在回到你的浏览器中输入：your_id:8787 即可看到登录页面，这里输入用户名和密码即可登录 登录后，与本地版 Rstudio 界面与用法相同 3 防火墙问题...如果登录不了，可能原因是防火墙拦截端口 需要安装 sudo apt-get update sudo apt-get install iptables sudo apt-get install...verify-installation 5 查看状态 按 q 退出 sudo rstudio-server status 正在运行状态 停止运行或运行错误状态 配置 安装完成后，会有两个 Rstudio-server...配置文件，如果不存在手动创建即可 ！！！

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手把手教你进行R语言的安装及安装过程中相关问题解决方案

当有新版本时，RStudio 会进行通知。定期更新后，就 可以使用其最新、最强大的功能。 那么 R 语言和 RStudio 该如何下载和安装呢？...5、 选择附加任务这个选项中，可以丌创建桌面快捷方式、丌创建快速启劢栏快捷方式。 我们的课程都是在 RStudio 上操作，丌在 R 上操作。...四、 RStudio 语言的下载不安装 1、下载安装包 在刚才的百度网盘链接的文件夹中，打开 RStudio 安装包这个文件夹，选择适合你系 统的安装包进行安装。...2、 R 和 RStudio 安装最好使用默认路径。 如果丌想使用默认路径，也是可以自己设定路径 的，但是安装的时候路径丌要出现中文。 3、 如果出现如下错误时， ?...对于R语言的安装及安装过程中可能会出现的问题的解决方案给大家分享到这里，希望对大家的入门R语言有帮助。 -----------------END------------------

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手把手教你进行R语言的安装及安装过程中相关问题解决方案

在各种编程语言排名中 R 语言的排名都很靠前。 它是一款集成了数据操作、统计，以及可视化功能的优秀开源软件。免费，开源 是 R 重要的特点。...当有新版本时，RStudio 会进行通知。定期更新后，就可以使用其最新、最强大的功能。 那么 R 语言和 RStudio 该如何下载和安装呢？...四、 RStudio 语言的下载不安装 1、下载安装包 在刚才的百度网盘链接的文件夹中，打开 RStudio 安装包这个文件夹，选择适合你系统的安装包进行安装。...六、 注意事项 1、 注意： RStudio 只是辅劣你使用 R 进行编辑的工具，它自身丌附带 R 程序。 安装使用RStudio 之前需要事先安装好 R。...对于R语言的安装及安装过程中可能会出现的问题的解决方案给大家分享到这里，希望对大家的入门R语言有帮助。

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R语言入门之工作空间与R包

这里我建议大家使用RStudio，因为RStudio提供非常强大的R语言高度可视化操作界面，你可以在RStudio里写R代码，也可以写Python代码，同时可以使用Rmarkdown来写自己的文档。...在R中你可能需要设置自己的工作目录，下面的函数提供查看和切换工作目录的方法： getwd() # 查看当前工作目录 ls() # 列出当前工作空间里的对象 setwd(mydirectory)...# 查看和设置进行的选项 help(options) # 了解当前进程中可用的选项 options() # 查看当前进行设置的选项 options(digits=3) # 设置数字的小数点精确位数为...save(object list,file="myfile.RData") # 将工作空间加载到当前进程中 # 如果你不指定路径，那默认保存在当前的工作目录 load("myfile.RData")...q() # 退出R Windows用户必须注意： 在Windows里，我们的路径通常是这样的c:\mydocuments\myfile.txt，但是这样的路径在R中是错误的，因为R将“\”作为转义符

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生信学习小组Day4笔记—Chocolate Ice

R与Rstudio的安装介绍：R和Java、Python一样，是一种计算机语言；Rstudio是为R提供的一个人性化界面。安装：到R和Rstudio的官网下载安装即可。...是当前Rstudio默认的读取和存储位置。因此了解工作目录的概念和并且掌握管理方式非常重要，这样在同时进行多个项目时，每个项目的脚本、文件、图片、数据等才不会乱跑或混杂。...spm_id_from=333.788（1）新建R project，命名为目前正在进行的项目，比如"test"，保存在某个路径下（2）在刚才选择的路径下可以发现出现了"test"文件夹，且其中有同名的....后续新建的脚本、保存的图片，以及记录历史代码的Rhistory文件、记录environment内容的RData文件也都会默认保存在test文件夹内 养成良好的习惯，从Rproject打开Rstudio！...按↑↓箭头或者在History板块就可以找到以前使用过的代码啦R的基本操作键盘上q旁边的tab键可以补齐代码哦~设置、查找工作目录setwd():set working directory 设置某个目录为工作目录

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R︱Linux+Rstudio Server尝鲜笔记（打造最佳Rstudio体验+报错的解决方案）

、问题五：Rtools的问题 好像不用下载就自己解决了，之前在windows中，如何要下载github中的包就必须要过rtools这关。...用library(pkg)或require(pkg)加载包时，R会到.libPaths()的路径下去搜索，如果该库不存在就会报错。...library()和require()的最大区别：找不到包时，library()抛出错误，require()打印警告信息并返回FALSE。...在rstudio下，安装包时，默认的库路径是"/home/enn_james/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.2"，而R软件本身的默认路径是/usr/local...所以，笔者的解决办法就是找到Linux系统中rstudio server根目录，然后导入文件到这个根目录就可以使用了。

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R语言入门-安装R和Rstuido软件

4、安装RStudio step1、双击【RStudio-0.99.903.exe】进行安装 step2、选择安装位置 可自行更改安装路径。...也就是运行原生R时看到的控制台窗口。其他面板则是RStudio所独有的。隐藏在这些面板中的包括一个文本编辑器、一个画图界面、一个代码调试窗口、一个文件管理窗口等。...注意：有的人可能会问，有了RStudio还需要下载R吗？ 即使使用RStudio，还是需要事先为计算机安装好R。RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具，它自身不附带R程序。...也就是运行原生R时看到的控制台窗口。其他面板则是RStudio所独有的。隐藏在这些面板中的包括一个文本编辑器、一个画图界面、一个代码调试窗口、一个文件管理窗口等。...注意：有的人可能会问，有了RStudio还需要下载R吗？ 即使使用RStudio，还是需要事先为计算机安装好R。RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具，它自身不附带R程序。

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C++异步从理论到实践总览篇

作者：fangshen，腾讯 IEG 客户端开发工程师 C++20带来了coroutine特性, 同时新的execution也在提案过程中, 这两者都给我们在C++中解决异步问题带来了新的思路...., c++17/20兼容, 但不推荐使用c++17的版本进行任何尝试, 原因后续文件会展开....当然, 我们的侧重点主要还是c++异步的调度和处理上, 网络相关的有部分内容可能会简单提到, 但不会进行深入的展开.   ...可以作为一种reciever存在, 但本质上来说, coroutine其实更适合拿来做流程控制的胶水, 而不是作为异步中的某个节点存在....抛弃它并不完备的各种scheduler实现 协程借鉴部分asio的思路, 首先让协程可以基于context上下文, 在跨线程的情况下使用, 另外更多还是使用原有框架有明确的scheduler的方式对所有协程进行管理和定制的模式

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R语言学习--R for Data Science（一）

需要的软件 R和RStudio，这本书内容都是在RStudio软件中完成的，RStudio很适合初学者使用，毕竟是专门针对R开发的IDE，界面简洁明了，功能很多，操作也比较人性化，有很多好用的快捷键。...对象和函数 顺便简单介绍下对象和函数，在Rstudio中，我们导入的数据或是自己创建的数据都是以对象的形式显示在环境窗口（储存在了内存里），如我创建了对象a和b，它们的值分别是1和2；函数是具有一定功能的对象...安装可以在rstudio的Console栏的命令提示符 > 后输入以下代码： > install.packages("tidyverse") 加载R包 安装好的R包需要加载后才能使用，可以用函数library...，conflicts显示的是其他包的同名函数被屏蔽，dplyr::mutate()这种输入方式可以表明mutate()函数是来自于dplyr包中的，而且当dplyr中的mutate()函数被其他R包的同名函数屏蔽时...在rstudio环境下输入函数或者对象时，可以多按Tab键，用来补齐函数或对象名，提高输入效率。

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Ubuntu 服务器安装远程 Rstudio（图文详解）

Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装的 server 版，也就是使用服务器的硬件配置，用自己的工作电脑登录浏览器就可以使用，避免以上问题。....deb 安装完成后如图所示： 现在回到你的浏览器中输入：your_id:8787 即可看到登录页面，这里输入用户名和密码即可登录 登录后，与本地版 Rstudio 界面与用法相同 如果登录不了，...可能原因是防火墙拦截端口 需要安装 sudo apt-get update sudo apt-get install iptables sudo apt-get install iptables-persistent...verify-installation 查看状态 按 q 退出 sudo rstudio-server status 正在运行状态 停止运行或运行错误状态 四、配置 安装完成后，会有两个 Rstudio-server...配置文件，如果不存在手动创建即可 ！！！

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